Joel Dore

肠道菌群与宿主的相互作用在健康与疾病中有重要作用。有假说认为，在健康和疾病下，肠道生态系统有着不同的稳定状态，需要采用相应的综合治疗策略来跨越不同状态间的阻碍，使肠道生态系统恢复到健康状态。Gastroenterology近期发表的研究，对400多名溃疡性结肠炎患儿的肠道菌群和肠道炎症状态进行纵向分析，鉴定出在疾病状态和治疗过程中肠道生态系统的多种替代稳定状态，为靶向炎症和菌群的联合治疗策略提供了新的理论依据。

炎症性肠病宿主-菌群互作肠道生态系统替代稳定状态

急性髓系白血病（AML）

Nature子刊：自体粪菌移植恢复AML患者的肠道菌群多样性

急性髓系白血病（AML）经高强度化疗联合广谱抗生素，导致肠道菌群失调，促进病理状态，增加并发症的发生率。Nature Communications近期发表的文章，报道了一项利用自体粪菌移植（AFMT）治疗AML患者（经过化疗和抗生素治疗）的多中心单臂的II期临床试验，AFMT能够恢复病人失调的肠道菌群，说明对于接受高强度化疗和抗生素治疗的AML患者，AFMT用于恢复患者的肠道菌群是安全且有效的，在菌群丰富度和多样性系数等指标显示，AFMT很好地对患者的肠道菌群进行重建。

急性髓系白血病（AML）粪菌移植肠道菌群

饮食-菌群互作

饮食和肠道菌群的互作，与IBS症状相关

Microbiome近期发表的研究表明，肠道菌群与饮食之间的相互作用，或能影响肠易激综合征（IBS）的症状和严重程度。这些发现将IBS与肠道菌群的氢代谢和碳水化合物代谢联系起来，为研究靶向菌群的IBS营养管理方法提供新思路。

饮食-菌群互作肠易激综合征

可替代稳态

最新肠道可替代稳态的概念验证实验

前有肠道菌群的不同“肠型“，现有本文提出的菌群与宿主双方的肠道生态系统“可替代稳态“。关于肠道及其微生物组的研究一直在路上，不断有发现，共同目标都是能为健康、临床治疗提供实际有效的数据和手段。

可替代稳态概念验证肠道生态系统研究论文大鼠

菌群-宿主互作

功能基因组学结合微流控，高效挖掘微生态功能基因

高效的功能基因组方法，有助于阐释肠道微生物利用肠粘膜多糖的机制。本研究建立了一种高效的微生态功能基因组研究方法，通过建立长片段fosmid文库、微液滴筛选大肠杆菌表达株，可利用常规流式细胞分选仪进行高通量功能基因组筛选，适用于各种基于宏基因组的功能筛选。利用该方法，本研究鉴定了细菌中与IBD相关的粘蛋白聚糖分解酶，有望从菌种特异的功能基因角度阐释IBD患者肠道菌群特点。

菌群-宿主互作 functional metagenomics Droplet microfluidics Human gut microbiota Human glycans

抗性基因

Nature子刊：无需担心肠道菌群耐药基因转移到病原菌中

鉴于肠道菌群中含有丰富的抗生素耐药基因，故一般认为存在抗性基因转移到人致病菌中的风险。Nature Microbiology上的一篇长文通过蛋白质结构预测和抗性蛋白生物活性验证等方法证实，这种担心恐怕是多余的。

抗性基因肠道宏基因组蛋白结构合成生物学病原菌

同种异体造血干细胞移植

菌群多样性影响接受造血干细胞移植的患者生存率

肠道菌群多样性从多个方面影响人群健康。本文回顾了接受了造血干细胞移植的病人罹患移植物抗宿主病的相关研究，指出菌群多样性与患者生存率有显著联系，强调了维护、恢复肠道菌群多样性对改善移植物抗宿主病患者预后情况的重要作用，值得专业人士关注。

