Andrew L Goodman

感染肠道菌群维生素B6

交叉喂养

Cell子刊：肠道菌群的交叉喂养（综述）

Cell Host and Microbe上发表的一篇综述，讨论了交叉喂养的生态及进化意义，探究了跨营养水平的交叉喂养机制，并强调了交叉喂养对菌群及宿主健康的影响。

交叉喂养综述

癌症微生物组

癌症中的微生物（综述）

Journal of the National Cancer Institute上发表的一篇综述文章，详细介绍了微生物直接或间接影响癌症发生发展的机制，以及靶向或利用微生物用于癌症治疗的策略。

癌症微生物组综述

同时激活宿主靶向毒素和细菌靶向毒素的半胱氨酸蛋白酶

这是发表在mBio的一份工作，作者通过杀菌表型筛查发现了脆弱拟杆菌种内不依赖于VI型分泌系统的拮抗作用，通过转座子文库筛选发现了半胱氨酸蛋白酶Fpn以及新的细菌靶向毒素元毒素Fab1在抗菌活性的重要贡献，有趣的是，Fpn同时还介导宿主靶向毒素原毒素BFT的活化。fab1其下游往往存在rfab1基因可介导宿主免受Fab1的杀伤作用。fpn在脆弱拟杆菌中高度保守，但fab1/rfab1基因簇比例较少，可能独立于fpn进行水平基因转移。另外，Fpn也可能介导其他的途径行使抗菌活性。

自身免疫疾病

Cell子刊：潜在有益肠道菌或通过交叉反应触发自身免疫疾病

抗磷脂综合征（APS）是一种自身免疫疾病，β2糖蛋白I（β2GPI）是主要自身抗原，可被患者免疫细胞识别并攻击，《Cell Host and Microbe》近期发表的一项研究，从一种常见肠道共生菌Roseburia intestinalis（R. int）中鉴定出与β2GPI核心抗原表位极为相似的模拟表位序列，并发现APS患者的免疫细胞和自身抗体可与R. int的模拟表位发生交叉反应，而R. int也可引起易感小鼠发生自身免疫疾病。有意思的是，此前有研究显示R. int是潜在有益菌，可产生丁酸，但这项研究表明这种菌在易感个体中或许是能触发APS的压垮骆驼的稻草，再次提示肠道菌的“好”与“坏”并非一成不变。

自身免疫疾病 Molecular mimicry microbiotme IgA-coated bacteria DNA methyltransferase

药物代谢

Nature：对肠道菌群药物代谢作用的系统性研究

口服药的疗效和副作用可能存在很大的个体差异，越来越多的证据显示肠道菌群在其中扮演重要角色。《Nature》上线来自耶鲁大学医学院Andrew L. Goodman团队的一项最新研究，系统性地分析了76种/株人类肠道菌对271种口服药物的代谢情况，鉴定出参与药物代谢的细菌基因及其产物，并在小鼠模型和人肠道菌群培养物中对部分发现进行了验证，加深了人们对肠道菌群参与药物代谢的分子机制的理解，为靶向菌群的个体化药物干预带来启示。有兴趣的读者不妨搭配着读一下该团队今年2月在Science发表的相关研究（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1088767446），相信会有更多收获。

药物代谢肠道菌群 Drug Therapy Microbial genetics Microbiome

药物-菌群互作

Science：肠道菌群对药物代谢的贡献有多大？

肠道菌群参与药物代谢过程。Science近期发表了一篇方法学研究，阐述了一种可定量测定肠道菌群对药物代谢贡献的方法，测定了肠道细菌对若干核苷类抗病毒药物、抗焦虑药物的代谢影响。该模型对评估肠道菌群在药物、营养成分等物质代谢过程中的作用具有重要参考价值。

