Edoardo Pasolli

多项研究发现分娩方式、抗生素暴露和喂养方法等是影响母婴微生物组传播的重要因素，但其他关键影响因素，如现代西化的高卫生生活方式、高热量饮食和城市环境，与非西化的生活方式相比，尚未进行系统调查。近日，意大利和西班牙研究人员在Current Biology发表最新研究，纳入700个粪便宏基因组样品，评估西化和非西化群落中母婴间菌株共享动态，发现母体和特色发酵食物来源的微生物塑造了埃塞俄比亚农村人口的婴儿微生物组。总之，该研究表明生活方式不仅可以通过饮食、药物消耗和环境因素的差异来影响肠道微生物组的组成，还可以通过影响母婴间菌株共享模式来塑造菌群。

母婴菌群菌株共享研究论文基础研究传统发酵食品

普雷沃氏菌

Nature Reviews：普雷沃氏菌的丰富性、多样性与重要性（综述）

Nature Reviews Microbiology发表的关于普雷沃氏菌的深度综述。普雷沃氏菌在人的肠道、口腔等器官都是主导菌属，但相关研究较少。值得注意的是，作者提出整体的微生物组研究特别是关于普雷沃氏菌的信息都偏向西方人群，或存在偏差。同时综述结尾提出了三个关于普雷沃氏菌研究的‘Open questions’，感兴趣的读者可以细读、深思。

普雷沃氏菌种属内多样性综述

菌群与癌症治疗

肠道菌群或影响早期乳腺癌的临床治疗及副作用

Cell Death and Differentiation上发表的一项最新研究，招募76名早期乳腺癌患者收集121份粪便菌群样本进行菌群分析。结果发现，早期乳腺癌患者中，特定的肠道菌群有富集现象，且负向地影响患者的预后，化疗会影响肠道菌群组成，与治疗引起的副作用如体重增加、神经病症等有关。此外，研究人员通过菌群移植的实验证明，肠道菌群的变化不仅仅与BC的进展有关，而是以致病的方式影响疾病的进程。

菌群与癌症治疗乳腺癌前瞻性队列研究研究论文化疗

抗生素

Nature子刊：新生儿期使用抗生素或影响男孩生长

Nature Communications近期发表了来自芬兰西南部出生队列（SFBC）的一项研究，通过分析超过1.2万名儿童从出生至6岁的数据以及动物实验发现，新生儿期使用抗生素可能伴随长期的肠道菌群紊乱，可能导致男孩生长减缓，而在新生儿期之后使用抗生素则与儿童BMI增加相关。

抗生素儿童生长发育肠道菌群新生儿

口腔微生态

牙菌斑菌群有望用于诊断植牙相关口腔疾病

粘膜炎和植牙的牙周围炎是常见的微生物-生物膜相关口腔疾病。近期发表在NPJ Biofilms and Microbiomes的文章对72名患者种植体周围炎和粘膜炎相关的菌斑进行测序分析，鉴定与植牙体周围疾病相关的微生物特征。该研究有望用于诊断植牙相关口腔疾病并判断其预后。

口腔微生态研究论文基础研究植牙相关口腔疾病牙周炎

粪杆菌属

Cell子刊：肠道粪杆菌属细菌的多样性

粪杆菌（Faecalibacterium）属细菌广泛存在于人体肠道中，在开发下一代益生菌（next-generation probiotics，NGPs）或生物治疗药物方面具有广阔前景。但对于其多样性的认识十分有限。发表在Current Biology上的一项研究通过宏基因组组装，系统分析了粪杆菌属细菌在人类肠道中的多样性以及与年龄、地理、疾病等的相关性，极大丰富了对该类细菌的认识。

粪杆菌属 Faecalibacterium prausnitzii gut microbiome strain diversity Pangenome

发酵食品

发酵食品、乳酸菌与人体健康（综述）

乳酸菌存在于食物、环境以及动物和人体肠道中，是一类能产生乳酸的细菌，常见的主要包括乳杆菌属、乳酸乳球菌、嗜热链球菌等。FEMS Microbiology Reviews发表的长篇综述，详细介绍了乳酸菌的多样性、在食品和肠道中的存在情况、对人体健康的潜在作用，讨论了基于基因组学和宏基因组学数据来挖掘乳酸菌的多样性和功能特性，以及未来研究方向。

