Jens Walter

复发性艰难梭菌感染粪菌移植

胎儿在子宫内究竟有没有菌群定植？这是近年来人类微生物组研究中争议十足的一个话题。Nature最新发表的这篇观点文章，回顾了支持和反对胎儿菌群存在的现有证据，并得出结论——检测到的微生物信号很可能是取样和实验过程中引入的污染的结果， "无菌子宫"假说并未被推翻。

产前胎儿菌群 microbial ecology Microbiome

肠道菌群

张正骁等：肠道菌群与膳食纤维的生理效应

集美大学张正骁作为共同第一作者近期在Microbiome发表文章，阐述了纯化膳食纤维用作补充剂时的功效，发现阿拉伯木聚糖（AX）的饱腹作用与个体菌群中参与发酵AX的特定细菌类群相关，而其它功效则可能与菌群无关。这些发现为优化有特定功效的膳食纤维的个性化干预提供了基础。

肠道菌群膳食纤维研究论文饱腹感胰岛素抵抗

饮食-菌群互作

检测呼吸中的挥发性代谢物，研究膳食纤维对肠道菌群的影响

膳食纤维对宿主生理的影响，很大程度上源于其与肠道菌群的互作。细菌发酵膳食纤维产生的代谢物中，大部分是挥发性的。EBioMedicine近期发表的一项研究，探索了以分析呼气中的挥发性代谢物作为一种非侵入性方法来研究膳食纤维与肠道菌群互作的可行性。

饮食-菌群互作膳食纤维肠道菌群肠道菌群代谢物方法学

微生物生态学

用生态学思路研究肠道菌群中的菌株竞争和共存

ISME Journal发表的这项研究，以Akk菌和普通拟杆菌为例，探索了生态学中的共存理论是否适用于肠道微生态系统，表明同种细菌的菌株之间的竞争和共存，主要取决于生态位差异和定植的先后顺序，对这些生态学原理的理解有助于设计调控菌群的策略。

微生物生态学

粪便微生物群移植（FMT）

粪菌移植调控肠道菌群失调的风险和收益（综述）

粪菌移植（FMT）对艰难梭菌感染（CDI）治疗的安全有效性现已在多数国家得到认可，并鲜有不良反应事件报道。但FMT对于其他疾病治疗的风险收益率仍存在争议。Allergy: European Journal of Allergy and Clinical Immunology近期发表文章，探讨在免疫介导性疾病中支持和反对FMT的论点。文章指出，FMT确实是一种很有前途的治疗方法，在可通过调节肠道菌群为靶点改善病理生理的疾病中贡献显著，但是在部分慢性疾病中由于造成失调的驱动因素、时间及其因果关系尚不明确，使用FMT的合理性因此降低，且风险与收益的比率并不理想。除此之外，文章指出在关于免疫介导性疾病中使用FMT的研究中目前仍存在的空白，并就如何在未来的研究中填补这些研究空白提出了建议，值得相关研究人员关注。

粪便微生物群移植（FMT）肠道菌群综述移植治疗

几丁质-葡聚糖

几丁质‑葡聚糖与肠道菌群的互作

膳食纤维与肠道菌群的互作在很大程度上促进其生理效应，几丁质-葡聚糖（CG）可改善小鼠的肥胖相关的代谢紊乱，但其对人体肠道微生物群的影响尚未评估。Gut Microbes近期发表的文章，招募15名健康志愿者进行3周的CG补充研究，发现CG的耐受性良好，诱导肠道菌群发生特异性变化，并增加粪便中细菌代谢产物，揭示出几丁质-葡聚糖与肠道菌群之间的相互作用。

