Luis Pedro Coelho

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文章数：13篇

陈卫华+赵兴明等：用于识别和校正宏基因组数据装配错误工具—metaMIC

构建可靠的宏基因组组装基因组（MAGs）对于理解微生物群落、分类注释和代谢过程重建具有重要意义，因此降低数据组装contigs错误率对于后续分析至关重要。近日，复旦大学类脑智能科学与技术研究院路易斯·佩德罗·科埃略（Luis Pedro Coelho）、赵兴明、华中科技大学陈卫华及团队在Genome Biology发表最新研究，开发了一种基于机器学习，用于全自动识别和纠正宏基因组数据中装配错误的工具metaMIC（https://github.com/ZhaoXM-Lab/metaMIC），通过模拟和真实数据集验证，发现metaMIC的性能良好可为下游分箱提供可靠基础，值得测试。

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宏基因组分箱

复旦大学Nature子刊：基于孪生神经网络的高效宏基因分箱新工具SemiBin

近年来，通过分箱技术从宏基因组样本中可恢复宏基因组组装基因组（MAGs），这极大地扩展了人类和动物肠道参考基因组。近日，复旦大学类脑智能科学与技术研究院路易斯·佩德罗·科埃略（Luis Pedro Coelho）和赵兴明及团队在Nature Communications发表研究，他们开发了一种基于孪生神经网络的高效宏基因分箱新工具-SemiBin（https://github.com/BigDataBiology/SemiBin_benchmark），发现在模拟和真实数据集中，SemiBin的分箱性能显著优于Metabat2、Maxbin2和VAMB等现有工具。总之，SemiBin的开发为从宏基因组数据中恢复高质量基因组提供新的方法和见解。

宏基因组分箱宏基因组组装基因组 (MAGs) 研究论文基础研究人工智能与生物医学

全球微生物基因目录

Nature：复旦大学与多国合作构建全球微生物基因集并揭示其生物地理分布模式

复旦大学人类脑智能科学与技术研究院青年研究员路易斯·佩德罗·科埃略（Luis Pedro Coelho）、教授赵兴明、名誉教授皮尔·伯克（Peer Bork）与来自德国、西班牙、美国、英国等多国科学家合作研究，基于全球菌群的概念，将地球上不同栖息地的微生物作为统一系统，运用人工智能技术对1.3万个公开宏基因组样本进行挖掘，构建了迄今为止最全面的全球微生物基因集，为全球菌群研究迈出了重要一步。该研究同时发现，大多数基因具有栖息地特异性，跨越多栖息地的基因主要富集在抗生素耐药性基因和移动遗传元件。该研究对于理解抗生素抗性的产生，以及未来抗菌药物的研发具有重要的意义，对于理解微生物与人类健康的关系具有重要的作用，该研究将为地球生态研究和人类健康研究做出重要贡献。

全球微生物基因目录抗生素抗性基因可移动遗传元件栖息地特异性罕见基因

海洋宏基因组

Cell：全球海洋微生物群落的宏转录组

Tara Oceans 项目组在之前介绍海洋微生物群落的分类学和基因组组成方面结果的基础上（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1074539881），近日又推出了海洋宏转录组在全球范围内如何变化的研究成果。这项发表在 Cell 杂志上的论文向我们展示了来自全球分布的 126 个采样站的 187 个转录组和 370 个基因组的数据集，包括 4,700 万个基因的资源。研究主要基于维度（极地到非极地）和深度差异，发现了海洋微生物群落的演替和微生物转录组变化的多样性差异。总的来说，全球气候变暖能够驱动海洋微生物群落转录组的变化，直至出现群落更替的现象。

海洋宏基因组宏转录组海洋菌群宏基因组测序气候变暖

宏基因组分析工具

NGLess语言实现快速可重复分析宏基因组的流程NG-meta-profiler

本文是EMBL的生信大佬Peer Bork教授团队开发的可重复分析框架，并搭建了宏基因组分析的快速有参分析流程，方便同行实现主要物种肠道微生物组功能组成的快速分析。