同种异体造血干细胞移植粪菌移植移植物抗宿主病肠道菌群多样性

重度肥胖

减肥手术能否拯救重度肥胖患者的肠道菌群？

Gut近期发表一项临床研究，表明重度肥胖与较低的菌群基因组丰富度（MGR）有关，并鉴定出相关的菌群组成、血清代谢产物和菌群代谢通路特征。尽管手术可有效减肥并改善代谢指标，但大多数患者的MGR在术后并未恢复，提示需要其他干预手段帮助这类患者恢复菌群健康。

重度肥胖菌群失调减肥术菌群基因丰度 Katherine T Fay

免疫球蛋白A（IgA）

Science子刊：人体缺少IgA对肠道菌群有什么影响？

IgA是人体含量最多的粘膜抗体，可保护肠道屏障免于致病菌的侵害。Science Translational Medicine本周上线的研究，分析了缺乏IgA的患者和健康个体的粪菌，患者肠道菌群的整体多样性不受影响，但存在轻度菌群失调，IgM可部分性弥补IgA缺失对菌群的影响。这些结果说明，IgA不仅能控制肠道感染，还参与塑造肠道菌群。

免疫球蛋白A（IgA）肠道菌群 IgA

共生体

防治疾病，应将人体和菌群作为共生体考虑

菌群是人体的组成部分，在健康与疾病中发挥重要作用。Microbiome近期发表一篇评论文章，从生态学角度，提出菌群-人体共生体可存在多种稳定状态，不健康的生活方式使共生体从健康状态向“预病”甚至疾病状态转变，增加慢性炎症疾病风险。因而在预防和治疗疾病时，应综合使用多种干预方法，帮助共生体重回健康。文中提到的治疗“预病”的概念，颇有中医“治未病”的意味。很有意思的一篇观点性文章，值得关注。

共生体肠道菌群

肠道菌群

SR：细菌调节人体基因并让自身和人体都受益的一个案例

看标题，感觉多么有趣是不是？细菌和人如胶似漆，共栖共生，必相互影响！

肠道菌群宿主基因宿主-菌群相互作用

bacteria

Gastroenterology：IBS病人的肠道菌群特征

选取110名肠易激综合征患者及39名健康人，收集其粪便及粘膜样品进行分析，发现他们之间的粪便菌群组成及丰度无显著差异，但对于IBS患者，还是可以看到有特征菌群的，具体都是什么，Gastroenterology[IF 18.187]这篇文章值得读一读。

bacteria functional bowel disorder Microbiome Jack P Shonkoff Jack P Shonkoff

参考基因目录

Nature子刊：在猪肠道中鉴定出770万个微生物基因（2016）

对来自287头猪的粪便DNA进行了宏基因组深度测序，鉴定出719个宏基因组物种，770万个非冗余基因，这个与迄今为止在人类肠道菌群中发现的基因数量（http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1045745408）有得一拼哪。强烈推荐看一看。

参考基因目录抗生素耐药基因猪抗生素抗药性

血清代谢组学

Nature：两种肠道细菌改变血清代谢组，增加糖尿病风险

血清代谢组学胰岛素抵抗支链氨基酸转运蛋白葡萄糖不耐受

肠道菌群

ISME：猪的肠道菌群间相互作用与人相似？

看起来，猪确实是一个研究人肠道菌群的好模型。

肠道菌群生态相互作用 E Quevrain M A Maubert C Michon

肠道微生物群

ISME：你肚里的细菌，决定酸奶益生菌对你有啥用？

① 给予大鼠含5种细菌的发酵牛奶产品FMP15天，发现不同组大鼠对乳酸乳球菌亚种CNCM I-1631的清除速率不同，与大鼠原有的肠道菌群结构相关；② 这种清除速率不同的现象可通过菌群移植而传递，且存在于人体；③ 大鼠原有肠道菌群对FMP干预的易感性与乳酸杆菌在体内停留增加有关，且肠道菌群的结构与暴露于瞬时性细菌后的稳定性相关；④ 研究证实外来细菌对肠道菌群有短暂、特定的影响，评价外来微生物的作用应将内源性肠道微生物群作为分层因素。

