B Brett Finlay

Nature子刊：营养不良如何影响肠道菌群和耐药组？

全球范围内约3.4亿儿童患有多种微量营养素缺乏症并因多重耐药细菌而死亡，肠道菌群是抗菌素耐药性（AMR）的储存库，但目前营养不良对耐药组的影响尚不清楚。近日，发表在Nature Microbiology上的这篇文章，发现微量营养素缺乏会显著改变肠道细菌、真菌菌群和病毒组的组成，且揭示微量营养素如何塑造正在发育的肠道抵抗组。

母乳寡糖

母乳寡糖在过敏性疾病中的作用（综述）

Trends in Immunology上发表的一篇综述，介绍了母乳寡糖（HMO）调控过敏性疾病的机制，并讨论了如何将体外及动物研究转化为临床研究。

母乳寡糖综述过敏性疾病

SARS-CoV-2/COVID-19

Cell子刊：影响COVID-19疾病严重程度的因素（观点）

2020年，新型冠状病毒（SARS-CoV-2）肺炎疫情席卷全球，导致超过690万人死亡。随后越来越多的研究指出，特定肠道菌群与COVID-19严重程度的增加有关。发表在Cell Host & Microbe上的一篇观点文章讨论了肠道菌群、营养失衡和宿主免疫对COVID-19疾病严重程度的不同作用，以及使用多组学方法从肠道系统角度研究它们的重要性。

SARS-CoV-2/COVID-19 肠道菌群微生物-疾病关联

菌群-免疫互作

Nature Reviews：生命早期的菌群-免疫系统互作（综述）

Nature Reviews Immunology上发表的一篇综述，详细介绍了在生命早期免疫系统及菌群的发育成熟过程中的相互作用，并讨论了生命早期的菌群-免疫互作在特异性疾病的发生发展中发挥的重要作用。

菌群-免疫互作综述特应性疾病

致病菌

致病大肠杆菌如何响应肠道菌群代谢物

肠道菌群通过饮食和宿主资源产生并分泌多种代谢物，塑造出可用于病原体定植的生态位，其中定植于结肠的肠出血性大肠杆菌(EHEC) 能引起严重血性腹泻及致命并发症如溶血性尿毒症综合征，然而肠出血性大肠杆菌如何感知和响应肠道菌群代谢物尚不明确。近日，发表在Gut Microbes上的这篇文章，发现EHEC通过改变代谢并激活应激反应，以响应肠道菌群代谢物。本研究有助于深入了解病原体适应宿主环境中存在的竞争微生物的分子机制，最终促进增强定植抵抗力及预防感染等疗法的发展。

致病菌

母乳喂养

母乳喂养或可降低婴儿因抗生素暴露导致的哮喘风险

早期接触抗生素可能导致婴儿肠道菌群的持续破坏，这将与随后儿童哮喘风险升高有关。母乳喂养在生命早期充当肠道菌群的主要调节剂，但其对哮喘的发生风险的影响仍不清楚。本研究通过对儿童队列的数据分析，发现母乳喂养在一定程度上降低因抗生素暴露导致的哮喘风险增高。这为未来哮喘的预防提供了新的思路。

母乳喂养抗生素暴露 HMOs Translation to population health antibiotics

VI型分泌系统（T6SS）

Cell子刊：T6SS可用于抑制肠道病原菌感染

VI型分泌系统（T6SS）广泛存在于革兰氏阴性菌中，是现在细菌研究领域的热点之一。该分泌系统可将多种效应蛋白投递至胞外环境、其它细菌或者宿主细胞内，在细菌抗胁迫、菌间竞争及与宿主的相互作用中发挥重要作用。然而，目前对于VI型分泌系统在病原菌感染宿主过程中发挥的作用尚不清楚。近期一篇发表在Cell子刊，Cell Reports上的一篇论文，通过研究小鼠特有病原菌，鼠柠檬酸杆菌中的两个基因簇编码的两个T6SS，发现其并非此前报道的不具有活性，相反它们对鼠柠檬酸杆菌在小鼠肠道定植中发挥着重要的作用。T6SS-1直接靶向小鼠肠道共生大肠杆菌Mt1B1而实现竞争性定植，而大肠杆菌Mt1B1也通过其T6SS反过来竞争性抑制鼠柠檬酸杆菌等病原菌的定植。这一研究结果显示，T6SS在病原菌和共生菌竞争性定植中发挥着重要的作用，因此T6SS可以作为一种潜在、有效的工具用于干预哺乳动物肠道病原菌感染。

