Yue Ma

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文章数：6篇

王军+宋默识：从肠道宏基因组中高效挖掘抗癌肽

肠道微生物组在调节宿主健康和疾病方面起着关键作用。作为一个巨大的功能分子库，它在临床应用上具有巨大潜力。其中一个具体的研究领域是寻找抗癌肽（ACPs）作为创新的癌症治疗方法。然而，由于对实验方法的严重依赖，ACPs的发现受到了一定的限制。为了克服这一限制，中国科学院微生物研究所的王军团队与动物研究所的宋默识团队联合在Advanced Science上发表了一项研究。他们采用了一种新的方法，利用ACPs和抗菌肽（AMPs）之间的重叠，通过将成熟的AMP预测方法与宏基因组的挖掘技术相结合，共确定了40种潜在的ACPs，其中两种ACP显示出独特的特征和显著的抗癌活性，且无明显的细胞毒性。这一发现突出了多中心挖掘方法的功效，有效地从肠道微生物组中发现了新的ACPs。这种方法不仅对扩大结直肠癌的治疗方案有帮助，而且对其他类型的癌症也具有重大意义。

抗癌肽肠道宏基因组

肠道菌群代谢产物

王军团队：肠道菌群-宿主互作中的代谢物

肠道菌群代谢产物在健康与疾病中的作用正在得到越来越多的关注。EBioMedicine近期发表了中科院微生物所王军团队的综述，总结了复杂疾病中肠道菌群代谢物的变化，探讨了其中的相关性、因果性和机制，阐述了肠道菌群和药物之间的相互作用对药物疗效的影响，并讨论了从菌群代谢物中开发药物的研究方向和策略。

肠道菌群代谢产物药物-菌群互作宿主-菌群互作

王军+陈义华NBT突破：用人工智能大规模挖掘人肠道菌群中的抗菌肽

抗生素耐药菌（特别是多重耐药菌）对人类健康造成严重威胁，亟需开发新的抗菌药物。生物体（包括肠道微生物）产生的抗微生物肽（AMP）是研发新型抗菌药物的弹药储备库，但受限于已有技术，仍有大量AMP尚未被挖掘出来，人工智能（AI）算法在该领域中有很大的应用潜力。中国科学院微生物研究所王军团队与陈义华团队合作在Nature Biotechnology发表最新研究，结合多种自然语言处理神经网络模型，建立了能自主学习AMP序列特征从而挖掘鉴定新型AMP的AI方法，并用该方法从人肠道微生物组数据中挖掘出181个新型AMP，包括能在体内外有效抑制多重耐药菌的强效AMP。总之，这项概念验证研究不仅为研发抗菌药物提供了大量的候选AMP，也为利用AI从宏基因组数据中挖掘功能肽提供了一个优秀的范例。

药物研发抗菌肽人工智能深度学习宏基因组

人肠道菌群

王军+张发明：人体肠道菌群的原位重建及昼夜节律

目前对于人肠道菌群的认知大多是源于对粪便菌群的分析，但粪便菌群不能完全反映出菌群在肠道内的原位情况，也限制了对人肠道菌群在更精细时间尺度上的动态变化的研究。中科院微生物所王军团队与南京医科大学第二附属医院张发明团队合作，在Engineering发表研究论文，通过结肠TET方法采集人体原位的回盲部菌群样本，揭示了肠道菌群在泻药扰动后的固有恢复力，以及人回肠菌群在组成和功能层面上的昼夜节律动态，并分析了菌群扰动和重建通过代谢物对宿主的潜在影响。

人肠道菌群昼夜节律菌群重建经内镜肠道植管术多组学

仝小林、王军等：葛根芩连汤调菌群降血糖，小檗碱是关键成分

葛根芩连汤（GQD）是一种常用于2型糖尿病的中药配方。来自中科院微生物所的王军团队、广安门医院的仝小林院士和赵林华与团队，在Genomics, Proteomics and Bioinformatics上发表的一项最新研究，发现GQD可通过其关键组分——小檗碱调节肠道菌群的组成，富集丁酸盐产生菌，调控回肠基因表达，并降低全身及胰岛的炎症因子表达，从而降低糖尿病大鼠的血糖。

小檗碱葛根芩连汤研究论文基础研究动物实验

系统性红斑狼疮

张烜+王军：系统性红斑狼疮患者的肠道菌群变化

肠道菌群变化与系统性红斑狼疮（SLE）相关。来自北京协和医院的张烜团队及中科院微生物所的王军团队在Arthritis and Rheumatology上发表的一项队列研究结果，对比鉴定了未治疗SLE患者的肠道菌群组成与功能变化，并发现在SLE患者中富集的部分菌种来自于口腔菌群，且来自这些SLE相关细菌的多肽可通过分子模拟触发自身免疫应答。该研究结果提示，调控肠道菌群或可作为治疗SLE的潜在辅助疗法。

系统性红斑狼疮研究论文菌群-免疫互作队列研究口腔菌群