Nan Qin

肠道微生物群的改变与结直肠癌的发生密切相关，因此有必要寻找能够反映疾病动态变化的非侵入性微生物组生物标志物。Cell and Bioscience近期发表的来自中国人民解放军总医院金鹏+盛剑秋团队联合同济大学附属第十人民医院秦楠团队的研究，对来自不同阶段的结直肠晚期腺瘤和癌症患者以及对照组的样本进行了宏基因组分析，并确定了渐进式微生物群生物标志物。然后，根据这些标志物构建了一个诊断模型，并评估了其作为AA和CRC诊断工具的性能。结果表明，该新型诊断模型可以显著提高晚期腺瘤的诊断性能。

结直肠癌诊断模型肠道菌群标记物

小柳原田病

杨培增+秦楠等：小柳原田病患者的肠道菌群变化

小柳原田病是一种多系统自身免疫性疾病，以肉芽肿性葡萄膜炎为特征。来自重庆医科大学附属第一医院的杨培增团队与锐翌生物秦楠团队在Gut Microbes上发表的一项最新研究，鉴定出了小柳原田病患者的肠道菌群变化特征，免疫抑制剂治疗后可恢复部分菌群，而菌群失调对眼内炎症可能起到恶化作用。

小柳原田病 gut microbiome Vogt-Koyanagi-Harada (VKH) disease Metagenomic sequencing fecal microbiota transplant

口腔菌群

国内团队：龋齿可改变口腔菌群结构及代谢

龋齿是一种慢性口腔疾病，威胁着近半数儿童的口腔健康，而口腔中微生物在龋齿的发生发展中起着重要的作用。浙江大学医学院附属口腔医院邓淑丽和同济大学附属上海第十人民医院秦楠与团队，最近在mSystems发表的一项研究，对龋齿儿童和健康儿童的口腔菌群进行了宏基因组分析，发现与健康儿童相比，龋齿儿童口腔菌群结构明显改变，其中部分细菌或可用作龋齿的治疗靶点和诊断标记。此外，研究中还鉴定出7种细菌，包括Streptococcus mutans、Prevotella amnii、Eubacteriaceae bacterium ACC19a和Shuttleworthia satelles等，可用于预测龋齿的发生。推荐阅读！

口腔菌群儿童龋齿 Jinfeng Yang Pengya Feng Zhenmin Ling

免疫治疗

方维佳+秦楠：肠道菌群或影响肝癌免疫治疗效果

此前研究显示，在肺癌、肾癌和黑色素瘤等癌症患者中，肠道菌群的组成可影响抗PD-1免疫治疗的效果。《Journal for ImmunoTherapy of Cancer》最新发表了来自浙江大学附属第一医院方维佳与锐翌基因研究院秦楠合作主导的研究，首次表明在肝细胞癌患者中，肠道菌群的组成和动态变化与抗PD-1免疫治疗的效果存在关联，并鉴定出与响应治疗相关的肠道细菌种类及其代谢途径，有望作为预测抗PD-1疗效的早期标志物，这些发现也为进一步探究肠道菌群对肝癌免疫治疗疗效的潜在影响和机制打下基础。

免疫治疗 gut microbiome Hepatocellular carcinoma Anti-PD-1 immunotherapy 肠道菌群

肿瘤免疫治疗

秦楠：肠道微生物组与肿瘤免疫治疗

同济大学附属第十人民医院研究员秦楠博士，发表题为《肠道微生物组与肿瘤免疫治疗》的报告，介绍了临床前研究中调节肠道微生物可改善癌症免疫治疗的效果，同时也指出临床上对微生物变化及如何起效还需进一步研究。

肿瘤免疫治疗 Wei Shen Wei Shen Hong Ren

白塞病

重医附一院等：可致失明的白塞病与肠道菌群有关

Microbiome发表了重庆医科大学附属第一医院杨培增团队主导的最新研究，分析了白塞病患者和健康对照的口腔和粪便菌群，揭示了患者的肠道菌群变化，并用粪菌移植实验表明菌群变化可加剧疾病。

