Karoline Faust

营养缺乏影响肠道细菌种间相互作用

细菌的生长常常会改变环境，进而影响细菌之间的种间相互作用。近日，发表在ISME Journal上的这篇文章，利用含有粘蛋白珠的体外批量系统来模拟动态宿主环境并研究其对两种丰富且普遍的人类肠道细菌（多形拟杆菌&肠罗斯氏菌）之间相互作用的影响，发现营养缺乏影响其相互作用动态，表明了解细菌代谢策略以在不断变化的条件下有效调节微生物动态的重要性。

肠道菌群

Cell子刊：人体肠道菌群的代谢模型（观点）

人体肠道是一个复杂的生态系统，上百种微生物物种构成肠道菌群，并与人类宿主相互作用。肠道微生物组的数学模型整合了人们对肠道生态系统的认识，并有助于建立假说来解释对肠道的观察结果。广义的Lotka-Volterra模型已被广泛应用，但该模型没有考虑菌群间动态的生态相互作用，无法解释肠菌的代谢灵活性。最近，明确描述肠菌代谢物产生和消耗的模型逐渐流行。Cell Systems近日发表观点文章，对目前的肠道菌群代谢模型进行总结，梳理了这些模型在人类肠道微生物组研究中的应用，探讨了它们目前面临的挑战和未来的发展方向。

肠道菌群观点数学模型代谢模型微生物群落代谢模型

合成菌群

多种技术评估合成菌群的动态变化

在良好控制条件下生长的合成群落是解读驱动群落动态的机制的重要工具，但随机性对肠道群落动态的影响程度尚未确定。Gut Microbes发表的研究，试图用一个自动发酵系统来解决这个问题，该系统允许有更多的生物重复，以研究确定的人类肠道群落的动态变化，并通过流式细胞仪获得总细胞数。结果表明，用16S rRNA基因测序法评估的合成群落中观察到的变异性，主要是由于技术变异性造成的。在HPLC和流式细胞仪数据中看到的低变异性表明这是一个高度确定的系统。

合成菌群动态变化 16S rRNA基因测序流式细胞术 HPLC

肠道病毒组学

PNAS：认识新生儿肠道病毒组变化规律

发表在《PNAS》上的一项针对健康新生儿的长期随访研究发现，新生儿肠道病毒组变化具有一定的规律。既往的研究更多关注的是细菌组，而忽略了真菌和病毒的存在。这项研究为揭示健康婴儿肠道菌群变化规律，为进一步研究婴儿肠道微生物群变化的影响因素提供有价值的科学数据。

肠道病毒组学研究论文新生儿

肠道菌群

揭秘婴儿肠道菌群演变史

肠道菌群儿童菌群演变

菌群数据

Nature子刊：使用mako快速灵活地分析关联的菌群数据

本研究，作者展示了 mako（微生物关联目录），其能够从菌群数据和元数据快速简单地构建网络数据库。Mako 通过基于语义网络本体的数据库模式提供标准菌群格式和 Neo4j 图数据库之间的接口，该软件包包括一系列与 Neo4j 数据库和基于模式的查询语言 Cypher 交互的方法，只需要基本的计算技能。此外，mako 包括一个 60 个从 QIITA6 下载的独立数据集衍生的精选数据库，QIITA6 是一个用于托管微生物研究的平台，有助于进行这种规模的宏分析。

菌群数据图形数据库网络数据库宏分析图形用户界面

人类肠道菌群

Nature子刊：定量揭示人肠道菌群的变化性——对临床研究有何影响？

人肠道菌群不仅具有个体间差异，在同一个体内也呈现随时间的动态变化。Nature Communications近期发表研究，对20名比利时健康女性进行为期6周的密集式粪便采样，对共713个样本进行定量分析，在菌属水平上揭示了个体内和个体间的肠道细菌绝对丰度和相对丰度的变化性，还从菌群整体（肠型）的角度进行了分析，并探索了与菌群组成变异性相关的宿主协变量。鉴于菌群的这种波动性变化，该研究强调了多次采样对基于微生物组的靶标鉴定和诊断筛查的重要性。

