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文章数：11篇

菌群关系变化

刘星吟团队：新的鉴定和量化菌群关系变化的分析框架—PM2RA

南京医科大学刘星吟教授课题组在Genomics, Proteomics & Bioinformatics杂志上在线发表了文章，借鉴工业领域监测变量之间关系一致性的方法，提出了一个鉴定和量化菌群关系变化的分析框架（PM2RA），以检测和量化各种条件下菌群中的关系变化。PM2RA无需构建共现网络，可直接比较不同条件下菌群关联的变化。为了方便临床医生以及没有生信基础的科研人员使用该软件进行两种状态下菌群关系的变化分析，PM2RA提供在线分析工具及单机版软件 http://www.pm2ra-xingyinliulab.cn/。

菌群关系变化整体监测共现网络人类疾病鲁棒性

于君团队：肿瘤内的菌群是不均一的，且与大肠癌变相关

结直肠癌（CRC）中存在肠道菌群失调，具核梭杆菌等细菌可促进CRC的发生发展。然而，肿瘤内的菌群组成和特征及其与CRC进展的关系尚不清楚。香港中文大学于君团队近期在Gastroenterology发表重要研究，首次揭示了结直肠腺瘤和CRC中的肿瘤内菌群异质性，及其与CRC进展和CRC相关基因突变的关系。这些发现为研究肠道菌群在CRC中的作用和机制提供了新的视角。

瘤内菌群结直肠癌异质性 colorectal cancer colorectal carcinogenesis

R包microeco：微生物组扩增子数据统计和可视化

基于高通量测序的群落数据分析分为前期的生物信息学分析和后续的统计分析，后续的分析则更注重于统计方法的使用和结果展示的快速性和灵活性。目前来看，依然缺少全面、简洁、快速的后续分析软件包。本文中提到的R语言包microeco 基于R6 class开发，整合了多种微生物群落生态学中常用的分析方法，归类成每个模块，以方便学习和使用，并研发了多种分析方法，同时提供了详细的教程，软件包已上传至CRAN，建议安装Github的更新版本。安装方法和使用教程等详见Github链接：https://github.com/ChiLiubio/microeco

共现网络差异丰度检验多样性环境因子功能分析

南农大：沃尔巴克氏菌改变灰飞虱微生物群落的机制

南京农业大学洪晓月团队在Microbiome上发表的一项研究，揭示了入侵的沃尔巴克氏共生细菌改变灰飞虱微生物群落结构的机制。近年来，微生物对昆虫的影响受到越来越多的关注，但是影响微生物群落结构的因素在很大程度上仍是未知的。该论文从群体遗传学的视角，研究了中国和日本17个地理种群的灰飞虱体内微生物群落结构变异与环境因子、宿主遗传背景的关系，揭示了影响灰飞虱微生物群落的潜在因素，为研究昆虫微生物群落的形成机制提供了新思路，对研究微生物对昆虫的影响有重要参考价值。

昆虫菌群 Laodelphax striatellus microbial community endosymbiont Microbial interactions

华科宁康团队：一个快速、准确的微生物群落结构搜索利器——Meta-Prism

华中科技大学宁康教授课题组在Briefings in Bioinformatics发表论文，介绍了一款新的微生物群落结构搜索利器：Meta-Prism。这一款主要由 C++ 和 CUDA 语言创作的工具采用了双向索引（dual index）、一个新的打分函数和 CPU/GPU 并行计算等技术，使得在大数据库中快速搜索和样本结构差异比较的速度较过去的 Meta-Storms 等算法快 10 倍以上。

宏基因组生物信息学算法 microbial community community structure search dual indexing

宏基因组仿真数据生成软件：CAMISIM

CAMISIM是特别为生成宏基因组和菌群测序仿真数据而设计的软件。该软件生成的数据集，可用于评测不同宏基因组分析工具的性能，指导软件使用时的参数设置，优化分析流程等。

宏基因组 Benchmarking CAMI Genome binning Metagenome assembly

上呼吸道菌群

上呼吸道菌群与疾病，仍缺少机制和因果性研究

这篇JACI的社论对同期发表的两项鼻腔菌群与疾病关联的研究进行总结和评论，指出目前的上呼吸道菌群研究仍停留在观察性和关联性阶段，缺乏机制和因果性研究，缺少合适的动物模型是原因之一。

上呼吸道菌群 Rhinitis Chronic rhinosinusitis sinusitis atopy

合成菌群结合数据建模解码肠道菌群互作

菌群内复杂的互作网络制约了对肠道菌群结构和稳定性的解读。本研究通过人工合成的肠道菌群，利用数据建模研究菌群互作关系，发现了菌群动态变化的主要驱动因素和维持菌群稳态的主要互作模式，对研发菌群干预手段、建立稳定的合成菌群都有参考价值，值得专业人士关注。

数据模型菌群相互作用菌群稳定性合成菌群 Ecology

生物反应器

CEJ：高盐有助于去除污水中的耐药基因及细菌

这是南京大学团队发表在Chemical Engineering Journal[IF：6.216]上的污水处理厂相关耐药基因和耐药细菌的研究，发现高盐状态下，细菌群落和耐药基因都会降低。推荐专业人士好好读读。

生物反应器抗生素耐药基因污水处理 Salinity Antibiotic resistance genes

微生物工程

New Biotech：理解微生物组互作，更好实现工程化（综述）

这是一篇关于通过更好理解微生物组成员之间的相互作用，以更好推动微生物工程化利用的综述。值得关注微生物组转化的专业人士精读。

微生物工程 microbial community microbial engineering microbial resource management Molecular techniques

FM：盲肠菌群和粪便菌群很不同

绝大多数的“肠道”菌群研究，用的分析样本是粪便，事实上从盲肠到直肠，空间距离很长，菌群也是有区别的，这项研究的结果也证明如此。

gut microbiome metabolic pathways metagenomics Metaproteomics microbial community