Ruth Ley

肠道菌群改变与代谢综合征和慢性炎症性疾病（如IBD）相关。这种菌群变化的一个特征是鞭毛蛋白水平升高，这可能通过刺激宿主的促炎性基因表达，来引发肠道炎症。另一方面，鞭毛蛋白表达增加也反映出，菌群中能通过鞭毛来运动的细菌增多，这些细菌可能更容易突破肠道黏液层防线，入侵肠上皮。Nature Communications发表的一项最新研究发现，给小鼠注射以鞭毛蛋白为免疫原的疫苗，可引起抗鞭毛蛋白的抗体免疫，从而改变肠道菌群，有助于预防肠道炎症和肥胖。这种靶向肠道菌群内致病共生菌的免疫策略，或是预防相关慢性炎症疾病的有效手段。

肠道菌群干预 antibodies INFLAMMATORY BOWEL DISEASE Microbiome Obesity

潜在益生菌

人体肠道中的常见细菌——Christensenellaceae（综述）

BMC Biology上发表的一篇综述文章，详细介绍了在人体肠道菌群中广泛存在的克里斯滕森菌科（Christensenellaceae）与人体健康及疾病的关联，并讨论了其作为益生菌的潜能。

潜在益生菌克里斯滕森菌科益生菌 Christensenellaceae Joseph C Boktor

菌群-宿主互作

年龄和性别如何影响肠道菌群多样性？

人类肠道菌群的多样性随宿主年龄增长而改变，宿主性别也对菌群多样性具有影响。《mSystems》近期发表人群研究，纳入来自美国、英国、哥伦比亚和中国共计9000余名参与者，发现年龄和性别对于肠道菌群多样性的影响具有一定的人群差异性。该结果有助于进一步研究宿主特点对共生菌群的影响。

菌群-宿主互作 16S rRNA amplicon age diversity Microbiome

肠道菌群建立

Nature子刊：宿主基因和饮食以不同的方式影响菌群多样性

宿主基因和饮食对肠道菌群多样性的影响程度一直饱受关注。《Nature Communications》近期发表研究，分析了包括大量野生动物宿主的肠道菌群数据集合，发现宿主进化史和饮食因素以不同的形式影响肠道菌群多样性。该结果为解释肠道菌群形成、宿主-菌群共进化提供了重要参考价值。

肠道菌群建立菌群-宿主共进化宿主进化史饮食

宿主-菌群互作

Cell子刊：宿主基因拷贝数影响共生菌群

宿主的基因多态性影响肠道菌群，产生该影响的不限于等位基因。《Cell Host and Microbe》近期发表研究，发现人的唾液淀粉酶基因拷贝数变异也会影响口腔、肠道共生菌群结构和功能。该成果对进一步阐释菌群-宿主互作机制具有重要参考价值。

宿主-菌群互作基因拷贝数变异口腔菌群肠道菌群唾液淀粉酶

病毒组

Cell子刊：肠道菌群可预测病毒组结构

人类肠道病毒组具有高度变异性。本研究通过比较同卵成年双胞胎的肠道菌群与病毒组多样性之间的关联，发现尽管病毒组具有高度宿主特异性，其结构和多样性与肠道菌群存在对应关系，并强调了噬菌体在肠道病毒组中的核心作用，值得参考。

病毒组人体研究肠道病毒组同卵双胞胎肠道菌群

大豆油脂肪酸

eLife：大豆油脂肪酸不会影响小肠中的乳酸杆菌

随着西式饮食的流行，人体内的乳酸杆菌在逐渐减少，而近年来大豆油的消耗逐年上升。因此，研究者们分析了大豆油脂肪酸——亚油酸对小肠乳酸杆菌的影响。这项发表在eLife上的研究发现在小鼠体内，亚油酸并不会影响乳酸杆菌种群，而结果可能来自于肠道环境及细菌自身的进化能力的保护作用。

大豆油脂肪酸乳酸杆菌 infectious disease Microbiology mouse

肠型

Nature子刊：利用“肠型”对肠道菌群进行分类

这是Nature Microbiology发表的重要文献，包括王俊、赵立平等两位中国科学家在内的29位菌群研究领域的重量级科学家，针对“肠型”这个概念进行了新的探讨，以求推动对这个重要概念的统一认识并将其推到实践。新方案是综合之前多种分型方案之长但充分考虑菌群功能、生态学及临床需求的在线方法。具体方法值得专业人士去深挖，我们仅简要介绍。特别推荐！

肠型 Trevor Beaudoin Charles M Deber

Bacteroidetes

Ruth Ley等：拟杆菌如何影响肥胖等代谢疾病？（综述）

Ruth Ley（2012年发表孕妇孕早期、孕晚期菌群对比的Cell文献的大牛）和几位作者合作，最近写的关于拟杆菌门和代谢系统疾病的综述，强烈推荐给大家。

Bacteroidetes gut microbiome Obesity type 2 diabetes Michael J Workman

Fecal microbiome

GB：通过3666名双胞胎确定的粪便菌群与肥胖的相关性

这是一群大佬合作在Genome Biology 发表的重要文章，对3666名双胞胎的粪便菌群及肥胖情况进行分析，再次确认粪便菌群的低多样性与肥胖相关，特别是内脏脂肪与细菌的相关性。这篇文章MC之前没有重点推荐，其实非常重要，强烈推荐阅读！

