Noah W Palm

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文章数：15篇

陈海威等Cell：新技术！绘制人体/菌群代谢物与GPCR的互作图谱

G蛋白偶联受体（GPCR）是人类基因组编码的最大的细胞表面受体家族，能识别源自人体、菌群、饮食和药物的多种类型的配体，并调节人体生理的方方面面。然而GPCR中仍然存在很多未知内源性配体的孤儿受体。Cell最新发表了复旦大学陈海威、耶鲁大学Noah Palm与团队的研究文章，报道了一种高度多路复用的GPCR筛选平台——PRESTO-Salsa。该方法能够以高通量的方式，评估小分子、多肽、蛋白质、细菌培养上清、血清等多种类型的样品对GPCR组（314个GPCR）的活化情况进行检测，且具有样品量需求低的优点。基于该方法，研究者绘制了1041种人体相关代谢物和435个人体共生菌株与GPCR组的互作图谱，并揭示了一种免疫细胞相关的GPCR孤儿受体可被牙周病原体的蛋白酶活化。

技术方法高通量筛选平台人类菌群菌群代谢物代谢组

曹议匀等Science突破：锁定表达新型基因毒素的促肠癌细菌

肠道菌群中的一些促癌细菌可通过产生基因毒素（genotoxins），引起宿主细胞DNA损伤和基因突变，促进结直肠癌（CRC）的发生发展。其中研究比较多的是某些大肠杆菌产生的colibactin，这种基因毒素可通过与DNA交联引起DNA双链断裂。然而，除此以外，人们对菌群衍生的基因毒素所知甚少。Science最新发表了美国耶鲁大学医学院Noah Palm教授团队、曹议匀博士作为第一作者的重磅研究，对CRC风险升高的炎症性肠病（IBD）患者的肠道细菌进行了系统性分析，鉴定出多个产基因毒素的菌株，它们引起宿主细胞DNA损伤的模式与colibactin不同。进一步研究证实，在IBD和CRC中都富集的摩氏摩根氏菌（Morganella morganii）能通过一种新发现的脱羧酶生成一类新型基因毒素indolimines，在小鼠中具有促CRC作用。综上所述，该研究鉴定出新的菌群衍生基因毒素，并揭示了这些基因毒素对宿主肠道生理和肿瘤风险的潜在影响，为CRC的预防和干预带来了新的启示和思路。

结直肠癌肠道菌群代谢产物促癌细菌基因毒素摩氏摩根氏菌

肠道细菌演化

Nature：肠菌可在宿主内演化出致病的移位能力

随着时间的推移，我们肠道中定植的共生微生物也在不断地适应和演变。耶鲁大学Noah Palm团队在Nature发表的最新研究中提出一种假说，认为共生肠菌在宿主内的演化可能会影响其致病倾向。他们以一种致病共生菌——鹑鸡肠球菌为模型对这一假说进行了检验，该菌能在易感小鼠中移位至肝脏等组织器官，从而引发自身免疫病。通过分析小鼠粪便和肝脏中的分离菌发现，这种菌可在宿主内自发地发生趋异演化，产生适应肠腔或肠黏膜的不同谱系。其中，适应肠黏膜的菌株具有侵入性和致病特性特征，包括移位至肝脏、免疫逃逸和引发炎症；相比之下，适应肠腔的菌株则比较“良民”（且可能更具传播性）。总之，该研究在菌株水平和时间尺度上，为理解微生物相关疾病的发生发展提供了一个崭新的视角，在一定程度上可以解释菌群驱动的疾病中存在的“随机性”和年龄相关性。

肠道细菌演化 Autoimmunity Bacterial evolution chronic inflammation experimental evolution

菌群-免疫互作

Cell子刊：共生菌的种间互作对宿主免疫具有非线性影响

某种共生菌对宿主免疫的调控作用，在很大程度上受到其所处菌群背景（context）的影响。Cell Host and Microbe近期发表的来自耶鲁大学医学院Noah Palm团队的研究，描述了一种促结肠炎的Allobaculum菌种与嗜黏蛋白阿克曼菌（Akk菌）之间对调控宿主免疫的交互作用，这种互作可对这两种菌各自单独引起的免疫反应造成不同的影响，揭示了种间相互作用对宿主免疫的非线性影响。

菌群-免疫互作炎症性肠病

一种降解人肠道粘蛋白的新细菌

对于许多与人类疾病有关的细菌物种来说，内层黏液层是一个重要的生态位。Allobaculum mucolyticum是丹毒丝菌科的一种细菌，可能与肠上皮有密切互作，且与炎症性肠病（IBD）相关。Gut Microbes近期发表的一项研究表明，这种细菌可降解肠上皮黏液层中的粘蛋白O-聚糖，可能是其促进IBD的潜在机制。

