Zhuye Jie

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文章数：13篇

宿主基因组多态性

刘小敏+张涛+贾慧珏：基因决定口腔微生物组组成

人类口腔内有超过十亿的口腔微生物组，这些微生物不仅仅在口腔中发挥重要的作用。而且可以通过吞咽的方式进入消化道的其他位置，例如肠道，从而影响肠道微生物组，对人体的健康产生重要的影响。多个宏基因组研究均提示，口腔微生物组与风湿性关节炎、结肠癌、2型糖尿病等疾病有一定的关系。肠道微生物组的研究发现，人类遗传因素与肠道微生物组组成具有相关性。但是，高度动态变化的口腔微生物组是否也与宿主遗传因素具有一定的相关性呢？这一问题目前尚没有证据证明。近期深圳华大生命科学研究院刘小敏、张涛和贾慧珏作为共同通讯作者，在Cell Discovery上发表的最新工作，首次通过大样品基因组测序探索了宿主基因组对口腔微生物的影响，发现了5个影响口腔微生物组的显著性位点，并应用人工智能学习的方法探索了基因组和微生物对牙周疾病的预测性能，取得了较好的结果。

宿主基因组多态性宏基因组关联分析 miRNA 机器学习口腔菌群

口腔微生物组

揭著业+贾慧珏：人类口腔微生物基因组目录

华大基因的揭著业、贾慧珏与团队近期在Genomics, Proteomics & Bioinformatics上发表文章，阐述并提供了一个人类的口腔菌群基因组参考，高度代表未用于基因组装，可以促进细菌培养、功能筛选、疾病诊断和基于口腔微生物群的调节的宏基因组样本。值得专业人士仔细阅读。

口腔微生物组宏基因组组装基因组(MAGs) 研究论文

复旦+华大：迄今最大规模的中国汉族人皮肤菌群宏基因组研究

近年来，越来越多的微生物组研究将目光从肠道转向了肠外。其中，皮肤菌群备受关注。此前的研究已表明皮肤菌群对皮肤外观和皮肤健康具有重要作用。但是由于皮肤菌群的生物量较低，已发表的大多研究均采用了16S rRNA测序法。近期，复旦大学生命科学学院王久存团队与深圳华大生命科学研究院发表于Microbiome的这篇文章，采用宏基因组测序法检测了超过800个来自健康中国汉族人群面部皮肤菌群样本，分析了皮肤菌群的组成和功能特点，并提出了两种不同的皮肤亚型，加深了我们对皮肤菌群的理解。这些结果将有助于我们后续进一步探究皮肤菌群与皮肤疾病之间的关系。

皮肤菌群

遗传-菌群互作

张涛+贾慧珏+侯勇：深度剖析中国人的遗传-菌群关联

人体遗传因素在一定程度上能影响肠道菌群的组成和功能，但相关研究尚未充分开展。Cell Discovery近期发表了深圳华大生命科学研究院张涛、贾慧珏、侯勇与研究团队的成果，纳入近1300名中国人，首次通过深度的全基因组和宏基因组测序，分析了宿主遗传（常见变异、罕见变异和拷贝数变异）与肠道菌群之间的关联，并首次揭示了这些关联中的性别差异。这些发现对于研究宿主遗传因素对肠道菌群的影响及其在健康与疾病中的作用，有重要参考意义。

遗传-菌群互作微生物组全基因组关联分析性别差异

华大研究院：谁更易减肥成功？肠道菌群或是最强预测力

很多人都知道减肥的名言“管住嘴，迈开腿”，但是现实却很残酷，同样的减重措施却有千差万别的结果。近期深圳华大生命科学研究院的蔡锴晔团队与合作者，在Gastroenterology发表的一项相关研究发现，基线时的肠道菌群可以预测节食减肥的结果，且在减重过程中一些细菌种类的丰度发生明显变化。这些发现为基于肠道菌群的个体化减肥饮食干预，提供了新思路。

减肥干预肠道菌群个体化干预热量限制

精神分裂症

马现仓+贾慧珏等：精神分裂症患者的肠道微生物组特征

肠道菌群可作用于肠脑轴，与神经疾病的发生存在密切关联。Nature Communications最新发表了来自西安交大一附医院马现仓团队和华大基因贾慧珏团队等的合作研究，鉴定出精神分裂症相关的人肠道微生物组的组成和功能特征，为进一步研究其发病机制和治疗方法提供了新线索。有兴趣的读者不妨结合阅读一下他们团队去年发表的一篇相关论文（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1099252167），会有更多收获。