发酵食品乳酸菌 lactic acid bacteria food microbiome human microbiome

乳酸菌

Nature子刊：肠道中的乳酸菌可能主要来自食物

很多发酵食品都富含乳酸菌，包括一些被认为是益生菌的菌株。人们在吃发酵食品的过程中，会大量摄入活的乳酸菌，但是这些吃进去的乳酸菌有多少会驻扎在肠道菌群中呢？《Nature Communications》发表的一项新研究，通过大规模的食物宏基因组和人类宏基因组分析，以及在株水平进行比较基因组分析，认为食物（特别是发酵食品）应该是人体肠道中的乳酸菌的主要来源。

乳酸菌食物菌群肠道菌群发酵食品

肿瘤免疫治疗

肠道菌群组成影响肾细胞癌患者对肿瘤免疫治疗的应答

多项研究报道了肠道菌群组成影响癌症患者对免疫检查点抑制剂（ICI）治疗的应答，但尚无在肾细胞癌中的相关研究。European Urology上发表的一项最新研究，在接受纳武单抗治疗的69名肾细胞癌患者中发现，近期抗生素使用可改变肠道菌群组成，并降低患者的客观应答率。将应答患者的菌群或有益于ICI治疗的菌种（在应答患者中富集）移植给荷瘤小鼠可增强后者对ICI治疗的应答。另外，在使用纳武单抗之前使用酪氨酸激酶抑制剂，也可能引发不利于ICI治疗的菌群变化。

肿瘤免疫治疗 Kidney cancer Renal cell carcinoma microbiota Nivolumab Antibiotics

地中海饮食

地中海饮食改善超重和肥胖人群的代谢健康并调节肠道菌群

地中海饮食（MD）是一种有益的饮食方式，可以预防多种疾病。Gut近期发表了一项关于MD对超重和肥胖人群的干预试验，探究MD对代谢健康、肠道微生物组和系统性代谢组的影响。采取与日常能量摄入一致的MD后，受试者血液胆固醇和血浆及尿液中肉碱水平的降低与MD的依从性成正比；同时MD导致了微生物组和代谢组的多种变化，如增加了降解膳食纤维的普氏粪杆菌和降低了潜在促炎的活泼瘤胃球菌。这一结论有助于制定改善代谢健康的饮食策略。

地中海饮食随机对照干预试验营养代谢健康 Guangping Huang

宏基因组组装基因组（MAGs）

人类和非人类灵长类动物 (NHP) 微生物组的比较宏基因组分析

Genome Biology发表的文章，比较分析了人类和非人类灵长类动物 (NHP) 微生物组的宏基因组，扩展了人类与NHP相关的微生物多样性，能够更好地表征灵长类动物菌群，深入进行人类和NHP的比较研究。

宏基因组组装基因组（MAGs）非人类灵长类动物肠道菌群 metagenomic assembly Non-human primates microbiome Microbiome sharing

人肠道细菌

Cell子刊：揭秘西化人群中缺乏的Prevotella copri

Prevotella copri是常见的人类肠道细菌，尤其存在于非西化人群中，这种菌在健康与疾病中的作用仍有不小的争议。Cell Host and Microbe近期发表的一项研究，分析了超过7000个宏基因组中>1000个P. copri基因组，结合对古人类化石样本的分析，充分揭示了这种菌的种内多样性和在不同人群中（西化vs非西化）的存在情况，及其与人类共生的进化史，表明西化进程（尤其是相关的饮食变化）可能导致了这种菌在人类肠道中不断减少。

人肠道细菌 human microbiome metagenomics Prevotella copri comparative microbial genomics

饮食-菌群-宿主

Cell子刊：具体哪株菌，饮食来决定

肠道普雷沃菌对人类健康的影响具有争议。本研究纳入多个意大利人粪便菌群研究数据，发现Prevotella copri菌株类型和功能的人群间个体差异受饮食结构的影响显著，可能因此对宿主健康带来不同的影响。本文的结果对研究饮食-微生物-宿主互作具有重要参考价值。