VI型分泌系统（T6SS）鼠肠杆菌 T6SS-1 VgrG1 竞争性定植

肠-肝轴

脂肪肝中的肠-肝轴：营养不良的视角（综述）

非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）与肥胖及代谢综合征相关，营养不良及肠道菌群紊乱也可影响NAFLD的进展。Gastroenterology上发表的一篇综述文章，详细介绍了营养不良促进脂肪肝发生的机制，并概述了在营养过剩及营养不良的情况下的菌群-肠-肝轴及与NAFLD进展相关的关键通路。

肠-肝轴 gut microbiome NAFLD gut-liver axis malnutrition

肠道菌群

婴儿“胎粪代谢-肠道菌群”，如何降低过敏风险？

发表在《Cell Reports Medicine》上的研究提示，新生儿胎粪代谢产物或可预测其未来过敏性疾病的发生风险，具体机制可能是通过改变新生儿肠道菌群结构和成熟度。

肠道菌群胎粪代谢物 Meconium metabolites microbiota maturation allergic sensitization

IgA

Nature子刊：IgA-肠道菌群互作受哪些因素影响？（综述）

Nature Reviews Immunology发表的综述文章，总结了宿主、细菌和环境因素影响IgA -微生物相互作用的证据，包括肠道IgA的抗原特异性和免疫选择，微生物聚糖识别的重要性，以及饮食和营养在塑造微生物-IgA相互作用中的调节作用。在营养过剩和营养不足期间，IgA -微生物群的相互作用被破坏，并可能根据饮食反应而动态改变，这对宿主的健康有潜在的影响。推荐阅读。

IgA 肠道菌群营养代谢

IgA-seq

IgA-Seq实验方法的细化与优化

IgA-seq 宿主-共生微生物互作研究论文

新冠疫情

新冠大流行对人类共生微生物的影响（观点）

新冠病毒的全球大流行为人类的生活方式带来了极大的改变。这些生活方式的改变和认知将在很大程度上对人类共生微生物发生长期的、巨大的影响，从而对人类健康带来巨大的影响。近期一篇发表在PNAS的展望，从新冠肺炎本身以及对于人类生活方式的影响等多个角度和层面讨论了新冠病毒流行对于人类共生菌，特别是肠道菌群的影响，以期未来当人类面对新的流行疫情时，充分考虑多个角度的影响，选择更加适合的防控策略和手段。

新冠疫情卫生假说共生菌群其他展望

MIND饮食

MIND饮食推迟帕金森病发生，男女差异大？

MIND饮食的全称为Mediterranean-DASH Intervention for Neurode generative Delay，意为延迟神经退行性的地中海-DASH（抗高血压饮食）干预。其设计旨在保持脑部健康和预防神经退行性疾病。Movement Disorders发表的一项横断面研究揭示健康、科学的饮食习惯包括对MIND饮食依从的确与帕金森病迟发相关。因此除了对中老年人推荐，也应对年轻人进行大力推广。

MIND饮食迟发性帕金森氏症研究论文横断面研究医学研究

母婴菌群传递

Cell子刊：母婴菌群传递，母乳不可忽视

母乳中含有来自体内和体外的细菌，但是这些细菌是否会转移并定植到婴儿肠道中，以及母乳喂养实践（纯母乳的程度、持续时间、是否挤出喂养）在多大程度上会影响这一过程，尚不明确。《Cell Host and Microbes》发表的一项最新研究，对加拿大CHILD队列中的1249个母子对的母乳菌群以及3月龄和12月龄的婴儿粪便菌群进行了分析，并探究了与母乳喂养实践之间的关系，鉴定出一些在母乳和婴儿肠道中共享的细菌，说明一些细菌或许能通过母乳转移到婴儿肠道中，并影响婴儿的菌群发育。

