Julia Oh

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文章数：10篇

肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征

Cell子刊：多组学分析慢性疲劳综合征患者的菌群-宿主互作

肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征（ME/CFS）是一种研究不足的多系统疾病。Cell Host and Microbe发表的这项研究，对ME/CFS患者进行了整合多组学分析，并对患病时间较短和较长的患者进行了分组分析。结果表明，短期患者的特点是更为明显的肠道菌群失调，尤其是产丁酸菌的减少，而长期患者则有更为严重的临床表型和代谢异常。

肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征 ME/CFS multi-‘omics metagenomics metabolomics

Nature子刊：老年人皮肤菌群与虚弱及衰老有何关联？

虚弱是一种功能和生理储备下降的状态，随着状态的加重会导致老年人发病率和死亡率显著增加。先前研究发现人体微生物组可能和老年人虚弱有关，但相关证据仍有限。近日，美国杰克逊实验室研究人员在Nature Aging发表最新研究，通过比较年轻人与老年人口腔、皮肤、肠道等不同部位菌群，并与志愿者饮食、药物、生活方式等进行关联，发现皮肤菌群的变化与年龄相关性较小，而与身体虚弱相关性较大。此外，皮肤还是临床重要病原体的主要宿主，皮肤菌群与疾病菌株和抗菌素耐药基因的传播有关。总之，该研究为未来基于菌群改善老年人和体弱多病的成年人健康提供了新思路。

衰老皮肤菌群研究论文基础研究疾病感染风险

细菌生长速率

Science子刊：基于宏基因组推断菌株原位的生长速率

细菌生长速率的计算是宏基因组研究中的热点问题，之前报导过2018年《Nature Communication》发表的GRiD方法（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1096045434）和《Nature Methods》发表的DEMIC方法（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1042256665），最近Science子刊提出的SMEG方法 https://github.com/ohlab/SMEG 可以更好的计算菌株的原位生长速度，软件提供Github源代码和Bioconda的安装方式，方便用户使用。

细菌生长速率宏基因组分析工具生物信息学分析流程 Yufeng Jane Tseng

表皮葡萄球菌

Cell：什么塑造了人表皮葡萄球菌的功能多样性？

表皮葡萄球菌存在于几乎所有健康人的体表，是一种关键的皮肤微生物以及条件致病菌。Cell发表的一项研究对表皮葡萄球菌在个体内的演化轨迹和功能分布，进行了系统性研究，揭示了这种细菌在个体内的演化是如何塑造其功能多样化的。

表皮葡萄球菌 Staphylococcus epidermidis metagenomics strain diversity microevolution

宏基因组分析方法

基于宏基因组数据对菌群中低丰度细菌的生长速率进行原位测量

与现有的细菌生长速率测定软件相比，GRiD方法既不需要完整的基因组信息，也不需要微生物组成信息。由于其能够在极低测序覆盖度的条件下测量微生物生长速率，所以特别适合分析低丰度物种。点击查看另一个同类工具(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1042256665)。

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不同肠道环境下，不同菌种或菌株的定殖能力均存在差异

ISME Journal上发表的一项最新研究，对比了在不同的基因型（C57BL6/J及NSG）或肠道菌群完整性（使用抗生素与否）的小鼠中，移植人粪便菌群后的定殖情况，发现不同菌种的功能差异影响了其在不同肠道环境下的定殖能力，而定殖能力的差异甚至在菌株水平也存在。

菌群定殖

吸烟、TP53突变、肺部菌群之间的互作影响肺癌发生

Genome Biology上发表的一项最新研究，对肺癌患者的肺部菌群、TP53基因突变、吸烟之间的互作进行了分析，发现在TP53突变或吸烟的鳞状细胞癌患者中，肺部菌群发生了相似的特定变化，提示环境因素（吸烟）、遗传因素（TP53）、肺部菌群之间的互作可能与肺癌发生相关。

肺癌 lung cancer Microbiome Mutation squamous cell carcinoma

MR1依赖性T细胞呈递及特定细菌物种可活化MAIT细胞

黏膜相关恒定T（MAIT）细胞是一种类似先天性免疫细胞的T细胞亚群，可被感染了细菌及酵母的细胞激活。Mucosal Immunology上发表的一项最新研究，发现编码了核黄素代谢通路的细菌可激活MAIT细胞，而T细胞也可通过MHC-1相关分子MR1呈递核黄素代谢产物，以激活MAIT细胞。

粘膜免疫粘膜免疫粘膜相关恒定T细胞 Alexander C Ford Christopher J Black

参考数据库

Microbiome：极简主义的大规模微生物数据库

微生物组研究中的数据库作用巨大，但目前整体缺乏统一的微生物参考基因组数据库和用于快速编译的计算工具，Microbiome[IF：8.496]在这篇文章中介绍的两个数据库，或许可以为推动数据共享提高分析效率等作出贡献。这值得专业人士关注。

参考数据库宏基因组分析 Pan-genome Reference database Shotgun metagenomics

Cell：皮肤菌群，你忠诚的朋友！

关于皮肤菌群的最新也是最重要研究之一，值得关注。

皮肤菌群皮肤微生物群真核生物病毒 Matthias Scholz Nicola Segata