单细胞转录组

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单细胞转录组

文章数：10篇

急性肝衰竭

Ep300或是急性肝衰竭的潜在治疗靶点

急性肝功能衰竭（ALF）是一种严重的危及生命的疾病，与肠肝轴紊乱有关。目前缺乏对肠道中ALF的细胞特征和相关治疗靶点的研究。华中科技大学的童擎一和沈阳药科大学的张勇慧合作在Cell Discovery发表文章，对ALF期间的肠道细胞和肠道免疫细胞进行单细胞转录组分析，并揭示出Ep300是治疗ALF的新靶点。

急性肝衰竭单细胞转录组 Ep300

克罗恩病（CD）

Cell子刊：单细胞转录组详解克罗恩病的免疫失调

克罗恩病（CD）是一种慢性胃肠道疾病，在全球范围内发病率不断上升。CD的病理机制是多因素的，涉及遗传、免疫和环境因素的复杂相互作用，了解其病因需要进行系统性的研究。Immunity近期发表的文章，通过对CD病人的回肠和结肠进行单细胞转录组测序，定义了CD的上皮细胞、基质细胞和免疫细胞的特性，并揭示出疾病相关的成纤维细胞中胶原生成的新的调节因子。

克罗恩病（CD）单细胞转录组结肠回肠

肿瘤微环境

国内团队Nature子刊：靶向调节肿瘤微环境或可增强肠癌免疫治疗

上海交通大学医学院的苏冰和叶幼琼与团队在Nature Communications上发表的一项最新研究结果，通过单细胞转录组分析揭示，结直肠癌中的FAP+ 成纤维细胞与SPP1+ 巨噬细胞的互作可促进免疫抑制性肿瘤微环境的形成。FAP+ 成纤维细胞与SPP1+ 巨噬细胞在肿瘤中的浸润与结直肠癌进展、较差的预后、对PD-L1单抗治疗的应答较差相关。该研究结果提示，破坏FAP+ 成纤维细胞与SPP1+ 巨噬细胞的互作或可提升肿瘤免疫治疗的疗效。

肿瘤微环境研究论文基础研究单细胞转录组单细胞测序

饮食-肠-脑轴

Nature子刊：脑神经细胞中Irx3和Irx5基因的表达或影响胖瘦

FTO基因对人体肥胖影响主要归因于它影响Irx3和Irx5基因的表达，但这些基因如何通过食物摄入量的变化而导致肥胖尚不清楚。Nature Metabolism近期发表研究，不仅发现了下丘脑中的新型放射状神经胶质样神经干细胞，而且发现Irx3和Irx5基因在这种新型干细胞以及瘦素敏感型弓状核神经元中的表达，可影响食物摄入量和下丘脑瘦素反应。该研究为解释肥胖相关的基因调控通路提供了重要参考。

饮食-肠-脑轴瘦素肥胖研究论文单细胞转录组

Nature子刊：肠上皮中迁移CD4+T细胞的分子印记及命运决定

肠道免疫对食物和微生物的耐受是由Treg细胞所介导，Treg细胞在肠系膜淋巴结处被微生物或食物来源的抗原诱导之后转移至肠上皮及固有层，TGF-β和视黄酸被认为在传统CD4+T及Treg细胞的分化及迁移过程中起到重要作用，然而，伴随这种组织特异性印记的转录和染色质变化尚未阐明。Nature Immunology上发表的一项研究，通过组织转录组单细胞及染色质组分析，揭示肠上皮对于迁移T细胞命运决定的分子机制，同时证实了谱系定义的转录因子，如ThPOK，在该过程中的重要作用。

肠上皮分子印记单细胞转录组染色质组 CD4+ T cells

Nature子刊：大肠癌细胞基因表达影响免疫全景

转移性结直肠癌（CRC）的免疫治疗只对高微卫星不稳定的错配修复缺陷肿瘤有效，后者表现出较高免疫浸润。由此推测，肿瘤细胞能塑造其免疫微环境。最新发表在Nature Genetics的研究分析了来自CRC患者的单细胞转录组，揭示了癌细胞与免疫细胞、基质细胞的联系，为肿瘤免疫治疗策略提供理论基础。

结直肠癌单细胞转录组免疫微环境基质细胞

单细胞组学

单细胞组学：如何利用细胞内部特征和病人特点研究消化道与疾病？（综述）

单细胞组学是基于二代测序、质谱及成像的新生技术，由于实验方案还具瑕疵降低了可重复性、大数据分析对生信和计算机相关专家要求高、花费和整套分析时程长等原因仍处于发展阶段，特别是在地方诊所做到直接采集并制备高质量样品仍是挑战。但作为精准医疗的基石，单细胞组学临床应用前景巨大。Gastroenterology上发表的一篇综述介绍了单细胞转录组（scRNA-seq）、基因组、单细胞表观基因组（sc-Hi-C）、蛋白组、代谢组学（MALDI）的相关技术进展和在消化道疾病如结直肠癌（CRC）和IBD研究中的应用。文章提出整合多组学分析单细胞特征并最终应用于临床诊断、治疗、预后是该领域研究的下一个前沿。

单细胞组学 heterogeneity Transcriptomics proteomics metabolomics

国内团队：单细胞转录组分析揭示，消化系统是新冠病毒的潜在传播途径

细胞受体ACE2和跨膜丝氨酸蛋白酶2（TMPRSS2），在新冠病毒（SARS-CoV-2）进入细胞的过程中有关键作用。Gut近期发表了第二军医大学、清华大学和同济大学医学院等多个团队的合作研究，通过分析ACE2和TMPRSS2的单细胞共表达模式，鉴定出新冠病毒在肺和消化系统中潜在靶细胞类型，表明除了肺部，消化系统也是病毒感染的潜在靶点。

新冠病毒 COVID-19 SARS-CoV-2 单细胞转录组肺

Gut：肿瘤细胞新杀手

来自《Gut》的研究通过使用质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、多谱免疫荧光等手段，从多个角度分析了多种结直肠癌相关标本，发现了一群从前被忽视的具有细胞杀伤功能的淋巴细胞，该细胞群体在肿瘤组织中的分布与多种淋巴细胞的肿瘤浸润程度相关。该研究提示了一个多靶点开发的肿瘤免疫治疗策略。

结直肠癌质谱流式细胞技术单细胞转录组多谱免疫荧光 γδ T cell

肠道干细胞

Nature：再生干细胞revSC促进肠道修复

负责修复肠道损伤的隐窝基底柱状细胞受损后，肠道上皮细胞依然能自我修复。《Nature》近期发表的一项研究，利用单细胞转录组信息，发现再生干细胞revSC在肠道损伤条件下可以迅速恢复受损的干细胞结构，促进肠上皮再生。该结果揭示了一种新的肠道再生干细胞类型，对研究肠上皮稳态维持具有重要参考价值。

肠道干细胞肠上皮稳态单细胞转录组再生干细胞隐窝基底干细胞