取样和DNA提取方法集

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取样和DNA提取方法集

文章数：15篇

AJE：收集粪便样本，不必太纠结取样方法

又是方法学必读文献，为什么必读，看标题。

feces microbiota specimen collection Craig Baker-Austin Craig Baker-Austin

FEMS ME：不同DNA提取方法，得到的菌群信息不一样

方法学必读文献，不要问小秘书为什么，看标题自然就应该必读的。

DNA提取多样性 Frank R M Stassen Paul H M Savelkoul

Colonic biopsies

Microbiome：结肠灌洗样本可代表结肠活检样本的菌群组成

从参加结肠直肠癌结肠镜筛查的人群中，收集结肠活检样本以及结肠灌洗，比较两种样本中所含的菌群，发现结肠灌洗的样本就可以很好代表结肠黏膜菌群，值得关于黏膜菌群的人看一看。

Colonic biopsies Colonic lavage Microbiome analysis next-generation sequencing Jörg Overmann

Amplification bias

Microbiome：确保含微量DNA的样品被准确测序的新方法

将多重置换扩增技术与液滴微流控技术相结合，在对仅含有微量DNA的样品进行宏基因组研究中，确保偏差被消除的方法学，强烈推荐读一读。

Amplification bias Droplet microfluidics metagenomics Multiple displacement amplification Whole genome amplification

SR：室温收集、储存和运输菌群样本的新方法

很多人会关心在室温收集和处理样本，或者运输样本会对菌群的研究结果产生影响，这篇文章介绍的在室温收集并稳定样品的方法和KIT，相对完美地解决了相关问题，非常值得一读。

人体菌群功能研究室温标准化

粪便样品储存

SR：野外考察收集粪便样本，不用过于纠结存储方法

比较对野外考察收集的粪便样本的立即冻存、冻干法、乙醇中储存及RNAlater中储存这4种方法，发现存储方法不会造成结果的显著差异，个体化差异才是最大差异。

粪便样品储存方法学 β多样性 α多样性 Michelle M Stein

艰难梭菌感染

MMB：一种制备粪菌移植样本的快速低成本方法

介绍准备粪菌移植样本的一种快速而低成本方法，推荐看一看。

艰难梭菌感染样品制备粪菌移植

Microbiome：粪便样本，必须存-80℃或2天内提DNA

将粪便样本存在-80℃两年，或者常温下存放2天以上，会有什么变化？这篇文章给出了答案。

样本储存样本处理粪便样品 Dusica Maysinger Dusica Maysinger

Microbiome：提取慢性肺病患儿样本，怎样最科学？

比较不同部位采样方法，做微生物组的对比分析，确定出最科学的采样部位和方法，这个对临床有很大的指导意义。

慢性肺病支气管肺泡灌洗鼻咽微生物口咽微生物儿童肺病

CPMB：一种更强大的微生物组DNA富集方法

① 微生物组分析中，样品里的宿主DNA可能对结果造成影响； ② 在测序之前去除宿主DNA可获得更高的微生物组基因的测序深度； ③ 本文介绍了一种新的微生物组DNA富集方法； ④ 甲基化的宿主DNA，例如人基因组DNA被选择性地除去； ⑤ 这种方法产生的测序数据中微生物DNA的比例更高且质量更好。

二代测序富集方法样品制备文库制备 Katri Korpela

AEM：测口腔菌群，哪种采样和储存方法靠谱？

关于对口腔菌群进行采样和储存的研究，好的方法学，推荐给大家。

样本采集样本储存口腔菌群 Sandrine P Claus Sandrine Ellero-Simatos

Gut：粪便样品室温保存而菌群不变，有何妙招？

把粪便放在一种神奇的溶液里，菌群就不会再变了，是什么呢？看看上文。

硫氰酸胍室温粪便样品粪便菌群结肠镜检查

SR：提取宏基因组DNA的靠谱改进方法！

这篇文章的作者自诩新方法能成为DNA样本提取的黄金标准，每天都在提取DNA的群友们看一看评一评，告诉大家真的有那么牛气冲天么？

DNA提取 THSTI 宏基因组测序方法学 Janelle S Ayres

广州医大团队：粪便放室温一定时间，菌群有何变化？

把婴儿粪便样本室温放置2小时内，会对菌群分析有影响么？看看广州医科大学团队的研究结果。

婴儿粪便微生物组成室温 Christopher E Doughty Christopher E Doughty

肠道黏膜相关微生物群

APT：新工具，搞定不被交叉污染的肠黏膜样本！

希望研究肠道黏膜微生物的人必读，新方法也必须尽快用上。

肠道黏膜相关微生物群布里斯班无菌活组织提取设备(BABD) WeiFei Zhu Roy L Silverstein