首页
热心肠日报
文献库
产业库
榜单
关于日报
《肠·道》演讲
往期精彩
《肠·道》2024
《肠·道》2023
《肠·道》2022
《肠·道》2021
《肠·道》2020
《肠·道》2019
《肠·道》2018
《肠·道》2017
关于《肠·道》
肠道大会
热心肠大会
热心肠智库
智库专家
专家动态
智库新闻
关于智库
奖学金
年度人物奖
更多
HOPE
会议信息
科学与艺术
学术专刊
R·AI
周刊
热心肠先生
研究院动态
关于我们
搜索
登录
关闭
手机邮箱登录
扫码登录
微信扫描二维码快捷登录
验证成功,将在
3
秒钟后跳转
已超时,请
重试
关闭
二维码登录
手机登录
邮箱登录
+86
+1
+852
+886
+81
+65
+61
+44
获取验证码
登录 / 注册
关闭
二维码登录
手机登录
邮箱登录
获取验证码
登录 / 注册
Junhua Li
文章数:24篇
菌群-药物互作
纪立农+李俊桦+钟焕姿等:降糖药与糖尿病肠道菌群间的双向互作
二甲双胍、阿卡波糖和小檗碱等口服降糖药具有改变肠道菌群组成或功能的作用,这些药物对菌群的影响是否存在一些共性?北京大学糖尿病中心纪立农、深圳华大生命科学研究院李俊桦和钟焕姿、首都医科大学李玉凤作为共同通讯作者,近期在Diabetologia发表了一项随机非盲双臂试验的研究结果,揭示了两种口服降糖药——阿卡波糖和维达列汀治疗对糖尿病患者肠道菌群的影响,包括一些共性的菌群反应。该研究进一步分析了基线肠道菌群与药物的肠道相关疗效(GLP-1分泌)的关联,或有助于糖尿病精准治疗的患者分层。
菌群-药物互作
肠道菌群
2型糖尿病
降糖药物
肠道噬菌体组
李俊桦+肖敏凤Cell子刊:一文读懂人类肠道病毒组编目的进展和挑战(综述)
人类肠道病毒群,通常被称为肠道微生物群的“暗物质”,至今仍然没有得到充分研究。近年来,随着测序技术和生物信息学的发展,大规模的人类肠道病毒组研究极大地提高了人们对肠道病毒组组成和变异的理解。随着相关人类肠道病毒组数据库的建立,不仅丰富了肠道病毒基因组的多样性和功能潜力,也为相关肠道病毒组研究提供了参考数据库。但是,不同数据库之间采用的方法和参数仍存在较大差异。近日,深圳华大生命科学研究院李俊桦、肖敏凤及团队在Cell Host and Microbe发表最新综述,纳入最近发表的4个肠道病毒组数据库(GVD、CHVD、MGV和GPD),发现鉴定出的噬菌体数量随着样本量增加而增加,表明目前数据库中肠道病毒多样性还未达到饱和。此外,作者还归纳了编目人类肠道病毒组数据库的五大步骤,以及在噬菌体分类注释和宿主分配方面的挑战,并建议未来需要纳入更广泛和更多样化的样本,应该大力开发用于病毒组分析、噬菌体-宿主动态互作的专用工具包,值得相关人员精读和细品。
肠道噬菌体组
暗物质
综述
基础研究
Human gut virome
餐后血脂
王卫庆、李俊桦等:小檗碱+益生菌改善糖尿病患者的餐后血脂
胰岛素抵抗的2型糖尿病(T2D)患者常有餐后高脂血症,不利于心血管健康。上海交通大学医学院附属瑞金医院王卫庆、顾燕云、张翼飞和深圳华大生命科学研究院李俊桦作为共同通讯作者,近期在Gut Microbes发表研究,基于我国一项随机安慰剂对照的多中心临床试验——PREMOTE研究(https://www.mr-gut.cn/papers/read/1057591450),探索了益生菌(含9个专利菌株)+小檗碱的联合治疗对T2D患者餐后血脂的改善效果,并发现小檗碱可能通过激活益生菌中的短双歧杆菌的fadD基因表达,促进其脂代谢作用,来减少肠腔内可吸收的脂质,从而发挥联合治疗的协同降低餐后血脂的作用。
餐后血脂
2型糖尿病
益生菌
小檗碱
随机对照试验
新冠肺炎
国内团队:新冠重症患者的呼吸道菌群失调特征
