Julian Parkhill

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Julian Parkhill

文章数：15篇

肉芽肿性多血管炎

肉芽肿性多血管炎患者的鼻菌群变化

先前研究发现，肉芽肿性多血管炎患者的鼻菌群中金黄色葡萄球菌增加，且后者的定殖与疾病复发风险增加相关。来自Microbiome上发表的一项横断面研究，分析鉴定出了肉芽肿性多血管炎患者的鼻菌群组成及功能的变化，发现活动性肉芽肿性多血管炎患者的鼻菌群以金黄色葡萄球菌增加及表皮葡萄球菌减少为特征。

肉芽肿性多血管炎 ANCA GPA metagenomics Microbiome

Nature：健康人类胎盘可能没有菌群

胎盘有无菌群是很有争议的话题，此前有研究显示胎盘中可能存在菌群，且菌群组成可能影响妊娠结局，但也有研究认为这些菌群可能是来自试验污染。Nature最新发表了来自剑桥大学的研究，用严格的实验设计（包括不同的分娩和取样方式、阴/阳性对照、多种DNA提取和测序方法等），对500多个胎盘样本进行检测，表明绝大多数胎盘在分娩前应该都是无菌的——几乎所有的胎盘细菌信号都能找到其污染来源。唯一例外的是一种叫做无乳链球菌的致病菌，确实存在于很小比例的胎盘中，但与不良妊娠结局没有显著关联。这些结果为“胎盘无菌群”添加了一枚很有分量的砝码，也提示正常情况下人肠道菌群的最初定植恐怕不是发生在子宫内。

胎盘菌群 Infectious-disease epidemiology metagenomics microbial ecology Microbiome

危重病儿童

危重症儿童的肠道菌群和代谢功能失调

《Critical Care Medicine》发表的一项最新研究，分析了危重症儿童的肠道菌群以及尿液和粪便代谢谱的特征，鉴定出与菌群相关的代谢物变化，或可作为标志物用于患儿肠道失调的诊断和治疗。

危重病儿童肠道失调标志物粪便代谢组尿液代谢组

真核微生物

异常妊娠结局与胎盘中的真核病原体无关

Microbiome上发表的一项研究，对比了异常妊娠结局及健康分娩者胎盘样本中3种真核病原体：恶性疟原虫、酿酒酵母及刚地弓形虫，发现所使用的方法无法检测到胎盘中的上述真核病原体。

真核微生物 18S rRNA gene Fetal growth restriction infection Placenta

菌群分析方法

Nature子刊：甄别试剂中的菌群污染

试剂中的菌群会对样品菌群造成污染，很可能会对后期菌群分析造成显著影响。本文总结了试剂菌群污染的特点，并从生态学、实验设计、数据分析等多个角度提出了一系列甄别试剂污染、排除试剂菌群干扰的方法，对菌群分析，尤其是低丰度菌群样本分析具有重要的参考价值，值得专业人士关注。

菌群分析方法试剂污染 Masoud Zamani Esteki Thierry Voet Joris Robert Vermeesch

Microbiome：肠道菌群的早期发育或可预测乳糜泻

乳糜泻是一种免疫性疾病，或与肠道菌群相关。上周Microbiome[IF：8.496]上线的一项研究，分析了乳糜泻高风险婴儿在婴儿期的肠道菌群和免疫指标变化，并跟踪之后5年的患病情况。研究者发现，婴儿期肠道菌群和免疫指标的异常变化，早于乳糜泻发病。虽然仍需进一步验证，这一发现有助于建立菌群-免疫-乳糜泻的因果关联，值得关注。

Microbiome：肠道菌群的早期发育或可预测乳糜泻

乳糜泻是一种免疫性疾病，或与肠道菌群相关。上周Microbiome[IF：8.496]上线的一项研究，分析了乳糜泻高风险婴儿在婴儿期的肠道菌群和免疫指标变化，并跟踪之后5年的患病情况。研究者发现，婴儿期肠道菌群和免疫指标的异常变化，早于乳糜泻发病。虽然仍需进一步验证，这一发现有助于建立菌群-免疫-乳糜泻的因果关联，值得关注。

