Leyuan Li

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文章数：11篇

刘洋彧等Nature子刊：利用深层宏蛋白质组学揭示肠道菌群蛋白质组功能冗余

功能冗余是关键的生态系统属性，表示不同的类群通过冗余功能的表达以相似的方式为生态系统做出贡献。最近宏基因组学数据对人类菌群潜在功能的冗余（或基因组级功能冗余FRg) 进行了量化，然而目前关于人类菌群表达功能的冗余从未被量化。近日，刘洋彧等在Nature Communications上发表文章，利用深层宏蛋白质组学揭示人类肠道菌群蛋白质组水平的功能冗余。

iMeta：宏蛋白质组学分析一站式工具集iMetaLab Suite

由于宏蛋白质组学研究中蕴含的难度和挑战性，一定程度上限制了其他领域菌群研究人员对宏蛋白组学的使用和深入探索。为了克服挑战，加拿大渥太华大学医学部药学院Daniel Figeys团队李乐园等开发了一套名为iMetaLab Suite的免费一站式分析工具集，涵盖了宏蛋白组学中最常用的功能、分类和统计分析。

菌群宏蛋白质组学生物信息学数据库搜索统计分析

小檗碱及其结构类似物对肠道菌群功能的影响

Gut Microbes上发表的一项最新研究，分析对比了小檗碱及其16种结构类似物在体外对肠道菌群功能的影响，发现小檗碱及其结构类似物对菌群的影响存在个体差异，且不同的化合物对菌群功能也有着不同影响。

小檗碱 gut microbiome Functionality Butyrate Akkermansia

药物-菌群互作

快速测定个体肠道菌群药物反应的新方法

很多口服药物都可以影响肠道菌群的组成和功能，《Microbiome》发表的一项研究介绍了一种称为RapidAIM的体外检测方法，可测定药物对人体肠道菌群的组成和功能的影响。

药物-菌群互作 gut microbiome Drug response In vitro culturing Metaproteomics

差异裂解法

差异裂解法可为肠道宏蛋白质组学选择性提取种类特定的蛋白

菌群的宏蛋白质组检测是对菌群的功能性检测，而目前，针对丰度较低的菌群及其功能产物的研究常被忽略，Analytical Chemistry的这篇文章通过差速离心增加人体粪便细菌的提取量，然后使用两种五步差异裂解法DL1和 DL2。DL1和DL2的五步里均有逐步增加的SDS浓度（0，0，1%，2%，4%），但DL1前4步均有1分钟超音波，而DL2没有，二者的第五步均有一个10分钟的超音波。发现细胞壁较厚的革兰氏阳性菌提取量随SDS的增加而增加，而细胞壁较薄的革兰氏阴性菌的提取量则随SDS的增加而减少，相应的，蛋白种类和数量也因为提取方法的不同而不同。作者在这里给我们提供了一个可供参考的粪便蛋白提取方案，可根据我们的不同需求调整。

差异裂解法人体粪便蛋白提取 gut microbiome Metaproteomics Differential lysis

多组学研究

多组学策略推进微生物组的功能和转化研究（综述）

现有研究发现药物（如糖尿病药物二甲双胍）可通过肠道菌群产生对个人不同的影响。Microbiome的这篇综述回顾了现有的研究微生物组功能的多组学技术和多组学整合研究策略，并讨论了如何将多组学整合研究策略和微生物离体筛查技术运用到人类疾病的精准用药领域。

多组学研究微生物功能性 Drug-microbiome interactions Host-microbiome interactions meta-omics

肠道菌群体外培养

Nature子刊：可用于高通量菌群靶向药物筛选的体外模型

肠道菌群的体外培养，对于微生物组的转化研究有重要意义。Nature Communications近期发表的一项研究，建立了一种高通量的肠道菌群体外培养模型MiPro，能较好的维持菌群的组成和功能稳定性。结合宏蛋白质组学检测技术，MiPro可作为高通量筛选平台，用于肠道菌群靶向药物的筛选与评价。

肠道菌群体外培养高通量筛选平台药物-菌群互作宏蛋白质组学 Jiang-Ning Hu

小儿炎症性肠病

Nature子刊：小儿IBD中人体和菌群的蛋白质组特征

Nature Communications上线的最新研究，分析了小儿炎症性肠病（IBD）中，肠道粘膜和肠腔交界抽出物样本中的人体和菌群的蛋白质组，表明肠道的胞外囊泡蛋白质组变化与IBD中宿主-菌群的异常互作相关。

小儿炎症性肠病蛋白质组胞外囊泡肠道菌群普氏栖粪杆菌

宏蛋白组学

Microbiome：全自动宏蛋白组数据分析平台MetaLab

这是一项重要的方法学研究，研究者开发了直接利用质谱原始数据快速进行微生物蛋白质鉴定和分类分析的全自动分析软件，多位中国年轻学者在美国参与研究和软件开发，他们未来的研究成果值得长期持续跟踪。

宏蛋白组学 Inés Martínez Jens Walter

肠道菌群体外培养

JPR：体外培养肠道菌群，需注意培养基成分

Journal of Proteome Research[IF：4.268]发表的这篇文章关注培养肠道菌群时，不同的培养基成分会对细菌的组成和功能产生显著影响。这是很有启发意义的文章，特别推荐。

肠道菌群体外培养培养基正交实验设计蛋白质组学 Ken Cadwell

体外培养需要注意培养基成分

① 文章采用了正交实验设计与蛋白组学分析的方法；② 蛋白组学分析对不同培养基成分，如无机盐、胆汁盐、粘蛋白以及短链脂肪酸的应答不同；③ 多因素方差分析显示无机盐、胆汁酸以及粘蛋白对不同功能性肠道菌群蛋白组有显著的主要和相互作用；④ 培养基成分对基础代谢通路有广泛的调节作用；同时，不同的培养基成分对细胞壁、细胞膜以及包膜的生物合成，细胞功能性迁移也有调节作用；尤其是鞭毛合成相关蛋白对黏蛋白的存在有显著回应。

肠道菌群肠道菌群体外培养培养基正交实验设计蛋白质组学