John F Baines

出生后，免疫系统通过与肠道菌群的互作而发育成熟。S100钙结合蛋白的胞外复合物形式——S100A8与S100A9在母乳中有较高含量。来自Gastroenterology上发表的一项最新研究，在小鼠及婴儿中均发现，S100蛋白对于新生儿的肠道免疫系统及肠道菌群的发育至关重要，而缺失S100蛋白可增加脓毒症及肥胖的风险。

肠道菌群发育 gut mucosal immunity NEC BMI Treg cells

皮肤菌群

皮肤菌群的相似性和差异性：野生家鼠 vs 实验室用家鼠

ISME Journal近期发表的文章，对野生家鼠和实验室用家鼠的耳部皮肤微生物进行比较，发现两者皮肤菌群大部分的核心部分是共享类群，但野生家鼠具有独特的葡萄球菌属为主体的组成。此外，环境因素会干扰微生物DNA水平，影响基于DNA的菌群检测（驻留的菌群）的准确性，而基于RNA的菌群测序（活跃性菌群）是小鼠皮肤微生物群研究中降低环境噪声的首选方法。

皮肤菌群实验室用家鼠野生家鼠

小鼠肠道菌群

Cell子刊：小鼠肠道宏基因组包含460万个基因和660个基因组的基因集

通常，参考基因目录的生成涉及特定于样品的组装，基因预测以及基因条目的全数据集聚类，以减少冗余。但是，这种方法导致基因条目的物种分类学分辨率降低。这是由于高度相关但截然不同的基因的聚类以及缺乏高分辨率的分类学信息所致。大规模宏基因组学方法面临的一个具体挑战是将特定的16S rRNA基因序列与MAGs连接起来，这通常导致连接率较低。在这里，作者提出了一种综合的方法和相应的计算流程来构建整合的基因目录，从而显著改善了基因条目的物种分类学分辨率，并将基因链接到MAGs(宏基因组装配的基因组）和重建的全长16S rRNA基因。整合的小鼠肠道宏基因组目录（iMGMC）由298个可公开获得的新测序的宏基因组样本构建而成。此外，本文提出了一组另外的MAGs，它们是从898个宏基因组测序样品的单独单样品组装中获得的，与整合到iMGMC中的MAGs一起组成了1,296种细菌水平的细菌基因组。

小鼠肠道菌群基因目录微生物组宏基因组装配基因组 Mouse gut microbiota

扩增子测序

“扩增子”VS“宏基因组”——到底谁可以描绘宿主和微生物共生体进化蓝图

高通量测序使微生物组的研究走上了快车道，与宿主相关的微生物往往更受研究者青睐。不仅仅作为人类的第二基因组，微生物其实与大量的动植物都有互作关系。这一宿主微生物共生体对于生态系统的稳定、发展和进化尤其重要。在微生物协同宿主进化研究中，基于扩增子和宏基因组都可以对微生物群落结构进行表征。为了比较它们表征微生物群落和功能的异同，同时为广大研究者提供方法上的优化和参考，基于两种不同方法，作者使用不同环境的宿主相关微生物进行了深入的讨论。并且在宿主和微生物互作方面提出了自己独特的见解。相信在今后可以为我们研究宿主微生物进化之路提供有力的技术参考和重要的认识。

扩增子测序宏基因组分析方法系统综述 Animal microbiome

基因-饮食相互作用

Nature子刊：饮食影响遗传易感小鼠的自身免疫疾病风险

Nature Communications上发表的一项最新研究，给自身免疫疾病易感性小鼠喂食不同的饮食，发现饮食可显著影响小鼠的自身免疫表型，包括抗核抗体的产生及狼疮的发生。该研究提示，在GWAS等基因-表型的相关性研究中，需考虑饮食等环境因素的影响；同时，理解基因-饮食的互作有助于实现个性化医疗，例如某些特定基因型的患者可能从特定饮食干预中获益。

