Iliyan D Iliev

多种涉及全身免疫激活的疾病与胃肠道真菌生态失调有关。重症新冠肺炎（sCOVID-19）患者也存在肠道菌群的改变，但这种改变是否持续性影响宿主免疫状况还不清楚。近日，Nature Immunology发表研究文章，发现sCOVID-19患者体内存在高滴度的白色念珠菌（Candida albicans，C.ab）抗体，而肠道C.ab通过升高血液和肺部中性粒细胞、持续改变粒细胞祖细胞转录特征而诱发持续的抗真菌免疫激活。作者还发现靶向IL-6受体的托珠单抗能够降低sCOVID19患者的C.ab 抗体，这种针对肠道真菌病原体的治疗策略或有助于控制sCOVID-19等炎症性疾病活跃期间的免疫过度激活。

新冠研究论文肠道真菌白色念珠菌中性粒细胞

肿瘤菌群

Cell：胃肠道等癌症中的肿瘤真菌组

这是Cell同期发表的第二篇癌症真菌组研究（第一篇见此（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1096311742）），来自杜克大学Anders Dohlman团队与康奈尔大学医学院Iliyan Iliev团队。该研究通过分析人体多个部位的肿瘤测序数据，在菌种水平上揭示了肿瘤相关真菌组的存在和特征，包括在胃肠道癌症中被富集的多个念珠菌属物种，并表明肿瘤相关真菌DNA可能作为诊断或预后的生物标志物。

肿瘤菌群肿瘤真菌组胃肠道癌症

肠道真菌组

Nature：真菌对肠道炎症的菌株特异性影响

真菌是肠道菌群中不可忽视的成员。在包括炎症性肠病（IBD）在内的多种疾病中，都发现了肠道真菌组成的变化。然而，真菌对宿主健康的影响及其作用机制，人们仍所知甚少。Nature最新发表的这项研究，通过真菌组测序、真菌的培养组学和基因组学、基于CRISPR-Cas9的真菌菌株编辑、体外免疫反应检测和小鼠模型等方法，揭示了溃疡性结肠炎（UC）患者肠道中的优势真菌——白色念珠菌的菌株多样性，及其对宿主肠道免疫调控的机制和菌株特异性，为研究IBD的疾病机理和治疗方法提供了新视角。

肠道真菌组菌群-免疫互作白色念珠菌菌株多样性菌株特异性

真菌-免疫互作

Cell：黏膜真菌保护肠道屏障，并促进社交行为

肠道真菌失调可能促进局部及远端病理，但肠道真菌促进稳态的机制尚未明确。Cell上发表的一项最新研究结果，在人及小鼠中均鉴定出了一群与肠腔真菌组成不同的黏膜相关真菌，可通过诱导CD4+ Th细胞产生IL-22，从而增强肠道屏障功能；并可促进IL-17A的产生，IL-17A通过作用于神经元上的IL-17R，促进小鼠的社交行为。

真菌-免疫互作研究论文啮齿动物（小鼠）基础研究肠道真菌

肠道真菌组

Nature Reviews：肠道真菌群——IBD中的关键角色（2021年度回顾）

2021年，肠道真菌组的研究取得了若干瞩目进展。Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology近期发表的年度回顾文章，特别概述了今年在肠道炎症和炎症性肠病（IBD）中的真菌-免疫互作以及治疗性工程酵母方面的多项突破性研究（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1065845586）（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1036007466）（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1060562456）（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1065557870）（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1082200587），值得品读。

肠道真菌组炎症性肠病

克罗恩病（CD）

Nature子刊：sIgA可调控肠道真菌的共生

分泌型免疫球蛋白A（sIgA）通过塑造驻留微生物群落、限制细菌病原体的生长、通过免疫排斥增强宿主保护性免疫，在肠道屏障保护中起着重要作用。Nature Microbiology近期发表的文章，发现白色念珠菌诱导肠道产生的抗真菌sIgA，sIgA通过包裹与毒力相关的真菌菌丝形态，调节肠道真菌的共生，并观察到这种保护机制在克罗恩病患者中失调的现象。

