biomarker

肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征（ME/CFS）是一种研究不足的多系统疾病。Cell Host and Microbe发表的这项研究，对ME/CFS患者进行了整合多组学分析，并对患病时间较短和较长的患者进行了分组分析。结果表明，短期患者的特点是更为明显的肠道菌群失调，尤其是产丁酸菌的减少，而长期患者则有更为严重的临床表型和代谢异常。

肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征 ME/CFS multi-‘omics metagenomics metabolomics

Alternate Healthy Eating Index

代谢组学预测膳食质量

研究纳入两个队列研究，用FFQ膳食问卷调查了参与者的膳食情况，利用血浆代谢组学测定了其代谢物组成，进行关联分析，以找出能够反映膳食质量的标志性代谢物。研究鉴定出了两个阵列中的健康、非健康AHEI食物成分以及代谢物。在进行相关性分析基础上，可以根据不同代谢物预测对应的膳食质量。文章认为，代谢组学可以助力健康膳食和慢性病相关研究。

Alternate Healthy Eating Index biomarker diet quality metabolites metabolomics

克罗恩病

粪便钙卫蛋白水平与克罗恩病进展相关

粪便钙卫蛋白（calprotectin）的水平与克罗恩病患者的炎症相关。Clinical Gastroenterology and Hepatology上发表的一项回顾性队列研究结果，对375名克罗恩病患者进行超过5年的随访，发现在诊断后12个月内，粪便钙卫蛋白水平恢复正常的患者，疾病进展的风险显著降低。

克罗恩病 IBD biomarker Prognostic Factor prognosis

非酒精性脂肪性肝病

肠道病毒组与NAFLD严重程度相关

非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）与肠道微生物组的变化密切相关，此前研究主要聚焦于肠道细菌组成的改变，《Gastroenterology》发表的一项最新研究表明，肠道病毒组与NAFLD的严重程度存在关联，并结合病毒组和简单临床数据开发了预测模型，或可用于严重NAFLD患者的无创检测。

非酒精性脂肪性肝病 microbiota biomarker Prognostic Factor progression

肝硬化

Cell子刊：肠道菌群特征可用于肝硬化的无创诊断

非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）等慢性肝病患者中常见肠道菌群失调，这些菌群变化或能用于相关疾病的无创检测。《Cell Metabolism》发表的一项美国研究，分析了NAFLD肝硬化患者粪便样本中的菌群物种、基因通路和代谢物改变特征及其相互关联，用随机森林机器学习方法，鉴定出适用于不同病因、种族和地区人群的通用肝硬化肠道微生物组特征，结合血液指标还能对肝硬化和早期肝纤维化进行区分。该研究说明，粪便微生物组特征可用于肝硬化的无创诊断，且特定的肠道细菌或许可作为防治肝硬化的新靶点。

肝硬化 Microbiome NASH Non-alcoholic steatohepatitis non-alcoholic fatty liver disease

结直肠癌

于君等：大肠癌中的肠道古菌组失调

结直肠癌（CRC）与肠道菌群失调关系密切，此前研究主要聚焦肠道细菌，对真菌和病毒的变化也有报道，但肠道古菌与CRC的关系仍不清楚。《Gastroenterology》最新发表了来自香港中文大学于君与团队的研究，用宏基因组测序分析鉴定了我国健康人、CRC癌前病变（腺瘤）和CRC患者的肠道古菌组成特征，表明粪便古菌组或能作为CRC肿瘤发展的标志物，并报道了CRC中的古菌与细菌间的生态网络互作的变化，提示CRC中的肠道古菌失调可能与细菌失调共同促进了肿瘤发生。这些发现为描绘CRC肠道微生态的失调特征又填补了一块缺失的拼图，也为CRC的检测诊断和预防治疗提供了新思路。

结直肠癌肠道古菌组 stool sample microbe single-celled prokaryote

结直肠癌

深度学习助力结直肠癌微卫星不稳定性的临床分级

微卫星不稳定性（MSI）和错配修复缺陷（dMMR）可对结直肠癌患者进行分类，选择不同的治疗策略。深度学习可在常规组织切片上检测肿瘤样品的MSI和dMMR状态，比分子分析更快、更便宜。Gastroenterology近期发表的文章，研发出利用结直肠癌患者的H&E切片检测MSI和dMMR的深度学习算法，在测试集中表现非常优秀，或可用于结直肠癌组织标本的高通量、低成本评估。

