Michael G Surette

菌群究竟是何时在人肠道中定植的？这一问题的答案目前仍有争议。尽管许多研究都报告了新生儿胎粪中存在细菌DNA，但这些样本通常是在出生后数小时至数天内收集的，不能排除这些菌群是在出生过程中和之后获得的。Nature Microbiology近期发表的一项研究，通过严格的实验设计来最小化出生和实验过程中的细菌污染，对胎儿胎粪进行了菌群检测，表明肠道菌群在健康足月胎儿中的定植不是发生在出生之前。

胎粪菌群肠道菌群定植

衰老

Cell子刊：肠道菌群与老年健康（综述）

“很多人都想长生不老，但却并没有人希望老去。”衰老似乎是人们比较恐惧的一个问题，尤其是衰老带来的一系列健康问题。最近的研究分析结果表明，衰老与肠道菌群也有着千丝万缕的联系。Cell Host and Microbe上发表的最新综述，介绍了衰老过程中的生理和免疫变化如何促成菌群失调，及其对老年健康的潜在影响，总结了长寿老人与老年衰弱者的菌群差异，并展望了或能改善老年健康的菌群干预方法。

衰老 microbiota aging age-associated inflammation intestinal permeability

肺囊性纤维化

Nature子刊：富集培养结合宏基因组测序，分析囊性纤维化肺部菌群

16S rRNA基因测序能确定微生物组成和相对丰度。然而，需要元基因组测序来确定一个群落的遗传作用和功能潜力。宏基因组学在以宿主DNA为主的样本中具有一定困难，例如来自皮肤、组织和呼吸道的样本，往往存在非微生物DNA的污染。为解决这一问题，Nature Microbiology最近发表的研究，把16S rRNA基因测序、宏基因组测序与平板富集培养相结合，开发了一种平板覆盖算法（PLate Coverage Algorithm，PLCA），分析了囊性纤维化肺部菌群。结果表明，培养富集与直接测序相结合，能增加可观察到的菌群分类多样性，其中包括直接测序不能检测到的微生物群，并且对微生物的功能注释更加全面。将PLCA应用于先前发表的，通过培养富集的肠道菌群数据，证明该算法并不局限于肺微生物组或特定的培养条件。本研究提供的方法或更好地帮助了解人类微生物群在健康和疾病中的作用。

肺囊性纤维化肺部菌群 PLate Coverage Algorithm 呼吸道菌群 Kim B Jensen

婴儿菌群

儿童口腔鼻咽部的菌群或揭示呼吸道感染发生

发表在《American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine》上的一个短篇报道提示，儿童在发生呼吸道感染之前一个月，其口腔鼻咽部菌群已有明显变化，并且这种变化规律呈现两者差异减少，并且在呼吸道感染过程中，鼻咽部菌群不断变化。文献报道这种规律同样在老年人中可以发现。菌群监测作为疾病发生风险的评估手段成为可能。

婴儿菌群 Microbiome nasal carriage 短篇报道婴儿

呼吸道感染

鼻咽和口腔的菌群差异丧失或增加呼吸道感染风险

《American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine》发表的一篇评论文章，简单阐述了婴幼儿呼吸道感染的母体和菌群因素，并围绕Man等人的研究（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1065415317）展开讨论，提出鼻咽和口腔间的菌群差异或影响呼吸道感染易感性。

呼吸道感染鼻咽部菌群 Microbiome nasal carriage

食物过敏

Nature子刊：细菌蛋白水解酶可直接影响食物过敏反应

《Nature Communications》近期发表研究，发现在乳糜泻病人十二指肠中增殖的假单胞菌，可通过其表达的蛋白水解酶直接影响宿主与食物过敏相关的免疫应答。该结果对阐释乳糜泻的发病机理具有重要参考价值。

食物过敏细菌-免疫互作人体研究动物实验乳糜泻

神经-菌群互作

肠道炎症中5-羟色胺对菌群的影响

5-羟色胺是一种可由肠道细胞分泌神经递质。本研究发现了5-羟色胺具有调节肠道菌群的功能，该功能与肠道炎症、尤其是结肠炎相关。该结果显示，5-羟色胺与肠道菌群的关联有望作为调节肠道炎症状况的靶标，对研究神经系统-菌群互作、开发肠道炎症缓解方法具有参考价值。

神经-菌群互作 5-羟色胺 5-Hydroxytryptamine (5-HT) Colitis microbiota

肠道屏障

菌群对肠道屏障发育的影响只在围产期？NO~

成熟而稳定的肠道黏膜对抵御感染具有重要价值。本研究发现共生菌群的定植对肠黏膜成熟具有重要影响，而且该影响不仅限于生命早期。该结果对开发增强肠道屏障功能的菌群干预手段具有参考价值。