饮食-菌群-宿主 Prevotella copri 意大利人人体研究宏基因组

环境微生物

宏组基因组和培养组联合揭示热泉微生物组成和功能

泉水提供了重要的生态系统服务，包括饮用水供应、娱乐和水疗，但其微生物群落在很大程度上仍然未知。在这项研究中，我们在温泉的四个采样点包括自然（泉水和井）和人为（储水箱，浴缸）环境的四个采样点表征了意大利Comano Terme的泉水微生物组。这项研究证实，地下水环境中存在着由许多未知类群组成的高度适应的，稳定的微生物群落，甚至存在于可培养的部分中。

环境微生物温泉宏基因组培养组学细菌基因组

人类微生物组

Cell：9428个人体宏基因组！探索全球人类微生物组中的广大未知

人类微生物组 human microbiome metagenomics metagenomic meta-analysis metagenomic assembly

母婴肠道细菌传递

Cell子刊：孩子继承母亲的肠道细菌有什么规律？

Cell Host and Microbe刚刚上线的另一项母婴菌群传递的研究中，在44对母婴中，在菌株水平揭示了母亲向孩子传递肠道细菌的两种主要模式及决定因素，并分析了抗生素耐药基因在母婴间传播的情况。

母婴肠道细菌传递菌株水平分析抗生素耐药基因 gut microbiome Cristina Palacios

婴儿菌群

Cell子刊：婴儿的菌群发育，母亲的直接贡献很大

Cell Host and Microbe刚刚上线一项母婴菌群纵向传递的研究，结合宏基因组学和菌株水平的计算方法，表明母亲身体多个部位的菌群参与了婴儿口腔和肠道菌群的发育，其中母亲的肠道菌群贡献最大，婴儿自身的生理环境选择也对菌群塑造有重要作用。

婴儿菌群母婴传播菌株水平分析 Infant microbiome Shotgun metagenomics

双歧杆菌

Microbiome：婴儿的双歧杆菌及对应噬菌体，从妈妈而来！

研究母婴之间共享的双歧杆菌，发现除了双歧杆菌本身会由目前传播给婴儿，其特异性噬菌体也是妈妈那里传来的。不太出乎所料，但被研究所证，也证明了母亲的无私付出是多么伟大。

双歧杆菌双歧杆菌噬菌体母婴传播母乳 Henrik Munch Roager

银屑病

NPJBM：研究牛皮癣相关皮肤菌群，分析到菌株水平很必要！

银屑病皮肤菌群菌株水平 Morten O A Sommer Dan I Andersson

宏基因组

Nature子刊重磅：从宏基因组信息鉴别菌株信息！

① 本文介绍了一种利用宏基因组数据完成菌株鉴别的工具——PanPhlAn；② PanPhlAn根据一个物种的泛基因组，确定在一个物种的不同菌株中有无哪些基因，可得到菌株功能及其致病潜能；③ PanPhlAn能识别造成疾病爆发的菌株，且可对已知菌株和新菌株进行鉴定和比较；④ 结合转录组数据，PanPhlAn能分析相应菌株在复杂的群落中的转录活性；⑤ PanPhlAn克服了宏基因组组装相关的局限性，即使对于参考基因组很少的物种，也能很好地进行菌株鉴定。

宏基因组菌株鉴定

宏基因组

Nature子刊：宏基因组物种分类和定量工具MetaPhlAn2

MetaPhlAn2是基于标记基因的快速物种分类和定量工具，由哈佛大学Curtis Huttenhower团队和意大利特轮托大学Nicola Segata(出自Curtis Huttenhower组)团队共同出品，是MetaPhlAn工具的升级版，截止19年9月4日软件两版累计引用1335(853+482)次。是肠道宏基因组研究中物种组成分析的首选工具。日报之前报导过的相关工具还有《MGX框架——宏基因组分析的新方法》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1075688938）、想要专门分析病毒组，有《Nature子刊：分析病毒组的新工具》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1081676963）等。

宏基因组宏基因组序列分类宏基因组物种分类标记基因