Julia A Segre

皮肤微生物研究论文婴儿母亲菌群

重组激活基因（RAG）缺乏症是一种罕见的遗传定义的先天性免疫缺陷（IEI），具有广泛的临床表型。Cell Reports Medicine近期发表的文章，对患者的皮肤、鼻孔和肠道微生物群进行了表征，发现RAG缺乏症的患者拥有高度个体化的微生物群落，多样性增加，身体部位特异性差。同时，该免疫缺陷人群中细菌和病毒（特别是潜在病原体）多样性增加，可能是细菌和病毒持久性和进化的潜在宿主。

RAG缺陷症微生物群

皮肤微生物组

Nature子刊：细菌培养和宏基因组学结合，助力皮肤微生物组研究

人类皮肤微生物组的变化与痤疮和特应性皮炎等皮肤病有关。有研究对皮肤微生物组在健康或疾病中的作用进行的宏基因组调查发现，许多测序数据与参考基因组不匹配，使得宏基因组数据集难以解释。Nature Microbiology发表的研究，将培养方法与宏基因组分析相结合，建立了皮肤微生物基因组集（SMGC），其中包括从7535个metagenome-assembled genomes（MAGs）中鉴定出来的622个原核生物物种，以及251个培养的细菌基因组，12个真核生物基因组和数千个非冗余病毒序列。通过SMGC，可以更精细的描述人类皮肤样本中微生物的多样性。本研究或可帮助我们增加对皮肤微生物群在健康方面的认识，并设计治疗方法来对抗与微生物相关的皮肤疾病。

皮肤微生物组细菌培养宏基因组

皮肤菌群

Nature子刊：耳念珠菌在皮肤哪些部位定植？受何因素影响？

念珠菌是一种备受关注的真菌病原体，对抗菌剂和消毒剂有抗药性，在人类皮肤和无生命环境中具有持久性。为了给监测和未来的治疗策略提供信息，Nature Medicine发表的文章，调查了Candida auris在皮肤上的定植情况，并探讨了影响Candida auris的微生物组。

皮肤菌群基因组学流行病学调查耳念珠菌

真菌感染

Cell子刊：揭示耳念珠菌定植皮肤的机制

耳念珠菌是一种新兴的多重耐药人类真菌病原体，皮肤定植的耳念珠菌可在医院中传播。Cell Host and Microbe近期发表的文章，构建了耳念珠菌定植感染小鼠模型，证实了耳念珠菌长期定植于皮肤深层组织，并揭示出IL-17信号可保护皮肤表面和皮肤组织内部免受耳念珠菌感染，或为治疗耳念珠菌感染提供新策略。

真菌感染皮肤菌群耳念珠菌皮肤 IL-17R

真菌

《科学》疾呼：研究真菌正当时！

真菌覆盖人体的上皮表面，与宿主和其他微生物群相互作用。《Science》最近发表的观点文章，简要介绍了真菌对宿主的影响。一方面，真菌定植能发挥有益的作用，如皮肤中的马拉色霉菌属能利用皮肤脂质作为营养生长，并分泌抑制致病菌的抗菌物质，抵抗病原菌等。另一方面，真菌也对宿主造成不利影响，如引起各种机体感染，并促进胰腺导管腺癌发展等。因此，开展宿主-真菌相互作用的的深入研究，对促进人类健康和治疗疾病具有重要意义。

真菌真菌-宿主互作 Thomaz F S Bastiaanssen Thomaz F S Bastiaanssen

菌群干预

JAMA：微生物组科学在疾病治疗方面的成果和挑战

人类微生物组研究的一个终极目标，是通过操纵共生菌群来改善健康和疾病。JAMA发表了来自美国NIH国家人类基因组研究所微生物基因组部主任Julia Segre博士等的观点性文章，回顾了微生物组科学在疾病干预方面的近期重要成果和进展，探讨了目前研究所面临的挑战，提出通过“临床观察-机制研究-临床干预”三步走的方式，将微生物组科学向临床实践转化。

菌群干预粪菌移植菌群移植饮食干预药物-菌群互作

菌群研究

Nature子刊：宣传生态研究成果，门道很多！

将菌群领域的研究成果准确传达给大众，需要学术期刊编辑、领域专家、监管机构和新闻媒体共同参与。《Nature Medicine》近期发表评论文章，总结了目前在宣传微生态研究成果方面存在的弊端，强调正确宣传科研成果需要领域专家、监管机构以及青年研究人员共同参与。