目前尚不清楚新冠患者的呼吸道和其他感染组织的微生物组成以及它们对不同程度疾病严重程度的可能致病作用,广州医科大学第一附属医院赵金存、黎毅敏和深圳华大研究院李俊桦、徐讯与研究团队,近期发表于Cell Discovery的一项研究发现,在广谱抗菌治疗的新冠重症患者中存在明显的微生物失调特征。
新冠肺炎
呼吸道菌群
微生态变迁
纪立农+李俊桦等:Nature子刊揭秘成年人肠道微生态“变迁史”
肠道共生微生物伴随人类一生,影响宿主并受宿主的代谢、饮食等多重因素影响。Nature Aging近期发表了北京大学人民医院纪立农、深圳华大生命科学研究院李俊桦与研究团队的大人群数据研究,发现肠道共生菌群结构的宿主性别差异性、随宿主年龄的变化规律均具有跨人种的普适性,指出了宿主激素水平-肠道共生菌群-宿主代谢之间的重要关联。本研究开创性地探讨肠道共生微生态变化的普遍规律,对于揭示共生微生态-宿主互作、开发普适性的菌群干预手段具有重要意义,值得参考。
微生态变迁
微生态-宿主互作
大数据研究
消化道微生态
人
2型糖尿病
王卫庆+李俊桦:小檗碱+益生菌,更好改善糖尿病
小檗碱除了能治疗腹泻,对于一些代谢疾病也有改善作用,但其作用靶点和机制仍待研究。Nature Communications近期发表了由上海交大医学院附属瑞金医院王卫庆团队与深圳华大研究院李俊桦团队联合主导的一项多中心随机双盲对照临床试验,表明在抗生素预处理后,小檗碱(单独使用或与特定混合益生菌联用)能有效帮助2型糖尿病患者降糖,并揭示了其潜在的肠道菌群靶点和作用机制。这些发现为靶向肠道菌群以改善糖尿病等代谢疾病带来了新启示,具有临床应用前景。
2型糖尿病
小檗碱
益生菌
随机双盲对照试验
肠道菌群干预
2型糖尿病
国内团队:前驱糖尿病与未治疗2型糖尿病患者的肠道菌群变化
来自深圳华大基因研究院团队与苏州疾控中心团队合作在EBioMedicine上发表的一项最新研究,通过对未经治疗的2型糖尿病患者、前驱糖尿病患者及血糖正常的健康人的肠道宏基因组及宏蛋白组进行分析对比,鉴定出了2组患者在肠道菌群及功能上的变化。
2型糖尿病
metagenomics
Metaproteomics
prediabetes
Treatment-naïve type 2 diabetes
NAR:细菌基因组中寻找活性噬菌体——Prophage Hunter
鉴定活性前噬菌体对于研究噬菌体和细菌的共同进化、噬菌体生理学和生物化学以及用于多种应用的工程设计噬菌体至关重要的。 Prophage Hunter提供一站式网络服务,从细菌基因组中提取前噬菌体基因组、评估前体的活性、鉴定系统发育相关的噬菌体和注释噬菌体蛋白的功能。可以访问 https://pro-hunter.bgi.com/ 免费使用Prophage Hunter。
Hiroyuki Nakai
Shin Kurihara
Rika Hirano
肠道细菌参考基因组
华大基因团队:1520个人肠道单细菌参考基因组,助力菌群研究
华大基因的肖亮、贾慧珏和李俊桦与团队的重要研究,近期在Nature Biotechnology发表。该研究通过培养组学方法,从健康人粪便样本中获得1520个单菌基因组草图,对现有的人肠道细菌参考基因组有很大补充;并通过功能注释和泛基因组分析,加深了对肠道细菌功能和特点的了解。这些成果将助力人肠道宏基因组学分析和相关应用转化研究,值得专业人士仔细阅读。
肠道细菌参考基因组
肠道菌群
培养组学
宏基因组学
肠道菌群功能
儿童肠道菌群
学龄儿童可能存在3种肠型特征
Microbiome发表的一项最新研究分析了荷兰10岁以下的学龄儿童的肠道菌群特征,鉴定出3种肠型,与哺乳期长短和学前饮食习惯相关,并分析了每种肠型的组成和功能特征,发现肠型可影响饮食与代谢表型的关联。
