Gautam Dantas

营养不良是由于供给不足或食物不能充分吸收利用，造成能量及蛋白质缺乏，使身体不能持续正常代谢，迫使机体消耗自身的组织，从而出现体重不增或减轻、生长发育停滞、脂肪逐渐消失、肌肉萎缩等症状的一种疾病。近日，华盛顿大学医学院研究人员在Lancet Microbe发表最新研究，发现在接受严重急性营养不良治疗期间，服用抗生素的儿童体重会增加。进一步随访和采集粪便样本分析发现，对营养不良儿童进行抗生素治疗可以改善肠道微生物群的发育，但也不可忽视抗生素耐药基因在前期的累积，值得关注。

营养不良抗生素治疗研究论文基础研究肠道菌群

抗生素

Nature Reviews：抗生素对肠道菌群的广泛影响（综述）

抗生素引发的肠道菌群紊乱与多种胃肠道感染性和自身免疫性疾病有关。然而，由于肠道菌群是一个复杂的微生物生态网络，抗生素的作用可能具有高度可变性。随着用于微生物群落系统水平分析的多种方法的出现，人们开始识别在抗生素暴露和随后恢复期间影响微生物组动态的微生物组内和微生物组外因素。一项发表在Nature Reviews Microbiology上的综述文章讨论了影响抗生素暴露时肠道微生物组重建的因素，并概述了目前抗生素治疗引起的微生物群落变化的复杂情况，同时还强调了未来在进行抗生素特异性治疗时应考虑的基本因素。

抗生素肠道菌群药物-菌群-宿主互作

肠道菌群

Science子刊：肠菌或可用于阿尔茨海默病早期预测

近年来，肠道菌群已经成为t阿尔茨海默病（AD）及其他认知疾病早期筛查研究中的常客。肠道微生物群衍生的生物标志物不仅可用于预测AD，也可用于预测心理和神经退行性疾病，并展现出强大的筛查能力。近日，华盛顿大学研究人员在Science Translational Medicine发表最新研究，发现在AD症状出现之前，肠道中的细菌也会发生变化，这一发现为开发针对肠道微生物群缓解阿尔茨海默病的治疗手段提供新思路，值得关注。

肠道菌群风险标志物研究论文基础研究饮食因素

细菌性血流感染

Science子刊：早产儿的血流感染或源于肠道菌群

细菌性血流感染（BSI）导致晚发性败血症，影响多达一半的极早产儿，并具有显著的发病率和死亡率。新生儿重症监护室（NICU）中与BSI相关的细菌种类通常定植于早产儿肠道。Science Translational Medicine近期发表的文章，新生儿重症监护室中，BSI相关的病原体在肠道定植先于血流感染。

细菌性血流感染新生儿重症监护室肠道

国际旅行

Nature子刊：腹泻对国际旅行者肠道菌群和耐药基因有何影响？

国际旅行可能会导致抗生素耐药性的全球传播，旅行者腹泻会进一步加剧感染耐多药类型微生物的风险，并可能导致旅行后持续的胃肠道疾病。然而，目前关于腹泻对旅行者肠道菌群和耐药基因动态传播有何影响仍知之甚少。近日，美国华盛顿大学研究人员在Nature Communications发表最新研究，纳入159名访问秘鲁库斯科城的国际学生，纵向收集718份（144份腹泻和574份非腹泻）粪便样本测序。相比无腹泻人群，腹泻患者的肠道菌群组成发生显著变化（但多样性相对稳定），抗生素耐药基因丰度更高，且致泻性大肠杆菌在耐药基因携带方面起关键作用。总之，该研究表明国际旅行者的肠道菌群对生态失调具有弹性，但他们也容易被耐多药细菌定植，这种风险在患有腹泻的旅行者中更为明显。

国际旅行耐药基因研究论文基础研究肠道菌群

肠道菌群

Cell子刊：婴儿肠道菌群的抗生素耐药问题（综述）

随着抗生素使用的增加，抗生素耐药的问题使人们担心“超级细菌”的诞生。人们对婴儿肠道菌群中的耐药基因和耐药菌的认识不足。除了抗生素暴露的因素外，似乎婴儿肠道菌群中“天然”会出现耐药菌，这种菌的存在对婴儿生长发育的长期影响也未被阐明。本综述关注这个话题，并对此进行总结，是进一步开展相关研究的基石。