Fecal microbiome Genetic association Heritability Obesity Twins

鞭毛细菌

NEJM：图解Lypd8缠住鞭毛细菌并阻止结肠炎症

7月13日出版的新英格兰医学杂志上，介绍了今年3月30日发表于Nature的一项重量级研究。NEJM的介绍文用的图，非常直观，我们特意把它编译成了中文，非常值得看一下，必有收获。

鞭毛细菌肠上皮细胞肠道炎症 IBD Lypd8蛋白

慢性疲劳综合征

Microbiome：慢性疲劳综合征，肠道菌群有何变化？

慢性疲劳综合征的肠道菌群研究。

慢性疲劳综合征肌痛性脑脊髓炎肠道菌群炎性标志物 Gayle M Boxx

双胞胎

CHM：1126对英国双胞胎，告诉你菌群的遗传特性

又一个值得珍藏的大样本研究。

双胞胎肠道菌群遗传因素 Marinos Pericleous Martyn Caplin

宿主-菌群共进化

Science：宿主的基因，调控肠道微生物丰度

① 人和小鼠模型上的研究都清晰表明，特定种类的肠道微生物丰度，一定程度上受宿主基因型调控；② 与此有关的宿主基因与食物辨别、代谢和免疫力有关；③ 在非哺乳动物微生物组中也证实有类似模式；④ 下一代GWAS将拓展数据集规模并改进微生物表型描述，会更好捕捉宿主-菌群共进化的有趣信号。

宿主-菌群共进化基因型表型下一代GWAS Nicola Harris

老年人

肠道菌群中的早衰特征

① 纳入728名年龄42-86岁之间的女性双胞胎的粪便样本，进行16S rRNA测序分析，研究老年人身体虚弱与肠道菌群组成之间的关系；② 结果表明，虚弱指数（frailty index，FI）与肠道菌群的α-多样性呈显著负相关，其中637个OTUs与FI相关；③ 细长真杆菌及迟缓埃格特菌丰度增加与FI呈正相关，而柔嫩梭菌与其呈负相关；④ 60个OTUs相关在老年人队列中得到重现，OTU共现模组，虚弱性和多样性之间对比显著；⑤ FI与肠道菌群之间的因果关系尚待探究。

老年人肠道菌群虚弱 Silvia Guglietta Maria Rescigno

胃酸

Gut：质子泵抑制剂，可能增加肠道等感染风险！

① 质子泵抑制剂（PPI）是一种常用的抑制胃酸分泌药，近期研究发现该药可能会增加肠道感染或其他感染的风险；② 通过分析1827对健康双胞胎的肠道菌群，结果表明PPI使用者的肠道菌群丰度和多样性都较低，但口腔和上消化道共生菌的丰度显著增加，其中肠道乳杆菌（特别是链球菌）明显增加；③ 这些关联在一项独立的干预研究和一项70对单卵双胞胎的配对研究中得到验证；④ 菌群的变化可能是由于去除了上消化道细菌和下消化道之间的低pH屏障引起的；

胃酸肠道微生物乳酸菌质子泵抑制剂 Kei E Fujimura

遗传因素

Cell：人体自身基因，参与塑造肠道菌群

这是2014年发表在Cell的重要研究，通过针对416对双胞胎的研究，明确宿主遗传（自身基因）对塑造肠道菌群的贡献。经典文献，值得深读，特别推荐。

遗传因素 William D Fraser Negar Tabatabaei

微生物组研究

Cell：手把手教你如何开展微生物组研究（新手必读）

这是2014年，Ruth Ley、Rob Knight等人发表在Cell上的重要文献，系统性介绍了一项微生物组相关研究应该如何设计和开展。新入门的研究者，必读哦！

微生物组研究 Mitchell H Grayson Mitchell H Grayson

微生物组学

Microbiome：人体微生物组学的未来在哪里？

① 2013年7月24日至26日在美国马里兰州的贝塞斯达召开了题为“人类微生物组学:憧憬未来”的学术会议；② 会议汇集了人类微生物组研究领域的专家，旨在全面介绍微生物组研究的现行状态，但更重要的是确定并讨论这个新兴领域研究的不足，挑战和机遇；③ 本报告将总结一下专家演讲报告，并阐述了在继续推动并提供医学转化应用方面，人类微生物组该做什么样的研究。

微生物组学 Jing Sun Jiaming Liu

孕早期

Cell：孕早期到晚期，孕妇的肠道菌群会怎么变？

① 对91名不同孕前体重指数和妊娠期糖尿病状况的孕妇及其婴儿的粪便细菌进行分析；② 婴儿和母亲菌群的相似性随年龄增长而增加，且婴儿菌群不受母亲健康状况的影响；③ 肠道菌群从孕早期到孕晚期发生很大变化，个体差异大大增加，变形杆菌和放线菌增加，但是菌群丰富性降低；④ 孕晚期粪便菌群有炎症和能量损失迹象，但3个月期间菌群的基因序列恒定；⑤ 相对于孕早期，孕晚期菌群转移到无菌小鼠更易诱导肥胖、降低胰岛素敏感性。

孕早期孕晚期

人类微生物组计划

Nature：人类微生物组计划的内容和目标（2007）

经典回望，2007年，Nature介绍人类微生物组计划（HMP）的文章，我们熟悉的几位大佬在作者列表中。通过它，可以了解科学家为什么要发起HMP，而我们也可以大致检验看一看，人类是否达到了计划的初衷。

人类微生物组计划京都基因基因组百科 Alexandra Paun Jayne S Danska