肠道屏障菌群-宿主互作菌群移植肠道屏障功能肠道屏障结构

囊性纤维化

唾液菌群或可预测囊性纤维化的疾病进展

囊性纤维化 cystic fibrosis respiratory infection 囊性纤维化纵向研究

B型链球菌

SR：孕妇分娩期用抗生素，婴儿菌群成熟推迟

在分娩期使用抗生素来预防B型链球菌的感染，是常见的做法，母亲在婴儿出生前的短短时间里用抗生素，会对孩子的肠道菌群有多大影响呢？看看这项研究。

B型链球菌分娩期抗生素预防

阿霉素

ACSID：肠道菌群如何代谢抗肿瘤药物阿霉素

这又是一篇重要的肠道菌群代谢抗癌药物的研究，关注阿霉素。值得专业人士特别关注。

阿霉素药物代谢去糖基化

Gastroenterology：长双歧杆菌NCC3001或降低IBS患者的抑郁倾向

这是Gastroenterology[IF：18.392]发表的关于长双歧杆菌NCC3001用于肠易激综合征（IBS）患者的研究，发现虽然益生菌对焦虑或IBS症状无显著效果，但可改善抑郁症评分，通过功能性磁共振成像（fMRI），还发现大脑中特定区域对负面情绪刺激的响应的改变。很值得关注的益生菌临床研究，特别推荐给大家。

抑郁症

Gastroenterology：长双歧杆菌NCC3001或降低IBS患者的抑郁倾向

这是Gastroenterology[IF：18.392]发表的关于长双歧杆菌NCC3001用于肠易激综合征（IBS）患者的研究，发现虽然益生菌对焦虑或IBS症状无显著效果，但可改善抑郁症评分，通过功能性磁共振成像（fMRI），还发现大脑中特定区域对负面情绪刺激的响应的改变。很值得关注的益生菌临床研究，特别推荐给大家。

抑郁症肠易激综合征长双歧杆菌NCC3001 anxiety depression

假单胞菌

AATS：囊性纤维化患者的菌群进化

① 本文选取3组共45名囊性纤维化患者，收集18-21岁间的痰液样本，采用比较队列研究探讨囊肿性纤维化（CF）菌群随时间的变化情况；② 三组队列均表现出健康改善和进行改善疾病治疗的趋势；③ 最近的队列菌群多样性增加，β多样性与过渡队列相关；④ 假单胞菌为主的样品比例随时间下降，而链球菌增加；⑤ 三组CF连续队列的菌群组成和结构发生了适度变化，与临床症状改善情况一致，但核心菌群保持不变。

假单胞菌链球菌肺部菌群囊性纤维化

囊性纤维化

Microbiome：氨曲南如何影响囊性纤维化患者肺部菌群？

关于使用抗生素后，口腔、肺部菌群如何改变的研究，同时也研究了丰度不同的菌如何影响对抗生素治疗的应答，很值得一读。

囊性纤维化氨曲南肺部菌群 microbiota AZLI

BMC Medicine：鼠李糖乳杆菌JB-1改善小鼠肠脑轴和宿主代谢

近期又一篇高影响因子的商业化益生菌相关研究，值得国内关注益生菌的人看看。

Behaviour

BMC Medicine：鼠李糖乳杆菌JB-1改善小鼠肠脑轴和宿主代谢

近期又一篇高影响因子的商业化益生菌相关研究，值得国内关注益生菌的人看看。

Behaviour Chronic social defeat gut-brain axis Immune system microbiota

上呼吸道

FEBS Letters：人体上呼吸道菌群的特征（综述）

关于呼吸道菌群，FEBS Letters上这篇综述值得读一读，推荐给大家。

上呼吸道微生物组微生物间相互作用定植和感染 Binh An Diep

16s rRNA测序

GM：丰度大于0.1%的粪菌，95%可培养出来！

关于粪便中哪些菌能被培养出来的话题，是最近火热的话题，Genome Medicine这篇文章，提供了一个新方法，推荐给大家。

culture-enriched molecular profiling 16s rRNA测序细菌培养 Lingli Zhang Wei-Yun Zhu

人类微生物组计划

Science：破解人类肠道中178个微生物基因组（2010）

2010年，在Nature公布MetaHIT测出来的参考基因目录后不久，Science公布了HMP团队破解的178个微生物参考基因组。MetaHIT和HMP团队你来我往，好不热闹！可惜，现在哪个计划可以跟美国国家微生物组计划NMI抗衡？

人类微生物组计划宏基因组测序 Etienne G Krug Etienne G Krug