肠道菌群综述耐药菌抗生素抗生素耐药组

致病菌

Cell子刊：尿路致病性大肠杆菌如何适应肠道和尿道的不同生理环境？

肠道可作为尿路致病性大肠杆菌（UPEC）的一个藏身之所，从而增加尿路感染的复发几率。Cell Host and Microbe发表的这项研究，探索了UPEC如何能适应宿主内的不同微环境，揭示了可移动遗传元件在其中的关键作用。

致病菌尿路感染尿路致病性大肠杆菌可移动遗传元件宿主内演化

抗生素

Cell子刊：抗生素或对健康成人的肠道菌群具有持续影响

抗生素被用于对抗细菌病原体，但是它们是靶向保守的微生物过程，这意味着抗生素的使用会干扰共生菌群。Cell Reports近期发表的文章，招募20名健康受试者分别接受4种抗生素的短期治疗，观察肠道菌群和耐药性基因的变化。结果显示，短期使用抗生素会导致菌群多样性降低，耐药性增加。部分受试者的肠道菌群多样性会持续性减少，与ICU 患者菌群组成相似，提示我们需要谨慎对待抗生素的使用。

抗生素肠道菌群耐药性

工程益生菌

Natuer子刊：构建基于CRISPR的杀伤性开关

微生物的生物控制/防护是设计安全的下一代活菌疗法的一个基本目标。然而，生物控制/防护电路的遗传稳定性，包括杀伤性开关，是该研究领域的一大挑战。Nature Communications发表的文章，在益生菌大肠杆菌Nissle 1917中设计了两个基于CRISPR的杀伤性开关，一个是单输入的化学反应性开关，一个是双输入的化学和温度反应性开关，生存能力在宿主体内外都是可控的。本研究为未来的生物医学技术创造了一个安全的益生菌底盘，并为其余益生菌微生物杀伤性开关的设计提供了借鉴。

工程益生菌基因编辑杀伤性开关 E.coli Nissle 1917

儿童短肠综合征

抗生素导致短肠综合征儿童菌群失调，增加血液感染风险

外科切除肠道可以救治灾难性胃肠疾病的婴儿，同时也导致一种称为短肠综合征（SBS）的肠道衰竭。血流感染（BSIs）是儿科SBS治疗的主要挑战，BSI需要频繁的抗生素治疗，其对肠道微生物群和儿童的影响不明确。Gut Microbes近期发表文章，发现抗生素导致SBS患者的肠道菌群失调，SBS患者肠道内含有导致BSI的致病菌，且持续存在，表明抗生素治疗可能导致SBS患者易受感染。SBS患者中致病菌的持续存在和有益菌群及其功能的下调，提示我们进行菌群定向干预的必要性，以防止感染，促进肠道适应。

儿童短肠综合征肠道菌群血流感染

抗生素抗性基因

旅行或可增加肠道菌群的抗生素耐药性

抗生素耐药性细菌及其抗生素抗性（AMR）基因可以通过搭便车在人类肠道中传播。国际旅行可能会加剧这种公共卫生威胁。之前的研究已经证明了旅行相关的特定条件致病菌和AMR基因的获取，但旅行对肠道AMR的影响程度尚不清楚。Genome Medicine发表的研究，提供了关于中低收入地区国际旅行对高收入国家旅行者肠道耐药性影响的新数据。研究发现，这些旅行者在国外获得了AMR基因，并将这些AMR基因带回了他们的原籍国。这些AMR基因既包括已知的临床相关且在病原体中常见的AMR基因，也包括在功能上发现的目前数据库中没有已知同源物的AMR基因。研究还表明，肠道中AMR基因的获取和携带与旅行地相关，并且其组成特征至少会持续到旅行者回家。本研究结果提示，在目前抗生素耐药性负担高流行的低收入和中等收入国家，采取干预措施减少抗生素耐药性负担，可能会减少旅行者的抗生素耐药性基因获取。

抗生素抗性基因旅行抗生素耐药菌肠道菌群

粪菌移植

多中心临床试验支持菌群移植预防抗生素耐药细菌

常规医疗手段难以预防和阻止抗生素耐药细菌在肠道中的定植，为日后发生耐药细菌感染、耐药基因转移留下隐患。Genome Medicine近期发表一项非双盲多中心临床试验，发现用于预防艰难梭菌感染复发的菌群制剂RBX2660，还可以降低患者肠道中耐药细菌、耐药基因组载量，为预防风险人群感染耐药细菌提供了参考，也是管控抗生素耐药性传播的新实践，值得参考。

