David A Relman

阴道菌群研究论文妊娠卷曲乳酸杆菌乳酸杆菌

Molecular Cell近期发表的一篇小综述，重点介绍了人体与肠道共生菌和致病菌，在对锌、铁、B族维生素等微量营养素的利用方面存在的协作与竞争机制。

宿主-菌群互作微量营养素肠道菌群铁锌

噬菌体基因组通常较小。但Nature近期发表的文章发现了不同样本，如人类、动物和环境微生物组中均存在巨型噬菌体，其中最大噬菌体的基因组拥有73.5万对碱基，比许多细菌宿主的基因组还要大的多，甚至具备CRISPR/Cas系统，颠覆了传统认知。

巨型噬菌体 CRISPR基因编辑系统 Bacteriophages environmental microbiology metagenomics

肠道菌群演化

Nature子刊：用Hi-C技术追踪人体肠道菌群的演化和水平基因转移

《Nature Microbiology》发表的这项研究，通过Hi-C技术鉴定了肠道微生物组在十年间的变化，包括附属元件（非核心基因元件）的大量交换和核心基因组的适应性进化。

肠道菌群演化 Hi-C 水平基因转移

抗菌素耐药性

利用菌群对抗耐药性（综述）

肠道菌群一直被认为是抗生素耐药性积累和扩散的重要区域。《PNAS》近期发表综述，系统性阐述了免疫系统、菌群和抗生素使用之间的关联，指出了使用疫苗、菌群干预手段等在管控抗生素耐药性上的潜力，值得参考。

抗菌素耐药性菌群免疫系统基因横向转移抗生素耐药性管控

生物信息学工具

R软件包 decontam 可用于去除污染序列

基于污染序列特征，在结果分析时去除污染序列的生物信息学工具 decontam 应该不仅仅会提高分析结果的准确性，或许还能发现那些实验本身存在问题的数据集。

生物信息学工具 16S rRNA gene DNA contamination Marker-gene metagenomics

多组学

多组学建模分析孕期母体的综合变化

Bioinformatics发表研究，对女性孕期的生理学进行纵向的多组学分析，并对这些数据进行计算建模，不仅可准确预测样本对应的孕龄，还揭示了孕期不同生物系统间的新型互作，为孕期母体变化提供了一个综合的生物学模型，为未来研究早产和妊娠疾病背后的生物系统互作机制提供了一个框架和参照。

多组学建模孕龄 Rene Jackstadt Owen J Sansom

口腔菌群

Nature子刊：唾液影响口腔细菌的空间分布

菌群领域研究火热，但对菌群在组织器官中的空间分布还所知甚少。Nature Communications[IF：12.124]本月上线了斯坦福大学医学院大牛David Relman主导的研究，对口腔菌群的空间分布模式进行了分析，发现存在一种从前到后（门牙到臼齿）的梯度变化规律，唾液可对这种模式的形成有重要影响。这些发现，或为研究身体其他部位菌群的空间分布及其对健康的作用提供参考。

口腔菌群空间分布唾液

肠道菌群建立

一图读懂：婴儿肠道“先锋细菌”的来源和重大生态学意义！（Nature Reviews必读综述）

Nature Review近期发表综述，系统性总结了影响婴儿肠道菌群建立的生态过程，尤其强调了优先效应——微生物进入肠道的顺序和时间对早期菌群建立的影响——的作用。对优先效应的深入研究，不仅有利于理解肠道菌群的建立机制，同时也对菌群干预手段的研发、优化具有指导意义，值得专业人士关注。

肠道菌群建立婴儿优先效应

肠型

Nature子刊：利用“肠型”对肠道菌群进行分类

这是Nature Microbiology发表的重要文献，包括王俊、赵立平等两位中国科学家在内的29位菌群研究领域的重量级科学家，针对“肠型”这个概念进行了新的探讨，以求推动对这个重要概念的统一认识并将其推到实践。新方案是综合之前多种分型方案之长但充分考虑菌群功能、生态学及临床需求的在线方法。具体方法值得专业人士去深挖，我们仅简要介绍。特别推荐！

肠型 Trevor Beaudoin Charles M Deber

高血压

Nature：高盐伤菌促高血压的研究有三大局限性！

Nature刚刚发表的关于“高盐饮食损伤肠道菌群，促进高血压”的研究（http://www.xunludkp.com/papers/read/1042107176）或许刷爆了专业人士的朋友圈，但同期杂志配发的新闻稿是很理性的，除了肯定新研究对高盐促进高血压机制研究的推动作用，还明确提出了研究的三个重要局限性。研究很给力，很让人激动；评论很靠谱，很理性，都值得好好读读。

高血压鼠乳杆菌高盐饮食 Sangeeta Khare Kuppan Gokulan

婴儿发育

Nature：要新增微生物视角观测婴儿发育过程！

婴儿发育微生物视角母亲微生态学阴道菌群口腔菌群

肠道菌群

Nature综述：如何建立促进健康的肠道菌群？

简短评论文章，但值得看看。

肠道菌群健康

生命树（tree of life）

Nature微生物学：生命树新观

微生物的进化理论，要重塑么？

生命树（tree of life）进化

人体微生物组

JAMA：人体微生物组及未来医学实践

小秘书推荐这篇文章，是为了推荐里面的图，转需。

人体微生物组

微生物组学

Microbiome：人体微生物组学的未来在哪里？

① 2013年7月24日至26日在美国马里兰州的贝塞斯达召开了题为“人类微生物组学:憧憬未来”的学术会议；② 会议汇集了人类微生物组研究领域的专家，旨在全面介绍微生物组研究的现行状态，但更重要的是确定并讨论这个新兴领域研究的不足，挑战和机遇；③ 本报告将总结一下专家演讲报告，并阐述了在继续推动并提供医学转化应用方面，人类微生物组该做什么样的研究。

微生物组学 Jing Sun Jiaming Liu

协同进化

Cell：小鼠肠道免疫要成熟，靠小鼠而非其他动物的菌群

这是2012年发表在Cell的重量级研究，解答了一个很重要的问题——是不是随便来源于哪种动物的菌群都能促进小鼠的免疫系统发育和成熟？答案是否定的，特定动物的祖先和它们的菌群经历了亿万年的共同进化，彼此是休戚与共、如胶似漆的伴侣，不会轻易由外来“第三者”菌群来决定对宿主来说生死攸关的免疫系统发育。文章已经发表了5年多，但现在看来依然让人很有启发，值得好好读一读，特别推荐！

协同进化免疫成熟 Lu Qi Yoriko Heianza

HMP

Nature：我们到底是谁？（2012）

2012年，HMP研究团队在Nature上介绍阶段性成果，为此Nature专门发出这篇新闻，题目就叫“了解我们到底是谁”，对人类和微生物的共生关系做了新视角的介绍，从此，“你不是你自己”“你是嫁给你的微生物的你”等等说法开始流行。

HMP Massimo Rugge Massimo Rugge