Christian Milani

虽然人类发育过程中肠道微生物组的组成变化已被广泛研究，但菌株的动态变化仍有待全面揭示。Nature Communications近期发表的研究，采用了来自健康人的 12415 个粪便微生物组测序数据，对肠道微生物群成员进行菌株级追踪，以阐明在人的一生中不断演变的生物多样性。研究发现，母系遗传物种如双歧杆菌和长双歧杆菌亚种与宿主性别相关的菌株持久性。比较基因组分析以及微生物与人类肠道细胞互作实验表明，与宿主糖代谢有关的特定细菌糖基水解酶可能有助于雌性细菌比雄性细菌更有效地定植。本研究结果提示，古老的性别特异性宿主-微生物共同进化，推动了关键微生物类群在女性体内的选择性持续存在，并可能垂直传递给下一代。

肠道菌群性别差异垂直传递

肠道菌群

婴儿肠道菌群体外培养基再突破

肠道菌群的体外培养基研发有助于未来对肠道菌群开展干预研究。本研究研发了可用于新生儿肠道菌群培养的专用培养基，通过验证以后，对新生儿常用药物开展了体外实验，证明其对婴儿肠道菌群的影响。

肠道菌群专用培养基婴儿药物作用对乙酰氨基酚

坏死性小肠结肠炎

坏死性小肠结肠炎患儿的肠道菌群变化

Microbiology spectrum上发表的一项最新研究，揭示了坏死性小肠结肠炎患儿的肠道菌群多样性、组成及功能变化，并鉴定出了可预测坏死性小肠结肠炎的潜在菌群标志物及代谢标志物。

坏死性小肠结肠炎研究论文基础研究预测标志物

胆汁菌群

无肝胆疾病的胆汁菌群长啥样

由于样本采集的难度，目前对胆内微生态的研究较少，《Microbiome》发表的一项最新研究，首次分析了无肝胆疾病的对照个体的胆汁菌群，并与胆结石患者进行了对比，填补了该领域的空白。

胆汁菌群 Bile microbiota Cholelithiasis Gallstones patients Microbial bile metabolites

菌株培养

宏基因组+培养，分离新型肠道双歧杆菌

共生菌群中存在这许多未知微生物。《Genome Biology》近期发表研究，从菌群宏基因组数据中分析了碳源代谢情况，并以此为依据从哺乳动物粪便菌群中分离培养出新的双歧杆菌。该方法为进一步探知共生菌群中的未知微生物提供了参考方法。

菌株培养新肠道细菌 genomics Human gut commensals metagenomics

食物菌群

Nature子刊：牛相关细菌通过奶酪定植于人肠道

食源性细菌对于人肠道菌群存在影响。《Nature Communications》近期发表研究，从菌群、菌株水平验证了来自于动物或饲养环境的细菌会通过奶酪向人肠道转移，并且可定植于肠道菌群。该结果证实了食物菌群的建立和传递模式，对研究食物对人体健康的影响提供了新切入点。

食物菌群细菌转移奶酪牛菌群定植

狗肠道菌群

从狼到狗，肠道菌群在宿主进化中发生了哪些改变

Environmental Microbiology近期发表研究，对比了狼和狗的肠道菌群，表明在从狼到狗的驯化过程中，人工选择、饮食改变和与人类密切接触，塑造了狗的肠道菌群。

狗肠道菌群

病毒组

优化噬菌体组分析流程，解析噬菌体母婴传播

Microbiome近期发表研究，以分析母婴样本为例，对噬菌体组的分析流程进行优化，还开发了分析测序数据的新工具，值得专业人士关注。

病毒组 Gastro intestinal tract Gut microbiota metagenome metagenomics

婴儿菌群

Cell子刊：婴儿的菌群发育，母亲的直接贡献很大

Cell Host and Microbe刚刚上线一项母婴菌群纵向传递的研究，结合宏基因组学和菌株水平的计算方法，表明母亲身体多个部位的菌群参与了婴儿口腔和肠道菌群的发育，其中母亲的肠道菌群贡献最大，婴儿自身的生理环境选择也对菌群塑造有重要作用。