菌群研究新闻报道观点评论 David A Brenner Debanjan Dhar

病毒组

Nature子刊：DOCK8缺陷患者的皮肤病毒组变化

来自Nature Medicine上发表的一项最新研究结果，在27名DOCK8缺陷患者中，分析了患者的皮肤病毒组组成及多样性，并鉴定出了上百种新型病毒基因组，同时对比了患者与健康人的皮肤病毒组差异。

病毒组皮肤病毒组 DOCK8 Deepa R Jamwal Fayez K Ghishan

特应性皮炎

治疗特应性皮炎的新靶标

特应性皮炎与表皮屏障缺陷、皮肤损伤以及皮肤菌群失调有关。本研究利用丝聚合蛋白缺陷型小鼠，发现皮肤损伤、皮肤菌群失调和丝聚合蛋白缺陷会促使角质化细胞分泌IL-1α ，导致慢性皮肤炎症。该结果对研究特应性皮炎病理、开发有效治疗手段具有参考价值。

特应性皮炎 atopic dermatitis filaggrin Inflammation interleukin-1alpha

质粒

mBio：警惕医院内的抗生素耐药性

碳青霉烯类抗生素是治疗严重细菌感染的重量级武器，但能生成碳青霉烯酶的细菌（CPO）可对其产生抗性，医院内感染CPO发病率和死亡率都令人担忧。mBio[IF：6.956]近期发表了美国NIH临床中心的一份报告，调查了美国医院内的CPO及其携带的耐药基因质粒等情况，结果不容乐观，推荐医院管理者参考。

质粒耐药性碳青霉烯类抗生素 Antimicrobial resistance carbapenem resistant

皮肤菌群

Nature子刊：一文读懂人体的皮肤微生物组（综述）

这是Nature Reviews Microbiology[IF：26.819]发表的迄今为止最详细介绍皮肤微生物组的综述。皮肤菌群，值得关注；Nature出品，必是精品！所以，好好读读吧！

皮肤菌群 Ya Ling Hong Ni

转化研究

Cell：人工操控菌群基因表达的时代到来

因为技术突破太给力，让热心肠先生和小伙伴们太激动，所以特别特别推荐这篇preview，来介绍两篇人工引入特定基因表达系统的文章（第一篇：http://www.xunludkp.com/papers/read/1037095168；第二篇：http://www.xunludkp.com/papers/read/1032900992），原文精彩，这篇preview总结得也精彩。还有别忘了老规矩：这样的文章，看看图就会有收获。

转化研究基因表达微生物组拟杆菌属

进化

Science：人的确就是人和微生物的超级共生体？

① Moeller等人的研究清晰地表明，在过去1500万年间，肠道细菌与人科动物协同种化；② 研究者比较了人类、黑猩猩、倭黑猩猩、大猩猩粪便中拟杆菌科和双歧杆菌科特定株细菌的gyrB基因；③ 除了灵长类动物间非常稀有的共生转移，比较主要细菌谱系的gyrB基因的种系发生，揭示它们与类人猿种系发生基本相符；④ 肠道细菌并不是简单地从环境获取，而是在数百万年间与人科动物共进化，并塑造我们的免疫系统和发育。

进化进化谱系大猩猩倭黑猩猩黑猩猩

皮肤菌群

Cell：皮肤菌群，你忠诚的朋友！

关于皮肤菌群的最新也是最重要研究之一，值得关注。

皮肤菌群皮肤微生物群真核生物病毒 Matthias Scholz Nicola Segata

信号传导

信号传导微生物通讯信号分子

共生细菌

Nature：共生细菌-树突细胞互作重塑皮肤免疫

这是Nature上一篇2015年的老文章，关于共生细菌-树突细胞互作如何重塑皮肤免疫，是皮肤菌群相关免疫分子机制的重要研究，非常值得一看。Cell Host & Microbe关于这篇文章的介绍，也值得一起看。

共生细菌树突细胞保护性皮肤免疫 Stella Bohr Stella Bohr

肺炎克雷伯菌

STM：单一患者引发的耐药菌爆发

这是Science Translational Medicine[IF：16.796]在2012年发表的利用基因组测序技术对2011年在NIH临床中心爆发的碳青霉烯耐药性肺炎克雷伯菌感染的溯源分析，结合同一团队在同一杂志新发表的文献（http://www.xunludkp.com/papers/read/1037914024）看，必有收获。

肺炎克雷伯菌基因组测序 Elliot B Tapper Elliot B Tapper