母婴菌群传递 Microbiome microbiota breastmilk human milk

帕金森病

肠道菌群的组成及代谢与帕金森病患者的肠道健康相关

Movement Disorders上发表的一项横断面队列研究，对比分析了帕金森病患者与健康人的肠道菌群差异，发现患者的菌群组成及代谢功能均发生了显著变化，其中，血清中有害菌群蛋白水解产物的增加与患者的便秘症状密切相关。

帕金森病帕金森病横断面队列研究菌群代谢功能

饮食-菌群-宿主互作

Cell子刊：IgA与有益菌的结合受到营养摄入的调控

IgA在肠道中调控宿主-菌群互作稳态，在营养不良儿童中，IgA对有益细菌的识别降低，但背后的机制尚未明确。Cell Host and Microbe上发表的一项最新研究，发现聚糖介导了IgA与菌群的结合互作，而在营养不良的条件下，乳杆菌属等有益菌可能通过改变其表面的聚糖结构以适应环境的变化，导致与IgA结合的能力降低，并降低了这些菌在肠粘膜的定殖能力。

饮食-菌群-宿主互作 immunoglobulin A IgA microbiota undernutrition

抗生素

Lancet子刊：减少婴幼儿的抗生素使用或可降低哮喘风险

抗生素前瞻性队列研究儿童哮喘人群研究

哮喘

Cell子刊：肺部菌群和肠道菌群在哮喘中的作用（综述）

来自Immunity上发表的一篇综述文章，详细介绍了在不同发病机制的哮喘类型中，肺部菌群及肠道菌群的组成及功能变化，以及菌群的变化对哮喘的发病、临床特征、治疗响应的影响；同时重点讨论了菌群（包括细菌、真菌、古菌、病毒）介导下的肠-肺轴互作机制，以及这些互作在哮喘中的作用。

哮喘肠-肺轴肺部菌群哮喘 Sicong Wang

肠道菌群与疾病

Cell：肠道菌群与人类疾病间的因果关系被夸大（观点）

人源菌群鼠模型（HMA）是体内植入人体肠道/粪便菌群的无菌鼠类模型，为目前研究肠道菌群和疾病之间因果关系的主流手段。现有大量使用HMA证明多种诸如炎症、过敏、肿瘤等与肠道菌群成因果关系，但已知在人体中能确定具有因果关系的只有两种：幽门螺旋杆菌导致人患胃癌和艰难梭菌感染导致人腹泻。作者认为啮齿动物无法还原人体，自身生理结构、处所和饮食等都会造成不同结果，因此对该领域的研究结论需谨慎说明。在这里补充原文作者提出的相关建议：1）探索HMA中与疾病相关的菌群变化；2）使用考虑了生物差异性的供体样本量量；3）要将供体的重复组数量考虑进实验设计中；4）不混合供体样本以确保个体间差异；5）确保菌群移植成功，如特定的“失衡”菌群特征是否在受体内出现；6）诚实探讨动物实验不足；7）相关性分析HMA多组学数据和可能的菌群特征后进行功能性实验；

肠道菌群与疾病 causality Chronic disease Dysbiosis Fecal transplant

抗生素

AEM：肠道菌群组成影响抗生素疗效

虽然我们现在总是在说要限制抗生素的使用，但抗生素仍然是临床治疗不可或缺的重要药物。这项研究的意义在于，明确抗生素要发挥作用，一开始的菌群很关键，这对未来个体化使用抗生素有很大意义。特别推荐。

抗生素 Jing-Yuan Fang Jing-Yuan Fang

菌群

MSRD：神经系统健康中的微生物正被广泛关注

一篇小文章，不过关注肠脑轴，关注神经系统健康与菌群的人应该看一看。

菌群神经健康 Christopher W Armstrong Paul R Gooley