Dirk Haller

克罗恩病（CD）与肠道微生物群的变化有关，CD样回肠结肠炎小鼠模型依赖于微生物触发物的存在。近期发表于Microbiome的一项研究发现，分节丝状菌（SFB）在驱动严重的CD样回肠结肠炎中发挥了重要致病作用，其特征是Tnf ΔARE小鼠的Paneth和杯状细胞功能丧失。此外，与含膳食纤维的饮食相比，在Tnf ΔARE小鼠中，低纤维纯化饮食（类似临床使用的全肠内营养）可以拮抗SFB定殖并防止疾病发展，这清楚地证明了饮食在调节与IBD相关的新型病原体方面的重要作用。

炎症性肠病饮食-菌群互作分节丝状菌饮食干预克罗恩病

菌群标志物

Nature Reviews：基于肠道菌群的疾病标志物（综述）

肠道菌群失调与多种人类疾病有关，包括2型糖尿病（T2DM）和炎症性肠病（IBD）等。Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology发表的这篇长综述，以T2DM和IBD为例，介绍了二者在病理和肠道菌群失调方面的共性特征，总结和评估了这两种疾病的肠道菌群相关标志物以及不同研究间的异同，讨论了包括代谢组学在内的菌群相关标志物的发现和应用，及其对研究疾病机理的意义。文章干货很多，值得专业人士学习参考。

菌群标志物炎症性肠病 2型糖尿病肠道菌群

非酒精性脂肪性肝炎（NASH）

Nature：NASH发病新机制——CD8+ T细胞攻击自身细胞

在非酒精性脂肪型肝炎（NASH）中，代谢产物的积累导致肝脏的细胞应激及炎症，但造成肝脏损伤的机制尚未明确。来自Nature上发表的一项最新研究发现，在NASH小鼠模型及NASH患者中，均可观察到肝脏CXCR6+ CD8+ T细胞的增加，这群细胞由CD122+ T细胞在IL-15的诱导下产生，并可通过MHC-I非依赖性方式，对乙酸盐产生应答，并在胞外ATP的进一步刺激下杀伤自身细胞。该研究为NASH的发病机制提供了新的见解。

非酒精性脂肪性肝炎（NASH） CXCR6+ CD8+ T细胞自身反应性T细胞研究论文基础研究

隐含狄利克雷分配模型

LDA：分析膳食-菌群-代谢性疾病的新工具

文章利用隐含狄利克雷分配模型（Latent Dirichlet Allocation，LDA）分析了膳食-菌群-机体代谢疾病的互作机制，并指出可以通过特定膳食组分调节菌群，进而干预代谢性疾病。LDA可以用于人体肠道菌群结构分析，但是其亚组分类及相关性需要进一步研究。

隐含狄利克雷分配模型膳食-菌群-代谢性疾病

克罗恩病

Nature子刊：克罗恩病患者的硫代谢通路失调

肠道菌群及其代谢产物的变化与IBD的发病相关。自体造血干细胞移植（HSCT）可在部分严重高复发克罗恩病（CD）患者中实现缓解。Nature Communications上发表的一项最新研究，对29名接受自体HSCT治疗的CD患者在移植后5年的不同时间点的粪便菌群进行分析，发现相比于应答（非活动性疾病，维持缓解）患者，非应答（活动性疾病，包括未缓解及复发）患者的肠道菌群组成及功能有显著差异，主要表现为硫代谢通路失调且硫酸盐还原细菌富集。将CD患者的粪菌移植给无菌小鼠，也可重复在CD患者中的发现。该研究提示，对肠道菌群组成与功能的多组学分析或可用于预测HSCT治疗CD的疗效。

克罗恩病硫代谢研究论文基础研究啮齿动物（小鼠）

炎症性肠病(IBD)

ATF6介导肠上皮细胞的内质网应激引起的炎症信号

Gastroenterology近期发表的文章发现，克罗恩病人的回肠上皮细胞中CSNK2B和HSPA5表达增加，上调激活的ATF6，进而增加内质网应激中TNF及其它炎性细胞因子的表达。抑制ATF6信号通路或能成为治疗炎症性肠病的一种策略。

炎症性肠病(IBD) IBD Inflammation signal transduction GENE EXPRESSION

节律性

Cell子刊：肠道菌群的节律性紊乱特征，或可预测糖尿病风险

生活方式、肥胖和肠道微生物组都是代谢疾病的重要风险因素。《Cell Host and Microbe》发表的一项最新研究，总共对德国3个队列中4000多人的粪便菌群数据进行分析，表明肠道菌群特定成员的相对丰度在一天中呈现节律性震荡，其中一些细菌的节律性在2型糖尿病（T2D）患者中出现紊乱。利用基于13个丧失节律的OTU（涉及普氏栖粪杆菌、大肠杆菌等）预测模型，可较准确的在德国人群中鉴定和预测T2D。该研究还通过宏基因组学方法鉴定出与T2D和肠道细菌节律变化相关的菌群代谢通路，涉及氨基酸、芳香族化合物和脂肪酸的代谢功能等。这些发现提示肠道菌群组成的昼夜震荡及其相关的节律性功能，可能是代谢疾病发生发展中不可忽视的因素，其特征或可用于T2D的辅助诊断和预测，但应注意人群特异性。

节律性 human intestinal microbiota population-based cohorts circadian rhythms diurnal oscillations