药物-菌群互作方法学药物代谢药物毒性无菌小鼠

高糖饮食

高浓度果糖或葡萄糖，阻碍有益菌的肠道定植

这是近期PNAS发表的一篇重要文章，发现饮食中高浓度的果糖或葡萄糖，会抑制帮助多形拟杆菌定植于肠道的“定植调节因子”的表达，从而影响代谢健康。这清晰地提醒我们高糖饮食如何在分子层面影响共生菌的定植，并对健康产生影响。为了健康，降低果糖或葡萄糖的直接摄入，或许非常必要。

高糖饮食 fructose GENE EXPRESSION Glucose leader mRNA

细菌-宿主互作

肠道细菌“劫走”了维生素B12

肠道细菌表面的脂蛋白在获取维生素的过程中有重要作用。本研究发现，BtuG2在拟杆菌与人类宿主竞争维生素B12的过程中具有重要作用。该结果对阐释肠道细菌的维生素获取机制、探究肠道菌群与维生素缺乏症之间的联系，都具有重要参考价值。

细菌-宿主互作 corrinoid Gut infectious disease intrinsic factor

肠道共生菌

Cell子刊：肠道菌怎样挨过“饥荒”？

肠道菌群内部竞争激烈，当营养物质不足时，肠道细菌会如何应对？Cell Host and Microbe上的一项研究表明，人体肠道共生菌——多形拟杆菌在碳源不足时会调节自身核心代谢基因表达，从而停止生长进入“冬眠”状态，以增强细菌生存能力。这种停止生长的策略，可能是共生菌确保在肠道内长期存留的决定性因素。

肠道共生菌多形拟杆菌严紧反应 Microbiome Bacteroides

氨基糖苷类抗生素

Nature子刊：氨基糖苷类抗生素的抗病毒机制

抗生素的作用机制并非局限于杀伤细菌，Nature Microbiology近期发表一项由耶鲁大学团队主导的研究，发现在粘膜施用氨基糖苷类抗生素，可增强小鼠对多种病毒感染的抵抗力，是抗生素直接作用于粘膜组织细胞的结果。

氨基糖苷类抗生素抗病毒干扰素刺激基因（ISG） XCR1+树突细胞 Toll样受体3

自身免疫病

Science子刊：共生菌可通过交叉免疫反应引发自身免疫病

红斑狼疮患者的免疫系统会攻击身体中的正常蛋白，以Ro60（一种RNA结合蛋白）为靶的抗体是一种常见的疾病早期自身抗体。Science Translational Medicine[IF：16.796]刚刚上线的一项研究中，耶鲁大学的研究者在人体多个部位的菌群中，鉴定出一些表达Ro60同源蛋白的细菌。这类细菌引起的交叉免疫反应，可能是易感个体患自身免疫病的诱因。这为菌群与自身免疫病间的因果关联，提供了有力证据。

自身免疫病细菌抗原 Coralie Sengenes Amandine Girousse Amandine Girousse

鼠伤寒沙门氏菌

Cell子刊：共生细菌通过增强IFNγ的生成以缓解沙门氏菌引起的疾病

① 菌群通过竞争代谢产物、产生抑制性物质、引起保护性免疫反应，以抵抗病原体入侵，使宿主形成对病原体的定殖抗性；② 在小鼠模型中，肠道鼠伤寒沙门氏菌感染受到菌群组成的调节；③ 从对沙门氏菌感染有抗性的小鼠中，获得可培养的肠道共生细菌，移植到对沙门氏菌感染敏感的小鼠体内，可减少沙门氏菌的组织定殖及其引起的疾病的严重性；④ 沙门氏菌的组织定殖减少，伴随着体重恢复及生存期延长，依赖于菌群诱导的IFNγ生成增加。