白塞病口腔菌群肠道菌群组成肠道菌群功能 Behcet’s disease

帕金森症

瑞金医院+锐翌基因：帕金森患者血液里的菌群特征

共生菌群很可能在帕金森症的发病机制中具有重要作用，但鲜少有研究关注患者的血液菌群。本研究检测了国内帕金森患者的血液菌群，发现特定菌群与帕金森症的病程、病症具有相关性，有助于进一步阐释菌群在帕金森发病机制中的作用，值得专业人士关注。

帕金森症菌群多样性帕金森患者血液菌群 Nick Powell

帕金森症

上交医学院+上海锐翌：我国帕金森患者的菌群特征

上海交通大学医学院和上海锐翌生物科技共同主导的一项研究，分析了我国帕金森症患者的粪便菌群组成和功能，及菌群特征与临床指标间的关联，为后续深入研究打下基础。该研究在Brain Behavior and Immunity发表，感谢热心网友推荐！

帕金森症肠道菌群 Neurodegenerative disorder Gut microbiota 16S rRNA gene

白介素17-A（IL-17A）

杨瑞馥等：IL-17A缺陷小鼠，抵抗高脂饮食引起的肥胖

这是杨瑞馥、张和平、秦楠和刘光伟等合作的关于免疫缺陷小鼠的肠道菌群及其代谢特征的研究，说明IL-17A对塑造和调节小鼠肠道菌群并进而影响宿主健康的重要作用。特别推荐！

白介素17-A（IL-17A） Garold Fuks Michael Elgart Noam Shental

强制性脊柱炎

Genome Biol：强直性脊柱炎的肠道菌群特征

这是浙江中医药大学、锐翌基因等团队合作的成果，对强直性脊柱炎患者的肠道菌群以及相关基因进行了分析，值得好好看看，特别推荐。

强制性脊柱炎 Ankylosing spondylitis Human gut microbiome Biomarkers Pathogenesis Yang Shen Jintian Xu Songnian Hu

蒙古族

张和平 & 秦楠团队：蒙古族人肠道菌群的特点

内蒙古农业大学张和平和浙江大学秦楠团队合作的研究成果，推荐阅读。

蒙古族肠道菌群宏基因组 William B Miller William B Miller

生物信息学

秦楠+崔玉军：研究微生物组必备的生物信息学工具

生物信息学宏基因组数据分析 Tina Amirtha Tina Amirtha

黄酒

浙大团队：黄酒好不好，发酵7天测个序就知道了！

浙大团队，秦楠领先：发酵后7天，测个序，看看乳酸菌和高温放线菌的丰度，就可以知道黄酒的品质怎样。这个过程，原来要30天或者更长时间等酒发酵成熟了才可以知道，测序让这个过程提前，对工业生产黄酒大有益处。

黄酒发酵宏基因组 Gregory P Donaldson Sarkis K Mazmanian

Nan Qin

微生物组调节自身免疫性疾病, 肠道疾病及肝病

Nan Qin Elias Mossialos Matthew Renwick

Human microbiota

杨瑞馥等：精准医学，别忽视菌群这个“器官”！（综述）

杨瑞馥老师的综述，下次有空可以请杨老师给群友们讲讲基于菌群的精准医学，大家感觉如何？

Human microbiota health Precision Medicine Meiling Zhang Menghui Zhang

H7N9病毒感染及治疗对肠道菌群的影响

①完成了26个H7N9患者肠道菌群深度测序，其中抗生素治疗组（AB）17人和非抗生素治疗组（NAB）9人，构建了H7N9患者肠道菌群基因集；②阐明了H7N9病毒入侵导致病人肠道菌群的改变；③抗病毒物质，益生菌及抗生素治疗可以提高H7N9患者肠道有益菌的微生物多样性及丰度。

W H Wilson Tang W H Wilson Tang

Diagnostic markers

秦楠等答同行学术质疑：代偿失调性肝硬化和肠道菌群

① 利用宏基因组方法分析了健康对照人群与不同程度肝硬化患者肠道菌群组成的差异；② 尽管代偿性肝硬化（CP）组和代偿失调性肝硬化（DP）组与健康对照组相比病情改变相似，但由于两者疾病严重程度不同，两组之间的肠道菌群组成存在明显差异；③ 该研究排除了糖尿病患者及饮食、药物等对肠道菌群组成的影响，对于潜在的影响因素需保持谨慎；④ 微生物组分析或可取代目前不完善的临床诊断参数和/或肝脏活组织检查等侵入性操作来诊断肝硬化。

