Ken Cadwell

Cell子刊：过度的抗菌活性或是导致持续性肠道炎症的罪魁祸首

肠道产生多种分泌性的抗菌蛋白以抵抗细菌入侵、维持肠屏障的完整性。但抗菌蛋白生成的失调可能破坏肠道菌群稳态，并与炎症性肠病（IBD）发生与进展有关。近日，发表研究文章，发现IBD患者肠道中高水平的抗菌蛋白REG3导致肠球菌耗尽，并揭示了肠球菌通过调节IL-22+的免疫细胞而缓解肠道炎症促进上皮修复的作用。本研究阐明了肠道炎症导致异常的抗菌肽活性而破坏宿主与肠道菌群的共生关系而导致持续性炎症的新机制，为IBD的治疗提供了潜在的新的靶点。

肠道真菌

Science子刊：肠道真菌促进粒细胞生成和免疫

模式动物小鼠与人之间的显著差异在于实验室小鼠缺乏血液粒细胞群（例如中性粒细胞），但造成这种物种特异性差异的原因尚不清楚。近日，发表在Science Immunology上的这篇文章，发现实验室小鼠野化通过肠道真菌定植增强粒细胞生成和免疫。

肠道真菌菌群-免疫互作粒细胞

寄生虫-菌群互作

Cell子刊：寄生虫选择促进其生命周期的菌群进行肠道定植

土壤传播的肠道寄生虫在全球感染超过15亿人。虽然寄生虫的定植与肠道菌群组成的变化有关，如梭状芽孢杆菌的增加，但具体的单个物种尚未分离和鉴定。Cell Reports近期发表的文章，从马来西亚寄生虫感染高发的土著人群中分离出梭状芽孢杆菌，而这些寄生虫相关的梭状芽孢杆菌则具有促进寄生虫鼠鞭虫和鞭虫生命周期的能力。这就表明，寄生虫选择促进其生命周期的菌群进行肠道定植。

寄生虫-菌群互作 helminth Trichuris clostridia Microbiome

新冠

Nature子刊：新冠患者的肠道菌群失调、菌群易位及菌血症

Nature Communications上发表的一项最新研究，新冠病毒感染可导致小鼠的肠道菌群失调及肠道屏障受损，而新冠肺炎患者的肠道菌群失调，且抗生素治疗可加剧；同时，肠道菌群失调与菌群易位及菌血症相关。

新冠菌群易位菌血症抗生素研究论文

克罗恩病

Nature：一种上皮内淋巴细胞分泌的效应因子，或为克罗恩病治疗带来新希望

自噬基因Atg16l1的T300A突变可引起肠上皮中的潘氏细胞缺陷，与克罗恩病（CD）相关；然而，很多健康人也携带该基因突变，提示CD发病还有其他的关键因素。诺如病毒可感染肠道，被认为是引起克罗恩病患者发病的一个潜在微生物诱因，然而其背后的原因并不清楚。Nature最新发表的一项研究表明，表达γδ T细胞受体的肠上皮内淋巴细胞（γδ IEL）及其分泌的效应因子API5，对Atg16l1缺陷的潘氏细胞具有保护作用，从而能够“屏蔽”由Atg16l1突变带来的潘氏细胞死亡的遗传易感性，而诺如病毒感染可削弱这种保护作用。这些发现支持这样一个模型，即对携带CD易感基因（T300A突变）的人而言，γδ IEL分泌的API5通过促进潘氏细胞生存，为抑制CD发病提供一道“防火墙”，而诺如病毒感染可作为触发因素打破这层保护，从而促进遗传易感者发生CD。API5或能为CD治疗带来新希望。

克罗恩病 γδ上皮内淋巴细胞潘氏细胞遗传易感性

线虫

Cell子刊：细菌代谢产物影响寄生线虫繁殖

作为寄生线虫种类之一的鞭虫，在富含微生物群的哺乳动物肠道内繁殖，每天产卵数千枚，促进了它们在环境中的持续存在，阻碍了根除工作。发表在Cell Host & Microbe上的一项研究发现，细菌特定代谢产物影响线虫的生殖适应性，阻断这些产物的生成有助于减少线虫感染，为人类寄生虫病的防治提供了新的理论依据。

