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文章数：9篇

早期断奶仔猪

陶诗煜+魏泓：早期断奶仔猪肠道病毒群有何特征？

仔猪断奶早期由于本身免疫力和消化机能较弱、或饲养管理不适就容易发生腹泻现象，腹泻会增加仔猪死亡率、降低仔猪生长性能、严重危害畜牧业。目前，对早期断奶仔猪肠道菌群的研究几乎只集中在细菌上，而对肠道病毒群的研究极其缺乏。近日，华中农业大学的陶诗煜、魏泓及团队在Microbiology spectrum发表最新研究，采用宏基因组和宏转录组测序结合生信技术，揭示早期断奶仔猪肠道DNA和RNA病毒群的生物多样性、结构和组成，发现早期断奶健康和腹泻仔猪肠道病毒整体结构相似，但腹泻仔猪肠道中存在更多病毒种类和生态多样性。总之，该研究为未来制定有效策略干预仔猪早期腹泻提供了新指导。

早期断奶仔猪肠道病毒群 early weaning gut virome metagenome

呼吸道菌群

流感病毒感染期间患者上呼吸道的抗生素耐药性及宿主-菌群互作

来自Microbiome上发表的一项最新研究，在37名流感病毒感染患者中，发现宿主对病毒感染的应答与呼吸道菌群的组成、功能通路及抗生素耐药基因表达相关，同时鉴定出了一些与特定抗生素耐药基因表达相关的细菌属。

呼吸道菌群 antibiotic resistance Upper respiratory tract infection Microbiome Influenza infection

黑色素瘤患者：肠道菌群vs免疫治疗效果

越来越多的证据表明，黑色素瘤免疫治疗的效果受到肠道菌群的调节。非常少的研究关注这一现象在人体中的体现，也没有一项研究将宏转录组学纳入其中，但这对确定微生物群落中宏基因组功能的表达非常重要。最新发表在Genome Medicine杂志的文章研究了接受免疫治疗的黑色素瘤患者肠道菌群的特点。该研究纳入27名黑色素瘤患者，使用16S rRNA基因和猎枪宏基因组测序的方法对其治疗前粪便中的肠道菌群进行鉴定。并使用500×10倍交叉验证的弹性-净负扣分Cox回归分析了类群和宏基因组通路与无进展生存（PFS）的关系。该研究首次确定了与PFS相关的转录表达宏基因组通路，进一步证明肠道菌群影响免疫治疗效果。

黑色素瘤 Melanoma immunotherapy Microbiome metagenome

口腔鳞状细胞癌

口腔菌群在口腔鳞状细胞癌中的作用

来自mSystems上发表的一项最新研究，发现口腔菌群的定殖促进了口腔鳞状细胞癌小鼠模型的肿瘤发生及发展，并鉴定出了与口腔鳞状细胞癌相关的口腔菌群特定代谢变化。

口腔鳞状细胞癌 OSCC Dysbiosis Metatranscriptome Microbiome

菌群-宿主互作

猕猴慢性腹泻中的菌群-宿主互作机制

《Microbiome》近期发表的一项研究，通过粪便宏转录组学方法，分析了恒河猴特发性慢性腹泻（ICD）中的宿主和肠道菌群的基因表达变化，表明ICD肠道菌群中，致病菌基因表达增加、黏蛋白降解作用增强、对岩藻糖的利用发生改变，而宿主生成的岩藻糖基化黏蛋白，可被菌群中的潜在致病菌作为碳源或黏附位点所利用，从而促进疾病。这些发现对于研究肠道疾病中的菌群-宿主互作机制，有参考意义。

菌群-宿主互作慢性特发性腹泻 Colitis diarrhea Dysbiosis

牙龈炎进程中菌群及其基因表达发生了哪些变化

牙龈炎是一种常见的轻度牙周病，由口腔微生物过度生长引起。mBio[IF：6.956]近期发表研究，分析了牙龈炎患者发炎牙齿的龈下菌斑的菌群组成及宏转录组，与健康牙齿菌群对比，有一些有意思的发现。

牙龈炎龈下菌斑菌群失调宏转录组 Dysbiosis

干旱对高粱根部菌群的影响

来自PNAS上发表的最新研究，分析了干旱条件下，高粱根部菌群的组成及功能如何改变。

根部菌群高粱干旱 drought Metatranscriptome

Nature子刊：老年男性粪便菌群中的宏转录组

这是Nature Microbiology发表的一项大样本人群宏转录组研究，针对308名成年男性，做了372份宏转录组样本及929份宏基因组样本的分析，这是迄今为止最大样本数的宏转录组分析研究，值得特别关注。

宏转录组宏基因组 Metatranscriptome Gillian A M Tarr Gillian A M Tarr

Altered Schaedler flora

Microbiome：基于宏转录组学数据进行准确分类的方法

很牛的方法学突破，特别推荐。

Altered Schaedler flora Assembly of shotgun reads metagenome Metataxonomics Metatranscriptome