Paul Wilmes

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文章数：13篇

分娩方式对新生儿会产生哪些影响？这些影响能持续多久？

剖腹产(CSD)破坏了母亲对新生儿的特定微生物菌株的传递以及相关的免疫系统启动。ISME Journal近期发表的文章，研究了婴儿微生物组成及其对宿主生理的影响是否在1岁时仍然存在差异。研究纳入9对顺产母婴对和11对剖腹产母婴对，采集出生后5天、1个月、6个月和1年后粪便样品，进行宏基因组分析。结果表明，出生方式对新生儿的影响能持续到出生后一年，比如CSD出生婴儿表现出的延迟免疫刺激可能影响自身的免疫耐受性等。未来需进一步对儿童进行长期跟踪随访，以了解出生方式对儿童健康的影响。

婴儿菌群分娩方式免疫反应细菌耐药基因

宏基因组学

使用PathoFact鉴定宏基因组中毒力因子和耐药基因

PathoFact是一个能够高度准确地（分别为0.921、0.832和0.979）和特异性（0.957、0.989和0.994）对毒力因子、细菌毒素和耐药基因进行预测的工具。该工具结合了这些致病因子的预测和可移动遗传元件的识别。通过考虑相关基因的基因组背景，这为分析提供了进一步的深度。此外，PathoFact的毒力因子，毒素和抗菌素耐药基因模块可以独立应用，从而使其成为一个灵活而通用的工具。在预测毒力因子和毒素基因方面，PathoFact优于所有现有的工作流程。在预测抗菌素耐药性方面，它的性能可与一套流程相媲美，而优于其他。PathoFact及其模型和数据库可在https://pathofact.lcsb.uni.lu上免费获得。

宏基因组学毒力因子耐药基因可移动遗传元件模块化

乳杆菌增强小鼠记忆

近期研究表明，肠道微生物组可通过肠-脑轴影响宿主行为，《Microbiome》上发表的一项最新研究，在小鼠中分析了宿主遗传、肠道微生物组、代谢组和记忆之间的关联，发现菌群中的乳杆菌属细菌可能通过增加乳酸等代谢产物，影响大脑海马区中的特定神经递质水平，起到增强记忆力的作用。

记忆肠-脑轴 Collaborative Cross mouse model Memory Gut–Brain Axis

Cell子刊：大肠癌微生物组，如何从宏组学走向机制研究？（综述）

来自宏基因组分析的大量证据表明，在结直肠癌（CRC）患者的肠道中普遍存在一种病理性微生物失衡或失调状态。已经鉴定出几种微生物类群与CRC显著相关，但其潜在促癌机制仍未阐明。最新发表在Trends in Microbiology的综述提供了一份关于CRC肠道菌群当前知识的调查。除了观察性研究，该综述还概述了新的实验方法，以获得生态系统级的机制以理解肠道微生物在癌症发病机制中的作用。

结直肠癌肠道菌群代谢促癌机制肠道芯片

体外共培养+计算机模拟，分析合生制剂对结直肠癌细胞的影响

《Cell Reports》上发表的一项最新研究，结合了体外共培养系统及计算机模拟方法，分析了合生制剂（鼠李糖乳杆菌GG株+膳食纤维）对结直肠癌细胞的影响。

体外共培养+计算机模拟，分析合生制剂对结直肠癌细胞的影响

《Cell Reports》上发表的一项最新研究，结合了体外共培养系统及计算机模拟方法，分析了合生制剂（鼠李糖乳杆菌GG株+膳食纤维）对结直肠癌细胞的影响。

结直肠癌结直肠癌合生制剂体外共培养系统 Arri Coomarasamy

口腔健康别忽视！大多数口腔菌能在肠道安家

“病从口入”，《eLife》的一项最新研究似乎再次证实了这一点。该研究对比了470名参与者的唾液和粪便菌种，并在菌株水平分析了细菌从口入肠的情况，证实了肠道中定植部分机会致病菌是来自口腔，提示口腔菌群对肠道菌群健康的影响不容小觑。

口腔细菌 computational biology Human infectious disease Microbiology

母婴菌群传递

Nature子刊：分娩方式影响婴儿早期的肠道菌群定殖及免疫功能

来自Nature Communications上发表的一项最新研究，对比了顺产及剖腹产后代婴儿的肠道菌群早期定殖，鉴定出了顺产婴儿生命早期独有的菌株，并发现这些菌株可能影响了婴儿的免疫功能。

母婴菌群传递顺产剖腹产 Joseph Firth Joseph Firth

ACA：如何破解宿主-菌群代谢组中的未知？（综述）

这是Analytica Chimica Acta[IF：4.950]发表的一篇重要综述，对设计到宿主-菌群相互作用中极为重要的代谢组学进行了系统总结。2018年，会是菌群代谢组学的重要一年，关于代谢组学的文献都值得专业人士好好看看。

代谢组学质谱未知物质 Dark matter Known unknowns

TM：了解肠道菌群的功能更重要（必读观点文）

这是Trends in Microbiology[IF：11.020]发表的重要观点文献，提出宏转录组、宏蛋白质组、代谢组等功能组学在促进人类对肠道菌群认知上的重要作用，并介绍相关研究方法的细节，其中的观点、图标都很有指导意义，值得精读。

组学菌群功能 Alba Rodríguez-Nogales Francesca Algieri Julio Gálvez

菊粉、阿拉伯木聚糖、β-葡聚糖等

Cell：膳食纤维缺乏，肠道菌群降解黏膜屏障并促进感染

今天上线的Cell，看题目就知道要不要看，重磅文献！

菊粉、阿拉伯木聚糖、β-葡聚糖等膳食纤维益生元研究论文啮齿动物（小鼠）动物实验

Cell：膳食纤维缺乏，肠道菌群降解黏膜屏障并促进感染

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限菌小鼠黏膜屏障糖蛋白结肠炎膳食纤维

微流控技术

NC：胃肠道-细菌交界面微流控体外模型

神奇又靠谱的微流控技术，又有新的发展。

微流控技术人体-细菌交界面肠道上皮细胞肠道细菌共培养