儿童肠道菌群
School-age children
Gut microbiota
enterotype
Metabolic phenotypes
子宫共生菌群
华大基因+北大深圳医院:宏基因组测序表明子宫有菌
这是华大基因贾慧珏博士领衔并与北大深圳医院吴瑞芳教授合作的女性生殖道菌群研究的新进展。在之前研究(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1058590604)的基础上,他们又结合Illumina和BGISEQ-500测序平台,通过宏基因组测序鉴定了从阴道至腹膜液微生物的渐变特征,还通过附加人群交叉验证了所得结论。迄今为止最为系统的中国人女性生殖道菌群研究,值得特别关注。 相关阅读:Microbiome:现有证据不足以支持子宫内有菌(综述)(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1033194888);子宫内膜有什么菌群?对生育有何影响?(综述)(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1091906476);Nature:子宫里的胎儿有菌无菌?可能有但争议犹存(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1067265924);Lancet子刊:菌群研究要警惕“喜马拉雅山上的蓝鲸”(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1090644533)。
子宫共生菌群
metagenomics
microbiota
Female upper reproductive tract
宏基因组测序
食蟹猴肠道微生物组
华大基因:建立食蟹猴的肠道微生物组基因目录
食蟹猴在遗传和生理上与人类相似,是生物医学研究和药物研发的常用模式生物。华大基因在GigaScience发表一项最新研究,用宏基因组测序方法,建立了食蟹猴肠道微生物基因目录,分析了其功能通路,并与人、猪和小鼠进行比对,为今后以食蟹猴为模型进行肠道菌群和相关人类疾病的研究,打下坚实基础。
食蟹猴肠道微生物组
Macaca fascicularis
gut microbiota gene catalog
gut microbiome
core genera
粪便样品储存
华大基因:用于室温储存粪便样品的低成本试剂
Microbiome[IF:8.496]发表了来自华大基因团队的最新成果,研发出一种低成本的基于N-溴代正辛烷基吡啶的试剂配方,可用于在室温条件下储存粪便样品2周时间,可用于样品的远距离运输,推荐专业人士参考。
粪便样品储存
Fecal sample
Metagenomic sequencing
N-octylpyridinium bromide
Room temperature storage
胆汁酸
NC:肠道菌群不同,阿卡波糖治糖尿病的效果不同
这是上海交大瑞金医院和华大基因团队所做的肠道菌群与糖尿病药物的潜在个体化应用研究,值得好好看看。
胆汁酸
阿卡波糖
2型糖尿病
Rima H Mistry
Uwe J F Tietge
肥胖
Nature医学:中国年轻人群的肠道菌群及血清代谢组
由上海瑞金医院和华大合作的研究,最近也是火爆了朋友圈,很重磅的成果,必须值得认真读一读。
肥胖
减肥干预
血清代谢组
高脂饮食
Microbiome:高脂饮食而非肥胖导致小鼠肠道菌群改变
胖老鼠的肠道菌群发生改变,是因为它胖,还是因为它吃了不健康的食物呢?这篇文章有答案!吃,看来是肠道菌群扰动的最大因素之一!