结直肠癌 biomarker Cancer Immunotherapy Lynch Syndrome Mutation

COVID-19

浙江大学李兰娟团队：绘制COVID-19和H1N1流感病毒患者的肠道菌群变化图谱

浙江大学李兰娟院士团队在Clinical Infectious Diseases发表文章，在中国人群中鉴定出COVID-19、H1N1流感病毒患者和健康对照的特异性粪便菌群特征，为肠道菌群干预提供理论基础。

COVID-19 H1N1 COVID-19 H1N1 Intestinal Microbiota

IBD治疗

预测英夫利昔单抗对IBD疗效的潜在生物标志物

部分IBD患者对英夫利昔单抗等抗TNF药物的治疗无应答，目前尚无生物标志物用于鉴定可对抗TNF治疗产生应答的患者。Clinical Gastroenterology and Hepatology上发表的一项前瞻性研究，分离IBD患者治疗前的PBMC并用LPS刺激，发现PBMC产生的TNF水平可以较高的灵敏度及特异性预测患者对英夫利昔单抗的应答。

IBD治疗 biomarker Prognostic Factor outcome efficacy

结直肠癌

大肠癌相关菌群，如何影响宿主表观遗传促肿瘤？

结直肠癌 biomarker Cancer colon gene methylation

结直肠癌

miRNA检测提升FIT筛查结直肠癌的准确性

结直肠癌筛查在一般风险人群中是有效的，但通常使用的粪便免疫化学检测对晚期腺癌的灵敏度较低。来自Gastroenterology上发表的一项最新研究，通过分析对比结直肠癌患者及晚期腺瘤患者的癌组织及非癌组织样本中的miRNA表达，鉴定出了几种miRNA在患者粪便中的表达上调。综合2种特定的miRNA及血红蛋白，可大幅提升结直肠癌及晚期腺瘤的筛查准确性。

结直肠癌 biomarker FIT miR-421 miR-130b

非小细胞肺癌

抗生素使用、血浆瓜氨酸浓度与血液菌群影响PD-1单抗在NSCLC患者的疗效

Journal for ImmunoTherapy of Cancer上发表的一项最新研究，发现在使用PD-1单抗（纳武单抗）治疗非小细胞肺癌的患者中，治疗开始前后的抗生素使用、血浆基础瓜氨酸浓度及血液菌群显著影响了治疗效果。

非小细胞肺癌 Antibiotic biomarker Blood Citrulline

肠-脑轴

南方医科大学：肠道菌群或影响神经危重症患者预后

南方医科大学团队近期在《Critical Care》发表研究，纳入98名神经危重症患者患者和84名健康人，发现两个人群内菌群差异显著，菌群结构不仅随住院时间延长而改变，还可能影响180天内患者生存情况。该研究对于探索肠道菌群与神经危重症病程进展和预后具有参考价值。

肠-脑轴 biomarker cohort study Critical illness Dysbiosis

breast cancer

几乎无药可治的乳腺癌骨转移竟然发现新靶点！

该研究表明，用IL-1B拮抗剂或IL-1受体拮抗剂靶向IL-1B可能是一种新的治疗方法，通过阻止已形成肿瘤的新转移的播散，并保留已经在骨中播散的处于休眠状态的肿瘤细胞，来治疗有转移风险的乳腺癌患者。

breast cancer Bone metastasis IL-1b bone metastatic niche biomarker

结直肠癌

上海中医药大学：环状RNA或可作为结直肠癌肝转移的标志物

来自上海中医药大学的团队在《Molecular Cancer》上发表一项最新研究，对比了结直肠癌患者及结直肠癌肝转移患者肿瘤组织中的环状RNA谱，鉴定出了2个在肝转移患者中高表达的环状RNA，提示特定环状RNA或可作为结直肠癌肝转移的诊断标志物。

结直肠癌 biomarker Circular RNAs (circRNAs) Colorectal cancer liver metastasis RNA-sequencing (RNA-seq)

