Cell Host & Microbe

多形拟杆菌荚膜多糖 Christoph M Tang Giulia Pilla

口腔菌群

Cell子刊：人的基因影响口腔菌群，致龋齿细菌则主源于后天

这是近期样本数量最多样本代表性也最强（全部是双胞胎）的口腔菌群研究之一，非常值得关注，特别推荐。

口腔菌群龋齿 Ricardo Closa-Monasterolo Joaquin Escribano

工程菌

Cell子刊：工程化细菌，在体内更好监测感染和抗生素效应！

这是Cell Host & Microbe[IF：14.946]发表的关于工程化细菌用于在体内监测感染动态及抗生素效应的研究，是人工改造细菌用于肠道菌群相关研究和转化的新案例，值得特别关注。

工程菌体内实验体外实验

胆碱

Cell子刊：肠道细菌消耗胆碱，影响DNA甲基化及行为

关于肠道菌群和胆碱的研究，之前备受关注的是菌群代谢胆碱产生三甲胺从而增加心血管疾病风险：http://www.xunludkp.com/papers/read/1054133152，http://www.xunludkp.com/papers/read/1070640008。这项新的研究则特别关注到胆碱作为甲基供体，在高水平胆碱消耗细菌存在时可能带来的对小鼠和后代的表观遗传学和行为改变。很有意义的研究，特别推荐专业人士深读。

胆碱表观遗传学 DNA甲基化 Janica Wiederstein Daniel Pfaff

沙门氏菌

Cell子刊：沙门氏菌可利用菌群产生的琥珀酸盐促进自身定殖

这是关于沙门氏菌如何利用肠道菌群产生的琥珀酸盐以促进自身增殖的研究，这提示我们，或许未来可以针对琥珀酸相关代谢通路，找到应对沙门氏菌感染的新方法。

沙门氏菌琥珀酸盐三羧酸循环炎症电子受体

合成菌群

Cell子刊：合成菌群在植物菌群研究中的机会

这是Cell Host & Microbe[IF：14.946]发出的关于如何利用混合不同菌株的“合成菌群”以促进植物菌群研究的观点文章，立足于植物，但对其他菌群，包括人类肠道菌群的研究也有启发意义。特别推荐！

合成菌群植物菌群 microbiota Microbiome holobiont

真菌

Cell子刊：一文读懂共生真菌（必读综述）

Cell Host & Microbe[IF：14.946]发出的关于健康和疾病中的人体共生真菌的必读综述，希望了解相关知识的人，这篇文章必须是必读的，好好看看吧！

真菌

食品科学

Gordon等：是时候让肠道菌群、食品科学和营养学好好结合！

这是Cell Host & Microbe[IF：14.946]刚刚发出的一篇极为重要的关于肠道菌群应与食品科学、营养学紧密结合的观点文章，由Jeffrey I Gordon领衔，懂行的人会知份量！不读不行的文章，特别推荐！

食品科学营养学母乳低聚糖膳食纤维主食

皮肤利什曼病

Cell子刊：利什曼病的皮肤菌群变得不受约束地失调

这是介绍同期杂志一项重要的皮肤菌群的文章，老规矩，这样的文章，看看图就会有收获。

皮肤利什曼病微生物多样性菌群失调免疫 R D Singh

O-多聚糖

Cell子刊：如何保护肠道？细菌有答案！

这是对我们之前介绍的文献（http://www.xunludkp.com/papers/read/1083526436）的简要解读，老规矩，这样的文章，看看图就会有收获。这篇文章的标题“细菌告诉我们如何保护肠道”很有意思，值得体会！细菌在保护我们，我们该如何保护它们呢？至少，可能要少点抗生素吧。

O-多聚糖黏蛋白消化链球菌属吲哚丙烯酸 Tami L Swenson

消化链球菌属

Cell子刊：肠道消化链球菌的代谢产物可抑制炎症

这又是一项非常重要的涉及肠道中特定细菌属和它们的代谢产物的分子机制研究，发现消化链球菌属中的某些物种包含了可产生色氨酸代谢产物——吲哚丙烯酸的基因簇，而吲哚丙烯酸对抑制炎症意义很大。关于色氨酸相关代谢产物抑制炎症的研究，都推荐感兴趣的人认真看看。

