Zhenjiang Xu

幽门螺杆菌荟萃分析胃癌胃部菌群

PMA处理是少数几种与宏基因组测序能兼容的方法之一，可用于表征活的/完整的微生物群。然而，其在唾液和粪便等复杂群落中的有效性仍存在争议，目前还缺乏一种有效的方法来消除人类微生物组样本中的宿主和死细DNA。近日，南昌大学徐振江、南方医科大学游月华及团队在mSystems发表最新研究，建立了一种渗透压裂解结合PMAxx的方法，可有效区分简单合成群落和复杂人类微生物群落中的活菌和死菌，值得关注。

口腔菌群活菌研究论文基础研究 PMA处理

食品添加剂

徐振江团队：食品抗菌防腐剂如何影响菌群和糖代谢？

这是发表在npj science of food上的一份工作，由南昌大学的徐振江、Hui Lu及其团队完成。作者系统阐述了不同食品抗菌剂（AP）对正常小鼠的肠道菌群及糖代谢的影响，他们发现不同来源（人工合成或生物源）的AP都会诱导小鼠产生菌群紊乱和葡萄糖不耐受，其中乳酸链球菌素（Nisin）效果最显著。通过结合代谢组学和菌群结构分析，发现氨基酸整体降低。Nisin可能通过下调GLP-1的表达改变葡萄糖调节激素的分泌从而介导葡萄糖代谢紊乱。此外，Nisin还使胰岛素分泌增加，该部分仍需进一步研究。这份工作表明，生物源性食品抗菌剂相较人工合成型，在糖代谢和菌群扰动方面并不存在优势。

食品添加剂饮食-菌群互作肠道菌群糖代谢防腐剂

口腔菌群

徐振江等：人类唾液菌群的日常动态变化

口腔菌群与口腔和全身的健康存在关联，然而吃饭和刷牙等日常活动对口腔菌群的动态影响，目前仍缺乏研究。南昌大学徐振江团队与加州大学圣迭戈分校Rob Knight团队合作在Genome Research发表论文，通过高频采样，揭示了人唾液菌群的日常动态变化，以及口腔不同部位菌群间的复杂互作。

口腔菌群唾液菌群

心血管

杨瑞馥+徐振江+毕玉晶：肠道微生物组和代谢组变化，或参与高原心脏病发生

这是发表在Science China Life Sciences的一项工作，由军事医学科学院的杨瑞馥和毕玉晶、南昌大学的徐振江及其团队共同完成。他们通过构建低压性缺氧大鼠模型，对心肌肥厚小鼠的微生物组和代谢组进行研究。结果发现病理性心肌肥厚伴随着拟杆菌属和别样杆菌属的丰度增加，和血浆中丙酸盐的减少。通过粪菌移植可以恢复微生物组结构以及代谢特征，并改善心肌肥厚病症。该工作揭示了肠道菌群及代谢组参与高原心脏病的发生发展机制。

心血管 bile acids cardiac hypertrophy Gut microbiota high altitude

肠道菌群靶向调控

徐振江+毕玉晶等：高山症中的肠道菌群靶向调控

南昌大学徐振江、军事医学研究院毕玉晶及团队在Microbiology Spectrum发表文章，利用长期低压缺氧相关心脏肥大大鼠模型，阐述高海拔相关疾病（也叫高山症）中肠道菌群及代谢的变化。并提出肠道微生物可能是高山症发病的致病因素之一。

肠道菌群靶向调控高海拔相关疾病研究论文

绿茶多酚

王军军团队：绿茶多酚或能调肠菌治肠炎

膳食多酚是存在于很多植物基食物（如红酒、巧克力、绿茶）中的一类微量营养素，对机体健康有多种益处。绿茶多酚EGCG（表没食子儿茶素没食子酸酯）具有抗炎活性，可能有助于改善炎症性肠病（IBD），但目前尚不清楚肠道菌群在其中扮演什么角色。Microbiome最新发表了来自中国农业大学王军军团队的研究成果，揭示了肠道菌群在EGCG抗肠炎功效中的重要作用，也为食疗改善IBD等消化道疾病提供了新见解。

