粪便代谢组

炎症性肠病（IBD）是一种多因素免疫介导的肠道炎症性疾病，包括克罗恩病和溃疡性结肠炎。近日，发表在Gut上的这篇文章，通过表征粪便中的代谢物并结合粪便宏基因组学、宿主遗传学和临床特征，旨在揭示IBD中的代谢改变。发现IBD患者代谢组的变化与饮食和手术史等通常被忽视的混杂因素无关，与肠道菌群密切相关，为未来针对肠炎的干预措施提供了支持。

炎症性肠病粪便代谢组肠道菌群饮食胆汁酸

心血管代谢

陈裕明+郑钜圣Nature子刊：从代谢组推断肠菌与心血管代谢疾病关联时，需谨慎

代谢组学是继基因组学、蛋白质组学、转录组学后出现的新兴“组学”，随着相关仪器和技术的开发，多种广靶、非靶以及靶向代谢组学技术已经用于人类研究，以探索肠道菌群衍生的代谢物与心血管代谢疾病的关系。近日，中山大学陈裕明、西湖大学郑钜圣及团队在Nature Communications发表最新研究，基于1007名中老年人队列中的粪便宏基因组（149种物种和214条途径）和配对的粪便和血液靶向代谢组学数据（132种代谢物）关联分析，发现从血液或粪便代谢组数据推断微生物组与心脏代谢性疾病相关性时应谨慎，存在较多的不一致。

心血管代谢代谢组学数据研究论文基础研究肠道菌群

帕金森病（PD）

帕金森病患者的粪便代谢产物缺陷、肠道炎症和饮食

肠-脑轴广泛参与帕金森病（PD）的病理生理学。Clinical and Translational Medicine近期发表的文章，从饮食/外源性物质摄入、粪便代谢组、肠道炎症、血清细胞因子/趋化因子、临床表型（包括结肠转运时间）等方面对帕金森患者和对照进行分析，发现PD患者的临床表型或与肠道健康所必需的微生物代谢产物的缺乏有关，以及PD患者出现肠道炎症和全身炎症反应等症状。

帕金森病（PD）粪便代谢组肠道炎症全身性炎症反应

食物过敏

生命早期的粪便代谢组是否可预测食物过敏？

肠道微环境的失衡可能会增加食物过敏的风险。Allergy: European Journal of Allergy and Clinical Immunology近期发表的文章，通过对临床食物过敏、食物致敏但无临床食物过敏患者和对照进行粪便代谢组学分析，发现几种粪便代谢产物与食物过敏和/或致敏有关，包括胆汁酸、类固醇激素、鞘脂和咖啡因代谢产物。

食物过敏粪便代谢组

肠易激综合征

方晓东+卞兆祥+李帅成：IBS患者的代谢组和菌群变化

ISME Journal近期发表了广州中医药大学方晓东、香港浸会大学卞兆祥、香港城市大学李帅成作为共同通讯作者的研究，通过对两个队列共400余人的粪便和血清样本进行分析，揭示了肠易激综合征（IBS）患者中的血清/粪便代谢组的改变及其与肠道微生物组的关系。该研究强调了IBS中的血清代谢物变化或能用于临床诊断，提示代谢失调或参与了IBS的发病机理，并为理解IBS抑郁症的合并症提供了新的线索。

肠易激综合征抑郁肠道菌群粪便代谢组血清代谢组

肠道微生物组

郑钜圣、王军等：肠道菌群与新冠重症风险密切关联

2021年5月3日，Journal of Genetics and Genomics在线发表了西湖大学郑钜圣教授、郭天南教授、中山大学陈裕明教授、中国科学院微生物所王军研究员团队合作的研究论文。该研究通过结合多组学（蛋白质组、肠道微生物组及粪便代谢组）生物信息学分析，探索了肠道菌群、炎症因子以及COVID-19重症标记物间的关联。该研究为研究肠道菌群与宿主免疫之间的相互作用，评估感染COVID-19后的重症风险提供了新线索。

肠道微生物组粪便代谢组生物信息学炎症因子宿主免疫

肺结核

浙大一院：肺结核患者的肠道菌群特征和代谢变化

肠道菌群在肺结核（PTB）的发生发展中起着重要作用。浙江大学附属第一医院的李兰娟院士和徐凯进与研究团队在Microbial Biotechnology上发表文章，发现了PTB患者的肠道菌群处于失衡状态和粪便代谢组图谱的变化，提示肠道菌群和粪便代谢组或可作为预防和治疗PTB的潜在靶点。

