Weihua Chen

肝细胞癌（HCC）患者进行肝切除术后，及时恢复肝功能对预后有重要意义。肠道菌群在肠-肝轴的调节中有重要作用，但尚不清楚肠菌对HCC术后肝功能恢复有何影响。Cell Host and Microbe最新发表了来自华中科技大学张必翔、杨祥良、刘智、陈孝平、陈卫华与团队的重要研究，结合队列分析、小鼠实验和临床试验等手段，发现长双歧杆菌对促进HCC术后肝功能恢复、提高生存率具有积极作用，并探索了背后的肠-肝轴机制。这项研究为HCC术后治疗提供了新策略，强调了调节肠道菌群的重要作用。

微生态干预肠道菌群肝细胞癌肝切除手术预后

抑酸药

陈卫华+赵兴明：抑酸药PPI促口腔菌入肠，破坏肠道菌群

华中科技大学的陈卫华和复旦大学的赵兴明合作在Gut发表文章，发现质子泵抑制剂（PPI）比组胺-2受体拮抗剂（H2RA）对肠道微生物组和口-肠传播的影响更大，从而揭示了与长期使用PPI相关的某些疾病风险更高的机制。

抑酸药菌群移位口腔菌群肠道菌群质子泵抑制剂

肠道真菌

赵兴明+郑琰+陈卫华：人类的4种真菌“肠型”结构

尽管真菌群落仅占整个人类肠道菌群的不到1%，但已有相关研究证明他们参与了许多人类疾病的发病过程。复旦大学类脑智能科学与技术研究院赵兴明教授、人类表型组研究院郑琰研究员，以及华中科技大学的陈卫华教授在Microbiome上发表了题为Enterotypes of the human gut mycobiome的研究论文。此研究揭示了肠道真菌组成高度结构化的性质，并发现其与宿主表型之间的紧密相关性。

肠道真菌肠型有氧呼吸衰老多样性

肠道噬菌体

陈卫华+赵兴明+刘智：大规模解析人类肠道噬菌体的DNA甲基化

DNA甲基化在噬菌体的生存中起着至关重要的作用，但对其基因组甲基化的理解仍然有限。近日，华中科技大学陈卫华和刘智、复旦大学赵兴明、欧洲分子生物学实验室Peer Bork及团队在Advanced Science发表最新研究，使用单分子实时测序分析了来自104个粪便样本的近9000个宏基因组组装的高质量噬菌体的DNA甲基化模式，发现肠道噬菌体普遍存在甲基化，进一步分析揭示广泛的DNA甲基化与其编码的甲基转移酶有关，值得关注。

肠道噬菌体甲基化研究论文基础研究单分子实时测序

肠道菌群

陈卫华+赵兴明等：基于肠菌的机器学习模型对20种疾病的诊断性能如何？

肠道菌群被逐渐用作非侵入性疾病预筛查的生物标志物和疾病干预的目标。然而，由于肠道菌群会受到多种因素影响，因此关于不同队列中肠道菌群失调的可重复性仍存在争议。近日，复旦大学赵兴明、华中科技大学陈卫华及团队在Gut Microbes发表最新研究，系统地评估了基于肠道菌群的机器学习分类器对20种疾病的跨队列分类性能，发现可以使用肠道菌群作为独立的、跨队列的诊断工具，但仅用于少数肠道疾病。

肠道菌群疾病诊断研究论文基础研究机器学习

宏基因组组装基因组 (MAGs)

陈卫华+赵兴明等：利用基因组分辨肠道宏基因组学计算策略的调查（综述）

恢复高质量宏基因组组装基因组对于探索微生物组成和微生物表型关联至关重要。但目前用于此目的的多种测序平台和计算工具可能会使研究人员感到困惑，因此需要进行广泛的评估。近日，复旦大学赵兴明、华中科技大学陈卫华及团队在Briefings in Bioinformatics发表最新综述，利用4种测序技术（mNGS、PacBio、Nanopore和metaHiC），在三个数据集上评估多种用于基因组解析宏基因组学的计算工具和测序平台，通过多个性能进而确定组装和分箱最佳工具，发现混合组装和基于metaHiC分箱组合的性能表现最好，其次是混合和长读长组装。

宏基因组组装基因组 (MAGs) 测序技术综述基础研究混合组装

metaMIC

陈卫华+赵兴明等：用于识别和校正宏基因组数据装配错误工具—metaMIC

构建可靠的宏基因组组装基因组（MAGs）对于理解微生物群落、分类注释和代谢过程重建具有重要意义，因此降低数据组装contigs错误率对于后续分析至关重要。近日，复旦大学类脑智能科学与技术研究院路易斯·佩德罗·科埃略（Luis Pedro Coelho）、赵兴明、华中科技大学陈卫华及团队在Genome Biology发表最新研究，开发了一种基于机器学习，用于全自动识别和纠正宏基因组数据中装配错误的工具metaMIC（https://github.com/ZhaoXM-Lab/metaMIC），通过模拟和真实数据集验证，发现metaMIC的性能良好可为下游分箱提供可靠基础，值得测试。

metaMIC 宏基因组研究论文基础研究生信分析工具

NK/T细胞淋巴瘤

张明智+陈卫华+李兆明：肠道菌群可作为NK/T细胞淋巴瘤的诊断和预后标志物

NK/T细胞淋巴瘤肠道菌群诊断生物标志物研究论文

工程化噬菌体

陈卫华+刘智+王海磊：工程噬菌体或可用于治疗肠出血性大肠杆菌感染

大肠杆菌是人类肠道中最常见的细菌之一，仅2019年就有超过80万人因出血性大肠杆菌等致病性大肠杆菌而死亡。抗生素广泛用于杀灭细菌和治疗细菌感染，但其滥用也造成了严重的耐药问题，同时多数抗生素的广谱杀菌效果可扰乱宿主肠道菌群。噬菌体因其多样性和宿主特异性被认为是传统广谱抗生素的理想替代品。河南师范大学陈卫华、王海磊团队与华中科技大学刘智近日共同在Microbiology spectrum发表最新研究文章，构建了一种可以特异性靶向肠出血性大肠杆菌的工程噬菌体，可在体内体外条件下高效杀伤肠出血性大肠杆菌，类似地，该思路也有潜力用于其他病原菌的清除。