线虫细菌代谢产物 Trichuris muris 生境适应

IL-17A

Cell子刊：免疫-干细胞互作调控肠道细胞分化的新机制

IL-17A对维持肠道完整性至关重要，可能在IBD中发挥有益作用，但其组织特异性作用的范围尚不清楚。Immunity发表的文章，发现IL-17A可特异性作用于Lgr5+肠道干细胞，诱导ATOH1表达，促进其向分泌细胞分化。此外，IL-17A通过ATOH1+细胞介导的Lgr5+ ISCs再生来修复DSS诱导的损伤。

IL-17A 肠细胞分化 Lgr5 ATOH1 干细胞

肠道抗病毒免疫

Cell子刊：肠道病毒感染后的免疫应答

Cell Host and Microbe上发表的一项最新研究，利用6个病毒科的10株肠道真核病毒感染小鼠，发现无症状的病毒感染可诱导持久的肠道免疫应答，包括病毒株特异性的应答及非病毒株特异性的共同应答（例如IL-22的产生）。另外，对比了病毒感染与细菌定殖后的小鼠肠道转录，鉴定出了病毒与细菌诱导的肠道免疫应答的相似之处与不同点。

肠道抗病毒免疫研究论文基础研究啮齿动物（小鼠）肠道病毒

结直肠癌

Cell子刊：细菌感知器Nod1或促进结直肠癌变

20世纪80年代早期的开创性研究表明，细菌肽聚糖衍生的胞壁酰肽（MPs）可以发挥刺激或免疫抑制功能，这部分取决于暴露的时长。Cell Reports近期发表的文章，发现细菌感知器Nod1通过检测细菌产物进行激活，从而调节髓系细胞的免疫抑制活性，促进结直肠癌的肿瘤进展。

结直肠癌髓系细胞 Nod1 细菌感知

溃疡性结肠炎(UC)

绘制溃疡性结肠炎病人回肠肛袋的免疫细胞转录图谱

回肠袋肛管吻合术是治疗难治性溃疡性结肠炎的一种手术方法。贮袋炎是保留肛门的大肠全切术术后最常见的并发症，是不明原因的炎症。Gastroenterology近期发表的文章，对溃疡性结肠炎病人的回肠肛袋的免疫细胞进行scRNA-seq，发现贮袋炎和溃疡性结肠炎的肠道炎症特征具有相似性，或对贮袋炎的治疗有临床意义。同时鉴定出两群细胞亚群或可用于区分贮袋炎的炎症，以及解释对抗整合素治疗的没有反应。scRNA-seq可将多个研究进行荟萃分析，有助于鉴定出炎症性肠病患者进行个性化治疗的生物标志物。

溃疡性结肠炎(UC) 单细胞RNA测序免疫细胞

菌群-免疫互作

关注IBD中的肠道真菌及病毒（综述）

肠道真菌与肠道病毒可激活宿主的保护性免疫应答，但也可能诱导IBD相关的免疫应答。Gastroenterology上发表的一篇综述文章，分别详细介绍了肠道病毒与肠道真菌对宿主免疫应答的影响，并讨论了肠道病毒及肠道真菌的失调在IBD——包括溃疡性结肠炎（UC）及克罗恩病（CD）中的作用机制。

菌群-免疫互作 IBD 肠道真菌肠道病毒综述

菌群-免疫互作

Cell子刊：溶菌酶或决定肠粘膜菌群和炎性张力

潘氏细胞在降结肠、直肠的化生以及溶菌酶的异常产生是肠道病理性炎症（IBD）的特征。Immunity近期发表的文章，发现潘氏细胞溶菌酶可平衡肠道中抗炎和促炎反应，参与IBD的病理。