人类肠道菌群临床微生物组分析菌群变化

微生物生态学

Nature Reviews：合成生态学助力人肠道菌群研究（综述）

肠道菌群是一个复杂的生态系统，目前人们对于菌群内不同成员之间的互作关系和机制，仍然所知甚少。用合成菌群作为模型，有助于解决这一问题。Nature Reviews Microbiology近期发表了由比利时鲁汶大学Jeroen Raes主导的综述，详细阐述了人类肠道菌群的合成生态学研究所涉及的3个主要方面，并依次分析了每方面的研究现状以及所需要解决的问题。

微生物生态学合成生态学肠道菌群 Joanna Aldoori Mark A Hull

皮肤菌群

评估个人护理产品对皮肤和口腔菌群扰动的安全性（综述）

2016年10月英国的一个为期2天的研讨会上，31位专家对靶向皮肤和口腔微生物组的个人护理产品的安全性考虑因素等问题进行了探讨，并将相关讨论内容发表在Clinical Microbiology Reviews上，推荐专业人士关注。

皮肤菌群口腔菌群个人护理用品安全性微生物组扰动

肾病晚期

肾病末期患者的肠道菌群

来自Gut的一篇通讯短文，对17例肾病末期患者的肠道菌群组成进行纵向追踪分析，发现患者的菌群组成缺少共性特征，但特定尿毒症毒素水平与特定肠道菌存在关联，特别是对甲酚偶联物（pC）和硫酸吲哚酚（IxS）。对比pC高而IxS低的患者与pC低而IxS高的患者，发现二者菌群存在显著差异，说明肾病患者的菌群比较多变，或许不易找到通用的菌群干预疗法。

肾病晚期 INTESTINAL BACTERIA INTESTINAL MICROBIOLOGY 肠道菌群 Junjun Wang

微生物网络

如何从微生物网络的“毛线球”中理出头绪（综述）

微生物网络是一种越来越流行的研究微生物群落结构的工具。它整合了多种类型的信息，可代表系统级行为。解释这些网络并不简单，网络属性的生物学含义尚不清楚。FEMS Microbiology Reviews就网络的构建、解读、验证等作出详细解读，值得专业人士特别关注。

微生物网络生态网络枢纽物种环境因素

生物信息学工具

菌群时间序列数据分析的新方法

生长速率、种间互作、随机过程和物种迁移等都会影响菌群的动态，这些因素的不同导致群落模型的适用性上存在差异，并可能影响种间相互作用关系的确定。一个新工具可以区分时间序列数据的噪音类型，帮助确定微生物动态的驱动因素，指导互作网络的构建。

生物信息学工具时间序列互作网络 R语言群落组装

集合群落

ISME：菌群群落类型的多稳定性与起源

微生态学文献一篇，值得认真体会阅读。

集合群落 toy模型多稳定性

菌群动力学

Nature：菌群动力学，就是菌群的游戏规则！

要了解菌群，首先要知道它们的游戏规则，本文结合http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1045736332来看，帮助你深入了解菌群动力学。

菌群动力学宿主-菌群相互作用宿主-菌群互作 Maayan Levy Christoph A Thaiss

健康人菌群

Science：健康人的菌群长啥样？

① 整合分析比利时佛兰德斯肠道菌群计划（FGFP）、荷兰LifeLines-DEEP研究计划数据和全球数据库，共3948份健康人群粪菌数据；② 总共发现664属，其中Alistipes，梭菌属IV，副拟杆菌属和来自于放线菌门的14个菌属为核心菌群；③ 69个临床和问卷调研的协变量被发现与微生物组成变化相关：大便性状对菌群影响最大，药物治疗是影响粪便菌群发生变化最大因素；④ 出生方式等幼年期事件不影响成年菌群组成；⑤ 发现了一些能作为疾病生物标记的细菌属。

健康人菌群正常菌群核心菌群疾病指针 Chenhong Zhang