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Thomas Clavel
文章数:22篇
商业配方奶粉
合生元配方奶粉,影响婴儿肠道菌群发育
本临床随机对照试验研究发现,添加了发酵脂肪乳杆菌CECT5716和低聚半乳糖的配方奶粉可以干预婴儿肠道菌群发育,使其更接近于母乳喂养婴儿。本研究为配方奶粉的研发提供了新的证据。
商业配方奶粉
研究论文
合生元
肠道菌群
母乳喂养
合成菌群
Cell子刊:合成定制小鼠肠道菌群或可实现
大量未知的微生物基因及其分类限制了肠道菌群的研究,而通过培养肠道微生物有助于其分子和实验研究。近日,发表在Cell Host & Microbe的这篇文章,发现小鼠肠道培养的细菌具有分类学和功能多样性,并利用miBC菌株对微生物-宿主相互作用进行模块化功能研究的概念验证实验,发现某些细菌在调节宿主免疫反应中具有直接作用,并为研究特异性的小鼠肠道细菌合成菌群 (SYN) 开辟了途径。
合成菌群
肠道菌群
小鼠
极端氧敏感菌
如何实现肠道厌氧菌的靶向分选?
Microbiome上最新发表的文章,旨在通过改良的流式细胞术和细胞分选仪器及方法,检测、分选、分离和培养肠道菌群中的特定共生菌,特别是极端氧敏感和非代表性的细菌,并进行深入的研究。
极端氧敏感菌
细菌靶向分选
研究论文
结直肠癌(CRC)
模拟农场生活环境可预防小鼠的大肠癌?
农场环境生活史与多种疾病发病率降低相关,但具体机制还未阐明。Gut Microbes近期发表的一篇文章通过将遗传性结直肠癌(CRC)模型鼠及化学诱导型CRC模型鼠野生化饲养,将发病率降低表型与菌群结构、肠内代谢物及免疫系统关联分析,揭示了野生化通过增加菌群结构稳定性、肠内短链脂肪酸SCFAs浓度稳定性及促进肠系膜淋巴结免疫系统成熟等,抑制结直肠癌的发生。该研究揭示了农场型环境对结直肠癌发生的抑制作用,并建立了野生化小鼠造模的技术方法,为更多疾病与农场型环境的关联研究提供了方向。
结直肠癌(CRC)
野生化
研究论文
菌群-免疫互作
肠道菌群影响鸡的免疫系统发育
来自mSystems上发表的一项最新研究,发现孵化后暴露于母鸡粪便中的小鸡相比于未暴露的小鸡,其IgA和IgY的水平升高,且肠道菌群多样性增加。设计含有9个具有不同功能的菌种的合成群落,定殖于鸡盲肠后可促进免疫系统发育,表现为IgA水平的增加。
菌群-免疫互作
鸡
基础研究
研究论文
其它动物
隐含狄利克雷分配模型
LDA:分析膳食-菌群-代谢性疾病的新工具
文章利用隐含狄利克雷分配模型(Latent Dirichlet Allocation,LDA)分析了膳食-菌群-机体代谢疾病的互作机制,并指出可以通过特定膳食组分调节菌群,进而干预代谢性疾病。LDA可以用于人体肠道菌群结构分析,但是其亚组分类及相关性需要进一步研究。
隐含狄利克雷分配模型
膳食-菌群-代谢性疾病
胆汁酸代谢
构建研究次级胆汁酸的小鼠模型
E.muris菌是一种新发现的小鼠肠道细菌,可通过7α-脱氢作用将胆酸(CA)代谢为脱氧胆酸(DCA)。虽然胆汁酸影响代谢和炎症反应,但很少有体内模型可用于研究其代谢和对宿主的影响。Gut Microbes近期发表的文章,发现E.muris菌可在悉生小鼠中稳定定植,并产生次级胆汁酸,该模型可以用于研究次级胆汁酸在体内的病理生理作用。
胆汁酸代谢
E. muris
悉生小鼠
猪
Nature子刊:猪肠道细菌集合的分析鉴定
Nature Communications上发表的一项最新研究,对猪的肠道细菌进行培养,在分离出的117个菌株中,鉴定出16个新的菌属及22个新的菌种,并发现了一些新的有趣的菌群功能,包括Clostridium porci的基因组中编码的岩藻糖转移酶等。该研究鉴定出的“猪肠道细菌集合”(PiBAC)已公开,有助于进一步深入了解猪肠道菌群的功能。
