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Tao Zhang
文章数:6篇
肠道菌群
张涛+贾慧珏:Nature子刊揭示肠道菌群与血液代谢物间的因果关系
肠道微生物组与人体的生理状态和疾病密切相关,但这些关联是否具有因果关系仍存争议。Nature Genetics最新发表了深圳华大生命科学研究院张涛和贾慧珏作为共同通讯作者的研究,收集分析了3432名中国人的全基因组、粪便宏基因组、人体测量学和血液代谢物数据,通过M-GWAS以及双向孟德尔随机化分析,鉴定出肠道微生物组(如特定微生物分类单元及菌群功能)与血液代谢物水平之间的潜在因果关系,为进一步揭示菌群与表型和疾病关系以及潜在干预方法,提供了新的证据和假说。
肠道菌群
孟德尔随机化
血液代谢物
微生物组全基因组关联分析
宿主基因组多态性
刘小敏+张涛+贾慧珏:基因决定口腔微生物组组成
人类口腔内有超过十亿的口腔微生物组,这些微生物不仅仅在口腔中发挥重要的作用。而且可以通过吞咽的方式进入消化道的其他位置,例如肠道,从而影响肠道微生物组,对人体的健康产生重要的影响。多个宏基因组研究均提示,口腔微生物组与风湿性关节炎、结肠癌、2型糖尿病等疾病有一定的关系。肠道微生物组的研究发现,人类遗传因素与肠道微生物组组成具有相关性。但是,高度动态变化的口腔微生物组是否也与宿主遗传因素具有一定的相关性呢?这一问题目前尚没有证据证明。近期深圳华大生命科学研究院刘小敏、张涛和贾慧珏作为共同通讯作者,在Cell Discovery上发表的最新工作,首次通过大样品基因组测序探索了宿主基因组对口腔微生物的影响,发现了5个影响口腔微生物组的显著性位点,并应用人工智能学习的方法探索了基因组和微生物对牙周疾病的预测性能,取得了较好的结果。
宿主基因组多态性
宏基因组关联分析
miRNA
机器学习
口腔菌群
口腔微生物组
揭著业+贾慧珏:人类口腔微生物基因组目录
华大基因的揭著业、贾慧珏与团队近期在Genomics, Proteomics & Bioinformatics上发表文章,阐述并提供了一个人类的口腔菌群基因组参考,高度代表未用于基因组装,可以促进细菌培养、功能筛选、疾病诊断和基于口腔微生物群的调节的宏基因组样本。值得专业人士仔细阅读。
口腔微生物组
宏基因组组装基因组(MAGs)
研究论文
遗传-菌群互作
张涛+贾慧珏+侯勇:深度剖析中国人的遗传-菌群关联
人体遗传因素在一定程度上能影响肠道菌群的组成和功能,但相关研究尚未充分开展。Cell Discovery近期发表了深圳华大生命科学研究院张涛、贾慧珏、侯勇与研究团队的成果,纳入近1300名中国人,首次通过深度的全基因组和宏基因组测序,分析了宿主遗传(常见变异、罕见变异和拷贝数变异)与肠道菌群之间的关联,并首次揭示了这些关联中的性别差异。这些发现对于研究宿主遗传因素对肠道菌群的影响及其在健康与疾病中的作用,有重要参考意义。
遗传-菌群互作
微生物组全基因组关联分析
性别差异
精神分裂症
马现仓+贾慧珏等:精神分裂症患者的肠道微生物组特征
肠道菌群可作用于肠脑轴,与神经疾病的发生存在密切关联。Nature Communications最新发表了来自西安交大一附医院马现仓团队和华大基因贾慧珏团队等的合作研究,鉴定出精神分裂症相关的人肠道微生物组的组成和功能特征,为进一步研究其发病机制和治疗方法提供了新线索。有兴趣的读者不妨结合阅读一下他们团队去年发表的一篇相关论文(https://www.mr-gut.cn/papers/read/1099252167),会有更多收获。
精神分裂症
Risk factors
schizophrenia
宏基因组关联分析
肠道微生物组
菌群-肠-脑轴
马现仓+贾慧珏等:肠道菌群异常可影响色氨酸代谢,促进小鼠精神分裂症状
Molecular Psychiatry最新发表了由西安交通大学附属第一医院马现仓和华大基因贾慧珏等主导的研究,用粪菌移植等方法表明肠道菌群异常可促进精神分裂症,一定程度上与菌群引起的色氨酸代谢异常(色氨酸-犬尿氨酸-犬尿喹啉酸通路上调)有关,提示菌群-肠-脑轴在精神分裂症中的重要作用。
菌群-肠-脑轴
精神分裂症
粪菌移植
小鼠
色氨酸代谢