几丁质-葡聚糖 Gut microbiota chitin-glucan fiber SCFA

膳食纤维

阿糖基木聚糖调控超重/肥胖者的肠道菌群组成及代谢

膳食纤维在不同个体中发挥的不同健康效应，可能是由肠道菌群将其代谢为有益代谢产物的能力差异而造成的。来自Microbiome上发表的一项RCT研究，在31名超重/肥胖受试者中，分析了玉米糠中的长链阿糖基木聚糖对肠道菌群多样性、组成及代谢的影响，发现阿糖基木聚糖可显著增加部分受试者的粪便丙酸盐水平，而阿糖基木聚糖对丙酸盐的影响与其诱导的菌群组成变化及基线菌群组成相关。该研究提示，可基于肠道菌群的群落特征预测膳食纤维对个体健康的影响。

膳食纤维 Arabinoxylan dietary fiber Gut microbiota Inter-individual variability

膳食纤维

Cell子刊：膳食纤维或可精确调节短链脂肪酸产生菌

膳食纤维对肠道菌群的影响通常被认为是有益的。然而，尚不清楚是否可以通过利用微小结构差异的膳食纤维，精确并可预测地调节肠道微生物群，尤其是肠道菌的代谢活动。Cell Host and Microbe最近的研究，纳入40名健康个体，分别给予3种结构差异较小的化学改性抗性淀粉（分别为玉米、土豆及木薯的衍生物，化学结构和颗粒大小不同) 膳食纤维及可消化的玉米淀粉干预，分析肠道菌群结构。结果表明，结构差异较小的抗性淀粉对肠道菌群产生不同的、高度特异性的影响，并直接影响短链脂肪酸的产量。如玉米IV型抗性淀粉可特异性富集Eubacterium rectale，增加丁酸产量；木薯IV型抗性淀粉则特异性富集Parabacteroides distasonis，增加丙酸含量。并且，抗性淀粉对肠道菌群影响有剂量依赖性，35 g/d的剂量或使其作用达到平台期。

膳食纤维饮食-菌群互作 dietary fiber Resistant starch gut microbiome

肠道菌群与疾病

Cell：肠道菌群与人类疾病间的因果关系被夸大（观点）

人源菌群鼠模型（HMA）是体内植入人体肠道/粪便菌群的无菌鼠类模型，为目前研究肠道菌群和疾病之间因果关系的主流手段。现有大量使用HMA证明多种诸如炎症、过敏、肿瘤等与肠道菌群成因果关系，但已知在人体中能确定具有因果关系的只有两种：幽门螺旋杆菌导致人患胃癌和艰难梭菌感染导致人腹泻。作者认为啮齿动物无法还原人体，自身生理结构、处所和饮食等都会造成不同结果，因此对该领域的研究结论需谨慎说明。在这里补充原文作者提出的相关建议：1）探索HMA中与疾病相关的菌群变化；2）使用考虑了生物差异性的供体样本量量；3）要将供体的重复组数量考虑进实验设计中；4）不混合供体样本以确保个体间差异；5）确保菌群移植成功，如特定的“失衡”菌群特征是否在受体内出现；6）诚实探讨动物实验不足；7）相关性分析HMA多组学数据和可能的菌群特征后进行功能性实验；

肠道菌群与疾病 causality Chronic disease Dysbiosis Fecal transplant

饮食

Cell子刊：饮食对菌群的影响，高度个体化

用饮食干预来调节肠道菌群，首先需要了解饮食如何影响人体肠道菌群。《Cell Host and Microbe》发表的一项最新研究表明，肠道菌群对饮食的应答是高度个体化的，相关发现对于研究用饮食干预调节肠道菌群，具有重要参考意义。

饮食肠道菌群个体化干预 Paola Brescia Maria Rescigno

细菌间相互作用

Nature子刊：细菌毒素介导肠道细菌间的“硝烟战火”

《Nature Communications》近期发表一项研究，发现霍乱弧菌和致病大肠杆菌产生的毒素可结合其他细菌表面的神经节苷脂类似物，从而抑制细菌生长。该结果指示了细菌毒素细菌竞争中的重要作用，对研究细菌间互作、菌群稳态维持具有重要作用。