绿茶多酚肠道菌群炎症性肠病

菌群关系变化

刘星吟团队：新的鉴定和量化菌群关系变化的分析框架—PM2RA

南京医科大学刘星吟教授课题组在Genomics, Proteomics & Bioinformatics杂志上在线发表了文章，借鉴工业领域监测变量之间关系一致性的方法，提出了一个鉴定和量化菌群关系变化的分析框架（PM2RA），以检测和量化各种条件下菌群中的关系变化。PM2RA无需构建共现网络，可直接比较不同条件下菌群关联的变化。为了方便临床医生以及没有生信基础的科研人员使用该软件进行两种状态下菌群关系的变化分析，PM2RA提供在线分析工具及单机版软件 http://www.pm2ra-xingyinliulab.cn/。

菌群关系变化整体监测共现网络人类疾病鲁棒性

维生素D

Nature子刊：维生素D代谢与肠道菌群的关联

维生素D受体高表达于胃肠道中以调控基因表达，但对维生素D与肠道菌群的关联的研究较少。Nature Communications上发表的一项横断面研究，对567名老年男性的血清维生素D代谢产物及粪便菌群进行深入分析后发现，8种特定肠道细菌分类群与维生素D活性形式——1,25(OH)2D的水平相关，而更高的1,25(OH)2D水平与更健康的肠道菌群（更多的丁酸盐产生菌）相关。

维生素D 老年人研究论文基础研究横断面研究

微生物组

苏晓泉、徐健等：基于微生物组大数据的疾病检测方法

微生物组具有服务疾病诊治与生态监控的巨大潜力，但是其影响因素错综复杂。如何通过菌群检测实现快速精准的疾病诊断呢？中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞中心的苏晓泉和徐健等人与Rob Knight团队合作，开发了基于菌群大数据搜索的疾病检测方法，为此共性问题提供了原创的解决方案。该工作于近期发表于美国微生物学会会刊mSystems杂志。在文中，作者提出了一种基于搜索的疾病检测和分类策略，它是通过他们与众不同的新奇性和健康受试者的样本数据库来检测患病样本，然后将其与患者样本数据库进行比较。即使存在不同的年龄组人群，多个测序平台或重大污染，这种方法也可以鉴定与疾病相关的微生物组状态。

微生物组搜索疾病检测与分类 Microbiome search

衰老

南昌大学徐振江等：微生物组或可预测人的实际年龄

研究表明，肠道微生物组会随着年龄的增长而变化，甚至会加速成年人的衰老。与身体其他部位相比，肠道微生物组的年龄相关变化是否更为显著？能否从微生物组样本中预测一个人的实际年龄？目前并没有定论。最近mSystems发表南昌大学徐振江与UCSD的Rob Knight团队合作的研究，结合了来自包括中国、美国等不同国家的几项大型队列研究，以确定身体哪个部位（肠道、口腔和皮肤）的微生物组可以最准确地预测成年个体的实际年龄。结果发现，皮肤微生物组的预测结果最佳。本研究为进一步研究微生物组在加速或减缓衰老过程中的作用，及在与年龄相关的疾病易感性中的作用奠定了基础，并有助于开发潜在的微生物靶向治疗策略，延缓衰老。推荐阅读。

衰老肠道菌群皮肤菌群口腔菌群预测年龄

生物信息学工具

Rob Knight发布条形UniFrac算法轻松分析微生物组大数据

UniFrac是一种基于进化关系信息，计算样本间距离并进行微生物群体间的比较的方法，2005年由Rob Knight提出。近日，作者在Nature Methods发文推出改进版本，大幅提高性能，使空前规模的大样本分析成为可能。

生物信息学工具 Chuyue D Yu Rui B Chang

随机森林回归模型

Genes：如何利用菌群数据预测死亡时间

确定准确的死亡时间，有助于确认死者和排查凶手。近期Genes[IF：3.6]发表的一项研究，用机器学习方法建模，通过分析菌群数据，可精确预测死亡时间，相关专业人士或许可以参考一下。

随机森林回归模型死亡时间 Random Forest regression Decomposition Microbiome

炎症性肠病

南方医科大学：肠道菌群用于IBD诊断和疗效预测

炎症性肠病生物标志物英夫利昔单抗 Disease activity Gut microbiota

16s rRNA测序

Microbiome：基于数据特性的标准化和微生物丰度差异分析策略

Rob Knight和团队操刀的方法学文献一篇，特别推荐给大家。

16s rRNA测序标准化归一化丰度差异检验稀释

肠道菌群研究

GB：如何避免菌群研究得到不正确生物学结论？（综述）

最近发表在Genome Biology [IF 11.313]的一篇重要综述，特别提醒大家在研究中需要避免技术上的偏差而导致的不正确的生物学结论，非常好的文章，强烈推荐给大家！

肠道菌群研究 Robert Häsler Philip Rosenstiel