Andrey N Shkoporov

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Andrey N Shkoporov

文章数：11篇

肠道噬菌体

影响人体肠道噬菌体变化的影响因素（综述）

肠道微生物组是人体消化道中密集且活跃的微生物和病毒的集合体。其中，细菌和噬菌体是最丰富的成员。相比于肠道细菌，肠道噬菌体的研究处于初步阶段。肠道噬菌体可能与肠道疾病的发生和发展有关。为了了解它们在人类健康和疾病中的作用，研究它们的生物学特性和相互作用非常重要。一篇发表在《Annual Review of Microbiology》上的综述总结了近期在研究肠道噬菌体群的分类结构和生态功能方面取得的进展。进一步研究肠道噬菌体的功能和机制，有助于深入了解肠道微生物与宿主之间的相互作用，为预防和治疗肠道相关疾病提供新的思路和方法。

肠道噬菌体肠道微生物噬菌体-菌群-宿主互作

炎症性肠病（IBD）

感染瘤胃球菌的温和噬菌体

瘤胃球菌是一种常见的肠道微生物，在炎症性肠病（IBD）患者中丰度更高。Gut Microbes近期发表的文章，鉴定出感染瘤胃球菌的温和噬菌体，该噬菌体可与肠道细菌共存，在IBD患者肠道丰度也更高。

炎症性肠病（IBD）瘤胃球菌噬菌体

Nature子刊：绘制哺乳动物肠道和实质器官的病毒生物地理图谱

哺乳动物病毒组与健康和疾病有关，但目前关于其沿哺乳动物胃肠道和其他器官的横纵轴结构如何分布，这方面的研究知之甚少。近日发表在Nature Microbiology上的这篇文章，通过宏基因组对家猪和恒河猴这两种代表性哺乳动物的胃肠道、实质器官的病毒进行了全面的生物地理分析，绘制出详尽的哺乳动物肠道和实质器官的病毒生物地理图谱，并发现胃肠道病毒组具有高度的空间和物种特异性，为未来研究哺乳动物肠道病毒组提供了重要的资源。

病毒组

噬菌体-细菌互作

Nature Reviews：噬菌体和细菌在人体肠道中的互作（综述）

噬菌体依赖细菌进行复制和存活，两者间的互作可能是生物圈中最频繁的生物事件。传统观点认为噬菌体是细菌的捕食者，最近发表在Nature Reviews Microbiology的综述，认为噬菌体与细菌在群体水平上可能不再是简单的捕食者与猎物关系，而是互利共存伙伴，它们会共同进化从中受益。此外，噬菌体还会显著地影响细菌基因型和表型多样化、作为对抗外源细菌入侵的武器、还可协助细菌间发生水平基因转移，促进菌落适应性进化等。总之，该综述促进了人们对噬菌体和细菌关系的重新思考，也为未来利用噬菌体操纵微生物群提供了新思路。

噬菌体-细菌互作肠道综述基础研究

肠道病毒组

Cell子刊：人肠道病毒组的稳定性和无麸质饮食的影响

Cell Reports近期发表的研究聚焦人肠道病毒组，分析了其组成、动态变化、个体差异和稳定性，特别探索了无麸质饮食对肠道病毒组的影响，并对研究方法进行了探讨。

肠道病毒组饮食干预

crAss-like phages

人体肠道中ΦcrAss002噬菌体的分离和特征分析

肠道crass样噬菌体有4个亚科。迄今为止，在纯培养中分离到的具有代表性的噬菌体只有3种:ΦcrAss001和两种密切相关的噬菌体DAC15和DAC17。Microbiome近期发表的文章，首次从人类肠道中分离出ΦcrAss002，该噬菌体可以跟肠道木聚糖溶菌拟杆菌高水平共存。肠道噬菌体的研究有助于了解噬菌体在细菌-肠道稳态中的作用。

crAss-like phages

Cell子刊：全病毒组分析揭示IBD肠道病毒组中的“暗物质”

Cell Host and Microbe上发表的一项最新研究，对公开数据库中的病毒组序列进行重新分析，鉴定出了IBD患者的肠道病毒组的特异性变化，并发现肠道病毒组的变化反映了肠道细菌的变化。

IBD Virome Phageome INFLAMMATORY BOWEL DISEASE IBD

肠道病毒组

Cell子刊：稳定、个体化的人类肠道病毒组

人类的肠道中含有大量的病毒，其中绝大部分是噬菌体。在人肠道微生物组的研究中，关于病毒组的研究还比较缺乏。Cell Host and Microbe发表的一项研究，开发了基于宏基因组学的方法工具，能更为深入全面的分析人类肠道病毒组。该研究通过纵向队列分析表明，人肠道病毒组是稳定且高度个体化的，且每个人都存在“持久稳定的个体病毒组”（PPV），由靶向主要肠道细菌类群的烈性噬菌体组成。这些发现为进一步深入研究人类肠道病毒组打下了基础。

肠道病毒组 Bacteriophages human microbiome Virome Phageome

肠道噬菌体组

Cell子刊：人体肠道噬菌体，我们到底知道多少？（综述）

肠道噬菌体组信息对研究肠道菌群-宿主互作具有重要意义。本综述总结了目前研究肠道噬菌体组的方法，以及对噬菌体组组成、结构和动态的了解，同时指出了研究瓶颈和未来发展方向，值得参考。

肠道噬菌体组综述噬菌体组人体肠道噬菌体 Olivier Disson

肠道噬菌体

Nature子刊：人体肠道中的一类常见噬菌体——ΦCrAss001

Nature Communications上发表的一项最新研究，从人粪便中分离出了一种可感染拟杆菌目细菌的噬菌体——ΦCrAss001，并对其基因组大小、基因组结构、病毒形态、复制方式等进行了细致分析。

肠道噬菌体

可重复的提取分析人粪便噬菌体组的实验流程

Microbiome上发表的一项最新研究，开发了一套提取人粪便中的病毒核酸，并分析噬菌体组的可重复性实验流程，简单易行且成本较低，可作为对粪便总DNA测序分析的补充。

实验方法噬菌体组 Bacteriophage human gut microbiome metagenomics