细菌间相互作用细菌毒素霍乱弧菌致病大肠杆菌 GM1神经节苷脂

肠道噬菌体

Cell子刊：饮食影响肠道共生菌产生噬菌体

来自Cell Host and Microbe上的一项最新研究，发现肠道共生菌——罗伊氏乳杆菌可在饮食摄入的刺激下，激活基因组中的前噬菌体，而富含果糖的饮食可通过激活Ack信号通路促进噬菌体的产生。

肠道噬菌体 phage gut symbiont fructose SCFA

肠道菌群建立

“独一无二”的肠道菌群，定植顺序很重要

肠道菌群的形成受遗传、饮食、生活方式等因素影响，但即便是生活在相同家庭环境中的同卵双胞胎，也可能有非常不同的肠道菌群，提示还有不少“未知”因素在菌群塑造中有重要作用。eLife近期发表研究，以无菌小鼠为模型，从生态学角度分析了幼年期细菌定植顺序对肠道菌群构建的长期影响。将生态学概念纳入菌群研究，对理解菌群构建的机制，以及开发相关疗法，都有重要意义。

肠道菌群建立 Lactobacillus colonisation history community ecology ecology

共生演化

肠道菌群中的共生演化

ISME Journal近期发表研究，在不同地区啮齿动物肠道菌群中鉴定出可形成生物膜的共存菌种组合，但用来自不同地区的菌株进行组合培养时却不利于生物膜形成，说明菌种间的共栖和促生关系是同一地区内长期演化的结果。

共生演化生物膜种系发生学生物地理学 Hermann Brenner

膳食纤维

膳食纤维抑制小鼠的自身免疫性神经疾病

Scientific Reports上发表的一项最新研究，EAE小鼠模型摄入富含不可降解纤维的饮食后，肠道菌群及代谢谱改变，Th2型免疫反应增强，从而抑制小鼠中枢神经系统的自身免疫性疾病。

膳食纤维自身免疫性疾病实验性自身免疫性脑脊髓炎 Gregory R Steinberg Damien J Keating

低聚半乳糖

改善肥胖者肠道屏障的益生菌/元，未显示出协同作用

Microbiome近期发表一项临床试验，发现在肥胖受试者中，两株益生菌和益生元低聚半乳糖分别使用时，均可增加肠道菌群中双歧杆菌总量、改善肠道通透性，但当作为合生制剂使用时未展现出额外的增强效果。

低聚半乳糖青春双岐杆菌IVS-1 乳双歧杆菌BB-12 Bifidobacterium adolescentis IVS-1 Bifidobacterium lactis BB-12

益生菌与益生元

改善肥胖者肠道屏障的益生菌/元，未显示出协同作用

Microbiome近期发表一项临床试验，发现在肥胖受试者中，两株益生菌和益生元低聚半乳糖分别使用时，均可增加肠道菌群中双歧杆菌总量、改善肠道通透性，但当作为合生制剂使用时未展现出额外的增强效果。

益生菌与益生元合生制剂低聚半乳糖青春双岐杆菌IVS-1 乳双歧杆菌BB-12

肠道菌群

肠道菌群在营养和健康中的作用（综述）

British Medical Journal近期发表综述，在营养学和人体健康范畴内，总结了肠道菌群研究所取得的进展，并着重讨论了用膳食干预和益生菌/元调节菌群进而改善健康的策略。这篇文章可以作为入门综述，甚至是科普读物，推荐给感兴趣的读者。

肠道菌群营养膳食纤维膳食干预 Sabita Roy

膳食纤维

一文读懂：膳食纤维如何影响肠道菌群和健康（必读综述）

Cell Host and Microbe本周发表一篇综述，围绕膳食纤维展开详细讨论，包括其定义和类别、对肠道微环境和多种疾病的影响、其菌群代谢产物SCFA对身体健康的作用、膳食纤维的个体化需求等诸多方面，非常值得关注。千言万语汇成一句话：西式饮食不健康，多吃膳食纤维身体好。

