Cell Host & Microbe 1月份微生物组专辑

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Cell Host & Microbe 1月份微生物组专辑

文章数：13篇

人体微生物组

Cell子刊：在健康和疾病中，如何个体化利用微生物组？

以色列魏兹曼科学研究所的Eran Segal、Eran Elinav和团队的重要综述：① 特别讨论：个性化了解每个人的微生物组成和功能，如何能促进个性化诊断、风险评估、疾病预防、疗法决策和患者随访；② 分析相关领域有什么局限性、误区和挑战；③ 探讨通过营养、益生元、益生菌、代谢产物的干预都有什么办法可以调控微生物组。

人体微生物组个性化健康个性化医疗

Cell子刊：利用单细胞成像“看到”肠道菌群的分布

① 提出一套成像与分析软件（BacSpace）结合系统，实现肠道菌群空间分布的高分辨率、高通量定量；② 应用该系统量化定植人肠道微生物的无菌鼠饮食改变对黏液层、肠道菌群、宿主表达影响；③ 饮食中缺乏微生物可接触的碳水化合物（MACs）导致黏液变薄，细菌更接近上皮细胞；④ MACs缺乏改变肠道菌群空间结构（聚类和混合度）、提高小肠炎症标志蛋白REG3β表达；⑤ 量化幽门螺杆菌侵入小鼠胃腺与宿主有丝分裂祖细胞相关性，说明该方法具有通用性。

空间结构定量成像

Cell子刊：炎症/抗生素/饮食如何改变克罗恩病儿童的菌群？

① 跟踪接受肠内营养或抗TNF-α治疗的克罗恩病儿童，并分析其粪便中细菌、真菌、古细菌和病毒的动态变化；② 肠道菌群的变化与炎症、抗生素的使用和治疗独立相关，抗生素的使用与细菌失调和真菌增加有关，而肠道炎症的减少可改善这种紊乱，此外，真菌比例还随病情进展而增加；③ 饮食对肠道菌群组成有独立而快速的影响，且不同于其他应激引起的变化，可有效降低炎症；④ 炎症、饮食和抗生素对菌群紊乱的影响可为儿童克罗恩病的治疗提供思路。

抗生素儿童克罗恩病饮食疗法

Cell子刊：利用口腔微生物来预测龋齿

① 对50个4岁学龄前儿童菌斑和唾液中的微生物进行了2年的跟踪；② 微生物的变化早于ECC临床症状的发生，在发病期间，菌斑和唾液微生物的变化与ECC严重程度（dmfs）比与进展更相关；③ 通过区分随年龄和随疾病发展变化相关的微生物类群，并利用发病和进展之间不同的微生物动态变化，开发了一个模型，该模型可根据龋齿微生物指标，以 70% 的准确率从健康样本中诊断 ECC，并以 81% 的准确率预测临床认为健康的样儿童的未来ECC发病情况。

幼儿龋齿口腔微生物龋齿预防

鼻咽微生物

Cell子刊：婴儿鼻咽菌群直接影响呼吸道疾病严重程度

科学家通过分析孩子鼻咽微生物的组成，发现：① 婴儿的鼻咽微生物的组成不太复杂，由6个属组成；② 具体由哪些种类构成它们，决定了孩子是否容易被感染以及感染的严重性；③ 早期链球菌的定殖与哮喘风险的增加有关；④ 抗生素的使用会干扰微生物的定殖。

鼻咽微生物链球菌呼吸道感染哮喘 Katrine Whiteson

Cell子刊：菌群如何控制大脑发育、功能和行为？（综述）

① 肠道菌群可调节营养和新陈代谢，对免疫系统的发育和功能发挥至关重要，还可以影响神经系统，改变行为方式；② 肠道菌群可通过直接激活迷走神经、产生的代谢物进入循环系统、影响免疫系统等方式，将信号传递至中枢神经系统；③ 碳水化合物由肠道菌群转化为短链脂肪酸来保护血脑屏障，防止有害物质进入大脑；④ 肠道菌群产生的微生物相关分子模式可以激活外周免疫释放细胞因子，透过血脑屏障，影响小胶质细胞，作用于神经元而导致疾病或抑郁。