Diagnostic markers Zeneng Wang Stanley L Hazen

Bacterial transcription

转录组分析甲氧西林敏感型金黄色葡萄球菌生物膜形成过程

①熊果酸可以抑制甲氧西林敏感型金黄色葡萄球菌（MSSA）生物膜的形成，白藜芦醇无法抑制MSSA生物膜形成；②熊果酸处理后，MSSA生物膜形成相关的基因转录差异显著；③MSSA生物膜形成机制与耐药型MRSA生物膜形成机制不同的主要原因是缺乏辅助基因调节因子agr 。

Bacterial transcription Transcriptomics J Mark Brown J Mark Brown

舌苔

北大口腔陈峰团队：口臭儿童舌苔及唾液菌群研究

孩子有口臭，注意是不是口腔菌群失衡了。

舌苔唾液微生物群儿童口臭

Microbiology

肝硬化患者肠道菌群的变化

① 通过对比98名肝硬化患者和83名健康对照的肠道菌群构建肝硬化患者肠道菌群基因集，包含269万个基因，其中36.1%为首次发现；② 75245个基因在患者和健康对照的丰度不同，可分为66个代表细菌物种簇，在患者和健康组的富集分别为28和38个；③ 约54%肝硬化患者富集的菌种来自于口腔，暗示肝硬化患者口腔菌侵入到肠道的特征；④ 根据15个基因标记物定义了肝硬化“病人鉴别指数”，可以较高准确性区分肝硬化患者（AUC=0.918和0.838）。

Microbiology Biomarkers Genome informatics Stanley L Hazen W H Wilson Tang

Antimicrobial resistance

转录组分析熊果酸和白藜芦醇抑制耐甲氧西林金黄色葡萄球菌生物膜形成过程

①熊果酸主要通过减少氨基酸代谢和粘附素表达起作用，而白藜芦醇主要作用是干扰细菌密度感应效应（QS）和影响表明蛋白和分泌蛋白表达及加膜多糖形成；②熊果酸和白藜芦醇具有抑制生物膜形成活性，可用于辅助治疗金黄色葡萄球菌感染。

Antimicrobial resistance Biofilms Diana M Shih Aldons J Lusis

健康人鼻腔木糖葡萄球菌与金黄色葡萄球菌和表面葡萄球菌比较基因组学研究

①基因组比较分析发现，木糖葡萄球菌与金黄色葡萄球菌和表面葡萄球菌最大的区别在于缺乏毒力和致病性相关的基因，包括与粘附素，抗原，耐药性，荚膜多糖合成酶，致病性基因岛和生物膜形成相关的基因； ②从基因组层面上解释该菌凝固酶阴性，人条件致病性及生物膜形成等特性。

Tom Konikoff Uri Gophna

PNAS-2013：杨瑞馥等破解鼠疫菌进化规律

① 鼠疫耶尔森氏菌是鼠疫病原体，本文对133株鼠疫菌全球分离株进行了测序和分析，并基于SNP变异重建了鼠疫菌种系关系；② 结果表明该菌进化以中性过程为主，但种系间突变率存在很大差异，各进化分支上变异累积速度显著不同；③ 进而提出中性条件下病原菌进化速度会受到种群大小波动影响，造成静息期与流行暴发期之间的突变率发生变化；④ 本研究将有助于进一步探索鼠疫耶尔森氏菌的进化机制、致病性及其传播的历史模式。

Paul W O'Toole Paul W O'Toole

新一代测序技术

高通量测序技术及其在微生物学研究中的应用

①综述阐述了Illumina公司HiSeq 2000, ABI公司SOLID和Roche公司454为代表的高通量测序技术；②着重讨论了新一代测序技术在微生物领域中的应用，包括细菌分类学，比较基因组学和演化基因组学，转录组学，宏基因组学，单细胞测序等。

新一代测序技术高通量微生物学基因组学 Janet H Iwasa

人肠道宏基因组

Nature：在人类肠道中鉴定出330万个微生物基因（2010）

经典回顾，这是MetaHIT抢在HMP团队之前在Nature上发出的第一个重量级阶段性研究成果，也是覃俊杰博士的成名之作，迄今被引用次数已近4000次。

人肠道宏基因组 Jacques Ravel Jacques Ravel