Gary D Wu

目前，临床上非肝硬化NASH的诊断通常需要侵入性肝活检来确定，这种诊断方式阻碍了患者参与NASH临床试验。先前的粪便代谢组研究显示，NASH患者的粪便总胆汁酸含量较高，且粪便胆汁酸谱发生改变，但这些差异可能受到BMI和年龄等因素的影响。因此，有必要建立微生物组特征来识别非肝硬化NASH，且排除BMI和年龄的影响。Hepatology上近期发表的研究，将粪便代谢组作为疾病生物标志物，发现粪便胆汁酸或能更好区分非肝硬化NASH与健康人群。

粪便胆汁酸诊断生物标志物非肝硬化NASH 粪便微生物组代谢组

肠道菌群

肠道菌群是膳食影响人体健康的重要方式（综述）

膳食-肠道菌群-人体健康的互作研究持续涌现，但是其关系又非常复杂。本综述详细论述了现有的关于不同饮食对健康的影响，以及肠道菌群在其中发挥的主要作用。文章认为，饮食对健康和疾病的影响一定有一部分机制是依赖于肠道菌群的。

肠道菌群人体健康综述

短肠综合征

短肠综合征患者为何对膳食纤维不耐受？

短肠综合征（SBS）的并发症包括吸收不良和细菌过度生长，需要长期依赖肠外营养。Gut Microbes近期发表的研究，揭示了肠道菌群和胆汁酸代谢在SBS患者对膳食纤维不耐受中的作用。

短肠综合征膳食纤维肠外营养肠内营养肠道菌群

酒精性肝硬化

酒精性肝硬化患者：粪便菌群vs肠黏膜黏附菌群

Gut Microbes近期发表的文章，通过粪便和直肠拭子采样对肝硬化患者的粪便菌群和肠黏膜黏附菌群进行表征分析，两者具有不同的特征。同时揭示出肠黏膜粘附菌群的特征与黏膜微环境中丰富的氨基酸/氮与碳水化合物限制相一致，同时与酒精性肝硬化相关的独特特征可能与宿主衍生代谢物对肠道微生物组分的影响相一致。

酒精性肝硬化粪便菌群肠黏膜黏附菌群

肝脏

菌群如何影响肝脏的表观遗传组和转录组？

肠道菌群产生丰富的短链脂肪酸（SCFA），之前的研究证实微生物来源的SCFA与无菌小鼠的肝脏组蛋白乙酰化之间存在关联。Hepatology近期发表的文章显示，用抗生素清除肠道菌群不会影响小鼠肝脏整体组蛋白乙酰化状态，但会导致肝脏转录组发生强烈的变化。结果表明，依赖于菌群的肝脏表观基因组（如组蛋白乙酰化）总体上是静态的、稳定的，而肝脏转录组会对肠道菌群的变化有更多的响应。

肝脏组蛋白乙酰化微生物群短链脂肪酸（SCFA）

自发性早产

“饮食-肠道菌群”如何增加自发性早产风险？

本研究通过病例对照设计，发现孕妇孕期的饮食结构可能通过影响肠道菌群，从而影响粪便和血液代谢组学，造成早产风险的增加。但是其样本量较小，需要扩大样本量以验证。

自发性早产研究论文孕妇肠道菌群肠道代谢组学

饮食-菌群互作

Cell子刊：膳食纤维不足，肠道菌群扰动后难恢复

Cell Host and Microbe近期发表一项人体研究，纳入30名健康人进行短期进食试验，研究素食、杂食和无纤维肠内营养这3种饮食，对人体肠道菌群以及粪便和血液代谢组的影响。研究发现，膳食纤维对于肠道菌群的组成和代谢物都有重要影响。尤其是在菌群扰动后，缺乏膳食纤维会阻碍菌群恢复，对其的组成和代谢功能造成广泛影响——不仅直接影响菌群代谢碳水化合物的能力，同时也减弱了代谢氨基酸的能力。

饮食-菌群互作膳食纤维人肠道菌群代谢组

粪菌移植

多次复发的CDI和FMT后的长期健康风险

FMT可治疗多次复发的艰难梭菌感染（mrCDI），但FMT对菌群的改变可能会影响受体之后发生其他疾病的风险（比如心血管代谢、肠道或免疫疾病等），另一方面，mrCDI相关的菌群紊乱也可能对这些疾病的风险造成影响。Clinical Gastroenterology and Hepatology近期发表的一项回顾性研究，分别分析了mrCDI和FMT对之后发生心血管代谢疾病、免疫疾病和肠易激综合征等的风险的影响，相关结果需在更长期的随访和更多队列中进行验证。

粪菌移植原发性艰难梭菌感染安全性肠易激综合征糖尿病

新生儿肠道代谢组

Nature子刊：细菌定殖重组新生儿肠道代谢组

Nature Microbiology的这篇文章介绍了非裔美国新生儿在生命初期肠道菌群定殖及相关代谢物的变化特点。该研究的亮点包括使用了包括基因组、蛋白组和代谢组在内的多组学研究，认为大肠杆菌虽是兼性厌氧菌，但在新生儿出生后仍处于厌氧环境中生长，暗示新生儿的大肠环境本就是无氧的，而非通常认为的通过兼性厌氧菌消耗氧气促进严格厌氧菌的后续定殖。