肠道细菌肠道黏液层粘蛋白

Science：胎儿的B细胞可能为出生后与共生菌的互作，做好了准备

《Science》发表的一项最新研究发现，人类胎儿中，初始B细胞的自身反应性使得其可以识别凋亡细胞，并与一些肠道共生菌发生交叉反应。这些自身反应性和多反应性的B细胞，可能有助于在出生后建立有益的共生菌-宿主互作。

B细胞生命早期免疫-菌群互作

菌群-宿主互作

Cell：寻找影响宿主生理的菌群代谢物

肠道菌群产生大量代谢产物。《Cell》近期发表研究，利用但菌株培养技术和G蛋白偶联受体（GPCR）的配体筛选系统，筛选出可产生GPCR配体的144株肠道细菌，并分析了其代谢物对宿主生理活动的影响。该研究提供了一种高通量筛选GPCR配体、研究肠道菌群-代谢物-宿主互作的平台。

菌群-宿主互作菌群代谢物方法学 G蛋白偶联受体（GPCRs） Gerald Holtmann

IgA在肠道共生菌的定植中起关键作用（评论）

共生菌如何在宿主肠道内定植？Science近期发表的研究（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1043206361）显示，宿主分泌的抗体IgA可促进脆弱拟杆菌的肠内定植。Current Biology近期刊发评论解读文章，配图是精华，值得看看。

菌群定植菌群-宿主互作脆弱拟杆菌免疫球蛋白A 共生

一图读懂：菌群-免疫疾病走向因果（Science子刊必读综述）

免疫系统与菌群互相影响、共同进化，大量研究表明肠道菌群的改变与免疫疾病存在密切关联，然而这种关联的因果性仍待研究。本周Science Immunology上线的重磅综述，对近期菌群与免疫性疾病的因果性研究进展进行了回顾，对相关方法技术的优缺点进行了评论，并讨论了存在的挑战和未来发展方向，值得所有研究菌群与疾病的科研人员学习借鉴。

免疫疾病因果性研究

BJC：绝经后乳腺癌是否与肠道菌群存在关联

这是近期British Journal of Cancer[IF：6.176]发表的关于绝经后乳腺癌与雌激素和肠道菌群构成的人体关联性研究，推荐专业人士参考。

乳腺癌病例对照研究菌群雌激素前列腺素

因果性研究

Cell子刊：菌群因果性研究的新方法

这是Cell Host and Microbe[IF：14.946]针对我们之前介绍过的一篇Nature文章（http://www.xunludkp.com/papers/read/1084051336）的介绍，老规矩，这样的文章看看图就会有收获，而今天这图简单明了，说明了确定菌群与疾病因果关系的新方法，很值得特别关注。

因果性研究 David J Lloyd Elizabeth A Killion Jinghong Wang Junming Yie

Nature：抑制肠道轮状病毒感染的炎性小体

这是Nature新近发出的重量级研究论文，对NOD样受体（NLR）炎症小体抑制肠道轮状病毒感染的机制做了全面阐述，非常值得认真阅读。

轮状病毒 Nlrp9b炎性小体细胞焦亡

婴儿肠道菌群

Cell子刊：婴儿肠道菌群和IgA分泌的发育规律

这个小评论文章介绍了Gordon实验室之前在Nature上发表的文章（http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1045483264），核心内容要去看原文，但小文章的图值得看一看，一目了然。

婴儿肠道菌群粘膜免疫系统母乳喂养 IgA Laura V Blanton

适应性免疫

临床免疫学综述：免疫-菌群互作如何影响疾病与健康？

前面介绍过的耶鲁大学Noah W. Palm博士和同事写的综述，关注免疫和菌群的人可以看一看。

适应性免疫 IgA T细胞炎症肠道菌群

免疫球蛋白A包衣可鉴定出炎症性肠病中引起结肠炎的细菌

① 基于流式细胞术与16S测序来表征免疫球蛋白A（IgA-SEQ）对肠道菌群的特异性包衣；② 该技术可鉴定出结肠炎小鼠肠道中引起结肠炎的细菌；③ 利用IgA-SEQ技术与炎症性肠病患者的粪便菌群进行厌氧培养，创建个性化的疾病相关的肠道菌群培养集合，发现肠道菌群在高包衣的IgA 基础上进行选择，导致无菌小鼠对结肠炎的易感性增强；④ IgA包衣可优先识别驱动肠道疾病的炎性共生菌，有针对性地消除此类细菌，减少、逆转甚至阻止疾病发展。

IgA 结肠炎 IBD 肠道菌群