Lawrence A David

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文章数：6篇

Nature子刊：Akk菌的首套遗传操作系统

这是发表在Nature Microbiology上的一份工作，作者基于pSAM_Bt质粒，密码子优化转座酶himar1C9成功构建针对嗜黏蛋白阿克曼氏菌（Akk菌）的转座子插入质粒pSAM_Akk，并通过大肠杆菌接合的方式获得了Akk菌的转座子插入突变文库。其中突变体混合文库包括721个基因序列上2680个独特插入、198个基因间序列插入和5个tRNA序列插入，单个突变体单独培养文库包括406个基因序列上1063插入、58个基因间序列插入和2个tRNA序列插入。通过混合文库分别接种到体外胃黏蛋白为唯一碳源的限制性培养基、体内四种小鼠模型（无菌小鼠、接种8种核心肠菌的小鼠、常规饲养小鼠和黏蛋白缺陷鼠）中，进行转座子测序以鉴定关键基因。Akk菌需要氨基酸生物合成途径以积累黏蛋白糖，同时表达大量糖苷水解酶以实现代谢生长。在体内，Akk菌表达纤毛和MUL外周蛋白复合体以实现黏蛋白的利用积累。MUL基因帮助Akk菌与其他肠菌竞争以实现定植，在无菌小鼠体内会抑制结肠甾醇生物合成相关基因的表达。这份工作成功实现了重要候选益生菌嗜黏蛋白阿克曼氏菌的遗传操作，为后续机理研究和益生菌开发提供技术基础。

AKK菌细菌遗传学细菌-宿主互作

微生物组中心

Nature子刊：建立微生物组中心，为微生物组科学发声

Nature Microbiology最近发表的评论文章，从微生物组中心的任务及作用、出现的原因、面临的问题及解决方法等方面进行了阐述，意在说明微生物组中心的建立旨在共享战略和加速知识转移，为微生物组科学发声。

微生物组中心 Antonio Molinaro Ina Nemet Fredrik Bäckhed

利用DNA元编码评估人类饮食

文章提出基于人体粪便样本，利用DNA元编码评估人类饮食中的植物成分的可行性。这或许也意味着，类似的方案也可以用于评估人类膳食中的动物和菌类成分。

DNA元编码膳食成分 Prasenjit Dey Aftab Alam

利用机器学习模型预测霍乱弧菌易感性

霍乱是世界范围内的一个公共卫生问题，如今只是部分了解其感染的风险因素。本文前瞻性地研究了霍乱患者的家庭接触，以比较那些感染霍乱患者的人。使用基线肠道菌群数据构建了易感性的预测机器学习模型。鉴定了与霍乱弧菌易感性相关的菌群，并在体外测试了这些菌群与霍乱弧菌的相互作用。结果证实，异常肠道菌群是与霍乱弧菌易感性相关的宿主因子。

霍乱弧菌 Vibrio cholerae Microbiome machine learning 菌群

菌群变化影响肠道氧化还原动态

eLife上发表的一项最新研究，发现抗生素处理小鼠后不仅改变肠道菌群组成，同时引起肠道氧化还原电势的变化，而菌群组成趋于正常后，氧化还原电势也恢复。

抗生素氧化还原电势 antibiotics Gut microbiota Human

Nature：饮食可快速改变肠道菌群

这是Peter J Turnbaugh和团队在2013年发表在Nature的重要研究，明确不同的饮食可以快速且重复改变人类肠道菌群，菌群的特征也很明确地指征饮食的类型。经典研究，我们首次分享，推荐关注。

饮食