消化链球菌属吲哚丙烯酸炎症 Frederick Verbeke Bart De Spiegeleer

糖尿病

Cell子刊：小鼠得了糖尿病，口腔菌群更致病！

糖尿病会增加牙周炎的风险，而其中口腔菌群可能发挥作用，这篇在小鼠上的研究提供了很重要的证据，特别推荐。

糖尿病口腔菌群

皮肤利什曼病

Cell子刊：失调的皮肤菌群，可传播并促进感染和炎症

关于皮肤菌群和寄生虫（利什曼原虫）感染相互关系的研究，关注皮肤菌群的人一定要看一看。

皮肤利什曼病皮肤菌群 cutaneous inflammation Dysbiosis leishmania

紧密连接蛋白claudin-2

Cell子刊：IL-22通过上调上皮Claudin-2以引起腹泻并清除肠道病原体

① 小鼠在感染鼠柠檬酸杆菌后2天内，肠道屏障通透性增加，并同时发生IL-22依赖性的上皮紧密连接蛋白claudin-2上调；② claudin-2形成水及Na+转运通道，肠道屏障通透性增强限于小分子；③ 与野生型小鼠相比，claudin-2缺陷型小鼠表现出严重疾病，包括粘膜处鼠柠檬酸杆菌定殖增加、细胞因子反应增强、组织损伤更加严重；④ claudin-2过表达可降低疾病严重程度；⑤ 化学诱导的渗透性腹泻可降低claudin-2缺陷型小鼠的结肠炎严重度及鼠柠檬酸杆菌负担。

紧密连接蛋白claudin-2 病原体清除 BACTERIAL INFECTION Colitis diarrhea

溶酶体降解

Cell子刊：氯离子转运蛋白调控巨噬细胞对细菌的清除

① 巨噬细胞介导的细菌清除，依赖于其对病原体的吞噬，及随后的吞噬溶酶体成熟及在溶酶体内对细菌的降解；② Wong等人在最新发表的研究中发现，氯离子转运蛋白缺失导致溶酶体功能失调，并延缓了对被吞噬的细菌的降解；③ 这一过程通过NF-κB介导的正反馈回路，减弱了巨噬细胞对细菌的吞噬功能，说明溶酶体对细菌的降解是维持巨噬细胞的吞噬功能所必需的；④ 外源性细菌肽聚糖可恢复溶酶体降解缺陷突变体的吞噬功能。

溶酶体降解巨噬细胞氯离子转运蛋白 NF-κB通路

溶酶体降解

Cell子刊：溶酶体降解对巨噬细胞持续吞噬细菌是必需的

① 巨噬细胞利用吞噬体将细菌内化，被吞噬的细菌将被转移至内吞溶酶体中进行酶催化降解；② 溶酶体对细菌的降解维持巨噬细胞对细菌的吞噬；③ 在果蝇及哺乳动物巨噬细胞中，内溶酶体的氯离子转运蛋白缺失导致溶酶体功能失调，延缓了对内化后细菌的降解；④ 溶酶体降解的缺陷进一步减弱了巨噬细胞对细菌的吞噬功能，导致细菌负载量上升；⑤ 利用外源性细菌肽聚糖，可通过胞质模式识别受体及NF-κB依赖性途径，恢复溶酶体降解缺陷突变体的吞噬功能。

溶酶体降解巨噬细胞氯离子转运蛋白 NF-κB通路

梭状芽胞杆菌

Cell子刊：梭状芽胞杆菌——新生儿肠道的保护者

① 共生细菌为肠道提供定殖抗性，然而具体是哪些细菌发挥功能尚未明确；② 在2017年Kim等人发表在Science上的研究中，发现添加到婴儿小鼠肠道菌群中的梭状芽胞杆菌可限制致病性肠杆菌科细菌的定殖；③ 新生小鼠的菌群中缺少梭状芽胞杆菌，而去除成年小鼠菌群中的梭状芽胞杆菌，也可使小鼠对致病菌的定殖抗性缺失；④ 琥珀酸盐的存在增加了保护性梭状芽胞杆菌的定殖，前者在拟杆菌属定殖肠道时增加；⑤ 小鼠实验中的结论还需在人体中进一步验证。

梭状芽胞杆菌定殖抗性新生儿

鼠伤寒沙门氏菌

Cell子刊：共生细菌通过增强IFNγ的生成以缓解沙门氏菌引起的疾病

① 菌群通过竞争代谢产物、产生抑制性物质、引起保护性免疫反应，以抵抗病原体入侵，使宿主形成对病原体的定殖抗性；② 在小鼠模型中，肠道鼠伤寒沙门氏菌感染受到菌群组成的调节；③ 从对沙门氏菌感染有抗性的小鼠中，获得可培养的肠道共生细菌，移植到对沙门氏菌感染敏感的小鼠体内，可减少沙门氏菌的组织定殖及其引起的疾病的严重性；④ 沙门氏菌的组织定殖减少，伴随着体重恢复及生存期延长，依赖于菌群诱导的IFNγ生成增加。