唾液菌群

非吸烟女性肺癌患者的唾液菌群变化

来自山东师范大学、青岛大学附属医院、临沂人民医院团队合作在Frontiers in Oncology上发表的一项最新研究，对比鉴定了非吸烟女性肺癌患者与健康人的唾液菌群多样性及组成的差异，并发现了部分菌群相关的免疫细胞化学标志物的差异，另外，患者的菌群与部分癌症相关信号通路有紧密关联。

唾液菌群 biomarker Dysbiosis lung cancer non-smoking female patient

胰腺

胰腺外分泌功能与肠道菌群的组成及多样性相关

Gastroenterology上发表的一项最新研究，对近2000名健康志愿者的粪便菌群及胰腺外分泌功能进行了分析，发现在胰腺外分泌功能减退的受试者中，菌群的组成及多样性发生了显著改变，更倾向于具有2型肠型。

胰腺 bacteria biomarker Microbiome pancreas

氧化三甲胺（TMAO）

氧化三甲胺（TMAO） biomarker gut microbiome heart failure Metabolite

自闭症

氨基酸代谢失调可诊断自闭症亚型

自闭症的诊断目前缺乏可靠的生物标志物，Biological Psychiatry近期发表一项研究，分析18-48月龄的自闭症患儿和正常儿童的血液代谢物，鉴定出可用于准确诊断一部分自闭症患儿的生物标志物，或许有助于自闭症的早期诊断和干预。

自闭症 autism biomarker Amino Acids metabotype

肝硬化

肝硬化患者的肠道菌群特征，与临床结局相关

Clinical Gastroenterology and Hepatology近期发表一项临床研究，揭示了肝硬化患者的多种临床结局与入院时的粪便菌群特征之间的关联，显示菌群失调（尤其是变形菌门富集）与肝外器官衰竭、慢加急性肝衰竭和死亡等不良结局独立相关，不仅为肝硬化相关临床结局提供了潜在的菌群标志物，还提示减少肝硬化患者的菌群失调，或能改善临床结局。

肝硬化 acute-on-chronic liver failure bacteria biomarker critical care

非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）

与脂肪肝和肝纤维化相关的可遗传肠道菌群代谢产物

对156名受试者（包括50对双胞胎以及56名来自不同家庭的成员），分析血清代谢产物与非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）的关联。鉴定并确认了一种可遗传的血清肠道菌群代谢产物，与肝性脂肪变性及肝纤维化相关。

非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）肠道菌群代谢产物 NASH biomarker genetic factors

肾结石

广西医科大学：肾结石患者的肠道菌群变化

这是来自广西医科大学团队的研究，表明肾结石患者与健康人的肠道菌群组成存在差异，前者中富含与草酸盐结晶沉积相关的肠杆菌，并鉴定出特定细菌可作为肾结石生物标记物。

肾结石 16S rRNA biomarker Gut microbiota Nephrolithiasis

高血压

CR：肠道菌群可作为防治高血压的新靶点？

关于肠道菌群用于防治系统性高血压的文献，值得认真读一读。

高血压 biomarker Dysbiosis Gut microbiota resistant hypertension

非酒精性脂肪肝病

Cell子刊：利用肠道菌群，预测NAFLD的晚期纤维化

这又是利用肠道菌群预测疾病发展的一项重要研究，很值得看看。

非酒精性脂肪肝病晚期纤维化 NASH biomarker cirrhosis

大肠癌

Engineering：大肠癌相关细菌有哪四大类？（综述）

这是香港中文大学的于君教授操刀的综述，介绍与大肠癌相关的四大类肠道细菌，很值得一读。

大肠癌肠腔共生细菌细菌移位生物标志物 microbiota

16S metagenomic sequencing

Hepatology：进入到血液的细菌，促进肝纤维化？

血液里会不会有细菌呢？至少在某些疾病状态，血液里是可以检测出细菌的rDNA的，这篇文章还证实某些细菌分类群在血液及粪便中所占比例的差异与肝纤维化相关，值得好好看看的文章，强烈推荐。

16S metagenomic sequencing bile acids biomarker tissue microbiota Ana B Blázquez