Jacques Ravel

阴道菌群淀粉酶糖原降解

在既往的认识中，绝经期的女性，或性激素水平紊乱的女性，如多囊卵巢综合征的女性的阴道菌群结构紊乱。这种紊乱是否可以随着口服雌孕激素的调节而改善并不清楚。本研究创新性地构建了为期2年的纵向队列，发现口服避孕药确实可以改善阴道菌群结构，并保持菌群结构的稳定。本研究具有较大的临床意义。

口服避孕药研究论文阴道菌群雌孕激素乳酸杆菌

阴道菌群

人体器官芯片技术助力阴道菌群研究

虽然人体阴道菌群结构相对简单，但是目前还没有很好的模型能够复现人体的阴道菌群微环境，限制了阴道炎相关药物的研发和阴道上皮-菌群相互作用的机制研究。近年来，随着人体器官芯片技术的快速发展，借助器官模型开展菌群研究成为热点。本研究基于此，开发了阴道器官芯片，并借助该系统诠释了其在卷曲乳杆菌、阴道加德纳菌定植时菌群-宿主的相互作用。

阴道菌群研究论文器官芯片阴道微环境

阴道菌群

阴道上皮细胞要防病，乳酸作用大

本研究在人群和细胞实验中获得证据，发现阴道微环境中的乳酸或可促进阴道上皮细胞的紧密连接蛋白的表达，从而增强上皮细胞屏障的完整性。本研究为未来阴道微环境的干预提供了新的观点。

阴道菌群研究论文乳酸乳酸杆菌阴道上皮细胞

肠道通透性

新生儿肠道菌群或影响早产儿肠道屏障成熟

“肠漏”或高肠道屏障通透性问题在早产新生儿中很常见。微生物群在这一过程中的作用在很大程度上仍未得到验证。本研究通过队列设计和连续采样监测，发现肠道中双歧杆菌在其中可能发挥重要作用。未来或许可以通过肠道菌群干预预防包括坏死性小肠结肠炎在内的肠道疾病。

肠道通透性研究论文早产儿肠道屏障双歧杆菌

婴儿微生物

新生儿微生物组面面观（观点）

《Microbiome》上的一篇观点文章总结了目前学术界有关婴儿微生物组作用、剖宫产对婴儿微生物组影响的研究进展，这其中仍然有许多的问题未得到解决。本观点文章为进一步研究婴儿微生物组提供了重要的数据支撑。

婴儿微生物其他新生儿剖宫产阴道分娩

阴道菌群

Nature子刊：一文+一图读懂阴道菌群（综述）

阴道微环境与女性健康的关联巨大，发表在《Nature Microbiology》上的这篇综述详细总结了阴道菌群的特点、与疾病的关联、潜在影响因素、潜在干预措施以及未来研究的方向，是值得一读的深度好文。作者提到，前期大量流行病学证据已经揭示了很多关于阴道菌群及其与宿主健康的关系，但不幸的是，我们对观察性研究和基于测序数据的分析并不能展示其中具体机制的探讨。这些观察性研究产生了很多的科学假说，都需要在实验室进一步检验。因此，亟需一个包含阴道菌群的宫颈阴道模型，并整合基因组学、转录组学、代谢组学和免疫组学的数据开展研究。

阴道菌群综述女性

阴道菌群研究论文惰性乳酸杆菌转录组

肠道屏障不成熟，容易导致肠漏发生，是早产儿易患坏死性小肠炎的病因。肠道免疫反应加剧、肠道菌群失调和屏障损伤加剧被认为是生命早期肠道的主要诱因。过度的宿主免疫有助于这一过程，但确切的因素并未被阐明，在肠道成熟的生物学基础上留下了重大的知识空白。因此，本研究通过对40例早产儿的肠道菌群检测，揭示了肠道菌群、免疫因子与肠道通透性、母乳喂养行为等因素之间的关联。

肠道菌群研究论文早产儿免疫因子

阴道菌群

Nature子刊：动物实验证明阴道菌群在新生儿发育中的重要作用

许多研究发现阴道菌群在母婴健康中发挥重要作用。本研究通过动物实验，证明阴道菌群在新生儿生长发育、循环免疫以及转录组中发挥着重要的作用，是进一步开展阴道菌群研究的重要理论依据。