婴儿菌群母婴传播菌株水平分析 Infant microbiome Shotgun metagenomics

肾结石

Gut：肾结石患者的肠道菌群特征

肾结石肠-肾轴肠道菌群 Nephrolithiasis Gut microbiota

肠道-肌肉轴

Nutrients：或存在对衰老至关重要的肠道-肌肉轴（综述）

这是Nutrients[IF：3.550]发表的关于肠道菌群在衰老过程中对肌肉功能产生重要影响的综述，除了总结相关干货，更是明确提出可能存在“肠道-肌肉轴”产生重要的生理影响。值得好好读读。

肠道-肌肉轴 Diet geriatrics metagenomics physical frailty

婴儿菌群

一图读懂+67页干货：彻底了解婴儿肠道菌群！（必读超强综述）

这是Microbiology and Molecular Biology Reviews[IF：14.533]近期发出的一篇超强综述，67页干货，10张精美配图，绝对是用心之作！而内容主题也是菌群领域最值得关注的。强烈推荐！

婴儿菌群衰老母婴

双歧杆菌

Microbiome：婴儿的双歧杆菌及对应噬菌体，从妈妈而来！

研究母婴之间共享的双歧杆菌，发现除了双歧杆菌本身会由目前传播给婴儿，其特异性噬菌体也是妈妈那里传来的。不太出乎所料，但被研究所证，也证明了母亲的无私付出是多么伟大。

双歧杆菌双歧杆菌噬菌体母婴传播母乳 Henrik Munch Roager

环境微生物学：人类在城市化中丢失和获得什么细菌？（综述）

在城市化和工业化进程中，人类丢失了什么细菌，得到了什么细菌，这又有什么重大意义？看看这篇文章。

Changqing Zhong Changmin Qu

沸石

FM：沸石如何影响狗肠道里的双歧杆菌？

食用含有沸石的食物后，狗粪便菌群中的乳酸杆菌属及双歧杆菌属增加，而致病菌减少，很有意思的研究，值得看一看。

沸石狗菌群双歧杆菌 Antonella Gallo

菌群紊乱

FEMSME：两歧双歧杆菌缓解小鼠结肠炎

溃疡性结肠炎患者肠道菌群中的双歧杆菌显著减少，尤其是两岐双岐杆菌，给结肠炎小鼠补充两歧双歧杆菌，可缓解结肠炎相关指标。推荐阅读。

菌群紊乱溃疡性结肠炎肠道菌群肠道炎症宏基因组

肠道菌群

肠道菌群组成与住院老年人的艰难梭菌感染：一项宏基因组学研究

① 将65岁以上的住院老年人分为3组； ② 25名艰难梭菌感染阳性，29名阴性且使用抗生素，30名阴性且不使用抗生素； ③ 艰难梭菌感染者肠道菌群多样性显著降低； ④ 且与未感染者的肠道菌群组成显著不同； ⑤ 感染者体内条件致病菌的比例增加，毛螺菌属、拟杆菌属等减少。

肠道菌群艰难梭菌感染老年人

抗生素

早产及围产期抗生素使用对肠道菌群发育的影响

① 新生儿肠道菌群的发育对日后的健康有重要影响； ② 早产婴儿肠道菌群变形菌门增加而其他细菌减少； ③ 围产期抗生素使用进一步影响早产婴儿的肠道菌群； ④ 菌群受影响伴随着肠道短链脂肪酸水平的改变； ⑤ 早产婴儿肠道菌群的正常发育可能存在缺陷或延迟。

抗生素婴儿肠道菌群早产 Lokesh A Rukmangadachar

多组学分析

ISME：双歧杆菌，到底好在哪？

用多组学方法研究4株双歧杆菌在肠道中的有益作用，值得看看。

多组学分析双歧杆菌肠道菌群代谢 Jeffrey L Fortman

双歧杆菌

SR：为什么双歧杆菌代谢糖类的能力更强？

对47个代表性的双歧杆菌进行基因组分析，发现双歧杆菌与糖代谢吸收有关的基因多于肠道其他菌群，双歧杆菌多糖代谢能力被认为可以反映哺乳动物肠道可用碳的水平，这或许也是双歧杆菌在人体肠道里行使重要作用的机理之一，这篇老文章，强烈推荐大家看一看。

双歧杆菌糖代谢碳源