Wolf-Dietrich Hardt

鼠伤寒沙门氏菌通过表达HilD调控的毒力因子导致肠道炎症。炎症状态缓解微生物群介导的定植抗性，进而促进病原体疯长。然而，肠道的炎症环境可选择hilD突变体，这就不会导致炎症或维持炎症，因此导致病原体毒力丧失。那么，鼠伤寒沙门氏菌如何维持其毒力，实际上野生型hilD表型的鼠伤寒沙门氏菌在自然界中占主体。PLoS Biology近期发表的文章，发现移植从未感染或恢复的小鼠的菌群会导致以毒力减弱为特征的hilD突变体的快速清除，从而有助于毒力鼠伤寒沙门氏菌基因型的保存。

鼠伤寒沙门氏菌毒力肠道菌群

Cell子刊：不同沙门氏菌菌株如何在肠道中共存并转移质粒？

抗生素耐药性质粒可以在肠道不同肠杆菌科之间传播。近日，发表在Cell Host and Microbe上的这篇文章，研究具有相似营养需求的肠杆菌科种群如何在同一肠道中共同繁殖及质粒转移，并发现受体菌株在供体菌株占据优势的肠道中从非常低的数量繁殖，取决于菌株特异性利用不同的碳源，即半乳糖醇或阿拉伯糖。

Nature子刊：趋化性和自诱导物-2信号介导大肠杆菌的肠道定植

细菌通过产生和感知多种细胞外小分子（自诱导物）进行种内及种间交流，Autoinducer 2 (AI-2) 是哺乳动物肠道中的主要自诱导物，由多种细菌产生并在种间通讯和趋化性中起重要作用，并影响小鼠肠道菌群组成，但其在肠道定植过程中细菌-细菌和细菌-宿主相互作用中的作用尚不清楚。近日，发表在Nature Microbiology上的这篇文章，研究了趋化性和AI-2信号在大肠杆菌肠道定植中的作用。

短链脂肪酸

短链脂肪酸调控沙门氏菌毒力亚群

遗传背景相同的同一种细菌中可出现基因表达不同的细胞亚型/亚群。比如，沙门氏菌感染期间，炎症诱导的毒性沙门氏菌细胞和快速生长的无毒细胞之间发生互作，可帮助沙门氏菌在宿主肠道内定植。PNAS近期发表的一项研究表明，肠道菌群代谢物短链脂肪酸可选择性地抑制表达毒力基因T3SS-1的沙门氏菌亚群，塑造了有毒和无毒亚型之间的互作，这一发现有助于解释沙门氏菌感染的临床表现。

短链脂肪酸沙门氏菌感染

microRNA

Nature子刊：miR-802调控肠道上皮稳态

Nature Communications上发表的一项最新研究，发现miR-802可作用于肠道上皮的不同细胞类型，通过抑制其靶基因Tmed9以调节Wnt/β-连环蛋白信号通路，从而调控肠道上皮稳态。

microRNA 研究论文基础研究啮齿动物（小鼠） miR-802

口服疫苗

Nature子刊：口服疫苗或可指导减毒沙门氏菌变体的进化

肠道致病菌可通过改变其表面抗原，以逃避宿主免疫防御，然而并非所有抗原变异均适合所有环境。Nature Microbiology上发表的一项最新研究，通过分析鼠伤寒沙门氏菌（S.Tm）的O抗原（一种长链重复多糖），揭示出S.Tm逃避宿主免疫的进化轨迹。研究设计了一种口服疫苗可诱导IgA反应，阻断S.Tm的免疫逃逸的计划轨迹，同时导致O-抗原聚合酶基因 wzyB 缺失的沙门氏菌突变体在选择压力中胜出。而该突变体O抗原较短，对环境的适应能力较差，在小鼠的肠道定植能力和毒力都受损。即黏膜疫苗可诱导肠道的抗体产生，从而指导S.Tm的进化权衡。