乳糜泻肠道菌群发育 Celiac disease HLA genes INTESTINAL MICROBIOLOGY

IBD：NOD2基因突变对粪便菌群无显著影响

NOD2是一种细胞内模式识别受体，其基因变异与克罗恩病有关。近期Inflammatory Bowel Diseases[IF：4.525]发表的研究分析了人体中NOD2基因型与粪便菌群的关系，未发现二者有显著关联，推测NOD2变异可能仅在黏膜水平影响疾病。推荐专业人士关注。

克罗恩病 NOD2基因突变 NOD2基因 Nod2 microbiota

全基因组关联分析

Nature Reviews：人GWAS的经验教训对微生物GWAS有何启发？

这是Nature Reviews Genetics [IF：36.978] 上关于GWAS的一篇重要综述，从对人的GWAS出发，介绍微生物GWAS要注意的方方面面，非常值得一读。

MWAS GWAS 全基因组关联分析 Vasanti S Malik Frank B Hu

金黄色葡萄球菌

通过全基因组测序对欧洲人体内的侵入性金黄色葡萄球菌感染进行监视

① 综合分析来自全欧洲的308个入侵性金黄色葡萄球菌的全基因组测序数据； ② 基于基因信息鉴定出一些毒性及耐药性高危克隆； ③ 模拟预测耐药性与表型检测可靠性一致； ④ 为未来分子流行病学监测提供了策略； ⑤ 关键的是大规模有组织的调查、全基因组测序、社区导向性数据及分析工具。

金黄色葡萄球菌全基因组测序欧洲 Bethany L Dearlove Bethany L Dearlove

肺囊性纤维化

呼吸道菌群对肺部恶化及后续抗菌药物干预的抵抗力及恢复力

① 囊性纤维化（CF）的肺部症状始于早期，并伴随着慢性肺部感染及导致肺功能逐渐丧失的气道炎症；呼吸道炎症；② 肺功能渐进下降导致呼吸系统症状急性加重，即囊性纤维化的肺部恶化（CFPE），而CRPEs与疾病进展加快有关；③ 收集病人CFPE前、CFPE、抗生素治疗、恢复、CFPE后五个临床阶段的呼吸道菌群信息；④ CF呼吸道菌群对CFPE的复合耐药性及对抗生素干预的恢复力；⑤ 整个恶化周期中，铜绿假单胞菌的相对丰度没有显著变化。

肺囊性纤维化呼吸道菌群 Donald E Ingber Donald E Ingber

功能基因组学

对213株乳杆菌及其相关菌属进行比较基因组学研究扩展乳酸杆菌的生物应用潜力

① 乳酸菌的代谢多样性、种属不明确、与其他重要的乳酸菌之间关系的不确定性，使得开发利用乳酸菌变得复杂，且乳酸菌催化的生物转化能力尚未开发；② 发布213株乳杆菌及其相关菌属的基因组序列，发现73个核心基因，描述修饰碳水化合物和蛋白质的编码基因目录；③ 乳酸杆菌有广泛且多样性的新CRISPR-Cas免疫系统，可用于基因编辑；④ 揭示乳酸杆菌在自然和工业环境的宿主相互作用因子和细菌素的系统基因组学分布，及工艺过程中承受压力的机制。

功能基因组学乳杆菌

【耐药专题】Nature子刊：耐药性肺结核在俄罗斯人群中的进化与传播

① 对1000名俄罗斯肺结核患者体内的结核分枝杆菌进行全基因组测序，2/3属于北京谱系并主要由2个均匀演化支组成；② 48%的结核分枝杆菌分离株中发现了多重耐药性基因型，占据了主要演化支的87%；③ 最常见的rpoB突变与rpoA或rpoC中的补偿性突变相关，并鉴定出了一种新的基因内的补偿性突变；④ 广泛耐药性菌株占了16%，在卡那霉素治疗的压力下，65%的菌株含有eis突变。

肺结核多重耐药性

Science：利用细菌来对抗肥胖

这是2013年Science上介绍同期Gordon实验室历史性研究成果的文章，最近很多人找这篇文章里的图，MC系统专门编发这篇文章，非常值得一看！

肥胖无菌小鼠胖瘦双胞胎 Shazhan Amed Paolo Pozzilli

人肠道宏基因组

Nature：在人类肠道中鉴定出330万个微生物基因（2010）

经典回顾，这是MetaHIT抢在HMP团队之前在Nature上发出的第一个重量级阶段性研究成果，也是覃俊杰博士的成名之作，迄今被引用次数已近4000次。

人肠道宏基因组 Jacques Ravel Jacques Ravel