Robert D Finn

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Robert D Finn

文章数：8篇

用于微生物组序列组装、分析和存档的MGnify平台更新

MGnify平台（https://www.ebi.ac.uk/metagenomics）可用于微生物组序列组装、分析和存档。近日，欧洲分子生物学实验室在Nucleic Acids Research上发表最新研究，进一步扩展更新了MGnify平台。3年来，MGnify不仅在包含的数据集数量方面有所增长，而且还增加了分析的广度（如对长读长序列的分析），并且在蛋白数据库、API以及web网页端都做了较大的更新，并且用户还直接远程控制服务器分析微生物组数据，便于微生物组分析惠及大众，值得关注。

MGnify平台微生物组数据分析研究论文基础研究生信分析工具

皮肤微生物组

Nature子刊：细菌培养和宏基因组学结合，助力皮肤微生物组研究

人类皮肤微生物组的变化与痤疮和特应性皮炎等皮肤病有关。有研究对皮肤微生物组在健康或疾病中的作用进行的宏基因组调查发现，许多测序数据与参考基因组不匹配，使得宏基因组数据集难以解释。Nature Microbiology发表的研究，将培养方法与宏基因组分析相结合，建立了皮肤微生物基因组集（SMGC），其中包括从7535个metagenome-assembled genomes（MAGs）中鉴定出来的622个原核生物物种，以及251个培养的细菌基因组，12个真核生物基因组和数千个非冗余病毒序列。通过SMGC，可以更精细的描述人类皮肤样本中微生物的多样性。本研究或可帮助我们增加对皮肤微生物群在健康方面的认识，并设计治疗方法来对抗与微生物相关的皮肤疾病。

皮肤微生物组细菌培养宏基因组

鸟枪宏基因组测序

Nature子刊：宏基因组中挖掘原核基因组的分析流程

在本方法中，作者使用 Almeida 等人探索的宏基因组数据集的一个子集展示了从宿主相关的短读长鸟枪宏基因组测序数据中恢复原核基因组的流程。作者简要讨论了这些方法如何应用于其对人类皮肤菌群的研究。本方法的重点主要是工具的具体应用，而不是讨论工具的所有可能的输入和输出。在故障排除部分，作者还讨论了可能出现的部分问题，但作者预计其他问题可以在与每个工具关联的 GitHub 问题部分中解决，或者如果适用，在与此方法关联的 GitHub (https://github.com/Finn-Lab/MAG_Snakemake_wf ）。

鸟枪宏基因组测序原核基因组宏基因组组装的基因组分析流程组装

微生物参考基因组

Nature子刊：高达20万个微生物的人类肠道微生物组参考基因组集

人类肠道微生物组与人类健康和疾病有关的重要表型密切相关。缺乏足够微生物多样性的完整参考基因组，妨碍了对微生物组中单个物种的作用及其功能和相互作用的理解。因此，建立微生物参考基因组和基因的整合数据库，是准确表征肠道微生物物种分类和功能的重要步骤。本文生成了代表人类肠道微生物组的20万个基因组和1.71亿个蛋白质序列的基因集，其中的4,644个物种中，有71％缺乏培养的菌株，表明大多数微生物仍有待实验表征。本研究获得的高质量参考基因组集可极大提高宏基因组研究的分辨率和准确性，对人类肠道微生物组与表型的关联分析提供了数据基础。遥想十年前Science和Nature发表的微生物组里程碑研究中鉴定出的178个微生物基因组和330万个微生物基因（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1070911392）（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1083232040），这十年间科学家们在微生物组参考基因集方面的进展速度可谓是呈指数级增长。

微生物参考基因组肠道微生物组 UHGP 功能注释宏基因组组装基因组

微生物分类

Nature子刊：用单拷贝基因系统发育方法分析OTU

16S rRNA基因用于系统分类学研究的地位已经不稳了。之前就有研究人员通过单拷贝基因构建了新的生命之树（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1087194889），发现有明显优势。《Nature Communications》近期发表研究，又进一步基于新的生命之树开发了mOTUs2菌群分析工具。随着宏基因组测序的不断发展，这种分析方法或许将成为菌群结构分析的标准动作之一，非常值得关注！

微生物分类菌群结构生物信息学工具宏基因组学生物信息学数据库

新肠道细菌

Nature：发掘未知的肠道细菌

解读肠道菌群结构存在的宿主差异有助于阐释菌群对宿主健康的具体影响。Nature近期发表研究，鉴别出了1925种潜在肠道细菌，极大地丰富了已知肠道菌群种类和功能，尤其丰富了非洲和拉美地区人群的肠道菌群信息。该研究对详细阐释肠道菌群种类和功能具有参考价值。

新肠道细菌 Bacterial genomics metagenomics Microbiome 方法学

基因组数据库

Nature子刊：包含近800个肠道菌株全基因组数据的新数据集

Nature Biotechnology上发表的一项最新研究，发布了一个新的人体肠道细菌基因组数据集，包含了来自4个门、31个科、273个种的737个菌株的全基因组数据，这些菌株是从20个成年人的粪便样本中培养并分离的。该数据集使人体胃肠道细菌基因组的数量增加了37%。

基因组数据库人粪便菌群宏基因组培养组学基础研究

Gigascience：宏基因组学研究流程如何标准化？

宏基因组学的研究发展特别是成熟的时间并不长，为此很多方法学并不统一。这篇Gigascience上的文章，呼吁研究者采用更加一致的分析方法和工作流程，很有实际意义！PS，Gigascience是华大基因主办的开放期刊，很赞是不是？

宏基因组元数据可重复性采样测序