基因-饮食相互作用基因-饮食相互作用自身免疫疾病动物实验饮食

沙门氏菌感染

Cell子刊：抵御沙门氏菌感染的低丰度共生菌

《Cell Host and Microbe》近期发表一项研究，在一次结果异常的沙门氏菌感染实验中，发现小鼠携带的低丰度共生菌Mucispirillum schaedleri可以通过竞争营养物质，帮助宿主抵抗鼠伤寒沙门氏菌感染，从而干扰沙门氏菌感染模型的建立。该研究不仅发现共生菌协助抵御肠道感染的一种机制，还指出了共生菌群差异对动物实验结果的影响，值得参考。

沙门氏菌感染肠道细菌Mucispirillum schaedleri 营养竞争

肠道细胞

揭秘S24-7科细菌

S24-7这个名字对于研究肠道菌群研究的人而言可能并不陌生，它是小鼠肠道内拟杆菌目的一个优势菌科，但是其分类和序列数据注释仍存在模糊之处。《Microbiome》近期发表一项研究，从16S rRNA、细菌基因组、宏基因组学、分离培养等技术层面，对S24-7科细菌的多样性、生态学、功能潜力、种系发生等问题和特征进行分析和描述，并建议将其命名为Muribaculaceae。

肠道细胞 Bacterial diversity Bacteroidetes Cultivation Family S24-7

共生演化

肠道菌群中的共生演化

ISME Journal近期发表研究，在不同地区啮齿动物肠道菌群中鉴定出可形成生物膜的共存菌种组合，但用来自不同地区的菌株进行组合培养时却不利于生物膜形成，说明菌种间的共栖和促生关系是同一地区内长期演化的结果。

共生演化生物膜种系发生学生物地理学 Hermann Brenner

发育

肠上皮发育过程中，菌群如何影响转录组和DNA甲基化

肠道菌群在肠道发育中起重要作用，Genome Medicine[IF：7.071]近期发表研究，对有菌和无菌小鼠进行对比，表明肠道菌群在IEC发育过程中，对转录组的影响较大，而对DNA甲基化的影响则相对有限。

发育 DNA甲基化转录组肠道上皮细胞 epigenetics

蔗糖酶

Gut：与IBS风险增加相关的蔗糖酶-异麦芽糖酶基因突变

这是Gut[IF：16.658]发表的关于肠易激综合征（IBS）中的特定基因突变的研究，发现蔗糖酶-异麦芽糖酶基因突变或与IBS的风险增加有关。很值得专业人士特别关注。

蔗糖酶异麦芽糖酶肠易激综合征 Diarrhoea Genetics

感染性不孕症

PLoS ONE：感染性不孕症是否与阴道菌群有关？

这是近期在PLoS ONE[IF：2.806]发表的关于阴道菌群与女性不孕症的关联的研究，分析了感染性不孕症女性的相关抗体、阴道菌群构成及菌群多样性等情况，并建立统计模型进行分类和预测，或有助于对高危群体进行早期筛查检测，值得专业人士关注。

感染性不孕症加德纳菌属阴道菌群 Mathias Rask-Andersen Åsa Johansson

低丰度物种

PLoS CB：成功分析菌群中低丰度物种互作的新方法！

绝大多数的菌群研究关心高丰度物种，而事实上，低丰度物种不仅种类繁多，数量也不可小觑，对低丰度物种互作的分析，非常必要。新的运作方法，一定程度解决了低丰度物种分析的问题。特别推荐！

低丰度物种布尔运算

Fut2基因

FM：Fut2基因缺陷，小鼠菌群动力学变化剧烈

在小鼠上做的特定基因影响肠道菌群动力学并进而影响疾病（如克罗恩病）易感性的研究，很值得认真一读。

Fut2基因组装动力学

皮肤菌群

Microbiome：新方法分析小鼠皮肤菌群中的基因-菌群互作

这是一项利用新方法分析小鼠皮肤菌群中基因-菌群互作的研究，推荐专业人士精读。

皮肤菌群皮肤癌数量性状点位 16s rRNA转录产物 QTL mapping

饮食减肥干预

Obesity Facts：低热量饮食减肥改变菌群，但不持续

① 肥胖患者接受3个月的低卡路里饮食以减肥，随后3个月保持体重；② 接受3个月的低卡路里饮食后，肥胖患者的厚壁菌门/拟杆菌门的比值显著改变；③ 不动杆菌属是观察效应中的指示物种；④ 代谢分析发现了核黄素通路的显著变化；⑤ 菌群组成及代谢的变化在保持体重的3个月中消失。