肠道微生物群食物中摄入的微生物 Xiao-Xia Zhu Xiao-Jun Yang Hongwei Zhou

二甲双胍

Nature：二甲双胍对糖尿病人的肠道菌群到底有何影响？

去年Nature上的重量级研究，证实二甲双胍通过微生物调节而产生的药效是通过产生短链脂肪酸，并增加埃希氏杆菌达成的。强烈推荐重温经典。

二甲双胍二型糖尿病短链脂肪酸埃希氏杆菌 Grace Hewon Shin

细菌相互作用

Gut：术后的克罗恩病人，菌群决定恢复情况？

① 纳入20例进行回肠结肠切除手术（ICR）的克罗恩病（CD）患者；② ICR可显著调节肠粘膜菌群，CD患者的α/β变形菌门和杆菌纲比例增加；③ 6个月后复发患者的耐久肠球菌富集，菌群呈现松散的群落结构；④ 缓解患者的Dorea longicatena和普贝类杆菌增多，菌群相互间呈强相关性的群落结构；⑤ ICR术后6个月，新末端回肠和次结肠的菌群仅在复发患者中有所不同；⑥ 精确调节群落结构和细菌网络，如柔嫩梭菌和活泼瘤胃球菌，或能用于缓解CD。

细菌相互作用 IBD 肠道菌群手术切除

基因组互作网络

赵立平团队：先天肥胖？不怕，用饮食纠正！

① 纳入17名普瑞德-威利综合征（PWS，遗传性肥胖）和21名单纯性肥胖儿童，进行干预试验；② 富含不易消化的碳水化合物的饮食可引起体重下降及肠道菌群结构变化，降低血清抗原负荷，减轻炎症，增加醋酸盐生成水平，降低N-氧化三甲胺和硫酸吲哚氧基水平；③ PWS儿童饮食干预前的菌群移植到无菌小鼠导致炎症及脂肪细胞增加；④ 儿童遗传性和单纯性肥胖都存在有害肠道菌群的参与；⑤ 饮食干预促进有益菌增殖，减少毒素产生，减轻肥胖患者的代谢恶化。

基因组互作网络肠道菌群代谢组学宏基因组学肥胖

环磷酰胺

Science：重磅抗癌药，菌群助药效！

① 环磷酰胺（CTX）具有刺激抗肿瘤免疫反应的能力，是临床重要的抗癌药物之一；② CTX能显著改变小鼠小肠菌群组成，并促进某些革兰氏阳性菌向次级淋巴器官转移；③ 在次级淋巴器官处的细菌刺激宿主产生一群特殊的致病性pTh17细胞以及Th1记忆细胞的免疫应答；④ 无菌或抗生素杀死革兰氏阳性菌的荷瘤小鼠中pTh17反应降低，且其肿瘤对CTX产生耐药性；⑤ 过继转移pTh17细胞能部分恢复肿瘤对CTX的敏感性，说明肠道菌群有助于形成抗癌免疫反应。

环磷酰胺肠道菌群抗癌作用

饮食干预

Nature：菌群基因丰度越低，饮食干预减肥或越难起效

这是关于肥胖及超重个体的肠道菌群基因丰度与饮食干预相关性的重要研究，发表在2013年的Nature。四年前的文献，但对现在很多研究和转化工作依然具有重要的指导意义，值得认真读一读。

饮食干预菌群基因丰度

人肠道宏基因组

Nature：在人类肠道中鉴定出330万个微生物基因（2010）

经典回顾，这是MetaHIT抢在HMP团队之前在Nature上发出的第一个重量级阶段性研究成果，也是覃俊杰博士的成名之作，迄今被引用次数已近4000次。

人肠道宏基因组 Jacques Ravel Jacques Ravel