菌群-免疫互作潘氏细胞溶菌酶粘膜微生物群肠道炎症

免疫应答

Cell子刊：个体免疫应答中，环境和遗传因素各有什么影响？

免疫反应在不同个体间可以存在很大差异，受到遗传和环境等多方面因素的影响，Cell Host and Microbe近期发表的一项研究，将携带炎症性肠病（IBD）易感基因的实验小鼠放到室外围栏，分析野生化后小鼠免疫指标的变化，并通过多组学的机器学习建模，鉴定出环境特异性和遗传特异性的影响。该研究发现，暴露于环境微生物能促进小鼠免疫细胞群的个体差异，而由微生物刺激引起的细胞因子应答，则在更大程度上受到遗传易感性的影响。这些发现对于进一步研究免疫的个体差异，很有参考价值。

免疫应答 rewilded mice machine learning model multi-omic data integration immune variation

菌群-免疫互作

Cell子刊：实验室小鼠“野生化”后的免疫应答变化与真菌定殖相关

自然环境中的野生小鼠与人工饲养的实验室小鼠表现出更高的免疫激活能力，部分可归因于微生物的暴露。Cell Host and Microbe上发表的一项最新研究，发现将实验室小鼠释放至自然环境中“野生化”后，可增强T细胞活化并增加循环粒细胞数量，而“野生化”后的真菌定殖增加可能导致了相关的免疫系统变化。

菌群-免疫互作 Granulocytes Mycobiota microbiota Fungi

肠道炎症

国内团队：TSC1-mTOR-RIPK3信号通路调控肠道炎症及相关癌症

TSC1/TSC2是mTOR信号通路中的抑制因子，mTOR信号失调与肠道肿瘤发生相关。来自上海巴斯德研究所的肖辉团队与复旦大学附属眼耳鼻喉科医院的李华斌团队在Journal of Clinical Investigation上发表的一项最新研究，发现西式饮食喂食小鼠，可促进mTOR信号的超活化，以增加RIPK3的表达与活化，引发肠道上皮细胞的坏死性凋亡，增加DSS诱导结肠炎及炎症相关结肠癌的易感性，该通路依赖于菌群的存在，且TSC1在该通路中起到抑制作用。

肠道炎症 RIPK3 TSC1/mTOR 坏死性凋亡炎症性肠病

肠道免疫

Nature子刊：肠道病毒感染通过IFN-I与IL-22抑制肠道损伤

Nature Microbiology上发表的一项最新研究，发现诺如病毒感染可通过引起小鼠结肠中的IFN-I应答，以促进天然淋巴细胞产生IL-22，从而在DSS诱导的肠道损伤及鼠柠檬酸杆菌引起的肠道感染中起到保护性作用。

肠道免疫肠道免疫动物实验诺如病毒 IFN-I

自噬

Nature子刊：自噬影响菌群诱导的肠道免疫应答

自噬在肠道免疫和炎症的调节中有重要作用，Nature Microbiology近期上线的一项研究，发现自噬缺陷小鼠对鼠柠檬酸杆菌的肠道感染，有很好的抵抗能力，依赖于菌群诱导的IFN-I信号活化，表明自噬蛋白可调节肠道屏障的IFN-I信号，以平衡肠道免疫防御和炎症。以自噬蛋白为靶调节自噬功能，应是治疗肠道炎症性疾病和感染性疾病的一种策略。

自噬肠道感染 Raylene A Reimer Jodi E Nettleton

肠道病毒组

肠道病毒组对免疫系统的巨大影响

肠道微生物组的一部分是病毒组。病毒组通过与肠道菌群和宿主相互作用，调节宿主免疫响应，“治病”或“致病”。

肠道病毒组肠道菌群-免疫系统互作

炎症性肠病(IBD)

IBD患者的肠道感染情况

美国胃肠病学杂志近期发表一项研究，在炎症性肠病发作的患者中，检测艰难梭菌之外的肠道病原体，并与有症状的非IBD患者进行对比，分别鉴定出在克罗恩病和溃疡性结肠炎患者中常见的病原体。