新生儿肠道代谢组细菌定殖 metabolomics metagenomics Microbiome

宿主-菌群互作

Science子刊：线粒体基因型可影响肠道菌群多样性和组成

很多因素都可影响肠道菌群的组成，此前研究显示环境因素对菌群的塑造作用可能远超遗传的影响。《Science Signaling》本周以封面文章形式发表的一项研究表明，线粒体基因型通过影响活性氧（ROS）生成及其在体内的水平，可影响小鼠的肠道菌群多样性和组成，显示出遗传因素对菌群组成的影响，抗氧化药物干预或许是提高菌群多样性的潜在方法，或为治疗菌群相关疾病带来启示。

宿主-菌群互作线粒体线粒体DNA 遗传肠道菌群多样性

以FXR为靶改变胆汁酸合成，可调控小肠菌群

小肠在人体生理中有重要作用，但小肠菌群的研究一直比较缺乏。近期Gastroenterology上线一项人体+小鼠研究，表明用胆汁酸类似物奥贝胆酸（OCA）激活胆汁酸受体FXR，可抑制内源性胆汁酸合成，从而影响小肠菌群的组成。该研究为开发小肠菌群标志物、精准调控小肠菌群用于疾病防治，提供了新思路。

小肠菌群

以FXR为靶改变胆汁酸合成，可调控小肠菌群

小肠在人体生理中有重要作用，但小肠菌群的研究一直比较缺乏。近期Gastroenterology上线一项人体+小鼠研究，表明用胆汁酸类似物奥贝胆酸（OCA）激活胆汁酸受体FXR，可抑制内源性胆汁酸合成，从而影响小肠菌群的组成。该研究为开发小肠菌群标志物、精准调控小肠菌群用于疾病防治，提供了新思路。

小肠菌群 gene regulation Genetics Metabolism nuclear hormone receptor

炎症性肠病

南方医科大学：肠道菌群用于IBD诊断和疗效预测

炎症性肠病生物标志物英夫利昔单抗 Disease activity Gut microbiota

肠型

Nature子刊：利用“肠型”对肠道菌群进行分类

这是Nature Microbiology发表的重要文献，包括王俊、赵立平等两位中国科学家在内的29位菌群研究领域的重量级科学家，针对“肠型”这个概念进行了新的探讨，以求推动对这个重要概念的统一认识并将其推到实践。新方案是综合之前多种分型方案之长但充分考虑菌群功能、生态学及临床需求的在线方法。具体方法值得专业人士去深挖，我们仅简要介绍。特别推荐！

肠型 Trevor Beaudoin Charles M Deber

脲酶

STM：细菌脲酶引起肠道菌群失调并恶化IBD

这是Science Translational Medicine[IF：16.796]最新发表的关于表达脲酶的大肠杆菌如何通过引起肠道菌群的有害变化从而恶化小鼠炎症性肠病的研究，值得专业人士好好看看。

脲酶克罗恩病 Ellen Blaak Dorien Reijnders

粪菌移植

Gastroenterology：美国胃肠病学建立粪菌移植的登记制度

① 粪菌移植在临床上的应用发展很快，但是我们对它潜在的危险所知甚少；② 美国胃肠病学会联合相关单位制定了粪菌移植的国家登记制度；③ 首要目标是评估粪菌移植及其它肠道相关菌群制品的短期/长期安全性；④ 次要目标是验证粪菌移植及其它肠道相关菌群制品的有效性，收集美国粪菌移植实践的信息，推动相关研究的发展；⑤ 对粪菌移植的深入了解需要医疗人员和科研人员的共同努力，基于肠道微生物的各种治疗方法必将得到快速发展和应用。

粪菌移植美国胃肠病学会

口腔菌群

JP：菌群对肠道之外的生理影响

一篇小文章，介绍菌群对肠道之外的生理影响，值得一读。

口腔菌群阴道菌群皮肤菌群生理功能 Alya A Heirali

抗生素

Cell子刊：炎症/抗生素/饮食如何改变克罗恩病儿童的菌群？

① 跟踪接受肠内营养或抗TNF-α治疗的克罗恩病儿童，并分析其粪便中细菌、真菌、古细菌和病毒的动态变化；② 肠道菌群的变化与炎症、抗生素的使用和治疗独立相关，抗生素的使用与细菌失调和真菌增加有关，而肠道炎症的减少可改善这种紊乱，此外，真菌比例还随病情进展而增加；③ 饮食对肠道菌群组成有独立而快速的影响，且不同于其他应激引起的变化，可有效降低炎症；④ 炎症、饮食和抗生素对菌群紊乱的影响可为儿童克罗恩病的治疗提供思路。

抗生素儿童克罗恩病饮食疗法

肠道菌群

肠道菌群代谢红肉中的营养物质L-肉毒碱，进而促进动脉粥样硬化

① 杂食性人群摄入L-肉毒碱后比素食者产生更多的氧化三甲胺（TMAO），且粪便中特定菌群与血浆TMAO水平及饮食情况有关；② 血浆TMAO水平高的受试者中，L-肉毒碱水平与心血管疾病（CVD）和重大不良心脏事件（心肌梗死、中风或死亡）的风险呈正相关；③ 长期摄入L-肉毒碱，可显著改变小鼠盲肠菌群结构，促进三甲胺和TMAO合成，增加动脉粥样硬化风险，若抑制肠道菌群，则无上述现象产生；④ 正常小鼠补充TMAO、肉碱或胆碱可降低胆固醇的逆向运输。

肠道菌群 L-肉毒碱氧化三甲胺动脉粥样硬化