饮食减肥干预肠道菌群多样性新陈代谢 Manuel T Velasquez Dominic S Raj

肠道菌群

肠道菌群排便频率 Hao Chung Stephen Baker

上皮钙调磷酸酶

NM：大肠癌中，钙调磷酸酶上调

① 钙调神经磷酸酶是激活T细胞核因子（NFAT）家族转录因子所必需的蛋白，在结直肠癌（CRC）中表达增加；② 其和NFAT在原代肠道上皮细胞（IEC）中组成性表达，在肠道肿瘤中被相关菌群和Toll样受体信号选择性激活；③ IEC中钙调神经磷酸酶依赖于NFAT促进肿瘤干细胞的存活和增殖，并促进小鼠肠道肿瘤的发展；④ 人类CRC中体细胞突变与钙调神经磷酸酶活化有关，而NFAT核转位与CRC死亡增加相关；⑤ 上皮细胞能够整合共生菌群的信号，促进肠道肿瘤发展。

上皮钙调磷酸酶肠道肿瘤 NFAT Marta Wlodarska Ramnik J Xavier

肠道菌群

Nature子刊：杂交家鼠的肠道菌群有何特点？

比利时鲁汶大学王军老师文献分享：将两个家鼠亚种杂交，分析后代的肠道菌群，发现组成不同，且杂交家鼠的免疫基因表达异常，且与菌群失调相关的肠道病理增加，这表明脊椎动物的hologenome造成的进化趋异可能是导致生殖隔离的因素之一。从肠道菌群的角度去看生殖隔离的机理，有点意思，推荐给大家。

肠道菌群脊椎动物 hologenome 进化趋异 Bo-Young Hong

肠道菌群

健康和炎症性肠病人群中固有和活跃肠道菌群的地理模式

① 分析来自德国、立陶宛及印度的健康人或炎症性肠病（IBD）患者的89个粘膜活检样品；② 在细菌分类水平和菌群组成（β-多样性）层面揭示了IBD相关肠道菌群受到疾病状态和地理因素的影响；③ 地理因素对活跃肠道菌群（菌群16S转录水平）影响更大；④ 柔嫩梭菌中的两个属与IBD相关且不受地理因素影响；⑤ 指示种分析表明，与IBD相关的菌属存在人群共享，也存在私有，该结果可为菌群在疾病病因和治疗靶标的研究中提供理论基础。

IBD 肠道菌群地理因素 Cheng-Ying Jiang Shuangjiang Liu

饮食习惯

PNAS：饮食习惯如何影响小鼠的肠型？

① 近期研究发现，不同哺乳动物宿主的肠道菌群中，在某些特异性细菌分类群上存在差异，这个概念被称为肠型；② 在野生家鼠中鉴定出两个集群，与人类、黑猩猩及实验室小鼠的集群相似；③ 在这两个集群中，不同物种间存在着来自毛螺菌科的3种菌属的差异；④ 通过稳定同位素及宏基因组测序，揭示了功能宏基因组中与碳水化合物及蛋白质代谢相关基因比值的不同，以及素食及肉食的区别，是造成差异的原因。

饮食习惯肠道菌群功能宏基因组 enterotype Jenifer B Walke

生物地理学

分子生态学：最影响小鼠肠道菌群多样性的因素是什么？

对老鼠来说，除了饮食，什么对它们肠道菌群的影响最大呢？这篇研究认为是地理因素，大家可以看一看。

生物地理学肠道菌群多样性 Timothy W Hand Timothy W Hand