Philip Hugenholtz

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Philip Hugenholtz

文章数：14篇

微流控平台

Nature：对“食物”的趋化作用塑造了海洋菌群的微观组织

浮游海洋微生物积极寻找和利用微尺度化学热点的能力已被广泛理论化，以影响海洋-盆地尺度的生物地球化学, 但从未在天然菌群中进行过全面的原位检查。本研究，作者使用一个基于现场的微流控平台来量化海洋细菌和古生菌的行为反应，经过几个月，在多个部署的沿海现场站点，作者观察到对浮游植物衍生的溶解有机物 (DOM) 微尺度热点的显著趋化性。研究结果表明，天然原核微生物组合的游动行为受特定化学引诱剂的控制，这决定了重要的生物地球化学转化过程和构成海洋食物网基础的生态相互作用的建立。

微流控平台海洋原核生物溶解有机物生物地球化学转化海洋食物网

古菌基因组

Nature子刊：古菌基因组的标准化物种分类方法

本研究提出了古细菌域(发布 R04-RS89)的基因组分类数据库 GTDB(GTDB; gtdb.ecogenomic.org)分类法，包括来自培养和未培养生物的 2,392 个基因组。该分类学版本限定了 16 个门，包括来自 Euryarchaeota 主要单系单元的 3 个门和由 Thaumarchaeota–Aigarchaeota–Crenarchaeota–Korarchaeota(TACK)超门合并产生的一个门。古菌分类法可在 GTDB 网站 (https://gtdb.ecogenomic.org/) 上公开获得，作者通过在线论坛 (https://forum.gtdb.ecogenomic.org) 邀请社区参与和对分类法问题的反馈。

古菌基因组物种分类数据库蛋白质系统发育相对进化差异标准化

IFN-λ或可用于预防胃肠道移植物抗宿主病

免疫病理及肠道干细胞（ISC）缺失是同种异体骨髓移植后的胃肠道移植物抗宿主病（GVHD）的主要表现。来自Blood上发表的一项最新研究，发现缺失Ifnlr1（与IL-10RB共同组成IFN-λ受体）可导致ISC的增殖能力受损，并恶化骨髓移植后的小鼠胃肠道GVHD；而接受PEG连接的重组IL-29治疗可增强ISC的增殖表型，以缓解胃肠道GVHD。机制上，NK细胞及Lgr5+ ISC中的Ifnlr1信号分别介导了造血细胞及非造血细胞对GVHD的保护性作用。

IFN-λ 研究论文基础研究啮齿动物（小鼠）胃肠道移植物抗宿主病

菌群-免疫互作

口腔链球菌失调可能促进关节炎的发生发展

Annals of the Rheumatic Diseases上发表的一项最新研究，发现类风湿关节炎（RA）患者及其直系亲属的口腔菌群失调，主要表现为链球菌科的增加。分离并鉴定出的链球菌属物种——S. parasalivarius可通过其产生的肽聚糖-多糖聚合物及链球菌细胞壁，在体外诱导炎症因子的产生，并可诱导小鼠的慢性关节炎。该研究结果提示，口腔菌群失调（尤其是链球菌失调）可能促进类风湿关节炎的发生发展。

菌群-免疫互作研究论文基础研究啮齿动物（小鼠）类风湿关节炎

慢性阻塞性肺病（COPD）

Nature子刊：COPD患者的肠道菌群及代谢产物变化

慢性阻塞性肺疾病（COPD）是全球第三大死亡原因，表现为持续的肺部炎症，尚缺乏有效治疗方案。已有大量研究报道肺部菌群能加剧疾病进展，但肠道菌群的作用仍不清楚。Nature Communications上发表的一篇文章，对COPD患者的肠道菌群及其代谢产物进行了多组学测量和整合关联分析，发现患者和健康人的肠道菌群差异显著：COPD患者肠道菌群丰度显著低于健康人群，同时，链球菌科在COPD患者中显著富集，并找到了与其密切关联的N-乙酰谷氨酸等13种代谢产物。该研究首次在肺部菌群分析的基础上揭示了肠道菌群对于COPD疾病进展具有一定的贡献，助力于寻找疾病相关的生物标志物。