阴道菌群研究论文小鼠免疫反应

阴道菌群

尿液菌群和阴道菌群或一致性较好

随着人体微生物组学研究的火热开展，阴道菌群越来越受到重视；然而，由于阴道拭子采样的特殊性，阴道菌群研究往往受限。本研究创新性地比较了女性尿液中菌群和阴道菌群的一致性，或许未来可以直接收集尿样来反映女性的阴道菌群结构；这将给相关主题的研究带来新的突破！

阴道菌群尿液菌群研究论文女性育龄女性

三卤甲烷

自来水消毒副产物与阴道微生物免疫的关联

本研究通过人群数据研究，初步发现在非黑人人群中，自来水暴露的TTHM水平与宫颈阴道中β-防御素-2水平有关，但是暂未发现其与女性阴道菌群以及早产的关联。有待进一步的研究。

三卤甲烷研究论文氯化消毒副产物早产阴道菌群

阴道菌群

围绝经期泌尿生殖系统综合征与阴道菌群有关

围绝经期泌尿生殖系统综合征指的是雌激素缺乏对女性泌尿生殖系统(包括阴道、阴唇、尿道和膀胱)的影响所引起的体征和症状，这是困扰女性最常见的疾病之一。本研究通过探索阴道菌群与其关联，旨在为进一步预防和治疗围绝经期相关症状提供新的思路。

阴道菌群 vaginal microbiome vaginal atrophy low libido urinary incontinence

膳食纤维

膳食纤维摄入或影响女性的阴道菌群组成

女性的阴道菌群组成可分为2大类：较低的乳杆菌属水平、或以乳杆菌属为主。Clinical Nutrition上发表的一项横断面研究结果，在100多名育龄女性中，发现膳食纤维的摄入与较低的低乳杆菌属风险相关，提示膳食纤维摄入可能影响阴道菌群的组成。

膳食纤维 Diet fiber Microbiome Nutrition

艰难梭菌感染

Nature子刊：氯硝柳胺通过抑制毒素的内吞而抑制艰难梭菌感染引起的疾病

来自Nature Communications上发表的一项最新研究，发现一种抗蠕虫药物——氯硝柳胺（灭绦灵）可通过抑制结肠上皮细胞对艰难梭菌毒素的内吞过程，以预防小鼠感染艰难梭菌后的原发疾病及复发。

艰难梭菌感染艰难梭菌感染艰难梭菌毒素氯硝柳胺 Daosheng Wang

扩增子

新引物扩展 18S rRNA 测序检测范围

作者针对单细胞真核生物和寄生虫等设计了新的 18S rRNA 扩增引物，大大提高了对这些物种的检测灵敏度，有助于更全面的认识微生物组。

扩增子 18s rRNA基因高通量测序 Eukaryotic pathogens Food and water safety

单纯疱疹病毒

HSV结合IgG可在各类子宫颈阴道粘液中捕获HSV

Mucosal Immunology上发表的一项最新研究，利用单纯疱疹病毒（HSV-1）结合IgG处理不同的子宫颈阴道粘液样本，发现无论获取样本的月经周期，以及样本中的阴道菌群组成，HSV-1结合IgG均可有效地捕获HSV-1。

单纯疱疹病毒子宫颈阴道菌群被动免疫 IgG Barbara Pardini

自闭症谱系障碍

BBI：自闭症+胃肠道症状儿童的免疫及菌群变化

许多研究表明自闭症儿童的肠道菌群组成发生变化。发表在Brain Behavior and Immunity的最新研究发现，有胃肠道并发症状的自闭症儿童，免疫反应、菌群组成及代谢通路均发生了改变。