膳食纤维短链脂肪酸肠道菌群肠道微生态炎症

大豆油脂肪酸

eLife：大豆油脂肪酸不会影响小肠中的乳酸杆菌

随着西式饮食的流行，人体内的乳酸杆菌在逐渐减少，而近年来大豆油的消耗逐年上升。因此，研究者们分析了大豆油脂肪酸——亚油酸对小肠乳酸杆菌的影响。这项发表在eLife上的研究发现在小鼠体内，亚油酸并不会影响乳酸杆菌种群，而结果可能来自于肠道环境及细菌自身的进化能力的保护作用。

大豆油脂肪酸乳酸杆菌 infectious disease Microbiology mouse

菊粉或可改善儿童肥胖

来自加拿大的一项小型随机双盲对照对照试验显示，肥胖或超重儿童补充8克/天的菊粉，持续4个月，使肠道菌群发生特异性改变，显著改善了肥胖情况和炎症标志物水平，且未发现与菊粉治疗特异相关的不良反应。

益生元

菊粉或可改善儿童肥胖

来自加拿大的一项小型随机双盲对照对照试验显示，肥胖或超重儿童补充8克/天的菊粉，持续4个月，使肠道菌群发生特异性改变，显著改善了肥胖情况和炎症标志物水平，且未发现与菊粉治疗特异相关的不良反应。

益生元 adiposity BMI Inulin-type Fructans pediatric obesity

子宫无菌

Microbiome：现有证据不足以支持子宫内有菌（必读综述）

子宫到底有菌无菌，看看这篇综述，或许改变你刚刚被改变过的观点。

子宫无菌子宫内定植 Axenic animals Contamination In utero colonization

Adipose tissue macrophages

Microbiome：抗性淀粉改善代谢，且并不一定需要菌群

潜在益生元抗性淀粉对代谢的改善，一部分并不需要菌群的参与，有点神奇么？看看这篇文章。

Adipose tissue macrophages Gut microbiota Insulin sensitivity Resistant starch

Cell子刊：益生菌稳定定殖的两大要素

这是近期又一篇影响因子超高的益生菌作用机制的研究论文（另一篇：http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1096077228），发现长双歧杆菌AH1206能在30%的人肠道里稳定保持6个月以上，而这与原住菌群中长双歧杆菌种类和特定基因缺失有关。在今后的益生菌疗法中，前期确定个体的菌群和基因缺什么，再给补充什么，或许是可能的。这是靶向肠道菌群的精准疗法相关研究的一大步，强烈推荐阅读。

长双歧杆菌

Cell子刊：益生菌稳定定殖的两大要素

这是近期又一篇影响因子超高的益生菌作用机制的研究论文（另一篇：http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1096077228），发现长双歧杆菌AH1206能在30%的人肠道里稳定保持6个月以上，而这与原住菌群中长双歧杆菌种类和特定基因缺失有关。在今后的益生菌疗法中，前期确定个体的菌群和基因缺什么，再给补充什么，或许是可能的。这是靶向肠道菌群的精准疗法相关研究的一大步，强烈推荐阅读。

长双歧杆菌 gut microbiome Gut microbiota microbiome modulation Bifidobacterium

菌群人源化小鼠

CHM：别迷信菌群人源化小鼠！

人是人，鼠是鼠，以鼠及人，有靠谱，又不靠谱，科学严谨，小心为上。

菌群人源化小鼠 Jun Li Gianni Panagiotou

膳食纤维

膳食纤维鸿沟与消失的细菌：对人类营养的影响

肠sir科普重要参考文献，认真看看，必有收获。

膳食纤维微生物多样性肠道微生物 Robert Caesar Robert Caesar

益生元

Nature Reviews：到底什么是益生元？

这是2015年发表在Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology，在多个群里分享过，最近关于益生元相关概念的讨论又多了起来，但准确定义和传播的有限，今天我们特意通过MC系统发出来，希望对大家有用。

益生元碳水化合物双歧杆菌乳酸杆菌 Thaddeus S Stappenbeck