慢性阻塞性肺病（COPD）研究论文基础研究队列研究肠道菌群代谢产物

微生物命名

Nature子刊：命名不可培养的古菌和细菌的两条路径（共识）

随着DNA测序技术的广泛应用，人们发现了大量不可培养的古菌和细菌，对于这些原核生物的命名目前仍缺少清晰、稳定的规则。为解决这一问题，在Nature Microbiology上发表的一篇共识声明文章提出了包含两条路径的路线图，并呼吁学界共同努力来完善和推进相关工作，推荐专业人士参考。

微生物命名细菌古菌共识声明

呼吸道菌群

Lancet子刊：慢性呼吸道疾病中的呼吸道菌群（综述）

The Lancet Respiratory Medicine上发表的一篇综述文章，详细介绍了慢性呼吸道疾病中，呼吸道菌群（包括病毒及真菌）的组成、与宿主免疫系统的互作机制、在疾病中发挥的功能效应，并讨论了呼吸道菌群如何与治疗方式互相影响，以及呼吸道菌群作为治疗靶点的可能。

呼吸道菌群慢性呼吸道疾病呼吸道菌群菌群-免疫互作 Ilias Attaye

脊柱关节病

IL-23促进脊柱关节病相关的菌群失调

Annals of the Rheumatic Diseases上发表的一项最新研究，发现在小鼠的脊柱关节病模型中，IL-23抗体处理可抑制疾病的发展，并抑制与疾病相关的菌群失调。

脊柱关节病 IL-23 gastrointestinal tract microbiota spondyloarthropathy

以海神之名：确立全球含量最丰富的 II 类古菌的分类地位

II 类海洋(Marine Group II，MGII)古菌是海洋表面含量最丰富的浮游古菌。本文基于宏基因组进化分析等方法，为此类古菌定名、拟定族谱等，为将来的相关研究打下良好基础。

海洋菌群古菌群海洋宏基因组水平基因转移

系统发生学

Nature子刊：依据细菌共有单拷贝蛋白构建新的生命之树

16S rRNA基因是现有细菌分类系统的基石。这个仅以单基因核酸差异构建的细菌生命之树并非尽善尽美。Nature Biotechnology上面的一篇报道，将单基因分类系统扩展到120个细菌共有单拷贝蛋白质，在大量氨基酸水平差异的基础上构建新的分类系统（命名为GTDB），大幅修正了现有的细菌生命之树。

系统发生学 16S rRNA 基因分类多序列比对

参考基因组

Nature子刊：迄今为止最大规模细菌及古细菌参考基因组数据

Nature Biotechnology[IF：41.667]在本月发布的迄今为止最大规模细菌及古细菌参考基因组数据，这是菌群数据库的一个重大进展，必须值得关注。

参考基因组

移植物抗宿主病

Blood：特定肠道菌群调节急性移植物抗宿主病

Blood出品，必属精品，关于肠道菌群和移植物抗宿主病的关系的研究，推荐阅读。

移植物抗宿主病细胞因子 Wei Song Wei Song Norbert Perrimon

Nature Reviews：肠肺相连，靶向肠道菌群治疗肺部疾病（必读综述）

Nature Reviews Microbiology刚刚上线的综述，系统性介绍肠-肺轴，并对靶向操控肠道菌群以治疗肺部疾病的潜力做详细介绍，近期最值得一读的文章之一，强烈推荐！

Asthma Bacterial host response Microbiome microbiota Respiratory tract diseases

Microbiome：暂无法培养的细菌，可用测序剖析它！

最近很多文章在讲如何培养肠道细菌，而其实如果暂时培养不出来，还是有办法把某些细菌分析个透的，这不，看看拟杆菌中的一科，被精准分出具有不同功能的3株。

S24-7 恒温动物拟杆菌肠道菌群全基因组分析