Janet K Jansson

人类活动对自然和管理下的土壤生态系统造成的压力越来越大，这促使人们研究减少这些负面环境影响的替代方法。近日，美国太平洋西北国家实验室研究人员在Nature Biotechnology发表最新综述，强调了采用跨学科方法来了解有益土壤微生物群的组成、动态和部署的必要性，以便通过恢复和保护健康的土壤生态系统来减轻或扭转对环境的破坏，值得关注。

土壤菌群微生物组工程综述基础研究土壤健康

记忆

乳杆菌增强小鼠记忆

近期研究表明，肠道微生物组可通过肠-脑轴影响宿主行为，《Microbiome》上发表的一项最新研究，在小鼠中分析了宿主遗传、肠道微生物组、代谢组和记忆之间的关联，发现菌群中的乳杆菌属细菌可能通过增加乳酸等代谢产物，影响大脑海马区中的特定神经递质水平，起到增强记忆力的作用。

记忆肠-脑轴 Collaborative Cross mouse model Memory Gut–Brain Axis

气候变化

气候变化背后的微生物学——问题和展望

在整个地球的生命史中，微生物存在的时间最长，微生物群落一直在改变气候，并且已经被气候所改变。了解环境微生物组在气候变化时如何响应、适应和演变，是我们认识气候 - 生态系统互馈能力的关键。

气候变化访谈录地球微生物学生物地球化学循环 Georgios Lyratzopoulos

炎症性肠病

Nature：炎症性肠病肠道微生态系统的多组学分析

炎症性肠病 CROHN'S DISEASE Microbiome Systems analysis ULCERATIVE COLITIS

IBD

缓解期克罗恩病患者的肠道宏蛋白组的功能稳定性及冗余性

IBD Crohn’s disease gut microbiome human microbiome Longitudinal analyses

菌群研究工具

研究菌群功能活性的新工具

现阶段的菌群研究主要建立在组学数据的分析上，在生理状态下研究特定菌群成员的生化功能，仍有挑战。Journal of the American Chemical Society近期发表一项研究，将活性分子探针与流式细胞技术结合，可鉴定具有特定酶活性的菌群成员。该研究还表明，菌群的代谢功能具有可塑性，在不同宿主个体和扰动情况下，即使菌群组成没有明显差异，发挥特定代谢功能的菌群成员却可能有很大差别。该技术有助于对菌群代谢功能进行深入研究，值得做相关研究的专业人士参考。

菌群研究工具分子探针荧光激活细胞分选技术菌群功能酶活性

地球微生物组计划

地球微生物组计划简介

2010年，地球微生物组计划开始实施，目前已获得近3万份样本。地球微生物组计划的数据将向全世界科学家共享，将大力推动微生物组研究的发展。

地球微生物组计划 amplicon global META-ANALYSIS metadata

微生物组

一图读懂：人体菌群研究的阶段性总结（Nature医学必读综述）

Nature Medicine刚刚上线的由Rob Knight主笔的综述，回顾了现阶段人体菌群领域的进展情况，重点总结了人体研究的相关结论，也包括人体与动物研究相结合以阐述因果性的例子。干货很多，此处仅做概述性导读，文章具体内容值得专业人士深挖。

微生物组人体菌群 Microbiome Bruce A Edgar Peng Zhang

炎症性肠病

Nature子刊：IBD病人的肠道菌群动态变化

我们现今很多关于菌群的研究都是一个快照，很少有研究系统性跟踪菌群的动态变化，这项研究给了一个范例，介绍如何做这样的动态研究，值得好好读读。

炎症性肠病菌群动力学 S Noushin Emami Ingrid Faye

肠道菌群

Nature子刊：小鼠生命早期，什么因素对菌群和代谢组影响最大？

近期Nature Microbiology上关于小鼠在生命早期的暴露、宿主遗传及饮食对肠道菌群及代谢组的影响的文献，转需。

肠道菌群代谢组饮食遗传 Bethany Warren

分层微生物垫

ISME：微生物多样性与生产力呈负相关性

① 生产力是生态系统多样性的一个主要决定因素；② 微生物生态系统中，多样性与生产力之间的关系很少被研究；③ 利用实验室中的光合垫来研究微生物多样性与生产力之间的关联；④ 在透光层中，具有较高的初级生产力及光合速率的区域里，微生物多样性更低且均匀度更高；⑤ 利用这套系统发现，微生态系统中，微生物多样性与生产力之间的负相关性。

分层微生物垫菌群多样性菌群生产力

质谱

Nature子刊：微生物组分析的过去、现在和未来

最近Nature Protocols上关于测序、质谱分析的一篇总结和展望文章，对过去十年技术的进步和未来的方向进行介绍，非常值得一读，强烈推荐。

质谱宏基因组宏转录组宏蛋白质组宏代谢组

DNA测序

Nature：精准诊断和治疗疾病，MWAS来帮忙！

① DNA测序、代谢组、蛋白组和计算工具快速发展，推动微生物组与疾病相关联；② 时间序列研究和多分子视角促进MWAS发展，已有研究支持MWAS的可靠结果；③ 对精准诊断和治疗来说，应充分理解微生物组和饮食、化学、健康的复杂关系，并要确定记录和整合这些动态变化的检测频率；④ 特别提出MWAS的原则。

GWAS MWAS DNA测序代谢组蛋白组

宏基因组学

自然微生物学：微生物组学的未来在哪里？

多组学，花钱，但有效果哈。

宏基因组学元转录组学宏蛋白质组学代谢组学微生物组

国家微生物组计划

ACS Nano：美国国家微生物组计划的技术路线图

国家微生物组计划技术路线图方法学纳米科学纳米技术

联合微生物组计划

Science：呼吁发起“联合微生物组计划”

这是美国科学家在“国家微生物组计划”启动之前在Science上呼吁启动“联合微生物组计划”的文章，很值得没看过的人看一看，看看这样的大型计划会关注哪些领域，要有什么人参与，需要什么资源。

联合微生物组计划人类微生物组计划 Kenya Honda Dan R Littman

多样性

Nature：人类肠道菌群的多样性、稳定性和恢复力（综述）

经典综述推送，这篇2012年发表在Science上的综述，作者：Catherine Lozupone,Jesse I Stombaugh,Jeffrey I Gordon,Janet K Jansson,Rob Knight，大家都认得么？

多样性稳定性恢复力生态系统 Lalit Beura

实验可重复性

Nature子刊：如何促进宏基因组研究的可重复性？（2012）

又是经典回顾，一堆大佬2012年在Nature Biotechnology上呼吁全世界科学家通力合作，建立起统一的数据标准，是微生物组研究具有可比性。大概大家熟悉的大佬都在作者list里。

实验可重复性比较宏基因组计算生物学和生物信息学环境生物技术功能基因组学