炎症性肠病(IBD) 肠道感染肠道病原体诺如病毒弯曲杆菌

2型免疫应答

Immunity：肠道寄生虫如何引起2型免疫应答

近期多篇关于肠道簇细胞和2型免疫应答的研究在高分期刊发表（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1093251721）（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1081283157），Immunity发表的一篇观点评论文章，对三项相关研究的发现进行综合和小结，值得专业人士关注。

2型免疫应答琥珀酸簇细胞 succinate Eugene Chang

菌群-免疫互作

Science: 菌群和免疫系统共同促进肠道病毒感染

诺如病毒可引发腹泻呕吐等肠胃炎症状，大多数情况可自愈，但少数患者可发展为重症甚至死亡。Science近期发表研究，指出肠道表皮细胞和宿主的免疫系统是促进诺如病毒入侵、传播和持留的重要因素。该研究阐述了共生微生物-宿主免疫系统-病毒的跨界互作模式，为理解病毒感染、免疫系统与共生菌群互作模式提供了新视角，值得专业人士关注。

菌群-免疫互作病毒感染小鼠诺如病毒（MNV）

自噬

JEM：自噬蛋白ATG16L1保护肠道屏障的机制

自噬基因ATG16L1变异、肠道细胞坏死性凋亡、潘氏细胞功能异常，均与炎症性肠病（IBD）有关，近期Journal of Experimental Medicine[IF：11.991]发表的一项研究将这三者串联起来，揭示了ATG16L1保护肠上皮细胞的机制。在小鼠模型中，自噬作用可抑制肠道炎症中的潘氏细胞损伤和TNF-α介导的肠上皮细胞坏死性凋亡。这些发现或可为相关疗法带来启示，推荐专业人士关注。

自噬肠上皮细胞坏死性细胞死亡

抗生素

NC：对菌群和免疫产生持续影响，一疗程广谱抗生素足以！

这是《消失的微生物》作者Martin和团队在小鼠中研究广谱的大环内酯类抗生素如何影响肠道菌群和免疫系统功能的论文，很值得关注，特别推荐。

抗生素大环内酯网络拓补结构免疫表型 Katerina V-A Johnson

抗生素

Nature子刊：抗生素改变菌群，加速一型糖尿病的发展

Martin J Blaser和合作者的最新研究，在小鼠中发现抗生素改变菌群，加速1型糖尿病的发展，这对抗生素促进自身免疫性疾病的发展提供了新的证据，强烈推荐阅读。

抗生素肠道菌群一型糖尿病 Leandro A Lobo Ana Carolina Oliveira

克罗恩病

Science：寄生虫感染，抗炎症？

① 发达国家中克罗恩病等炎症性肠病发病率增加与环境改变有关，如寄生虫感染减少、肠道菌群改变等；② 寄生虫感染能够逆转Nod2基因缺失导致的小鼠肠道异常；③ 寄生虫感染可诱发2型免疫反应，抑制炎症性拟杆菌属的定植，同时富集有保护作用的梭菌目细菌；④ 寄生虫病高发地区，人肠道中拟杆菌目丰度降低，梭菌目增加，而除虫治疗导致梭菌目降低而拟杆菌目增加；⑤ 该结果支持卫生学假说：某些个体在基因层面上对肠道微环境的改变相对比较敏感。

克罗恩病卫生假说寄生虫感染拟杆菌梭菌

肠道上皮

Cell子刊重磅综述：肠道上皮如何抵御入侵？

① 肠道上皮是一层单细胞层，促进营养吸收，作为屏障组织病原体入侵，并防止共生微生物的散播； ② 肠道内特化的上皮细胞与淋巴细胞、髓系细胞及基质细胞一起分泌各种因子防止感染源与上皮直接接触； ③ 本综述概括了关于这些细胞之间如何通过复杂的分子机制来维持屏障及空间隔离作用的最新研究。

肠道上皮防御肠道菌群