粪菌移植抗生素耐药细菌研究论文医学研究人

细菌-宿主互作

肠道微生态定义蜜蜂的社群身份

基因高度相似蜂群间的巢友识别模式一直缺乏定论。Science Advances近期发表动物研究，发现同一蜂群内共享的肠道微生物很可能是影响蜂群识别的重要因素。该结果表明宿主-微生态互作对宿主的行为具有重要影响，值得参考。

细菌-宿主互作研究论文基础研究动物实验蜜蜂社群行为

菌群结构影响因素

肠道菌群组成、功能及耐药组主要受生活方式影响

通过对比不同生活方式下、不同地理区域中的相近物种，可分析宿主生活方式、地理因素及宿主物种对肠道菌群的影响。ISME Journal上发表的一项最新研究，通过对比生活在刚果的野生黑猩猩及大猩猩、生活在野生动物附近的刚果人、生活在美国的圈养黑猩猩及大猩猩的肠道菌群，发现相比于地理因素，菌群的组成、功能及耐药组受到生活方式的影响更大。同时，该研究鉴定出了一系列新的抗生素耐药基因。

菌群结构影响因素 metagenomics microbial ecology Microbiome 耐药组

抗生素耐药性

华南农大团队：环境变化影响肠道菌群和耐药基因组成

人体胃肠道是一个开放的生态系统，可直接或间接从外部环境中（例如食物、水、土壤和动物）中获取微生物。但是，环境与人类肠道菌群之间微生物交换的程度和持续时间仍未得到很好的理解。养殖环境因富含大量的微生物，成为菌群和耐药基因交换研究的热点地区。华南农业大学刘雅红团队与合作者近期在Nature Communications发表研究发现，猪场的职业暴露会影响人的肠道微生物组，从而导致潜在动物病原菌和抗生素耐药基因在肠道内的富集。比较学生与猪场工人及猪场环境的宏基因组样本，发现在学生、工人和环境间普遍存在菌株和耐药基因交换。该研究揭示了生活环境的短暂变化是如何以及在多大程度上塑造了人类肠道菌群及其耐药性。

抗生素耐药性 Antimicrobial resistance metagenomics microbial ecology Microbiome

婴儿肠道菌群

Nature子刊：抗生素和住院治疗对早产儿肠道菌群有长期影响

早产儿易患感染性疾病，因此在出生后的住院期间，通常会接受较多的抗生素治疗。这些因素对早产儿肠道菌群以及菌群的抗生素耐药性有何长期影响？Nature Microbiology近期的一项研究，通过宏基因组学、细菌分离培养和机器学习等分析手段，对这一问题进行了深入研究。

婴儿肠道菌群 Antimicrobial resistance metagenomics Microbiome 早产儿

益生菌

Cell子刊：吃进去的益生菌也会变异

《Cell Host and Microbe》近期发表研究，发现潜在益生菌大肠杆菌Nissle株在营养成分、抗生素药物的筛选压力之下会发生演化，获得之前不具有的糖苷水解能力、肠粘液分解能力和抗生素耐药性，可能影响益生菌运用的安全性。本研究所用的方法可用来评估潜在益生菌的安全性和基因操作潜力，对于开发益生菌产品具有重要参考价值。

益生菌 Probiotic E. coli Microbiome evolution

抗性基因

Nature Reviews：细菌耐药性的研究方法（综述）

作者系统阐述了基于测序的抗性基因发现、抗性基因数据库的建设、功能宏基因组学在抗性基因研究中的应用和通过机器学习预测抗性基因的方法，非常值得相关研究人员关注。

抗性基因宏基因组功能宏基因组机器学习基因组数据库

婴儿肠道菌群

Nature子刊：婴儿饮食和母体因素如何影响婴儿肠道菌群

Nature及其旗下子刊近期格外关注婴儿肠道菌群的研究。Nature Medicine刚刚上线的研究对60名婴儿的早期肠道菌群进行纵向宏基因组学分析，鉴定出与母乳、奶粉、大豆奶粉、母体孕期体重增长、分娩方式和抗生素施用等因素相关的婴儿肠道菌群组成和功能特征，有些发现值得深入研究。