宏基因组分析工具

微生物分类

Nature子刊：用单拷贝基因系统发育方法分析OTU

16S rRNA基因用于系统分类学研究的地位已经不稳了。之前就有研究人员通过单拷贝基因构建了新的生命之树（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1087194889），发现有明显优势。《Nature Communications》近期发表研究，又进一步基于新的生命之树开发了mOTUs2菌群分析工具。随着宏基因组测序的不断发展，这种分析方法或许将成为菌群结构分析的标准动作之一，非常值得关注！

微生物分类菌群结构生物信息学工具宏基因组学生物信息学数据库

口腔健康别忽视！大多数口腔菌能在肠道安家

“病从口入”，《eLife》的一项最新研究似乎再次证实了这一点。该研究对比了470名参与者的唾液和粪便菌种，并在菌株水平分析了细菌从口入肠的情况，证实了肠道中定植部分机会致病菌是来自口腔，提示口腔菌群对肠道菌群健康的影响不容小觑。

口腔细菌 computational biology Human infectious disease Microbiology

抗生素影响

Nature子刊：健康成人的肠道菌群对抗生素扰动有较强的恢复力

Nature Microbiology本周上线的一项重要研究表明，健康成年人的肠道菌群经短期广谱抗生素扰动后，整体上有较强的恢复能力，但也有少数潜在的有益菌种和菌株在半年后仍无法恢复，抗生素耐药基因的携带情况可影响细菌在恢复过程中的定植和生存。这些发现提示，健康成年人偶尔短期服用抗生素，应该不会对菌群造成明显的长期不良影响，但长期和经常性服用抗生素的后果，以及抗生素对儿童和老年人菌群的影响，仍需更多研究。

抗生素影响人体肠道菌群抗生素耐药基因

Nature：土壤菌群特点或影响全球物质循环

土壤菌群的高度多样性在全球物质循环中具有重要作用。本研究通过分析全球189个位点、7560余份土壤样本中的物种和功能基因多样性，发现环境因子和细菌-真菌的相互作用影响全球土壤菌群的丰度、结构和功能，或可为全球物质循环的区域性特点提供解释，值得专业人士关注。

土壤菌群菌群分布模式细菌-真菌拮抗作用 Pilar Guallar-Castillón Ruth Blanco-Rojo

狗也可作为研究肠道菌群的模式生物？

来自Microbiome上的最新研究，对狗的肠道菌群基因进行分析，并研究狗的肠道菌群对饮食的应答，发现相比于小鼠和猪，狗的肠道菌群与人类更为相似。

模式生物狗 Diet Dog microbiome human microbiome

GR：在菌株层面追踪婴儿的肠道菌群来源

谁/什么是孩子肠道菌群的主要贡献者？Genome Research[IF：11.922]上月发表的一项研究，分析并追踪了婴儿肠道菌群中的菌株来源，证明自然分娩的婴儿的肠道菌群主要来自母亲，其他家人和环境中的菌株在孩子后续成长中也能不断定殖。这种机制或许减少了环境中的机会性菌株在后代肠道中的早期定殖，从而对婴儿肠道菌群发育起保护作用。

垂直传播母婴环境菌株追踪 Y Alan Wang

MSB：人体肠道菌群中的亚种

这是 Molecular Systems Biology[IF：9.750]发表的针对2144个人体粪便宏基因组、676个人体口腔样本的大规模物种分析，特别是分析了亚种的数量和功能，巨量数据研究，都值得好好看看。

亚种 genetic variation metagenomics Microbiome Population structure

高速宏基因组功能注释工具eggNOG-Mapper

eggNOG-mapper是一款又快又准的功能基因注释工具，比传统的BLAST或InterProScan方法的注释速度提高2到15倍，同时进一步提高了回收率和降低假阳性率，是目前宏基因组基因注释中的主流方法之一，强烈推荐。

eggNOG 功能注释同源基因鸟枪法宏基因组学功能基因注释