猪
研究论文
基础研究
免疫-菌群互作
肠道IgA对菌群的高反应性
肠道是人体内浆细胞最多的地方,健康个体肠道的抗体主要是IgA亚型,而炎症性肠病患者同时产生高浓度的IgG。肠腔中,分泌型IgA可结合病原体和毒素,也与微生物群结合。Journal of Experimental Medicine近期发表的文章,发现肠道IgA可结合不同种类的肠道细菌,具有跨物种反应性,且体细胞突变或导致IgA高微生物结合特性和结合特异性。
免疫-菌群互作
IgA
IgG
肠道菌群
体细胞突变
节律性
Cell子刊:肠道菌群的节律性紊乱特征,或可预测糖尿病风险
生活方式、肥胖和肠道微生物组都是代谢疾病的重要风险因素。《Cell Host and Microbe》发表的一项最新研究,总共对德国3个队列中4000多人的粪便菌群数据进行分析,表明肠道菌群特定成员的相对丰度在一天中呈现节律性震荡,其中一些细菌的节律性在2型糖尿病(T2D)患者中出现紊乱。利用基于13个丧失节律的OTU(涉及普氏栖粪杆菌、大肠杆菌等)预测模型,可较准确的在德国人群中鉴定和预测T2D。该研究还通过宏基因组学方法鉴定出与T2D和肠道细菌节律变化相关的菌群代谢通路,涉及氨基酸、芳香族化合物和脂肪酸的代谢功能等。这些发现提示肠道菌群组成的昼夜震荡及其相关的节律性功能,可能是代谢疾病发生发展中不可忽视的因素,其特征或可用于T2D的辅助诊断和预测,但应注意人群特异性。
节律性
human intestinal microbiota
population-based cohorts
circadian rhythms
diurnal oscillations
小鼠肠道菌群
Cell子刊:小鼠肠道宏基因组包含460万个基因和660个基因组的基因集
通常,参考基因目录的生成涉及特定于样品的组装,基因预测以及基因条目的全数据集聚类,以减少冗余。但是,这种方法导致基因条目的物种分类学分辨率降低。这是由于高度相关但截然不同的基因的聚类以及缺乏高分辨率的分类学信息所致。大规模宏基因组学方法面临的一个具体挑战是将特定的16S rRNA基因序列与MAGs连接起来,这通常导致连接率较低。在这里,作者提出了一种综合的方法和相应的计算流程来构建整合的基因目录,从而显著改善了基因条目的物种分类学分辨率,并将基因链接到MAGs(宏基因组装配的基因组)和重建的全长16S rRNA基因。整合的小鼠肠道宏基因组目录(iMGMC)由298个可公开获得的新测序的宏基因组样本构建而成。此外,本文提出了一组另外的MAGs,它们是从898个宏基因组测序样品的单独单样品组装中获得的,与整合到iMGMC中的MAGs一起组成了1,296种细菌水平的细菌基因组。
小鼠肠道菌群
基因目录
微生物组
宏基因组装配基因组
Mouse gut microbiota
肠道细胞
揭秘S24-7科细菌
S24-7这个名字对于研究肠道菌群研究的人而言可能并不陌生,它是小鼠肠道内拟杆菌目的一个优势菌科,但是其分类和序列数据注释仍存在模糊之处。《Microbiome》近期发表一项研究,从16S rRNA、细菌基因组、宏基因组学、分离培养等技术层面,对S24-7科细菌的多样性、生态学、功能潜力、种系发生等问题和特征进行分析和描述,并建议将其命名为Muribaculaceae。
肠道细胞
Bacterial diversity
Bacteroidetes
Cultivation
Family S24-7
多组学
Nature子刊:肠道菌群促进小鼠肝脏的脂肪酸代谢
Nature Communications上发表的一项最新研究,通过对比分析无菌小鼠与有菌小鼠的多组学数据,发现肠道菌群在肝脏脂肪酸的代谢中起到关键作用。菌群通过特定的代谢酶,以及降解膳食纤维提供的前体,促进脂肪酸的去饱和及延长。