精神分裂症 Risk factors schizophrenia 宏基因组关联分析肠道微生物组

强直性脊柱炎

国内团队：强制性脊柱炎患者的肠道菌群组成及功能变化

来自北京协和医院的张烜团队与华大基因的揭著业团队在Journal of Autoimmunity上发表的一项最新研究，对比分析了强直性脊柱炎患者与健康人的肠道菌群后发现，患者的菌群组成及功能发生变化，且患者的菌群可能通过分子模拟触发自身免疫反应。

强直性脊柱炎 Ankylosing spondylitis Diagnostic marker Gut microbiota inflammatory arthritis

菌群-肠-脑轴

马现仓+贾慧珏等：肠道菌群异常可影响色氨酸代谢，促进小鼠精神分裂症状

Molecular Psychiatry最新发表了由西安交通大学附属第一医院马现仓和华大基因贾慧珏等主导的研究，用粪菌移植等方法表明肠道菌群异常可促进精神分裂症，一定程度上与菌群引起的色氨酸代谢异常（色氨酸-犬尿氨酸-犬尿喹啉酸通路上调）有关，提示菌群-肠-脑轴在精神分裂症中的重要作用。

菌群-肠-脑轴精神分裂症粪菌移植小鼠色氨酸代谢

生殖道菌群

揭著业：女性生殖系统微生物组与生活行为的关联

华大基因研究院的揭著业副研究员发表题为《大样品多组学数据全面刻画生殖道微生物与女性的方方面面》的报告，全面揭示女性生殖系统菌群及影响因素。

生殖道菌群 Alvaro A Ordonez Luz M Wintaco Ulises Granados Sanjay K Jain

肠道细菌参考基因组

华大基因团队：1520个人肠道单细菌参考基因组，助力菌群研究

华大基因的肖亮、贾慧珏和李俊桦与团队的重要研究，近期在Nature Biotechnology发表。该研究通过培养组学方法，从健康人粪便样本中获得1520个单菌基因组草图，对现有的人肠道细菌参考基因组有很大补充；并通过功能注释和泛基因组分析，加深了对肠道细菌功能和特点的了解。这些成果将助力人肠道宏基因组学分析和相关应用转化研究，值得专业人士仔细阅读。

肠道细菌参考基因组肠道菌群培养组学宏基因组学肠道菌群功能

Nature医学：中国年轻人群的肠道菌群及血清代谢组

由上海瑞金医院和华大合作的研究，最近也是火爆了朋友圈，很重磅的成果，必须值得认真读一读。

肥胖减肥干预血清代谢组

类风湿关节炎

类风湿性关节炎患者口腔及肠道菌群受到扰乱且在治疗后部分恢复

① 纳入类风湿关节炎患者（RA）及健康人的粪便、牙齿及唾液样品，分析三个部位样品菌群组间差异；② RA患者口腔及肠道菌群失调，且具有一致性，治疗后菌群可部分恢复；③ RA患者样本中，嗜血杆菌属消失殆尽且与血清抗体水平呈负相关，唾液乳酸杆菌过表达且与RA活跃程度正相关；④ 在功能上，RA患者体内的氧化还原环境、铁、硫、锌和精氨酸的转运和代谢发生改变；⑤ 检测到与RA相关的人类抗原的分子拟态，提出利用菌群进行预后和诊断的可能方法。

类风湿关节炎口腔菌群肠道菌群 W H Wilson Tang Stanley L Hazen

复旦+华大：迄今最大规模的中国汉族人皮肤菌群宏基因组研究

近年来，越来越多的微生物组研究将目光从肠道转向了肠外。其中，皮肤菌群备受关注。此前的研究已表明皮肤菌群对皮肤外观和皮肤健康具有重要作用。但是由于皮肤菌群的生物量较低，已发表的大多研究均采用了16S rRNA测序法。近期，复旦大学生命科学学院王久存团队与深圳华大生命科学研究院发表于Microbiome的这篇文章，采用宏基因组测序法检测了超过800个来自健康中国汉族人群面部皮肤菌群样本，分析了皮肤菌群的组成和功能特点，并提出了两种不同的皮肤亚型，加深了我们对皮肤菌群的理解。这些结果将有助于我们后续进一步探究皮肤菌群与皮肤疾病之间的关系。