肺结核肠道菌群粪便代谢组

神经性厌食症

厌食症患者的肠道菌群有多紊乱？

肠道菌群产生大量生物活性物质，可影响宿主脑部功能和行为，可能与神经性厌食症（AN）相关。Clinical Nutrition近期发表的一项临床研究发现，厌食症患者在发病期间（体重过轻）有严重的肠道菌群紊乱，特别体现在菌群-代谢物相关关系变化上。

神经性厌食症 Anorexia nervosa gut microbiome Fecal metabolome eating disorders

酒精性肝炎

血清代谢物+肠道菌群代谢途径，预测酒精性肝炎预后

酒精性肝炎研究论文队列研究血清代谢组粪便代谢组

肠易激综合征

IBS和胆汁酸吸收障碍的菌群和代谢组标志物

肠易激综合征（IBS）是一个异质性的疾病，目前对临床亚型的诊断主要基于患者症状，缺少临床可用的生物标志物。这可能引起误诊，比如可引发腹泻的胆汁酸吸收障碍（BAM），因为症状相似，就常被误诊为腹泻型IBS，从而耽误治疗。Gastroenterolog发表的一项最新研究，试图通过分析粪便微生物组以及尿液和粪便代谢组，来寻找可用于诊断IBS及其亚型的标志物。研究发现，IBS患者的尿液和粪便代谢组以及粪便微生物组，与健康人有显著不同，而这种差异与IBS临床亚型无关，提示现有的IBS亚型诊断标准，无法反映患者的菌群和代谢异常；此外，该研究还表明粪便代谢组特征可用于判断患者是否患有BAM，有助于提高诊断准确性。这些发现为临床诊断和治疗IBS，提供了新的参考和视角。

肠易激综合征 machine learning SeHCAT stratification Ruminococcus gnavus

艰难梭菌感染

艰难梭菌感染者的粪便代谢组特征

艰难梭菌是肠道共生菌之一，当使用抗生素引起菌群失调时，艰难梭菌会趁势而起引发感染。Journal of Clinical Investigation近期发表一项研究，分析了艰难梭菌感染（CDI）患者的粪便代谢组特征，揭示了特定氨基酸和胆汁酸代谢的变化，鉴定出的标志物或有助于CDI的临床诊断，也为研发CDI的防治方法带来启示。

艰难梭菌感染粪便代谢组氨基酸代谢胆汁酸代谢诊断标志物

重症肌无力

谢鹏+余刚+魏泓：重症肌无力患者的肠道菌群和代谢组特征

重症肌无力是一种获得性自身免疫疾病，Advanced Science近期发表了由重庆医科大学第一附属医院谢鹏、余刚和中山大学第一附属医院魏泓共同主导的研究，揭示了重症肌无力患者的肠道菌群和粪便代谢组特征，鉴定出可用于区分患者和健康人的菌群和代谢物标志物，并在无菌小鼠中通过粪菌移植实验阐释了菌群失调对疾病发生的促进作用。

重症肌无力肠道菌群粪便代谢组生物标志物无菌小鼠

结直肠癌诊断

Nature子刊：菌群结构和代谢物或可用于肠癌病变诊断

人类的肠道菌群和结直肠癌的发展有关。《Nature Medicine》近期发表人群研究，发现在结直肠癌发展的早期，粪便菌群和代谢组就开始发生变化，而且根据病变状态会进一步演化。该结果对于诊断结直肠癌具有重要参考价值。

结直肠癌诊断人群研究结直肠癌粪便代谢组粪便菌群

危重病儿童

危重症儿童的肠道菌群和代谢功能失调

《Critical Care Medicine》发表的一项最新研究，分析了危重症儿童的肠道菌群以及尿液和粪便代谢谱的特征，鉴定出与菌群相关的代谢物变化，或可作为标志物用于患儿肠道失调的诊断和治疗。

危重病儿童肠道失调标志物粪便代谢组尿液代谢组

样品制备

粪便采集方法对菌群和代谢组分析的影响

本研究分别采用-20℃立即冷冻，OMNIgene GUT，95％乙醇，RNA稳定剂和FTA卡等五种方法收集粪便，分析了样本采集方法对肠道菌群微生物组和代谢组结果的影响，发现采集方法对下游分析虽然有一定影响，但仍然具有较高一致性。

样品制备 Fecal microbiome metabolomics sampling methods multi-omics integration

粪便代谢组

Nature子刊：利用粪便代谢组分析肠道菌群的组成与功能

Nature Genetics上发表的一项最新研究，发现粪便代谢组可很好地反映肠道菌群的组成，可用于分析菌群、宿主遗传、宿主表型之间的关联。

粪便代谢组宿主表型遗传性状 Geert R D'Haens Christian Jobin