Fergus Shanahan

衰老

从2008年人类微生物组工程（HMP）开启至今，我们对微生物的认知越来越广泛也越来越深化。在继续推进微生物诊断、微生物疗法向临床转化前，应该更准确的给出什么才是健康肠道微生物组的定义。Gastroenterology发表的综述对此进行了探讨。显然“健康”微生物组是一个受多因素影响、多态多元的概念。不同群体都需建立相应的标准参。在这十多年的研究中，我们获得了很多已知，但还有更多已知的未知，和未知的未知需要探索。其中一个大方向在最近几篇综述中均有提及，即肠道研究从菌群组成转向菌群功能性分类。

健康微生物组工业化社会综述基础研究

IBD

大型纵向洲际研究揭示IBD患者的菌群差异来源

来自Gut上发表的一项纵向队列研究结果，发现个体内部菌群的短暂变化表明疾病的活动性，地理位置时微生物群差异的主要决定因素，虽然大多数差异无法被解释。

IBD 纵向队列研究地理位置菌群组成差异

肠道菌群与疾病

Cell：肠道菌群与人类疾病间的因果关系被夸大（观点）

人源菌群鼠模型（HMA）是体内植入人体肠道/粪便菌群的无菌鼠类模型，为目前研究肠道菌群和疾病之间因果关系的主流手段。现有大量使用HMA证明多种诸如炎症、过敏、肿瘤等与肠道菌群成因果关系，但已知在人体中能确定具有因果关系的只有两种：幽门螺旋杆菌导致人患胃癌和艰难梭菌感染导致人腹泻。作者认为啮齿动物无法还原人体，自身生理结构、处所和饮食等都会造成不同结果，因此对该领域的研究结论需谨慎说明。在这里补充原文作者提出的相关建议：1）探索HMA中与疾病相关的菌群变化；2）使用考虑了生物差异性的供体样本量量；3）要将供体的重复组数量考虑进实验设计中；4）不混合供体样本以确保个体间差异；5）确保菌群移植成功，如特定的“失衡”菌群特征是否在受体内出现；6）诚实探讨动物实验不足；7）相关性分析HMA多组学数据和可能的菌群特征后进行功能性实验；

肠道菌群与疾病 causality Chronic disease Dysbiosis Fecal transplant

肠易激综合征

IBS和胆汁酸吸收障碍的菌群和代谢组标志物

肠易激综合征（IBS）是一个异质性的疾病，目前对临床亚型的诊断主要基于患者症状，缺少临床可用的生物标志物。这可能引起误诊，比如可引发腹泻的胆汁酸吸收障碍（BAM），因为症状相似，就常被误诊为腹泻型IBS，从而耽误治疗。Gastroenterolog发表的一项最新研究，试图通过分析粪便微生物组以及尿液和粪便代谢组，来寻找可用于诊断IBS及其亚型的标志物。研究发现，IBS患者的尿液和粪便代谢组以及粪便微生物组，与健康人有显著不同，而这种差异与IBS临床亚型无关，提示现有的IBS亚型诊断标准，无法反映患者的菌群和代谢异常；此外，该研究还表明粪便代谢组特征可用于判断患者是否患有BAM，有助于提高诊断准确性。这些发现为临床诊断和治疗IBS，提供了新的参考和视角。

肠易激综合征 machine learning SeHCAT stratification Ruminococcus gnavus

肠道菌群临床应用

Nature Reviews：肠道菌群临床转化研究的进展、挑战和方向（专家观点）

临床转化是菌群研究的重中之重，Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology近期邀请4位国际专家，围绕肠道菌群研究的最重要的进展、肠道菌群研究临床转化的主要挑战和解决方法、如何预测接下来15年的研究进展等问题展开讨论，信息量很大，很有参考意义，推荐相关专业人士细读。

肠道菌群临床应用 Yike Shen Yike Shen

骨密度

肠道菌群变化和老年人的骨密度减少相关

老年人易患骨质疏松症。来自Rheumatology上发表的一项最新研究，对比分析了骨密度减少的老年人（包括骨质疏松患者）与骨密度正常的老年人的肠道菌群，并鉴定出了部分与骨密度减少相关的细菌属，提示菌群或可作为骨密度减少的生物标志物或治疗靶点。

骨密度 Osteoporosis Gut microbiota bone mineral density elderly

菌群研究科学

菌群研究需要精准描述、据实汇报、明确因果！

菌群研究科学观点评论绝对丰度菌群紊乱因果性研究

益生菌干预

短双歧杆菌Bif195可改善阿司匹林引起的小肠损伤

小肠溃疡等肠道病变是阿司匹林等非甾体抗炎药的常见副作用，《Gastroenterology》发表的一项最新益生菌临床试验显示，服用短双歧杆菌Bif195可减轻长期低剂量阿司匹林引起的小肠损伤，具有临床转化应用价值，期待大规模临床试验对此进行验证。