工程化噬菌体出血性大肠杆菌研究论文

微生物基因组目录

刘庆友+陈卫华+滑国华Nature子刊：构建水牛肠道微生物基因组目录

广西大学刘庆友、华中科技大学陈卫华和华中农业大学滑国华及团队在Nature Communications上发表文章，在国际上首次提供了完整的水牛肠道微生物基因组目录。该成果为水牛肠道菌群相关研究以及分析肠道菌群对水牛粗纤维消化率、产奶性状、生长速度等经济性状的影响提供了重要的数据基础和挖掘蓝图。

微生物基因组目录水牛肠道菌群研究论文

人类肠道菌群数据库

陈卫华+赵兴明+赫丽杰：实现疾病标志物识别和跨数据集比较的人类肠道菌群数据库GMrepo v2

GMrepo 是一个精心设计和一致注释的人类肠道宏基因组数据库，其主要目的是提高人类肠道宏基因组数据的可重用性和可访问性，并实现跨项目和表型比较。华中科技大学陈卫华、复旦大学赵兴明、中国医科大学人民医院赫丽杰作为共同通讯作者，在Nucleic Acids Research发表文章，介绍了 GMrepo 的更新版本GMrepo v2，在这个新版本中，作者收集了更多的项目、运行/样本和表型。最重要的是，作者添加了疾病标记识别和已识别标记的跨项目/表型比较。GMrepo v2 可在以下网址免费获得：https://gmrepo.humangut.info。

人类肠道菌群数据库疾病标志物宏基因组学测序表型

数据库

陈卫华+刘智+赵兴明：人体菌群及其与健康和疾病关联的精选数据库 mBodyMap

华中科技大学陈卫华、刘智和复旦大学赵兴明作为共同通讯作者，在Nucleic Acids Research发表文章，报道了mBodyMap——一个针对人体菌群及其与健康和疾病关联的精选数据库。其主要目的是通过使用最先进的工具集对收集到的样本的菌群含量进行一致的注释，并手动管理相应人类宿主的元数据促进人类相关宏基因组数据的可重用性，并协助识别疾病相关菌群。mBodyMap 根据与人类疾病和身体部位的关联组织收集的样本，以实现跨数据集的整合和比较。为了帮助用户找到感兴趣的菌群并可视化和比较它们在不同身体部位和各种疾病中的分布和丰度/流行率，mBodyMap 数据库配备了直观的界面和收集数据的广泛图形表示。mBodyMap 可在以下网址访问：https://mbodymap.microbiome.cloud。

数据库可视化跨数据集人体菌群

粪菌移植

国内团队：“无菌小鼠+粪菌移植”研究人类疾病与菌群的因果关联可能不靠谱？

将人类的粪菌移植给无菌小鼠，常用于建立肠道菌群与表型的因果关联，但有些时候难以在小鼠中复制人类的表型。华中科技大学的陈卫华团队与复旦大学的赵兴明团队在Genomics, Proteomics and Bioinformatics上发表的一项最新研究，发现人的肠道菌群在被移植给无菌小鼠后，可能发生显著且一致的变化。因此，利用小鼠模型重现人肠道菌群相关表型仍存在较大的挑战。

粪菌移植研究论文基础研究因果关联

肠道菌群失调

国内团队：3种常见肠道疾病的菌群特征异同和诊断模型

华中科技大学陈卫华团队与复旦大学赵兴明团队合作，在mSystems发表研究，对克罗恩病（CD）、溃疡性结肠炎（UC）和结直肠癌（CRC）这三种常见的肠道菌群相关疾病的肠道菌群组成和代谢功能变化进行了荟萃分析，揭示了不同疾病间的共性和不同，并构建了有效的诊断模型。

肠道菌群失调诊断模型炎症性肠病结直肠癌

宏基因组数据库

国内团队：人类肠道宏基因组数据库——GMrepo

华中科技大学陈卫华、复旦大学赵兴明、辽宁省人民医院赫丽杰日前联袂在《核酸研究》上发表了一个经人工矫正的人肠道宏基因组数据库。数据库整合了来自于多个公共数据库的结果，进行了一致化的处理，并添加了经核对的相关元数据。数据库收录了58903个样品，对于质控合格的样品，提供了预先计算好的物种丰度、相关性和菌株共现性网络等结果查询。数据库界面清爽，响应迅速，除了图形化查询生成器还提供了R/Python/Perl语言的API接口，方便不同背景的研究者使用。

宏基因组数据库宏基因组学生物信息学数据库人肠道菌群

菌群互作

华中科技大学：解读肠道病变中的菌群互作

物种间对现有资源的竞争和合作相互作用很大程度决定了肠道菌群组成。华中科技大学的陈卫华团队近期在《Frontiers in Microbiology》发表研究，重新分析了3项肠道病变研究中的菌群代谢互作，阐释了多种新型的细菌类群互作模式，对于解读肠道病变中的菌群变化模式具有参考价值。

菌群互作方法学全基因组代谢网络重建炎症性肠病结直肠癌(CRC)

噬菌体

NAR：细菌-噬菌体互作数据库

噬菌体噬菌体-细菌相互作用