系统生物学

阴道菌群综述系统生物学

肠上皮细胞具有多样化的功能，不仅参与各种营养物质的吸收，还要防御肠内微生物的入侵。Cell近期发表的一项研究，用单细胞空间转录组学方法，揭示了小肠绒毛中，肠细胞广泛的区域和功能异质性，将对肠上皮细胞基因表达和功能的认知的精度，又提高了一个水平，相关方法学也可用于其他组织器官的类似研究。这是Cell近期连续发表的第2项肠道领域的单细胞水平研究，另一项研究见此（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1064546867），scRNA-seq等单细胞分析技术不断成熟，将越来越多的出现在高水平研究中。

肠绒毛激光捕获显微切割转录组测序单细胞RNA测序单细胞转录组学

婴儿肠道菌群

用系统生物学方法，挖掘促进婴儿免疫健康的益生菌/元和食物

怎样筛选能促进婴儿免疫发育的断奶辅食？Microbiome近期发表的一项研究，通过数据挖掘和生物信息学方法，建立了一种研究策略/流程，以找出益生菌-益生元-食物之间的关联，旨在用恰当的辅食来促进婴儿肠道内有益菌的生长，进而优化婴儿断奶期的免疫健康。很有意思的一项研究，有一定转化意义，值得专业人士关注。

婴儿肠道菌群 Infant gut microbiome prebiotic Probiotic Reverse ecology

生物修复

新方法为微生物修复带来新的希望

微生物修复目前面临的一些困境，如适应性差、耗时、竞争力弱和生物利用度低等弱点，在系统生物学和代谢工程学的指导下，有望在将来被克服。

生物修复 Bioremediation CRISPR-Cas gene editing metabolic engineering

菌群功能分析

稳定同位素探测用于菌群功能研究（综述）

基于DNA/RNA测序的技术方法，在分析菌群组成时很好用，但用于预测菌群代谢和功能时则能力有限。Trends in Microbiology发表综述，详细介绍了一系列稳定同位素探测（SIP）技术用于菌群功能研究的原理、方法和案例，值得专业人士关注。

菌群功能分析稳定同位素探测系统生物学菌群代谢物 Eldad A Hod

肝脏疾病

Nature Reviews：系统生物学在肝病中的应用（综述）

Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology上发表的重要综述，详细介绍了如何利用多组学分析及系统生物学方法，研究肝脏疾病的防治策略。

肝脏疾病系统生物学多组学

系统生物学

疾病中环境-宿主-菌群互作的系统生物学（综述）

环境-宿主机因-菌群间的相互作用，在疾病中有重要作用。Human Molecular Genetics近期发表综述对此进行探讨，讨论了疾病中三者间的作用模式，并提出了一个系统生物学的研究框架，以探索三者间的因果关联和机制。

系统生物学多组学研究个性化医疗环境-宿主-微生物

代谢组学

Nature子刊：一个新的在线系统生物学分析工具——XCMS

Nature Protocols介绍了一项新的在线系统生物学分析工具，可在半天时间内分析代谢组学数据，并支持整合基因组、蛋白组等多组学数据，推荐专业人士阅读。

代谢组学生物信息学工具系统生物学 Shigeki Koshida Katsunori Tanaka

系统生物学

COB：人体微生物组中的系统生物学（综述）

菌群与人体代谢、免疫、内分泌、神经系统等诸多方面都有复杂的相互作用。如何从系统生物学的角度来研究菌群、从系统医学的角度来利用菌群，是菌群领域的一个重要研究方向。Current Opinion in Biotechnology[IF：9.294]近期发表的综述对此进行了讨论，值得专业人士参考。

系统生物学 Maya Schulpen Piet A van den Brandt

系统生物学

COM：系统生物学在细菌研究领域的应用

这是Current Opinion in Microbiology[IF：6.635]的编辑概况性介绍该刊发表的“系统生物学”专刊的文章，由于相关内容比较专业，我们只推送本文，对专刊中所有内容都感兴趣的人，请访问：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369527417302254。

系统生物学 Matam Vijay-Kumar Vishal Singh Beng San Yeoh Benoit Chassaing

生物修复

BA：生物修复3.0——改造细菌以清除污染物（综述）

这是一篇无关于肠道菌群的综述，但非常值得认真读一读，介绍的是如何利用系统和合成生物学、代谢基因工程等新方法解决环境污染问题。特别推荐！

生物修复生物降解通路基因工程新兴污染物环境生物技术系统生物学

系统生物学

COSB：利用系统生物学方法研究宿主-菌群互作

关于系统生物学用于菌群研究的综述，值得认真读一读。

系统生物学多组学分析宿主-菌群互作

肝硬化

Hepatology：肠道菌群引起肝硬化的神经炎症？

肠道菌群改变在肝硬化动物中诱导神经及系统性炎症的发生，肝硬化患者的精神状态不如健康人，肝性脑病是其中一个原因吗？

肝硬化神经炎症全身性炎症系统生物学无菌小鼠

微生物组

靶向人基因组/微生物组的药物发现: 来自全球化系统生物学与传统中药的灵感

肠道微生物组在大多数影响人类健康的慢性疾病中起了很大的作用。越来越多的证据显示传统中药作用于人体及其共生微生物，因此可望作为潜在的新药进入西方市场。中西一体的药物研发理念将有利于开发出针对新受体的化合物以治疗慢性疾病。

微生物组系统生物学中医药药物开发

全身系统方法

靶向肠道菌群并具疾病预防性的全身性系统方法

这篇2010年的文章，提出了用肠道菌群做靶器官、用元基因组学和代谢组学为手段做健康管理的思路。文中观点认为，人自身基因组与元基因组是互相紧密连接的，营养在调节肠道菌群和健康状态中起关键性作用，不平衡的饮食，让很多参与正常机体功能的微生物转变成了慢性疾病的“病原体”。

全身系统方法系统生物学肠道菌群预防保健

系统生物学

吴浩：个体间肠道菌差异对常见代谢病发病及防治的影响

5月28日下午肠道菌群与健康大会，复旦大学研究员吴浩发表题为《个体间肠道菌差异对常见代谢病发病及防治的影响》的演讲，通过系统生物学方法探索肠道菌群与代谢生理病理间的因果关系。

系统生物学菌群与代谢疾病其他