益生菌干预 Aspirin bacteria bleeding microbiota

膳食纤维

膳食纤维与肠道菌群间不得不说的故事（综述）

膳食纤维种类繁多。《Alimentary Pharmacology and Therapeutics》近期发表综述，系统性分析了膳食纤维与肠道菌群之间的互作。强调了膳食纤维种类对饮食干预效果的影响，对制定健康饮食指导具有参考价值。

膳食纤维肠道菌群菌群代谢 Jerome Boursier Clemence M Canivet

益生菌

益生菌菌毛蛋白促进肠道发育

《Molecular Microbiology》近期发表研究，通过体内体外试验发现，短双歧杆菌UCC2003株的紧密粘连（Tad）菌毛不仅是一种重要的定殖因子，还可促进肠道上皮细胞增殖，其蛋白亚基TadE有助于肠道发育。该结果对探索益生菌促健康机制具有参考价值。

益生菌肠道发育动物实验细胞实验益生菌

粪菌移植(FMT)

粪菌移植改善患者的菌群结构与代谢谱

粪菌移植可有效治疗艰难梭菌感染。本研究阐释了粪菌移植对患者粪便菌群、胆汁酸组成变化以及脂肪酸成分的影响，尤其强调了患者在接受粪菌移植前后脂肪酸变化不显著，而且可能与饮食有关，值得相关专业人士参考。

粪菌移植(FMT) Archaea bile acids Clostridioides difficile Faecal microbiota transplantation

肠-脑轴

社交行为和肠道菌群影响小鼠杏仁核中的基因表达

菌群调节社交行为，但背后的机制尚未明确。eLife上的一项最新研究中显示，无菌小鼠的社交行为表现出显著障碍，而社交行为可诱导无菌小鼠杏仁核中RNA剪接相关基因的表达，提示菌群可能通过肠-脑轴影响杏仁核中的基因表达，进而影响宿主的神经发育及行为。

肠-脑轴社交行为无菌小鼠 RNA剪接杏仁核

运动

短期运动及蛋白补剂对肠道菌群的影响

锻炼可改变肠道菌群，但尚不清楚菌群变化是否介导了锻炼对体质的改善。mSystems近期发表一项人体研究，表明短期锻炼对人体肠道菌群的影响有限，而运动人士经常使用的蛋白补剂可显著改变肠道病毒组。文章作者认为，长期运动相关的肠道菌群变化，可能是对锻炼和体质改善的响应。

运动蛋白质补剂肠道菌群肠道病毒组 Lei Zhang

肠型

Nature子刊：利用“肠型”对肠道菌群进行分类

这是Nature Microbiology发表的重要文献，包括王俊、赵立平等两位中国科学家在内的29位菌群研究领域的重量级科学家，针对“肠型”这个概念进行了新的探讨，以求推动对这个重要概念的统一认识并将其推到实践。新方案是综合之前多种分型方案之长但充分考虑菌群功能、生态学及临床需求的在线方法。具体方法值得专业人士去深挖，我们仅简要介绍。特别推荐！

肠型 Trevor Beaudoin Charles M Deber

内脏敏感性

eLife：小鼠内脏痛，受菌群调节

内脏高敏感性以及疼痛的机制非常复杂，这项研究第一次建立了肠道菌群与内脏痛的关联，很值得认真学习。

内脏敏感性内脏痛脊髓 Irritable bowel syndrome infectious disease

BJSM：运动医学中的肠道菌群，值得关注！

运动会改变代谢，也会改变菌群，在运动医学中充分注重肠道菌群的重要性，很关键，很有必要，推荐阅读。

Juan Duarte Iñaki Robles-Vera

肠脑轴

EJN：无菌小鼠的大脑神经元树突形态不同

肠道菌群会影响神经系统和细胞的发育和功能，这个研究发现，无菌小鼠的神经元树突形态发生显著变化，为肠道菌群与神经系统的关系提供了直接证据。

肠脑轴神经元树形态无菌小鼠杏仁核海马体

结肠直肠癌

Gut：到底有什么细菌与大肠癌相关？

① 对59位结肠直肠癌（CRC）患者、21位带有息肉的普通患者、56位健康人粪便和粘膜样品分析；② CRC患者粘膜菌群组成以及基因表达与健康人不同，可根据粘膜相关细菌共丰度群（CAGs）的水平结构进行分级；③ 菌群组成改变并不局限于癌变组织，在远、近端癌症中也有所不同；④ 拟杆菌簇1和厚壁菌簇1在CRC黏膜中丰度降低，而拟杆菌簇2、厚壁菌簇2、病原体簇和普雷沃氏菌簇在CRC黏膜中丰度升高；⑤ CRC相关的CAGs与宿主免疫炎症反应基因表达谱存在差异。

结肠直肠癌粘膜微生物群 Jonathan Braun Jonathan Braun

成年海马神经发生

BP：菌群调节小鼠的成年海马神经发生

这项研究直接证明在生命早期的菌群定殖影响成年海马神经发生，很值得一读。

成年海马神经发生