口服疫苗研究论文基础研究啮齿动物（小鼠） IgA

NAIP/NLRC4炎性小体

面对病菌侵袭，肠上皮如何迅速做出防御反应？

PNAS发表的一篇非常有趣的关于肠道上皮细胞炎性小体新的调节通路及功能的文章。采用了不同的体外模型和成像技术。感兴趣的读者可以去原文网页查看视频数据，看上皮是如何在病菌侵袭第一时间做出反应的。

NAIP/NLRC4炎性小体肠道上皮收缩研究论文先天免疫防御反应

高通量测序

高通量测序如何用于定位可诱导噬菌体的基因组位置？又如何量化噬菌体活性？

温和的噬菌体影响细菌种群的密度、多样性和功能。最近研究表明，它们也是肠道微生物群的直接调节剂，并间接影响宿主的健康和疾病。Microbiome发表的文章，提出了一种使用高通量测序数据定位可诱导的前噬菌体并量化其活性的方法。最后，研究还强调，对预测的噬菌体进行实验验证仍然是细菌基因组注释的一个重要任务，因为单靠生物信息学工具的预测可能不够准确。

高通量测序肠道噬菌体前噬菌体溶源化前噬菌体诱导噬菌体活性

NAIP/NLRC4炎性小体

NAIP/NLRC4炎性小体如何对抗肠道致病菌感染

NAIP/NLRC4炎性小体可感知革兰氏阴性菌包括，以促进感染后的肠上皮细胞排出。Mucosal Immunology上发表的一项最新研究，在鼠伤寒沙门氏菌（S.Tm）感染的小鼠模型中发现，上皮NAIP/NLRC4炎性小体可通过驱动肠上皮细胞的焦亡或凋亡，并促进肠上皮细胞的排出（expulsion），从而降低小鼠体内的S.Tm负荷，并缓解TNF导致的肠道上皮屏障破坏。

NAIP/NLRC4炎性小体研究论文基础研究啮齿动物（小鼠）肠道致病菌感染

菌群的进化

Cell子刊：6年追踪小鼠菌群的演化与适应

肠道免疫大佬Andrew Macpherson团队在Cell Host & Microbe上发表的文章，研究在SPF条件下，已知全部定植细菌类群基因组信息的限菌小鼠中，菌群如何演化与适应。并试图回答在理想的实验环境中，肠道菌群遗传漂变的界限到底在哪里。

菌群的进化等基因限菌动物模型其他基础研究 microbiota evolution

饮食-菌群-宿主互作

食物如何影响对肠道致病菌的定殖抗性（综述）

近期研究表明食物组成可影响宿主对肠道致病菌感染的易感性。Annual Review of Microbiology上发表的一篇综述文章，详细介绍了肠道菌群与宿主产生对肠道致病菌的定殖抗性的机制，并讨论了各种食物组分如何通过直接或间接的方式影响定殖抗性，同时概述了现有的用于研究定殖抗性的小鼠模型及其存在的缺陷，最后展望了通过调控食物组分防治肠道致病菌感染的潜能。

饮食-菌群-宿主互作 Enterobacteriaceae Salmonella typhimurium Gut microbiota mouse model

沙门氏菌定植

Cell子刊：揭示小鼠肠道内沙门氏菌厌氧呼吸的机制

小鼠伤寒沙门氏菌具有代谢适应性，可利用微生物衍生的H2作为电子供体，延胡索酸作为电子受体，通过厌氧呼吸获取能量，促进沙门氏菌在肠道中初始生长。但延胡索酸在肠道中浓度较低，所以沙门氏菌中延胡索酸的来源尚不清楚。Cell Host & Microbe发表的文章，利用无偏差的突变试验、基因缺失上位性实验和代谢物分析，确定了DcuABC依赖的苹果酸和天冬氨酸转运及其转化为延胡索酸是促进H2/延胡索酸厌氧呼吸的主要机制。此外，这种策略同样适用于共生菌大肠杆菌，或具有更广的适用范围。

