Alan W Walker

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Alan W Walker

文章数：9篇

活性氧缺失通过损伤黏液屏障及免疫防御介导小鼠的结肠炎

NADPH氧化酶（NOX）的失活突变与慢性肉芽肿性炎患者的肠道炎症及儿童IBD相关，但NOX缺陷小鼠并未表现出肠道炎症易感性的增加。Mucosal Immunology上发表的一项最新研究，发现Cyba突变小鼠的肠道活性氧水平降低，并表现出DSS诱导结肠炎的恶化。机制上，肠道活性氧的缺失引起了肠道屏障的破坏、肠道菌群的易位及失调以及先天性免疫应答的受损。

肠道炎症动物实验 IBD 慢性肉芽肿性炎 NADPH氧化酶

Nature子刊：牛瘤胃微生物组的参考基因组集

反刍动物为全世界数十亿人提供必需的肉、奶等重要营养。瘤胃是一种特殊的胃，适应植物来源的复合多糖的分解。瘤胃微生物组的基因组编码数千种适于消化植物物质的酶，它们主导反刍动物饮食结构。本文对近三百个牛胃样本进行宏基因组二、三代混合测序，获得了近五千个宏基因组组装的基因和40多万个碳水化合物代谢相关基因，为深入研究牛瘤胃微生物组提供了参考基因组，可进一步挖掘功能基因和筛选高转化效率菌种提供基础。同时也是近期第三篇Nanopare技术参与发表在自然生物技术杂志在宏基因组领域的文章，可见新技术在宏基因组中应用带来的巨大优势。另两篇详见 https://www.mr-gut.cn/papers/read/1088940721 和 https://www.mr-gut.cn/papers/read/1074446025

瘤胃菌群宏基因组学 MinION纳米孔测序

Nature子刊：奶牛瘤胃菌群中的913个细菌/古菌基因组

研究瘤胃菌群，对畜牧业、乳制品工业等领域具有重要意义。一项对奶牛瘤胃菌群的宏基因组研究，拼接了来自瘤胃的913个细菌/古菌基因组，极大地扩展了瘤胃菌群数据库的容量及覆盖度。

瘤胃菌群宏基因组测序

Microbiome：肠道菌群的早期发育或可预测乳糜泻

乳糜泻是一种免疫性疾病，或与肠道菌群相关。上周Microbiome[IF：8.496]上线的一项研究，分析了乳糜泻高风险婴儿在婴儿期的肠道菌群和免疫指标变化，并跟踪之后5年的患病情况。研究者发现，婴儿期肠道菌群和免疫指标的异常变化，早于乳糜泻发病。虽然仍需进一步验证，这一发现有助于建立菌群-免疫-乳糜泻的因果关联，值得关注。

Microbiome：肠道菌群的早期发育或可预测乳糜泻

乳糜泻是一种免疫性疾病，或与肠道菌群相关。上周Microbiome[IF：8.496]上线的一项研究，分析了乳糜泻高风险婴儿在婴儿期的肠道菌群和免疫指标变化，并跟踪之后5年的患病情况。研究者发现，婴儿期肠道菌群和免疫指标的异常变化，早于乳糜泻发病。虽然仍需进一步验证，这一发现有助于建立菌群-免疫-乳糜泻的因果关联，值得关注。

乳糜泻肠道菌群发育 Celiac disease HLA genes INTESTINAL MICROBIOLOGY

IBD：NOD2基因突变对粪便菌群无显著影响

NOD2是一种细胞内模式识别受体，其基因变异与克罗恩病有关。近期Inflammatory Bowel Diseases[IF：4.525]发表的研究分析了人体中NOD2基因型与粪便菌群的关系，未发现二者有显著关联，推测NOD2变异可能仅在黏膜水平影响疾病。推荐专业人士关注。

克罗恩病 NOD2基因突变 NOD2基因 Nod2 microbiota

Nature子刊：宏基因组研究超强综述——从取样到分析

此文是Nicola Segata领衔创作的宏基因组分析综述，是目前我所见到的指导宏基因组实验和分析最好的综述。Segata本人及其团队在宏基因组分析领域编写了最多的主流软件，如LEfSe、MetaPhlAn2、HUMAnN2（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1055870103）和GraPhlAn等，而且还表发了众多顶级宏基因组研究文章，如《Cell：9428个人体宏基因组！探索全球人类微生物组中的广大未知》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1047831920）、《Nature子刊：跨越人群的大肠癌肠道菌群特征和诊断标志物》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1066677273）等。此文发表近2年，引用200+次，是CNS平均引用的2.5倍多，足以见此文的重要性。

宏基因组系统综述实验设计宏基因组拼接宏基因组分箱

肺囊性纤维化

呼吸道菌群对肺部恶化及后续抗菌药物干预的抵抗力及恢复力

① 囊性纤维化（CF）的肺部症状始于早期，并伴随着慢性肺部感染及导致肺功能逐渐丧失的气道炎症；呼吸道炎症；② 肺功能渐进下降导致呼吸系统症状急性加重，即囊性纤维化的肺部恶化（CFPE），而CRPEs与疾病进展加快有关；③ 收集病人CFPE前、CFPE、抗生素治疗、恢复、CFPE后五个临床阶段的呼吸道菌群信息；④ CF呼吸道菌群对CFPE的复合耐药性及对抗生素干预的恢复力；⑤ 整个恶化周期中，铜绿假单胞菌的相对丰度没有显著变化。

肺囊性纤维化呼吸道菌群 Donald E Ingber Donald E Ingber

Science：利用细菌来对抗肥胖

这是2013年Science上介绍同期Gordon实验室历史性研究成果的文章，最近很多人找这篇文章里的图，MC系统专门编发这篇文章，非常值得一看！

肥胖无菌小鼠胖瘦双胞胎 Shazhan Amed Paolo Pozzilli