鼠伤寒沙门氏菌

拟杆菌属

Nature子刊：被了解最透彻的肠道细菌——拟杆菌（综述）

关于拟杆菌的必读综述，特别推荐。

拟杆菌属

肠道菌群

Nature：减肥新靶点，抑制菌群产生的乙酸盐？

最近很火的一篇nature文章，看看MC怎么介绍。

肠道菌群乙酸盐副交感神经肥胖

微生态

PNAS：人体共生菌如何pk竞争者以在肠道存活？

关于细菌特别是人体共生细菌的研究最近有很多，不过我们特别分享一篇2015年发表在PNAS的文献，值得大家读一读。

微生态共生微生态学 6型分泌系统

结肠炎

免疫球蛋白A包衣可鉴定出炎症性肠病中引起结肠炎的细菌

① 基于流式细胞术与16S测序来表征免疫球蛋白A（IgA-SEQ）对肠道菌群的特异性包衣；② 该技术可鉴定出结肠炎小鼠肠道中引起结肠炎的细菌；③ 利用IgA-SEQ技术与炎症性肠病患者的粪便菌群进行厌氧培养，创建个性化的疾病相关的肠道菌群培养集合，发现肠道菌群在高包衣的IgA 基础上进行选择，导致无菌小鼠对结肠炎的易感性增强；④ IgA包衣可优先识别驱动肠道疾病的炎性共生菌，有针对性地消除此类细菌，减少、逆转甚至阻止疾病发展。

IgA 结肠炎 IBD 肠道菌群

菌群稳定性

Science：人体肠道里，大多数菌株或稳定存在数十年

这是2013年发表在Science上的重要研究，跟踪37人长达五年，并通过高精度的16S测序和一些菌株的全基因组测序，分析人体肠道菌群的长期变化规律。一些饮食等环境因素会带来肠道菌群的迅速变化，但在这之外，更多的是肠道菌群成员（菌株）的长期稳定性。这是被引用数百次的超高引文献，想必很多专业人士非常熟悉，值得认真再读一读！

菌群稳定性 Vijay Ramakrishnan Vijay Ramakrishnan

酸奶

Science子刊：酸奶里的益生菌，对肠道菌群有何影响？

研究发酵乳品如何影响菌群：① 研究对人的影响需严格对照，小鼠则可控制变量；② 食用酸奶前后，分析人粪菌和宏转录组；给限菌小鼠强饲，观察前后变化；③ 人粪菌组成无显著变化，相关基因几无变化；④ 小鼠菌群有微小变化，但许多代谢通路相关的酶尤其是糖代谢酶显著提升；⑤ 食用酸奶的限菌鼠中，动物双歧杆菌是优势群体，它们上调了低聚木糖代谢相关基因座；⑥ 在酸奶摄入期，包括与植物多糖代谢有关的人的宏转录组有显著变化。

酸奶肠道菌群

酸奶

Science子刊：酸奶里的益生菌，对肠道菌群有何影响？

研究发酵乳品如何影响菌群：① 研究对人的影响需严格对照，小鼠则可控制变量；② 食用酸奶前后，分析人粪菌和宏转录组；给限菌小鼠强饲，观察前后变化；③ 人粪菌组成无显著变化，相关基因几无变化；④ 小鼠菌群有微小变化，但许多代谢通路相关的酶尤其是糖代谢酶显著提升；⑤ 食用酸奶的限菌鼠中，动物双歧杆菌是优势群体，它们上调了低聚木糖代谢相关基因座；⑥ 在酸奶摄入期，包括与植物多糖代谢有关的人的宏转录组有显著变化。

酸奶肠道菌群

饮食

Nature重磅观点：营养、菌群和免疫，密不可分！

① 了解生活在不同文化和社会经济环境中的不同生命阶段的人类的饮食、营养状况、免疫系统及肠道菌群间的关系十分重要；② 肠道菌群可能通过影响营养代谢状态和免疫功能而导致营养不良风险和发病机制；③ 评估饮食、营养状况、肠道菌群和免疫系统间的关系需识别新的宿主和菌群生物标志物和营养介质，构建饮食数据库，确定各种食物的营养价值；④ 免疫系统的表型（如黏膜屏障完整性和黏膜免疫）需定量，且营养物质代谢对免疫系统的影响值得关注。

饮食营养肠道菌群免疫系统 Aurelijus Burokas