沙门氏菌定植 C4-二羧酸盐反向转运蛋白DcuABC H2/延胡索酸厌氧呼吸苹果酸天冬氨酸

炎性小体

肠上皮细胞炎性小体抑制鼠伤寒沙门氏菌的全身散播

炎性小体如何抑制鼠伤寒沙门氏菌等具有适应性的致病菌的散播尚未明确。Mucosal Immunology上发表的一项最新研究发现，鼠伤寒沙门氏菌在感染肠道上皮细胞期间，表达特定的病原相关分子模式（PAMP）——NAIP的配体，而肠道上皮细胞中高表达的NAIP/NLRC4炎性小体特异性地抑制了鼠伤寒沙门氏菌从肠道向全身的散播。

炎性小体炎性小体肠道免疫 NAIP/NLRC4炎性小体鼠伤寒沙门氏菌

定植抵抗

Nature子刊：膳食脂肪扰动小鼠肠道菌群的定植抵抗作用

菌群可帮助宿主抵抗致病菌定植，Nature Microbiology近期发表的一项研究表明，消化高脂食物引起的胆汁分泌，可削弱小鼠肠道菌群对鼠伤寒沙门氏菌的定植抵抗作用，而特定大肠杆菌也对胆盐有较好的耐受性，因而可与致病的沙门氏菌竞争，减少小鼠的肠道感染。这些发现对于研究致病菌-菌群-宿主之间的相互作用具有参考意义。

定植抵抗高脂饮食膳食纤维肠道感染鼠伤寒沙门氏菌

抗生素耐药性

Nature：持留菌“余孽”促进肠道细菌产生抗生素耐药性

细菌产生抗生素耐药性主要有两个途径，一种是自身发生基因突变，另一种是获得其它耐药菌的抗生素耐药质粒。能在抗生素下存活的持留菌是产生抗生素耐药基因突变的主力选手。Nature发表的这项研究则表明，持留菌也是促进耐药质粒传播的“种子”，说明消灭残余在不同组织中的持留菌，是减少抗生素耐药质粒传播的重要策略。

抗生素耐药性耐药质粒鼠伤寒沙门氏菌持留菌抗生素耐药性传播

肠道感染

Cell子刊：鼠伤寒沙门氏菌如何跨过肠道屏障

肠道感染 Salmonella typhimurium baceterial infections intestinal mucus mucus layer

肠道菌群-免疫系统互作

Nature子刊：肠道细菌释放的ATP影响IgA的抗感染作用

肠道菌群与宿主免疫系统存在复杂的互作。小肠派尔集合淋巴结中产生的T细胞依赖性IgA对菌群有显著影响，而本研究发现肠道菌群释放的ATP也会影响小肠中IgA的抗感染效果，缺少细菌外泌ATP可提高IgA对于活菌/灭活抗体的高亲和性免疫响应。该结果对研究菌群-免疫互作、开发疫苗等均具有参考价值。

肠道菌群-免疫系统互作细菌外泌ATP IgA

凝集反应

Nature：应对密度低但致病的肠道病原菌，看IgA的！

昨天上线的Nature新文，很酷，所以提前特别推荐。

凝集反应高亲和力IgA Claire Immediato Daïen Laurence Macia

溶原性转换

Science：沙门氏菌之间噬菌体转移的机制

这是一篇重要的关于噬菌体转移的文章，强烈推荐阅读。

溶原性转换细菌毒性

抑菌凝集素

Cell子刊：抑菌凝集素RegIIIβ延长病原体定殖和肠病持续时间

应对肠道致病菌感染的抑菌凝集素RegIIIβ，不仅杀灭特定病原菌，也杀灭一些肠道共生菌，比如拟杆菌，这使得在一些病原菌感染的时候，它会延长病原菌持续定殖以及肠病持续的时间，而补充特定拟杆菌或维生素B6能加速肠道病原体的清除，并缓解肠病。很值得一看的文章，看完必有收获。

抑菌凝集素 RegIIIβ 沙门氏菌维生素B6 拟杆菌

抗生素

Cell子刊：沙门氏菌感染造成肠粘膜损伤的分子机制

沙门氏菌感染造成的急性肠病通常在4-7天后恢复，但抗生素处理并不会加快恢复过程，这涉及到急性沙门氏菌感染诱导的IFN-γ对疾病恢复的延迟。分子机制的研究，有点深，却可以看看，涨知识。

抗生素沙门氏菌 IFN-γ 粘膜炎症 Weichen Bao