克罗恩病

肠道干细胞及潘氏细胞的异常可预测克罗恩病的复发

IBD患者中可观察到潘氏细胞的减少，且潘氏细胞的功能损伤可能导致克罗恩病（CD）中的回肠病变。潘氏细胞存在于Lgr5+肠道干细胞附近，线粒体对于肠道干细胞的更新及分化十分重要。来自Gut上发表的一项最新研究发现，在CD患者及CD小鼠模型中均可观察到潘氏细胞的功能失调及肠道干细胞的干性降低，上述变化在CD患者的非炎症组织中也存在，且与疾病复发相关。机制上，线粒体呼吸功能异常导致肠道干细胞中Lgr5表达降低，并促进其分化为功能异常的潘氏细胞，而抑制糖酵解以促进线粒体呼吸功能可恢复肠道干细胞的干性，提示靶向糖酵解或可改善潘氏细胞的功能障碍以治疗克罗恩病。

克罗恩病克罗恩病潘氏细胞肠道干细胞线粒体损伤

IBD

Nature Reviews：通过多组学研究发现IBD的生物标志物

Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology上发表的一篇News&View，介绍了Nature最新发表的一项研究：Multi-omics of the gut microbial ecosystem in inflammatory bowel disease，该研究通过多组学分析鉴定出了多种IBD的潜在生物标志物。

IBD 多组学研究 IBD 生物标志物

高脂饮食

高脂饮食加速小鼠的食管癌变及肠道菌群变化

巴雷特食管（BE）是食管腺癌的前兆。《Gastroenterology》上发表的一项最新研究，发现高脂饮食可促进BE小鼠模型的食管癌变，这种作用可能通过IL-8介导，并与肠道菌群的变化相关。

高脂饮食 NK cells neutrophils Cytokines Il1b

多组学

Nature子刊：肠道菌群促进小鼠肝脏的脂肪酸代谢

Nature Communications上发表的一项最新研究，通过对比分析无菌小鼠与有菌小鼠的多组学数据，发现肠道菌群在肝脏脂肪酸的代谢中起到关键作用。菌群通过特定的代谢酶，以及降解膳食纤维提供的前体，促进脂肪酸的去饱和及延长。

多组学肠-肝轴多组学肠-肝轴脂肪酸

肥胖与饮食

脂肪酸类型影响肥胖

明确的饮食-菌群互作关系有利于研究菌群对宿主的影响。本研究以雄性C57BL / 6N的SPF/无菌小鼠为模型，研究膳食脂肪对肥胖表型影响与肠道菌群的关系，发现胆汁酸配合不同类型的脂肪，很可能通过影响肠道菌群改变宿主的代谢状态，对于研究饮食干预、菌群代谢等都具有参考价值，值得专业人士关注。

肥胖与饮食膳食脂肪代谢疾病 16S rRNA gene amplicon sequencing bile acids

肠道上皮细胞(IEC)

Nature Reviews：一文读懂线粒体在肠上皮稳态和疾病中的作用（综述）

Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology近期发表综述，介绍了肠上皮细胞中线粒体的功能，及其在炎性肠病和结直肠癌等疾病中的作用，值得专业人士关注。

肠道上皮细胞(IEC) 线粒体的功能 Sri G Thrumurthy Sri G Thrumurthy

内质网应激

ATF6活化诱导菌群失调，导致大肠癌

Gastroenterology近期发表一项关于结直肠癌（CRC）的研究，结合患者数据和小鼠模型，表明活化转录因子6（ATF6）在肠上皮内的活化，可引起肠道菌群介导的CRC。这些发现再次表明菌群在CRC中的关键作用，也为进一步的相关疗法研究打下基础。

内质网应激结肠癌转录调节 UPR ER stress

高脂饮食

JN：每逢佳节胖三斤，短期过量进食对健康有什么影响？

“每逢佳节胖三斤”，短期的过量进食对身体有什么影响呢？不妨看看这篇Journal of Nutrition[IF：4.145]近期发表的一项德国小规模人体实验。总体来说，在年轻男性群体中，短期过量高脂饮食虽然导致体重增长和血脂参数变化，但对炎症标记物、血糖代谢、肠道通透性似乎没有造成显著影响，然而在部分个体中肠道菌群构成发生了显著改变。看来对年轻人来说，偶尔的放纵应该问题不大，但由于存在个体差异，对部分人而言，节假日期间的吃吃吃最好还是要控制一下~

高脂饮食 gut barrier function gut permeability high-fat diet hyperinsulinemic euglycemic clamp

DIET-INDUCED OBESITY

分子代谢：膳食脂肪和肠道菌群共同决定小鼠肥胖

到底是什么决定小鼠的肥胖？饮食？还是菌群？还是共作？有人可能有肯定答案，不过更多科学家还在继续探索，力求找到真正的（综合性）原因。

DIET-INDUCED OBESITY Gut microbiota hepatic metabolite cholesterol metabolism Louis Patrick Schenck

肥胖

TFST：研究代谢，肥胖小鼠模型标准化很关键！（综述）

选择合适的小鼠模型十分重要，未来在研究肥胖及代谢疾病与菌群失调及饮食的关系时，需要肥胖小鼠模型及实验流程的标准化。这篇综述，非常值得一读，可以帮助改进实验，增强结果的可靠性。

肥胖动物模型肠道菌群紊乱标准化炎症

小鼠肠道细菌集合平台

Nature子刊：集合已知的小鼠肠道菌株，能对比分析出啥？

小鼠肠道细菌集合平台菌株水平 Luca Borrelli Alessandro Fioretti

铁替代疗法

Gut：口服及静脉注射铁，均可缓解IBD患者的缺铁

关于口服及静脉注射铁替代疗法对IBD患者的疗效的研究，值得一读。

铁替代疗法 Andrew Jermy Andrew Jermy