自闭症谱系障碍 ASD autism Cytokines gastrointestinal

阴道菌群

Microbiome：阴道菌群产生的过氧化氢在体内有抗菌活性吗？

先前的一些研究认为，阴道中的乳杆菌属产生的过氧化氢在体内起到了抗菌作用，但这篇文章认为，相关的研究并未真正模拟阴道内的环境，并无法证实过氧化氢在体内的真正作用。

阴道菌群过氧化氢乳酸 Peng Tang Yongliang Zhang

乳腺癌

BJC：绝经后乳腺癌是否与肠道菌群存在关联

这是近期British Journal of Cancer[IF：6.176]发表的关于绝经后乳腺癌与雌激素和肠道菌群构成的人体关联性研究，推荐专业人士参考。

乳腺癌病例对照研究菌群雌激素前列腺素

数据共享

Microbiome：需要更好地公开及共享微生物组数据

这是Microbiome[IF：8.496]以社论形式发表的评论性文章，对微生物组研究数据的共享老大难问题进行了分析，并提出解决方案。这值得专业人士好好看看。

数据共享微生物组

粪菌移植

Science：如何对菌群移植加强监管？

这是多位业内大咖在Science发表的呼吁对菌群移植（尤其指粪菌移植）加强监管的文章，学者们提出了具体的建议，值得参考学习。特别推荐。

粪菌移植监管 Kohei Shitara Kohei Shitara

胃癌

IJC：胃部菌群如何决定胃贲门癌发生及治疗？

关于胃部菌群与肿瘤发生关系的文章，值得一读。

胃癌幽门螺旋杆菌胃癌风险因子胃部菌群 16S rRNA gene

16S rRNA and cigarette smoke

Microbiome：吸烟，对口腔及鼻腔菌群有何影响？

吸烟有害健康，而吸烟有害菌群吗？这个研究看来，吸烟对口腔黏膜菌群的影响还是很大的。

16S rRNA and cigarette smoke microbiota Nasal cavity Oral cavity Johannes J M van Delden

16S ribosomal RNA gene

AOE：微生物组研究的挑战和陷阱（综述）

非常值得认真读的一篇综述，详细介绍在微生物研究的各个领域中可能遇到的挑战及陷阱。强烈推荐。

16S ribosomal RNA gene metagenomics microbiota Gary R Lichtenstein Dermot P B McGovern

阴道菌群

基因组医学：改变阴道菌群，靠谱么？

① 菌群是女性阴道的第一道防线，阴道中缺乏乳酸菌的女性面临生殖疾病和不良产科结果的风险升高；② 阴道特有的乳酸菌如L.Shifatus，L.Clayers，L.Gaseri和L.Jensenii 可通过产生乳酸和低pH（3.5-4）发挥保护作用；③ 10-42%明显缺乏乳酸杆菌的妇女，虽然被认为有泌尿生殖道感染风险，但细菌性阴道感染（BV）仍无症状，益生菌类制剂是否可以有效改善阴道菌群仍有待研究；④ 生命早期接触的菌群或对发育和维持终身健康的阴道菌群至关重要。

阴道菌群乳酸杆菌

阴道微生物

关于阴道菌群的新综述，值得一读！

①阴道微生物组成在女性的青春期、怀孕、更年期等不同时期会发生很大改变。 ②处在生育年龄的女性的阴道微生物中包含了5种不同类型的微生物群落。 ③其中4种中的优势菌群是产乳酸的乳酸杆菌。 ④另外1种中包含了厌氧菌以及严格厌氧菌，可能与某些阴道症状有关。

阴道微生物 Arun Parashar Malairaman Udayabanu

微生物组学

Microbiome：人体微生物组学的未来在哪里？

① 2013年7月24日至26日在美国马里兰州的贝塞斯达召开了题为“人类微生物组学:憧憬未来”的学术会议；② 会议汇集了人类微生物组研究领域的专家，旨在全面介绍微生物组研究的现行状态，但更重要的是确定并讨论这个新兴领域研究的不足，挑战和机遇；③ 本报告将总结一下专家演讲报告，并阐述了在继续推动并提供医学转化应用方面，人类微生物组该做什么样的研究。

微生物组学 Jing Sun Jiaming Liu

分析方法

Genome Biology：人体各部位微生物组时间序列分析

此文是微生物组时间序列分析的代表作品，截止19年8月引用700多次。同时本文中的所有作者，目前基本都成为了世界各地的知名教授也是一大亮点。此文的数据，在QIIME和QIIME 2时代，同时入选为教程中的示例数据，所以刚入行的小伙伴，有必要读一下此文了解时间序列分析的基本实验设计和分析思路。

分析方法时间序列 qiime QIIME2 Yi Duan

全基因组序列分析鉴定鼠疫耶尔森菌的全球系统发生多样性模式

① 17个全球来源的鼠疫耶尔森氏菌分离株的完整基因组分析显示进化模式几乎相同；② 筛选出286 株鼠疫杆菌的933个SNPs进行系统发育分析，推断鼠疫历史传播途径；③ 进化分析推断鼠疫杆菌的系统发育起源于中国或其附近地区，通过多种辐射传播到欧洲、南美、非洲和东南亚，并形成国家特异性的种系；④ 来自美国和马达加斯加的626和82个分离种分别反映出一种传播途径和第二次传播迹象；⑤ 鼠疫杆菌的局部微进化是以顺序性、地理上特定的SNP为特征。

Zhihong Sun Hugh M B Harris Angela McCann Chenyi Guo Silvia Argimón