克罗恩病（CD）肠道真菌 sIgA

抗真菌免疫

Cell：肠道真菌如何塑造抗真菌免疫？

自然感染和接种疫苗，能通过诱导特异性的抗体，发挥对特定病毒和细菌病原体的免疫作用，但是目前针对真菌病原体的疫苗和中和抗体疗法还非常缺乏。Cell发表的一项最新研究发现，肠道真菌群在诱导宿主的抗真菌IgG抗体免疫中发挥关键作用。该研究表明肠道中的真菌（比如白色念珠菌）能通过CX3CR1+巨噬细胞的CARD9信号，引起肠外淋巴组织中的生发中心B细胞扩增，以产生抗真菌IgG，从而保护宿主抵抗致命的系统性真菌感染。这些发现对于研发抗真菌的疫苗和抗体有重要意义。

抗真菌免疫肠道真菌组真菌感染

癌症微生物组

Cell子刊：精确绘制癌症微生物图谱

Cell Host and Microbe近期发表的文章，发现TCGA数据库的测序数据中明显含有污染微生物数据，且与特定的测序中心具有相关性，去除污染物数据后构建癌症微生物图谱TCMA。TCMA可用于鉴定预后相关细菌种类，并为研究宿主-微生物互作进行多组学、泛癌分析提供资源。

癌症微生物组 TCGA 污染物微生物

菌群-免疫互作

关注IBD中的肠道真菌及病毒（综述）

肠道真菌与肠道病毒可激活宿主的保护性免疫应答，但也可能诱导IBD相关的免疫应答。Gastroenterology上发表的一篇综述文章，分别详细介绍了肠道病毒与肠道真菌对宿主免疫应答的影响，并讨论了肠道病毒及肠道真菌的失调在IBD——包括溃疡性结肠炎（UC）及克罗恩病（CD）中的作用机制。

菌群-免疫互作 IBD 肠道真菌肠道病毒综述

真菌群

一图读懂：真菌群在营养与代谢健康中的作用（综述）

发表在Annual Review of Nutrition上的综述性文章，从新生儿到整个生命历程的角度，探究了肠道真菌群随着生命进程的演变、在此过程中受到的调节以及对机体营养和代谢产生的影响。肠道真菌受膳食调节，可以与肠道细菌相互作用，参与机体免疫、生理的调控，而且一些膳食来源的真菌所产生的毒素，可以直接对机体造成危害。真菌参与代谢、疾病调节的相关机制和代谢标志物是未来研究的方向。

真菌群 Mycobiota early life Nutrition Metabolism

粪菌移植

Cell子刊：肠道真菌或可预测FMT对溃疡性结肠炎的疗效

粪菌移植（FMT）可成功用于治疗溃疡性结肠炎（UC），但仅有部分患者对治疗产生应答。《Cell Host and Microbe》上发表的一项最新研究，对一项随机双盲安慰剂对照试验的结果进行分析后发现，在对FMT产生应答的患者中，接受FMT治疗之前的肠道念珠菌属丰度较高，且在接受FMT治疗后念珠菌属丰度有所降低。研究结果提示，FMT可能通过降低念珠菌属的丰度以抑制肠道炎症，肠道真菌组成或可作为预测患者对FMT的应答的生物标志物。

粪菌移植 Mycobiota Fecal microbiota transplantation gut fungi Candida

肠道真菌

几丁质结合受体FIBCD1调控肠道真菌群

真菌群在宿主免疫稳态及组织稳态中起到重要调控作用，几丁质是真菌细胞壁的重要组分。Journal of Experimental Medicine上发表的一项最新研究，发现肠上皮细胞表面表达的一种几丁质结合受体——FIBCD1，可抑制真菌的定殖，并调控肠道中的真菌群组成，在结肠炎小鼠模型中可缓解真菌失调驱动的肠道炎症。

肠道真菌几丁质 FIBCD1 几丁质结合受体肠道免疫

菌群-免疫互作

Cell子刊：肠道真菌与免疫（综述）

Immunity上发表的一篇综述文章，详细介绍了免疫系统如何影响肠道真菌组成，以及肠道真菌对免疫系统的训练机制。同时讨论了肠道真菌失调如何通过影响免疫系统在IBD等肠道炎症性疾病中，以及通过肠-肺轴、肠-肝轴在肺部、肝脏炎症性疾病中起到重要作用。

