Aleksandar D Kostic

肠道菌群与疾病/表型的关联研究具有重要意义，不仅能为疾病的诊断提供候选标志物，还可指导后续的机制研究。然而，菌群关联研究中常可见到不一致的结果。造成这一现象的原因可能有很多，比如DNA提取方法、生信分析流程、建模策略、混杂因素的校正等，都可能对研究结果产生影响。PLoS Biology发表的这项研究，提出了一种方法，可用于评估菌群关联研究结果的可靠性，并用该方法对已发表的部分微生物-疾病关联进行了系统性的评估。

菌群-疾病关联性

疾病诊断

Nature子刊：跨疾病的微生物组诊断指标或可实现！

Nature Communications近期发表的文章，提出微生物组疾病“结构”，即用一个识别模型选择相关联的平台将100万多个微生物特征与13个队列的7个宿主表型联系起来，通过量化微生物组疾病关联的保守性和异质性，并从基因水平的分析鉴定菌株特异性、交叉疾病、正向和负向的关联。研究或推动基于基因的跨疾病微生物组诊断。

疾病诊断跨疾病微生物组诊断指标

Archaeology

Nature揭秘：距今千年的古人肠道里有啥微生物？

现代工业化造成的生活方式改变，对肠道微生物组造成了严重影响。之前的研究表明，工业化的生活方式可能会造成肠道微生物组多样性下降，并与肥胖、自身免疫性疾病等慢性疾病相关。而该文章通过对古粪便样本进行分析，揭示了古人的肠道微生物组组成和功能特征，为人类微生物组的进化历史提供了一定的提示。

Archaeology metagenomics Microbiome

微生物组基因多样性

Cell子刊：人消化道中海量的微生物基因，有一半是“独特的”

人类微生物组中有多少微生物基因？Cell Host and Microbe上周发表的一项研究分析了3600多个人口腔或肠道的宏基因组，鉴定出超过4500万个微生物基因，发现每个人有一半的微生物基因是独特的，这些基因具有多样化的潜在功能，主要存在于稀有菌株中。这些发现揭示了人类微生物组基因巨大的多样性，为进一步分析微生物组基因和功能与宿主健康的关系打下基础。

微生物组基因多样性 Oral microbiome gut microbiome metagenomics gene catalog

代谢组学

Nature子刊：基于扩增子或宏基因组测序，预测菌群代谢组

分析菌群代谢组有助于阐释菌群功能，但是对大规模样本进行代谢组学分析还是比较困难且昂贵的。Nature Communications近期发表一项研究，开发了一种算法，可通过机器学习，基于宏基因组或扩增子数据来预测菌群的代谢组，值得专业人士关注。

代谢组学宏基因组学微生物组机器学习 Chengjia Qian

运动能力

Nature子刊：特定肠道菌将乳酸代谢为丙酸，或可增强运动能力

肠道菌群与许多生理功能存在密切关联，《Nature Medicine》上最新发表的一项有趣研究，发现运动员中肠道内的韦荣球菌与运动能力存在关联，并进一步在小鼠中揭示出这类细菌或许是通过将运动生成的乳酸转化为丙酸，来发挥增强运动性能的作用，这些发现是否会催生改善运动员表现的菌群干预方法？让我们拭目以待~

运动能力肠道菌群 homeostasis Metabolism Microbiome

细菌-宿主互作

Cell子刊：拟杆菌鞘脂有助于维持肠道稳态

鞘脂类是细菌重要的结构物质，也是真核生物的信号物质。《Cell Host and Microbe》近期发表研究，拟杆菌对维持肠道稳态的作用依赖于表面鞘脂的合成。该研究不仅揭示了肠道细菌-宿主互作的一种新机制，还详细阐述了新的细菌鞘脂的合成通路，值得参考。

细菌-宿主互作肠源鞘脂神经酰胺 sphingolipids Microbiome Bacteroides

结直肠癌

MSI状态影响具核梭杆菌与大肠癌免疫应答的关系

具核梭杆菌与大肠癌关联密切，Cancer Immunology Research近期发表研究，分析美国两个队列研究中1000多例结直肠癌患者的数据，发现具核梭杆菌与患者的微卫星不稳定性状态互作，决定抗肿瘤免疫应答。

结直肠癌微卫星不稳定性具核梭杆菌肿瘤免疫应答

克罗恩病

Cell子刊：基于微生物组的克罗恩病研究

Cell Host & Microbe十年回顾，回望2014年发表的文章，值得一读。

克罗恩病幼儿生物多样性指数肠道粘膜疾病预测

免疫原性

Cell：不得自身免疫病，靠儿时细菌的免疫训练？

最新Cell，再次证明肠道菌群在正常免疫系统发育过程中的重要作用。

LPS 免疫原性自身免疫 Maartje van der Heijden Louis Vermeulen

肠黏膜屏障

Cell子刊：IBD中微生物和宿主的相互作用（综述）

关于炎症性肠病（IBD）的重磅综述，系统性介绍了：① 微生物是如何通过改变微生态结构、破坏肠黏膜屏障、调节固有和获得性免疫以及中枢神经系统功能失调来引发肠道疾病的；② 这篇综述的论述对象是IBD，但对于环境性肠下垂以及慢性溃疡引发的大肠癌也有指导意义。

IBD 肠黏膜屏障免疫中枢神经系统肠下垂

一型糖尿病

Cell子刊：易感一型糖尿病婴儿的肠道菌群动态变化

① 对33个具有I型糖尿病（T1D）遗传倾向的婴儿进行肠道微生物组分析；② 尽管特征物种的菌株组成在个体间是高度可变的，但在整个婴儿期内，高丰度的菌株组成在个体内是稳定的；③ 婴儿期肠道微生物的代谢组成和代谢途径的丰度相对稳定；④ 血清转化后，T1D发病前的这段时间，婴儿的肠道菌群α多样性显著下降，炎症相关的有机物、基因功能以及血清和粪便代谢物增加。

一型糖尿病婴儿肠道微生物 Anja Pomowski Isabel Uson Zuzanna Nowakowska

炎症性肠病

Immunity：从IBD看菌群在转化医学中的潜力（综述）

经典文献分享，2014年发表在Immunity [IF：24.082]的关于利用IBD作为理解复杂炎症性疾病中人体微生物组角色的最佳模型的综述，没看过的人看一下，必有收获。

IBD 炎症性肠病转化医学 Bryan White Nam-Phuong Nguyen

克罗恩病

Cell子刊：新发克罗恩病患者接受治疗前的微生物组

2014年的文章，但现在看来还是很有参考意义，对克罗恩病等肠道疾病来说，相关微生物组都有什么成员，它们的角色是什么，会是新疗法的最重要基础。

克罗恩病直肠粘膜抗生素儿童炎症性肠病