神经系统血脑屏障精神疾病免疫系统 Leonardo Mancabelli

肠黏膜屏障

Cell子刊：IBD中微生物和宿主的相互作用（综述）

关于炎症性肠病（IBD）的重磅综述，系统性介绍了：① 微生物是如何通过改变微生态结构、破坏肠黏膜屏障、调节固有和获得性免疫以及中枢神经系统功能失调来引发肠道疾病的；② 这篇综述的论述对象是IBD，但对于环境性肠下垂以及慢性溃疡引发的大肠癌也有指导意义。

IBD 肠黏膜屏障免疫中枢神经系统肠下垂

过敏和哮喘中的微生物群以及它们与肠道微生物组的关系

关于过敏、哮喘与呼吸道、肠道微生物关系的必看综述！系统介绍了在哮喘和过敏性疾病的开始、发作和好转过程中呼吸道、肠道和环境微生物的角色。虽然依旧是一个研究刚起步的领域，但已有数据支持：靶向呼吸道和/或肠道微生物，可以作为预防或管控过敏性哮喘和其他以获得性免疫功能障碍为特征的疾病。

过敏哮喘肠道微生物

Cell子刊：抗生素对儿童肠道菌群和健康到底有何影响？

① 流行病学数据表明，生命早期使用抗生素与成年后疾病表型间存在关联；② 综合目前有关抗生素、菌群失调和疾病的知识，提出了研究儿童抗生素相关菌群失调的框架；③ 建议抗生素对菌群作用研究中重点关注四种类型的失调：关键分类群的缺失、多样性的降低、代谢能力的变化及病原体的大量繁殖；④ 建立庞大而多样的基线队列来定义健康婴儿菌群的发展，对于诊断、解释和治疗儿童菌群失调至关重要，有助于为婴儿期抗生素的使用提供循证建议。

抗生素儿童肠道微生物 Martial Marbouty Romain Koszul

婴儿肠道微生物

Cell子刊：出生第一年，人的肠道菌群会怎么变？（综述）

① 纳入98对母子，并对其出生后第一年的肠道微生物进行测定；② 与经阴道分娩的婴儿相比，剖腹产婴儿的肠道微生物群与母亲肠道微生物群的相似性明显降低；③ 营养和外源代谢的变化标志着肠道微生物群的成熟；④ 营养对早期微生物群的组成和功能有重大影响，停止母乳喂养对于婴儿肠道微生物转变为成人样微生物群是必需的，而引入固体食物是非必需的；⑤ 微生物群落的组成和生态网络在每个采样阶段都具有不同的特征，与微生物群落的功能匹配相一致。

婴儿肠道微生物母乳喂养

一型糖尿病

Cell子刊：易感一型糖尿病婴儿的肠道菌群动态变化

① 对33个具有I型糖尿病（T1D）遗传倾向的婴儿进行肠道微生物组分析；② 尽管特征物种的菌株组成在个体间是高度可变的，但在整个婴儿期内，高丰度的菌株组成在个体内是稳定的；③ 婴儿期肠道微生物的代谢组成和代谢途径的丰度相对稳定；④ 血清转化后，T1D发病前的这段时间，婴儿的肠道菌群α多样性显著下降，炎症相关的有机物、基因功能以及血清和粪便代谢物增加。

一型糖尿病婴儿肠道微生物 Anja Pomowski Isabel Uson Zuzanna Nowakowska

重新思考“肠型”

肠型这个概念的提出，提供了一个可靠的框架让人们更多理解健康和疾病人群的微生物多样性。但自从2011年第一次提出肠型后，不断有新的科学家尝试用新的数据方法来研究多样性，越来越多的方法认为，多样性不是只有三种，而是连续的。Rob Knight这篇文章系统性介绍了相关研究和方法。

肠型微生物多样性 Erin M Hill-Burns Haydeh Payami

人类微生物组计划二期

人类微生物组计划二期：在人类健康和疾病各个阶段的微生物-宿主组学数据的动态分析研究

综合性人类微生物组计划，iHMP，也称人类微生物计划二期，到底会研究一些什么，都有谁参与，是怎么分工的，这篇文章介绍得很详细。iHMP重点关注三大领域：早产儿、炎症性肠病和二型糖尿病，将会利用各种组学工具全面而深入地进行长期研究并将有关数据开放用于后续研究。

人类微生物组计划二期早产 IBD 二型糖尿病 Wafaa Qasem