菌群-免疫互作菌群-免疫互作肠道真菌肠-肺轴肠-肝轴

肠道真菌组

Cell子刊：马拉色菌或是特定易感患者的克罗恩病“引爆器”

肠道真菌组炎症性肠病肠粘膜菌群克罗恩病马拉色菌

菌群-宿主互作

Science：“看透”调控T细胞的分节丝状菌与肠上皮细胞的亲密接触

肠道菌群在免疫调控中有重要作用。《Science》发表的一项最新研究，通过电镜技术，直观的“看”到小鼠肠道内，分节丝状菌（SFB）通过微生物黏附触发的内吞作用（MATE）与肠上皮细胞（IEC）发生互作的形态，该过程中，能诱导Th17细胞的SFB抗原“借道”IEC，经细胞内运输转移至IEC底部，进而活化Th17。该研究不仅揭示了SFB调节Th17的机制，以及IEC的抗原呈递作用，同时还是使用高分辨率电镜技术分析微生物-宿主互作机制的一个范例。“Seeing is believing”这句话在生物学微观研究中恐怕永不过时。

菌群-宿主互作电子断层成像细胞内吞肠上皮细胞肠道Th17细胞

肠-肺轴

Cell子刊：肠道真菌失调加剧过敏性气道疾病的肠-肺轴机制

肠道中的真菌能影响粘膜免疫，但是对于其它器官的影响仍待阐释。Cell Host and Microbe发表的最新研究表明，肠道常驻的CX3CR1+单核吞噬细胞可感知肠道真菌失调，加剧模型小鼠的过敏性气道疾病，为肠道真菌影响其它身体部位的免疫，提供了一种机制。

肠-肺轴 mycobiota dysbiosis Mycobiome Fungi gut-lung axis

HIV-1感染

Science子刊：α4β7或可作为HIV-1感染防治的潜在新靶点

表达α4β7的肠道归巢CD4+ T细胞是HIV-1病毒感染的早期靶点，在HIV-1感染的发病机制中起重要作用。在Science Translational Medicine上发表的一项最新研究中，选取了6名接受抗α4β7单抗（vedolizumab）治疗的HIV感染者（同时患有轻度IBD），证实了药物的安全性，并发现vedolizumab可显著减少胃肠道中的淋巴聚集，或可作为防治HIV-1感染的新策略。

HIV-1感染 HIV-1感染整合素α4β7

CX3CR1+单核吞噬细胞

Science：明确鉴定出调节肠道真菌以抑制炎症的吞噬细胞

这是Science[IF：37.205]杂志发表的重要研究，首次明确鉴定出CX3CR1+单核吞噬细胞在针对肠道真菌的先天性及适应性免疫反应中的重要意义，为对抗克罗恩病等肠道炎症性肠病开启了新思路。

CX3CR1+单核吞噬细胞肠道真菌免疫 intestinal fungi Yael Haberman

真菌失调

Nature Reviews：一文读懂真菌失调（综述）

迄今为止对真菌失调阐述得最为深入的综述，强烈推荐。

真菌失调粘膜免疫

共生真菌

CHM：肠道真菌很重要，破坏它会有坏的免疫后果！

① 实验性结肠炎小鼠模型长期口服抗真菌药物会导致其急性、慢性结肠炎病情加重，并加快呼吸道过敏性疾病的发展；② 抗真菌药物导致小鼠肠道共生真菌和细菌紊乱，其中假丝酵母菌减少，曲霉菌、节担菌及附球菌增加；③ 口服补充曲霉菌、节担菌、附球菌三种真菌，能够迅速再现抗真菌药物加剧呼吸道疾病的现象；④ 破坏共生真菌群落能影响局部和外周免疫响应，加剧相关疾病状态，表明除细菌外，健康稳态的真菌群落对免疫应答调控也很重要。

共生真菌抗真菌药物结肠炎呼吸道过敏性疾病