婴儿肠道菌群粪便宏基因组母乳喂养配方奶粉大豆奶粉

噬菌体

一文读懂噬菌体与共生菌群和宿主免疫的互作（综述）

Trends in Microbiology近期发表综述，详细介绍了噬菌体与共生菌和宿主免疫间的关联和互作，值得专业人士关注。

噬菌体细菌病毒宿主免疫共生

抗生素分解

Nature子刊：分解青霉素的新通路

土壤菌群可以通过分解代谢的方式利用β-内酰胺类抗生素，将其作为能源物质加以代谢。本研究介绍了一种在土壤变形菌门中普遍存在的青霉素分解模式。发现并阐释抗生素分解的的新代谢通路，有助于治理被抗生素污染的土壤，也有利于发现可用于修饰抗生素的新酶。

抗生素分解土壤细菌 Norie Sawada Nagisa Mori

无性干涉

Cell: 共生菌群通过不断演化适应宿主及环境（综述）

Cell[IF：30.41]近期发表综述，总结了近年来人体共生菌群适应性演化相关领域的研究进展，指出共生菌群的演化是在菌株、菌群、生境多个层次同时发生的，而且与宿主密切相关。文章引用了大量肠道菌群、皮肤菌群相关人体研究成果，从遗传学、微生物生态学角度对饮食、抗生素、重金属、菌株间竞争等筛选压力导致的菌群变化做了系统性论述，值得专业人士参考。

无性干涉菌群演化人体菌群 clonal interference colonization

抗生素耐药性

Nature子刊：如何对抗抗生素抗性组（综述）

关于抗性组的重要综述，Nature Reviews Microbiology出品，值得一读。

抗生素耐药性抗性组

低收入

Nature：低收入人群中有何特殊菌群和耐药组

小秘书友情提醒，今日MC人物频道正式上线

低收入菌群耐药组 Jolie TK Ho James C B Li

抗生素

抗生素对菌群贯穿发育过程的影响以及调节治疗中的不同选择

① 抗生素影响人体免疫系统、抵抗感染及处理食物的能力； ② 本综述总结了关于抗生素对人体菌群的短期及长期影响的最新研究； ③ 以及抗生素的使用对营养不良、肥胖、糖尿病及艰难梭菌感染等疾病的影响； ④ 并讨论抗病毒并减少耐药性的疗法的最新研究进展； ⑤ 最后讨论了益生菌及粪菌移植。

抗生素菌群

preterm infant

Nature子刊：抗生素对早产婴儿肠道菌群有什么影响？

① 对84例早产儿的401个粪便样本分析，发现美罗培南、头孢噻肟和替卡西林克拉维酸盐显著降低肠道菌群丰度；② 早产儿最常用抗生素——万古霉素和庆大霉素对菌群丰度影响不一致；③ 21个粪便宏基因组鉴定出对16中抗生素耐药的794个抗生素耐药（AR）基因，其中79%为新归类；④ 多重耐药的大肠杆菌属、克雷伯氏菌属和肠杆菌属为早产儿肠道菌群的主要成员；⑤ 特定抗生素诱导富集的AR基因具有抗生素特异性，且与单一菌群丰度高度相关，但也有例外。

preterm infant Gut microbiota antibiotic resistome

三重β-内酰胺组合

【耐药专题】Nature子刊：三重β-内酰胺组合抑制MRSA的耐药性

① 三重β-内酰胺组合（美罗培南-哌拉西林-他唑巴坦，ME/PI/TZ）在体外可协同性地抵抗耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）的N315亚种及其它75种MRSA临床分离株，并可在小鼠模型中清除MRSA N315；② 碳青霉烯-盘尼西林-β-内酰胺酶抑制剂组合同样具有抗MRSA活性；③ ME/PI/TZ绕开了MRSA的mec及bla操纵子的调节，后两者是其对β-内酰胺类抗生素产生耐药性的基础；④ 另外，ME/PI/TZ可通过变构效应，破坏盘尼西林结合蛋白2a（PBP2a）的功能。

三重β-内酰胺组合碳青霉烯-盘尼西林-β-内酰胺酶抑制剂 Matthew R Panasevich R Scott Rector