高脂饮食
肥胖
C57BL/6J mice 129S6/Sv mice Obesity High-fat feeding Microbiota Microbiome Indomethacin
参考基因集
史上最多双胞胎菌群测序:250人,鉴1140万基因+800万SNP
华大基因参与的一项研究,对250名成年英国双胞胎进行粪便菌群宏基因组测序,建立起包含1140万个基因的肠道菌群参考基因目录(比2014年同样由华大参与并发表在Nature Biotechnology的988万又多了一百多万个),同时还鉴定出肠道菌群中的8百万个SNP,并明确肠道菌群的可遗传性和环境因素的影响。这又是一篇宏基因组测序的重要文章,特别推荐!值得一提的是,该文主要作者都在我们的Hi Microbes系列群里,这篇文章也是今年群友发出的最重要文献之一。
参考基因集
宏基因组测序
SNP
遗传因素
环境因素
参考基因目录
Nature子刊:在猪肠道中鉴定出770万个微生物基因(2016)
对来自287头猪的粪便DNA进行了宏基因组深度测序,鉴定出719个宏基因组物种,770万个非冗余基因,这个与迄今为止在人类肠道菌群中发现的基因数量(http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1045745408)有得一拼哪。强烈推荐看一看。
参考基因目录
抗生素
耐药基因
猪
抗生素抗药性
二甲双胍
Nature:二甲双胍对糖尿病人的肠道菌群到底有何影响?
去年Nature上的重量级研究,证实二甲双胍通过微生物调节而产生的药效是通过产生短链脂肪酸,并增加埃希氏杆菌达成的。强烈推荐重温经典。
二甲双胍
二型糖尿病
短链脂肪酸
埃希氏杆菌
Grace Hewon Shin
类风湿关节炎
类风湿性关节炎患者口腔及肠道菌群受到扰乱且在治疗后部分恢复
① 纳入类风湿关节炎患者(RA)及健康人的粪便、牙齿及唾液样品,分析三个部位样品菌群组间差异;② RA患者口腔及肠道菌群失调,且具有一致性,治疗后菌群可部分恢复;③ RA患者样本中,嗜血杆菌属消失殆尽且与血清抗体水平呈负相关,唾液乳酸杆菌过表达且与RA活跃程度正相关;④ 在功能上,RA患者体内的氧化还原环境、铁、硫、锌和精氨酸的转运和代谢发生改变;⑤ 检测到与RA相关的人类抗原的分子拟态,提出利用菌群进行预后和诊断的可能方法。
类风湿关节炎
口腔菌群
肠道菌群
W H Wilson Tang
Stanley L Hazen
婴儿肠道微生物
Cell子刊:出生第一年,人的肠道菌群会怎么变?(综述)
① 纳入98对母子,并对其出生后第一年的肠道微生物进行测定;② 与经阴道分娩的婴儿相比,剖腹产婴儿的肠道微生物群与母亲肠道微生物群的相似性明显降低;③ 营养和外源代谢的变化标志着肠道微生物群的成熟;④ 营养对早期微生物群的组成和功能有重大影响,停止母乳喂养对于婴儿肠道微生物转变为成人样微生物群是必需的,而引入固体食物是非必需的;⑤ 微生物群落的组成和生态网络在每个采样阶段都具有不同的特征,与微生物群落的功能匹配相一致。
婴儿肠道微生物
母乳喂养
二型糖尿病
Nature:二型糖尿病人的肠道菌群长啥样?(2012)
这是MetaHIT的核心成果之一,也是覃俊杰博士在2010年Nature第一作者论文之后的又一重量级研究成果,这开启了用MGWAS分析慢性疾病中肠道菌群的先河,随后大量慢病相关研究出现,包括2013年关于肥胖、2014年关于肝硬化的Nature article。
二型糖尿病
宏基因组相关研究的方法
宏基因组基因关联群组
宏基因组测序
Thomas Blank
杨瑞馥老师研究论文集
NEJM2011:杨瑞馥等,3天破解致病菌全基因组
2011年,杨瑞馥、覃俊杰等老师的经典之作。
杨瑞馥老师研究论文集
Jia Xu
Fengmei Lian
Liping Zhao
Xiaolin Tong
人肠道宏基因组
Nature:在人类肠道中鉴定出330万个微生物基因(2010)
经典回顾,这是MetaHIT抢在HMP团队之前在Nature上发出的第一个重量级阶段性研究成果,也是覃俊杰博士的成名之作,迄今被引用次数已近4000次。
人肠道宏基因组
Jacques Ravel
Jacques Ravel