多组学
肠-肝轴
多组学
肠-肝轴
脂肪酸
肥胖与饮食
脂肪酸类型影响肥胖
明确的饮食-菌群互作关系有利于研究菌群对宿主的影响。本研究以雄性C57BL / 6N的SPF/无菌小鼠为模型,研究膳食脂肪对肥胖表型影响与肠道菌群的关系,发现胆汁酸配合不同类型的脂肪,很可能通过影响肠道菌群改变宿主的代谢状态,对于研究饮食干预、菌群代谢等都具有参考价值,值得专业人士关注。
肥胖与饮食
膳食脂肪
代谢疾病
16S rRNA gene amplicon sequencing
bile acids
内质网应激
ATF6活化诱导菌群失调,导致大肠癌
Gastroenterology近期发表一项关于结直肠癌(CRC)的研究,结合患者数据和小鼠模型,表明活化转录因子6(ATF6)在肠上皮内的活化,可引起肠道菌群介导的CRC。这些发现再次表明菌群在CRC中的关键作用,也为进一步的相关疗法研究打下基础。
内质网应激
结肠癌
转录调节
UPR
ER stress
高脂饮食
JN:每逢佳节胖三斤,短期过量进食对健康有什么影响?
“每逢佳节胖三斤”,短期的过量进食对身体有什么影响呢?不妨看看这篇Journal of Nutrition[IF:4.145]近期发表的一项德国小规模人体实验。总体来说,在年轻男性群体中,短期过量高脂饮食虽然导致体重增长和血脂参数变化,但对炎症标记物、血糖代谢、肠道通透性似乎没有造成显著影响,然而在部分个体中肠道菌群构成发生了显著改变。看来对年轻人来说,偶尔的放纵应该问题不大,但由于存在个体差异,对部分人而言,节假日期间的吃吃吃最好还是要控制一下~
高脂饮食
gut barrier function
gut permeability
high-fat diet
hyperinsulinemic euglycemic clamp
培养方法
COIM:测序盛行,但培养法仍是菌群研究利器!(综述)
测序盛行的年代,不要忘记历史悠久的培养法哦!本综述很值得一读。
培养方法
定殖抗性
Nature子刊:人工组合10几株菌,就能让小鼠抵抗沙门氏菌
这是最近较为令人震惊的研究,人工组合生成一个最小细菌群落,就可以提供对鼠伤寒沙门氏菌的定植抗性,优化以后,可以有更强的功能。人工设计和组合菌群,会成为未来可靠的感染性疾病应对方法么?
定殖抗性
基因组指导设计
最小细菌群落
Saba Noor
Iqbal Parwez
DIET-INDUCED OBESITY
分子代谢:膳食脂肪和肠道菌群共同决定小鼠肥胖
到底是什么决定小鼠的肥胖?饮食?还是菌群?还是共作?有人可能有肯定答案,不过更多科学家还在继续探索,力求找到真正的(综合性)原因。
DIET-INDUCED OBESITY
Gut microbiota
hepatic metabolite
cholesterol metabolism
Louis Patrick Schenck
功能性宏蛋白组展示
SR:鉴定引起特异性抗体反应的肠道菌群寡肽
从肠道菌群中鉴定出引起特异性抗体反应的寡肽,这个有意义,值得看一看。
功能性宏蛋白组展示
肠道菌群寡肽
Alessandro Bonfini
Nicolas Buchon
小鼠肠道细菌集合平台
Nature子刊:集合已知的小鼠肠道菌株,能对比分析出啥?
将不同研究组从肠道获得的菌株和相关基因组统一放在一个存储库里,基于此做菌株定殖和基因组相关分析,能有一些什么样的新成果呢?德国科学家做了一个统筹研究,很值得中国科学家学习参考。
小鼠肠道细菌集合平台
菌株水平
Luca Borrelli
Alessandro Fioretti
铁替代疗法
Gut:口服及静脉注射铁,均可缓解IBD患者的缺铁
关于口服及静脉注射铁替代疗法对IBD患者的疗效的研究,值得一读。
铁替代疗法
Andrew Jermy
Andrew Jermy