鼠伤寒沙门氏菌

秀丽线虫

Cell子刊：利用秀丽线虫筛选药物-肠道菌群互作

这篇文章介绍近期Cell上的两篇利用线虫做的研究，老规矩，这样的文章看看图就有收获。

秀丽线虫 5-氟尿嘧啶体内代谢肠道微生物抗肿瘤

万古霉素耐药性屎肠球菌

【耐药专题】Cell子刊：共生菌群的合作恢复对万古霉素耐药性屎肠球菌的定殖抗性

① 专性厌氧共生细菌与对万古霉素耐药性肠球菌（VRE）的定殖抗性相关，但相关的特异性细菌种类尚未明确；② 本研究确定了一系列共生细菌，包含梭菌属XIVa簇中的Blautia producta以及Clostridium bolteae，可恢复对VRE的定殖抗性，并在小鼠体内清除VRE；③ C. bolteae并不直接介导VRE的清除，而是通过促进B. producta在肠道内的定殖发挥作用，B. producta可直接抑制VRE的生长。

万古霉素耐药性屎肠球菌 Jens Christian Claussen Jens Christian Claussen Andre Franke Marc-Thorsten Hütt

胎盘

Cell子刊：孕期的微生物母婴传播（综述）

这篇综述，系统性介绍病原体如何通过胎盘传播给后代，很值得一读。

胎盘母婴传播 Placenta trophoblast vertical transmission

抗整合素疗法

Cell子刊：利用肠道菌群功能预测IBD患者对抗整合素生物疗法的应答

利用肠道菌群预测治疗疾病的疗法的效果，已经成为临床中很重要的研究方向，这又是一例！强烈推荐。

抗整合素疗法 Microbiome vedolizumab treatment response roseburia

毛囊

Cell子刊：细菌和毛囊发育共同促进皮肤免疫耐受建立

之前我们分享了搞笑版的毛囊菌群的文章（http://www.xunludkp.com/papers/read/1087458052），但这篇可是严肃的科学研究，推荐大家阅读。

毛囊免疫耐受皮肤菌群 skin commensal microbes tissue development

植物病原

Cell子刊：植物-微生物互作中的MAP激酶信号通路

Cell Host & Microbe十年回顾，对2007年关于植物-微生物相互作用的研究，很值得回顾看看。

植物病原植物固有免疫 MAPK级联信号 plant innate immunity pathogen-associated molecular patterns

克罗恩病

Cell子刊：基于微生物组的克罗恩病研究

Cell Host & Microbe十年回顾，回望2014年发表的文章，值得一读。

克罗恩病幼儿生物多样性指数肠道粘膜疾病预测

Th17细胞

Cell子刊：回顾菌群调控肠道T细胞的发现历程

Cell Host & Microbe十年回顾，十年以前就发现了菌群调控肠道T细胞，很赞，所以很值得看看十年前的精彩。

Th17细胞免疫调节细菌分节丝状菌 SFB segmented filamentous bacteria

功能改变

Cell子刊：哪些成员驱动菌群功能失衡？超级分析工具来了！

菌群结构发生改变，往往带来功能的改变，并促进一些疾病的发生，但我们对什么样的变化驱动菌群功能改变知之甚少，这个重要研究发布了全新的分析工具，有助于我们了解菌群分类和功能变化之间的关系。必读文献，强烈推荐。

FishTaco 功能改变功能失衡生物信息学 Anna Tagliabue

能量限制

Cell子刊：改善菌群，好好吃，或者找个会吃的室友？

这是对近期很火热的一篇文章（http://mc.gutgutgut.cn/papers/read/1037389736）的介绍，老规矩，这样的文章，图特别值得一看。

CRON AMER 能量限制饮食限制粪菌移植

抑菌凝集素

Cell子刊：抑菌凝集素RegIIIβ延长病原体定殖和肠病持续时间

应对肠道致病菌感染的抑菌凝集素RegIIIβ，不仅杀灭特定病原菌，也杀灭一些肠道共生菌，比如拟杆菌，这使得在一些病原菌感染的时候，它会延长病原菌持续定殖以及肠病持续的时间，而补充特定拟杆菌或维生素B6能加速肠道病原体的清除，并缓解肠病。很值得一看的文章，看完必有收获。

抑菌凝集素 RegIIIβ 沙门氏菌维生素B6 拟杆菌

可视化

Cell子刊：EMPeror升级，可动画表现菌群动态

EMPeror 可视化艰难梭菌微生物组动态动画